<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR762409.6	1	AAATATTCTTAGCCTAGTGATTAATTAAACATAATTAAACAATTACATAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	161472	AAATATTCTTAGCCTAGTGATTAATTAAACATAATTAAACAATTACATAA	161521

CR762409.6	51	ACATTAAACGAATTCTCTAGATTTTTTTTTTCCGCCCGTGATATTATTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	161522	ACATTAAACGAATTCTCTAGATTTTTTTTTTCCGCCCGTGATATTATTTT	161571

CR762409.6	101	TTAATTATAGCTTAGGTTCAGTTTTTAGTTGCTCTCTAAATAAACATACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	161572	TTAATTATAGCTTAGGTTCAGTTTTTAGTTGCTCTCTAAATAAACATACA	161621

CR762409.6	151	TTTTCTAGAGCCATATTTGTTTTTAATATATTTATTTTAGTTAAAATTGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	161622	TTTTCTAGAGCCATATTTGTTTTTAATATATTTATTTTAGTTAAAATTGC	161671

CR762409.6	201	TGTTGCTTATTTTAACACATTTATATTCTTTTTATTTTCAGCCAATTTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	161672	TGTTGCTTATTTTAACACATTTATATTCTTTTTATTTTCAGCCAATTTGA	161721

CR762409.6	251	TTAATACTTTTGTTTATTAATTAATATATTTCATTTGATCTGGATATACT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	161722	TTAATACTTTTGTTTATTAATTAATATATTTCATTTGATCTGGATATACT	161771

CR762409.6	301	GCATCATTTTCCCAGTGACAGGTTATTTTGCTTATTAACTGTGGTGGGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	161772	GCATCATTTTCCCAGTGACAGGTTATTTTGCTTATTAACTGTGGTGGGCA	161821

CR762409.6	351	GTGGACCAGAATTTAGCAATACACCATTATACACTCACTGGCTGGTGAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	161822	GTGGACCAGAATTTAGCAATACACCATTATACACTCACTGGCTGGTGAAA	161871

CR762409.6	401	TCAAATCATAAGTATGCATTTAATGAATCCACACAGGCAACATTTTATTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	161872	TCAAATCATAAGTATGCATTTAATGAATCCACACAGGCAACATTTTATTT	161921

CR762409.6	451	ATTTATTTTCTCAAATAGACGATTATTATTCCAAATGCCTTAAAGTAATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	161922	ATTTATTTTCTCAAATAGACGATTATTATTCCAAATGCCTTAAAGTAATT	161971

CR762409.6	501	GCTGCATGTCGTTTTACCTTTTTGCAACTCCCCAATGCATTCCTTGGAGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	161972	GCTGCATGTCGTTTTACCTTTTTGCAACTCCCCAATGCATTCCTTGGAGA	162021

CR762409.6	551	TAACTGGAAAACAACTGGAAACCCAAATGTAGCTTCATGCTTGAATGAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162022	TAACTGGAAAACAACTGGAAACCCAAATGTAGCTTCATGCTTGAATGAAC	162071

CR762409.6	601	CAAAGTTTATTATCCGCTATAGTTTTGTATTCCTTTTACACGCGCTACAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162072	CAAAGTTTATTATCCGCTATAGTTTTGTATTCCTTTTACACGCGCTACAC	162121

CR762409.6	651	GTATTATCTTATGCGTAATACATACAGAAAAGCATATGGAATGATCAACA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162122	GTATTATCTTATGCGTAATACATACAGAAAAGCATATGGAATGATCAACA	162171

CR762409.6	701	CCTTCGCAGTTAAATTTTAAAACATTATAATGCATTTCCCATTAAGCCAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162172	CCTTCGCAGTTAAATTTTAAAACATTATAATGCATTTCCCATTAAGCCAT	162221

CR762409.6	751	ATGCAATCTATTTCAAAAAAGCCCACACTGGAAAATAAAAACATTCTCGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162222	ATGCAATCTATTTCAAAAAAGCCCACACTGGAAAATAAAAACATTCTCGT	162271

CR762409.6	801	GAAATCTTTTAGCTTGCAACTCGTCGCATCAACTTACCATGGATGGGTAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162272	GAAATCTTTTAGCTTGCAACTCGTCGCATCAACTTACCATGGATGGGTAC	162321

CR762409.6	851	AGTCCGAAGACAATGAGGAAAAGCAGGGGATTTAATGCGCCGAACAGAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162322	AGTCCGAAGACAATGAGGAAAAGCAGGGGATTTAATGCGCCGAACAGAAG	162371

CR762409.6	901	GATCATGCTGTCACTGCTCTATTGCACTTTTCTGGCGTTAATATCGCGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162372	GATCATGCTGTCACTGCTCTATTGCACTTTTCTGGCGTTAATATCGCGTT	162421

CR762409.6	951	CTCGGCGTGGCAGATGATGCCCGAGCAGTACAGGGCGGATAGATCCACAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162422	CTCGGCGTGGCAGATGATGCCCGAGCAGTACAGGGCGGATAGATCCACAT	162471

CR762409.6	1001	TCATTACCGAGCTGCTCCGCCGCGCGAGCTCCCGCGTGCAGCCAATACTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162472	TCATTACCGAGCTGCTCCGCCGCGCGAGCTCCCGCGTGCAGCCAATACTG	162521

CR762409.6	1051	AGCGCGCGCTGTCCAAAGTTACGACCGCGCGCATGAGAGAAGACACTGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162522	AGCGCGCGCTGTCCAAAGTTACGACCGCGCGCATGAGAGAAGACACTGAA	162571

CR762409.6	1101	GAACATCCAACACTACCAAGGCGACCTCAACAGCGGATGTGACATCATTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162572	GAACATCCAACACTACCAAGGCGACCTCAACAGCGGATGTGACATCATTT	162621

CR762409.6	1151	GATTATTTCAAACGTGAACTTGTTGAGGTGCGTTGTTGGGGAGTGAATGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162622	GATTATTTCAAACGTGAACTTGTTGAGGTGCGTTGTTGGGGAGTGAATGA	162671

CR762409.6	1201	AGACACTGCAGCATCGACAAACATTATAGTTGCGACGCATGCTGCGTTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162672	AGACACTGCAGCATCGACAAACATTATAGTTGCGACGCATGCTGCGTTTT	162721

CR762409.6	1251	TAGCTTGAAATGCTGTTGCTGTCGTAGTTGGTTCTTCGAGAGCAAGAGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162722	TAGCTTGAAATGCTGTTGCTGTCGTAGTTGGTTCTTCGAGAGCAAGAGAA	162771

CR762409.6	1301	AGTACGTACACGGCAAACTTTCATCTGCAAATCCACACTGTTTATTTTGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162772	AGTACGTACACGGCAAACTTTCATCTGCAAATCCACACTGTTTATTTTGG	162821

CR762409.6	1351	GGTTAAAATGCCTGACACAACATAAATAATAATATCAAATAATAACAATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162822	GGTTAAAATGCCTGACACAACATAAATAATAATATCAAATAATAACAATA	162871

CR762409.6	1401	TAGAATCTAACTTTTTAGCCTCAAAGATGAAATTAATAACAACCAAAAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162872	TAGAATCTAACTTTTTAGCCTCAAAGATGAAATTAATAACAACCAAAAAT	162921

CR762409.6	1451	AATAATGGTCACACTTTATGTTAATGTACAATTCACGCTACTAACAAACC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162922	AATAATGGTCACACTTTATGTTAATGTACAATTCACGCTACTAACAAACC	162971

CR762409.6	1501	ATTTACTAAGACGTTTAGCTCAATCAACTGTAGAATTAGATCATACTTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	162972	ATTTACTAAGACGTTTAGCTCAATCAACTGTAGAATTAGATCATACTTTA	163021

CR762409.6	1551	GGTATTGAGAGCCAATATCTTACAAATAAGAAGGCAATAATCCAGTAGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	163022	GGTATTGAGAGCCAATATCTTACAAATAAGAAGGCAATAATCCAGTAGTT	163071

CR762409.6	1601	AATAGGGGTGCTTAAATTAAAGTGTTACCAAATAAAGAGCAAATAATAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	163072	AATAGGGGTGCTTAAATTAAAGTGTTACCAAATAAAGAGCAAATAATAAA	163121

CR762409.6	1651	TGTCATTTCGATGAACAAGTTTTAGACCATTTTCTAATAAAATTAACATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	163122	TGTCATTTCGATGAACAAGTTTTAGACCATTTTCTAATAAAATTAACATT	163171

CR762409.6	1701	AACTGTAACTTGAAGGGATTTTTTTTATCCATAAATAAATATTTTGTCAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	163172	AACTGTAACTTGAAGGGATTTTTTTTATCCATAAATAAATATTTTGTCAC	163221

CR762409.6	1751	AATTTACTCATCCTCAAGTGGTTCCAAACTTTTATGAGTTTCCCATTTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	163222	AATTTACTCATCCTCAAGTGGTTCCAAACTTTTATGAGTTTCCCATTTTT	163271

CR762409.6	1801	TTTTCCAGTTAAAAACAAAAGAGGTTGTTTTGATAAATTTTAGAAACCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	163272	TTTTCCAGTTAAAAACAAAAGAGGTTGTTTTGATAAATTTTAGAAACCTG	163321

CR762409.6	1851	TAACCATTGACTTTCACAGTAGGAAAGAAAAATACTATTGAGGTCAGTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	163322	TAACCATTGACTTTCACAGTAGGAAAGAAAAATACTATTGAGGTCAGTGG	163371

CR762409.6	1901	TTACAGGTTAATAACAATAATTTTCTTAAATAAATGATTTTGTGTTTAGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	163372	TTACAGGTTAATAACAATAATTTTCTTAAATAAATGATTTTGTGTTTAGT	163421

CR762409.6	1951	AGAACAAAGAAACAGGTTTGTGACAAGTTGAATAAATGATGGCAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376739.10	163422	AGAACAAAGAAACAGGTTTGTGACAAGTTGAATAAATGATGGCAGAATTC	163471

Overview

Query
CR762409.6 - 117486 bps
Hit
CR376739.10 - 163471 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192520001200011614721634711
289.1945743819538268-122644227171
392.1945642945329516124739248021
486.75761535125751409133376335261
589.33861518229082440133376335251
684.071283086670467011-136241365351
795.924249102766102814-143142431901
886.77691219235392473151916520361
992.481021338036680498-151920520521
1085.791833348582686159-156398567351
1180.961965058714287646-159760602581
1290.1446713819538265163143632131
1390.6750753819538269-166521665951
1485.45831599236492522176102762591
1510051687137271439-187642877091
1695.9781227138271503-187710878311
1798.084410445824685-11084961085991
1810045922959129682-11085081085991
1993.444862444724453311209251209851
2092.594155186011865511209281209811
2186.954073673926746411260381261061
2280.59481303156131690-11273881275211
2389.5546671748817554-11274341275001
2485.0786196512115140611414831416831
258692195822448243811414841416831
2690.624064294502951311494061494691
2792.544467210332109911600171600831
Short-link