<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR381573.14	1	TTAGTCATTTGTTCTTCATTGGCTGTCTTTTGTCTTGTGAATTGTTTGTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	202539	TTAGTCATTTGTTCTTCATTGGCTGTCTTTTGTCTTGTGAATTGTTTGTC	202588

CR381573.14	51	ATTGGTTGTGTCATGTCATGTGATCTCTAGTGTTTGTTATATACACAACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	202589	ATTGGTTGTGTCATGTCATGTGATCTCTAGTGTTTGTTATATACACAACC	202638

CR381573.14	101	TGACAAGTTATTGTCATATAGTTGATCCACACCCAAATGGCCCACCCCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	202639	TGACAAGTTATTGTCATATAGTTGATCCACACCCAAATGGCCCACCCCTG	202688

CR381573.14	151	AGCCCTTTAGGCTGTTTCATTCTTGGTGTTGGTTCCAAACTTGGTGACCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	202689	AGCCCTTTAGGCTGTTTCATTCTTGGTGTTGGTTCCAAACTTGGTGACCT	202738

CR381573.14	201	GGAAGATGTTGAGGCAAACCTGCGGAGCTTCAAAGTACTGGCAGCCAATA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	202739	GGAAGATGTTGAGGCAAACCTGCGGAGCTTCAAAGTACTGGCAGCCAATA	202788

CR381573.14	251	CGAATTGGAATAGAAAGCAGTGGGTCCAACATCTCACCCCGTTCCTGATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	202789	CGAATTGGAATAGAAAGCAGTGGGTCCAACATCTCACCCCGTTCCTGATG	202838

CR381573.14	301	AGGGAGGCCTAGCAGGCCTATCAGTCCCTCTTGCTTGAACTTATATCAGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	202839	AGGGAGGCCTAGCAGGCCTATCAGTCCCTCTTGCTTGAACTTATATCAGC	202888

CR381573.14	351	TATCACTCCCGCCAACTTCAAAAGGACTATGCTTTGTTCAAGAGGGAGAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	202889	TATCACTCCCGCCAACTTCAAAAGGACTATGCTTTGTTCAAGAGGGAGAT	202938

CR381573.14	401	TCTGGTTCAAACACCAGTGCACACAGCGTGCGAGTTCCAGCAGTATACAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	202939	TCTGGTTCAAACACCAGTGCACACAGCGTGCGAGTTCCAGCAGTATACAT	202988

CR381573.14	451	ATAATCAGCGCCGCCTGGCCAGGACACAAGCAGCGAACCTACTGCATCAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	202989	ATAATCAGCGCCGCCTGGCCAGGACACAAGCAGCGAACCTACTGCATCAT	203038

CR381573.14	501	GCCCTCCTCTGGCTGCTACATGATAGACTATCCAGGTCGCAGAGAGAGGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203039	GCCCTCCTCTGGCTGCTACATGATAGACTATCCAGGTCGCAGAGAGAGGT	203088

CR381573.14	551	ACGATTACATGCCTGCTACTAGCACTGCCCACTTGACAACGACATCTGGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203089	ACGATTACATGCCTGCTACTAGCACTGCCCACTTGACAACGACATCTGGT	203138

CR381573.14	601	TATGCTCCACTGCTCACCAGCTGGACTGATCTTCTGGAGGCACTACAGCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203139	TATGCTCCACTGCTCACCAGCTGGACTGATCTTCTGGAGGCACTACAGCT	203188

CR381573.14	651	GGCAGAGGTAACAGAAGCCTAGGAGGTGAGAGACAGAGTGGCAGGAGGAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203189	GGCAGAGGTAACAGAAGCCTAGGAGGTGAGAGACAGAGTGGCAGGAGGAC	203238

CR381573.14	701	CCCCAGAATGGCAACCCGAATAGGGCACCACATGGCCAGTTTACAGACCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203239	CCCCAGAATGGCAACCCGAATAGGGCACCACATGGCCAGTTTACAGACCT	203288

CR381573.14	751	GCAAACCACTCACTGAAGGGACATCAAGAGTCCACTGAACTATTGATATC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203289	GCAAACCACTCACTGAAGGGACATCAAGAGTCCACTGAACTATTGATATC	203338

CR381573.14	801	TGGGACTCCTATCTGTCAGGTCTCCGCGAACCCCACCCAATAAAATATAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203339	TGGGACTCCTATCTGTCAGGTCTCCGCGAACCCCACCCAATAAAATATAG	203388

CR381573.14	851	TGACATGAGGGTCGTCGACGTGATTACCATAAACCTTTGAACAACAAGAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203389	TGACATGAGGGTCGTCGACGTGATTACCATAAACCTTTGAACAACAAGAA	203438

CR381573.14	901	GGGTGAGTGCTTTAACCCCCCTCCCCTGTGTTACAGATCCCCTCCGGAGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203439	GGGTGAGTGCTTTAACCCCCCTCCCCTGTGTTACAGATCCCCTCCGGAGG	203488

CR381573.14	951	CTCATCGGGAAAGGAACAGTGGAAGGACTGGGTAAAAGTATGCTTGGTGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203489	CTCATCGGGAAAGGAACAGTGGAAGGACTGGGTAAAAGTATGCTTGGTGG	203538

CR381573.14	1001	GTTGAGAAATCCACCAGCCTGCATCCCACCCACACTACTATACAGTCATC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203539	GTTGAGAAATCCACCAGCCTGCATCCCACCCACACTACTATACAGTCATC	203588

CR381573.14	1051	AATGAGGGAATTCGTCTGGTACTTAATAACACTCGGATGTGGGCGGTGAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203589	AATGAGGGAATTCGTCTGGTACTTAATAACACTCGGATGTGGGCGGTGAT	203638

CR381573.14	1101	CGAGGAGATCCATTTGGCCCTAAATGGCCCTCAAGAAACATTGCGGGGTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203639	CGAGGAGATCCATTTGGCCCTAAATGGCCCTCAAGAAACATTGCGGGGTG	203688

CR381573.14	1151	GCCGACAATGCCTGACAGGTCCGGGAGAAATACCAGGGACTAGAAGCAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203689	GCCGACAATGCCTGACAGGTCCGGGAGAAATACCAGGGACTAGAAGCAGA	203738

CR381573.14	1201	GGAGCGCCAAGTCTGTAAGGTCTCCTTGTCACCTTCCCCCCAAACCACCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203739	GGAGCGCCAAGTCTGTAAGGTCTCCTTGTCACCTTCCCCCCAAACCACCA	203788

CR381573.14	1251	ATGCTGCTACCCATCATCTGGGTGTCCTGCAGCTGCACTGGTATGGTAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203789	ATGCTGCTACCCATCATCTGGGTGTCCTGCAGCTGCACTGGTATGGTAAA	203838

CR381573.14	1301	GGTGAAGCAAGAAAATGTTTTGTTTTCTCCCCCTCCCATCCATGTGTTCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203839	GGTGAAGCAAGAAAATGTTTTGTTTTCTCCCCCTCCCATCCATGTGTTCT	203888

CR381573.14	1351	CCCCTTTGCACCAACAAGAAGCACTAGGAGGACCAGGTTGACACTTGAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203889	CCCCTTTGCACCAACAAGAAGCACTAGGAGGACCAGGTTGACACTTGAGG	203938

CR381573.14	1401	GTTTCAGCATCGCCATGGACACTCCCTCACCTCAAACAGCATGCCGATTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203939	GTTTCAGCATCGCCATGGACACTCCCTCACCTCAAACAGCATGCCGATTG	203988

CR381573.14	1451	TGGCCAGCTGAGACTTGTAAGAAGAGGGGAATATAAGGGACAACGCCAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	203989	TGGCCAGCTGAGACTTGTAAGAAGAGGGGAATATAAGGGACAACGCCAGA	204038

CR381573.14	1501	GGAAGAAGTTGGAGCATGTTTGGACTGAAGGCTTGCGGTGTTCCCTTCTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	204039	GGAAGAAGTTGGAGCATGTTTGGACTGAAGGCTTGCGGTGTTCCCTTCTC	204088

CR381573.14	1551	CAGCTACGCACGATTTGCACTCCACTCCCCCACATCGGACCTGCATGAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	204089	CAGCTACGCACGATTTGCACTCCACTCCCCCACATCGGACCTGCATGAGC	204138

CR381573.14	1601	CTGGACTTTAGCTGCACAATGGACATTTCGCCCTTCACACCCTGTATTTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	204139	CTGGACTTTAGCTGCACAATGGACATTTCGCCCTTCACACCCTGTATTTC	204188

CR381573.14	1651	CAGCACTCCTGCACTGTAAATAAACAGCCGTTCTATAAATATATATGTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	204189	CAGCACTCCTGCACTGTAAATAAACAGCCGTTCTATAAATATATATGTTC	204238

CR381573.14	1701	CTTCATGTGTCCTTTGTTCTTGATCTAGCTTTGTTTGTGTAACCCTATGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	204239	CTTCATGTGTCCTTTGTTCTTGATCTAGCTTTGTTTGTGTAACCCTATGT	204288

CR381573.14	1751	GTCAGTAAGTTTATTCTTTTGTTGGCCATGCTGTGCCATCCCATCTCATG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	204289	GTCAGTAAGTTTATTCTTTTGTTGGCCATGCTGTGCCATCCCATCTCATG	204338

CR381573.14	1801	CTATTCTGTGTTGTGTTGTCCTGTGCTATGCTGTTATGTGCCATGCCATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	204339	CTATTCTGTGTTGTGTTGTCCTGTGCTATGCTGTTATGTGCCATGCCATG	204388

CR381573.14	1851	CTTTGCCTTGGACCTTTGGGCAACAAAAACTGCACTTGGGTTTCTGCACC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	204389	CTTTGCCTTGGACCTTTGGGCAACAAAAACTGCACTTGGGTTTCTGCACC	204438

CR381573.14	1901	TTGACTTTAGTGGAGCGTTGTTATAGAAAGCTAAAACCAACCATGATTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	204439	TTGACTTTAGTGGAGCGTTGTTATAGAAAGCTAAAACCAACCATGATTTC	204488

CR381573.14	1951	ACAGTTTTTCTTGCATAATTTTTGCCAAGTGAATTGGCCTGAAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR376736.5	204489	ACAGTTTTTCTTGCATAATTTTTGCCAAGTGAATTGGCCTGAAGAAGCTT	204538

Overview

Query
CR381573.14 - 120376 bps
Hit
CR376736.5 - 204538 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199920001200012025392045381
292.92193135190452216-135985362941
388.211832961612116416144683449791
487.82194321110003110323-144732450511
585.94472980111960112939179710807471
686.712074357330173735-11313251317681
783.4293722112217112938-11400681408081
887.841842967103771332-11548851551801
985.64175397733017369711636311640341
1093.5851765464027055-11739651746181
1194.6553865510372510437911739651746181
1291.3247966456726335-11746221752781
1390.7246666210444610510711746221752781
1489.56681105210524810629911752801763131
1588.2347278645525337-11755501763131
1693.1124632310644110676311763171766351
1784.41501101322723284-11773141783331
1886.15553101410814610915911773141783311
1988.22143968030080695-11787761791651
2079.8917165611196211261711912661919411
2189.11225395803008069411915691919631
Short-link