<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573027.7	1	TAAGAGACCGAAAATGTCAAATAAGTTATTAAACCGGTCGCTAACCATAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117228	TAAGAGACCGAAAATGTCAAATAAGTTATTAAACCGGTCGCTAACCATAT	117277

CT573027.7	51	ATATGATTATTGCCTTACATATTCTATTGATATGATCTTTAAAAAAAATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117278	ATATGATTATTGCCTTACATATTCTATTGATATGATCTTTAAAAAAAATT	117327

CT573027.7	101	GTTCACAAACTTTGTTCATTACTTTAGGTGGTAAGCCATTATTCGAACTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117328	GTTCACAAACTTTGTTCATTACTTTAGGTGGTAAGCCATTATTCGAACTC	117377

CT573027.7	151	AATAGGATTCTTAGGCCTGGTGGTTTCTTTGCATGGTCAGCTACACCAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117378	AATAGGATTCTTAGGCCTGGTGGTTTCTTTGCATGGTCAGCTACACCAGT	117427

CT573027.7	201	TTATCGCGATGATGAAAGAGATCAGAAAGTATGGAATGGTTTGTCTCTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117428	TTATCGCGATGATGAAAGAGATCAGAAAGTATGGAATGGTTTGTCTCTCA	117477

CT573027.7	251	TTCTTCACCTTTCATACATTTATACACCTTTACTAATTTGTCATTTACTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117478	TTCTTCACCTTTCATACATTTATACACCTTTACTAATTTGTCATTTACTC	117527

CT573027.7	301	CTATAGCAAGAAAAATTAATAAATTATCTCTTTTTGTAATCATGAATGTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117528	CTATAGCAAGAAAAATTAATAAATTATCTCTTTTTGTAATCATGAATGTT	117577

CT573027.7	351	ATTGTCTTGGTATATTCTGCAGCCATGGTGACTGTAACAAAAGAAATGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117578	ATTGTCTTGGTATATTCTGCAGCCATGGTGACTGTAACAAAAGAAATGTG	117627

CT573027.7	401	TTGGACTGTTGTGGCTAAGACTCTTGATTCATCCGGAATTGGACTTGTTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117628	TTGGACTGTTGTGGCTAAGACTCTTGATTCATCCGGAATTGGACTTGTTA	117677

CT573027.7	451	TATACCAGAAGCCTACGTCATCCTCCTGCTATGAGAAACGCAAACAGAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117678	TATACCAGAAGCCTACGTCATCCTCCTGCTATGAGAAACGCAAACAGAAC	117727

CT573027.7	501	AAACCTCCTATATGTAAAAACAATGAAAGCAAACAAATCTCATGGTATAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117728	AAACCTCCTATATGTAAAAACAATGAAAGCAAACAAATCTCATGGTATAT	117777

CT573027.7	551	GCCAGTATTTTGTTGCGGTTATGTTAATTTTATGTTTCCACCAAATTTTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117778	GCCAGTATTTTGTTGCGGTTATGTTAATTTTATGTTTCCACCAAATTTTA	117827

CT573027.7	601	ACTTCTTTGCATTGTAAATATGAATAAAAGGAAAGAAATTGAGGAACTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117828	ACTTCTTTGCATTGTAAATATGAATAAAAGGAAAGAAATTGAGGAACTTT	117877

CT573027.7	651	TTGCTTTCATATATTTGTGTTGATGTTTTGGATTTTTCATATGTACATGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117878	TTGCTTTCATATATTTGTGTTGATGTTTTGGATTTTTCATATGTACATGA	117927

CT573027.7	701	TCACTACGAGTAGGAAAGTACATTTTACATCGAATTTAAGCATGTATGCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117928	TCACTACGAGTAGGAAAGTACATTTTACATCGAATTTAAGCATGTATGCT	117977

CT573027.7	751	TCTAGCAATGTTAATGATATAACATTATTTATATAATGCTGTTAATTTAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	117978	TCTAGCAATGTTAATGATATAACATTATTTATATAATGCTGTTAATTTAA	118027

CT573027.7	801	TTTCTAGCTATCTATACTAAATTGAACTGTTTGCTTGATTATGTTTATAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118028	TTTCTAGCTATCTATACTAAATTGAACTGTTTGCTTGATTATGTTTATAA	118077

CT573027.7	851	GGTATACCAAACTGAGCAGCTGCCTTATTCCTCTTCCGGTGGATGCCGCG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118078	GGTATACCAAACTGAGCAGCTGCCTTATTCCTCTTCCGGTGGATGCCGCG	118127

CT573027.7	901	GCGAGCTGGCCCATGTCTTGGCCTAATAGGCTTACCAGTATACCTCCTAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118128	GCGAGCTGGCCCATGTCTTGGCCTAATAGGCTTACCAGTATACCTCCTAG	118177

CT573027.7	951	CCTATCTTCTGAACCAGATGCCAGCGACGTGTTCAACAATGATACTAAAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118178	CCTATCTTCTGAACCAGATGCCAGCGACGTGTTCAACAATGATACTAAAC	118227

CT573027.7	1001	ATTGGTCTAGAATAGTTTCAGACATTTATCTGGAAGCTCCTGTAAATTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118228	ATTGGTCTAGAATAGTTTCAGACATTTATCTGGAAGCTCCTGTAAATTGG	118277

CT573027.7	1051	TCAAGTGTTCGAAATATAATGGACATGAATGCCGGTTTTGGAGGGTAAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118278	TCAAGTGTTCGAAATATAATGGACATGAATGCCGGTTTTGGAGGGTAAAG	118327

CT573027.7	1101	TATATATAACTTCATTATGCTTGTCACTGTCCTACATCAACATAAGCGCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118328	TATATATAACTTCATTATGCTTGTCACTGTCCTACATCAACATAAGCGCT	118377

CT573027.7	1151	CTTTGAACTGATACAAATTATGTTGTTTTTCAGATTTGCTGCAGCTCTTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118378	CTTTGAACTGATACAAATTATGTTGTTTTTCAGATTTGCTGCAGCTCTTA	118427

CT573027.7	1201	TCGATCGACCATTGTGGGTGATGAATGTAGTACCAATTGATATGCCAGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118428	TCGATCGACCATTGTGGGTGATGAATGTAGTACCAATTGATATGCCAGAT	118477

CT573027.7	1251	ACTCTTTCTGTCATATTTGACAGGGGATTAATAGGAATTTATCATGATTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118478	ACTCTTTCTGTCATATTTGACAGGGGATTAATAGGAATTTATCATGATTG	118527

CT573027.7	1301	GTGTGAATCTTTGAGTACTTATCCTCGGACATATGATCTTGTTCATTCAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118528	GTGTGAATCTTTGAGTACTTATCCTCGGACATATGATCTTGTTCATTCAA	118577

CT573027.7	1351	GCTTTCTCTTCAAAAGCTTTAACCAAAGGTACATAACAGTTGATACACAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118578	GCTTTCTCTTCAAAAGCTTTAACCAAAGGTACATAACAGTTGATACACAA	118627

CT573027.7	1401	CATTCATATATGTCTAATATTATATTTTTACTTACTATGGTTACTATGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118628	CATTCATATATGTCTAATATTATATTTTTACTTACTATGGTTACTATGTT	118677

CT573027.7	1451	ATGCCCAAATTTCTTATCTTATTGTTTGGAACATATTTGTTAGGTATAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118678	ATGCCCAAATTTCTTATCTTATTGTTTGGAACATATTTGTTAGGTATAAT	118727

CT573027.7	1501	TAATATATGCATGTAACATGAATGTGTGTTGAGTTATATGATTCTCACAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118728	TAATATATGCATGTAACATGAATGTGTGTTGAGTTATATGATTCTCACAG	118777

CT573027.7	1551	TTTGCAAATAATGTTTTTTCAGATGTGACATTGTAGATGTGGTTGTGGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118778	TTTGCAAATAATGTTTTTTCAGATGTGACATTGTAGATGTGGTTGTGGAA	118827

CT573027.7	1601	ATAGATCGCATATTGAGACCAGATGGGTATCTCTTGGTTCAGGATTCAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118828	ATAGATCGCATATTGAGACCAGATGGGTATCTCTTGGTTCAGGATTCAAT	118877

CT573027.7	1651	GGAAGCAATTAGAAAGTTGGGTGCAATATTGAATTCACTTCATTGGTCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118878	GGAAGCAATTAGAAAGTTGGGTGCAATATTGAATTCACTTCATTGGTCTG	118927

CT573027.7	1701	TGACATCTTATCAAAATCAATTTCTTGTTGGTAGGAAGAGCTTCTGGCGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118928	TGACATCTTATCAAAATCAATTTCTTGTTGGTAGGAAGAGCTTCTGGCGT	118977

CT573027.7	1751	CCAAAGCCATAGAATCTGAACCATGAATAGGATTGATTGCTTGTCATATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	118978	CCAAAGCCATAGAATCTGAACCATGAATAGGATTGATTGCTTGTCATATT	119027

CT573027.7	1801	ATTTGATAAAAAAAAAAATGTAGGGTTACTCATTTATTATTTTAATTTAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	119028	ATTTGATAAAAAAAAAAATGTAGGGTTACTCATTTATTATTTTAATTTAT	119077

CT573027.7	1851	CCTGATATTTTTTTTTGGTTACATTTAATTTATCCTAATATTGTGGCAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	119078	CCTGATATTTTTTTTTGGTTACATTTAATTTATCCTAATATTGTGGCAAC	119127

CT573027.7	1901	ATGATGGCTCTCTGAATTTCAAGGTTGTTTACGTGTCAAGTATAAGTTAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	119128	ATGATGGCTCTCTGAATTTCAAGGTTGTTTACGTGTCAAGTATAAGTTAG	119177

CT573027.7	1951	AAGGCTTATAAACAATATATAAATGAAAAAACTCATATATCTAAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR378662.1	119178	AAGGCTTATAAACAATATATAAATGAAAAAACTCATATATCTAAAAGCTT	119227

Overview

Query
CT573027.7 - 58256 bps
Hit
CR378662.1 - 119227 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190920001200011172281192271
289.541662881932419611-11144891147751
Short-link