<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX571974.6	267018	AAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATCGATATAATAAATAATAC	266969
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	110894	AAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATCGATATAATAAATAATAC	110943

C  BX571974.6	266968	TGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATAAACTGA	266919
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	110944	TGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATAAACTGA	110993

C  BX571974.6	266918	AAAAGCCTCCCAAGATGAAGAAGACATAAAAGCAGTGTTTTTTCATATTT	266869
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	110994	AAAAGCCTCCCAAGATGAAGAAGACATAAAAGCAGTGTTTTTTCATATTT	111043

C  BX571974.6	266868	ATATAGGCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAATCCTTTATATTC	266819
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111044	ATATAGGCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAATCCTTTATATTC	111093

C  BX571974.6	266818	ATATCCTATATCTATTCTTAATATATCCTATATATATCCTTAATATTTTA	266769
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111094	ATATCCTATATCTATTCTTAATATATCCTATATATATCCTTAATATTTTA	111143

C  BX571974.6	266768	ATTTTTTCATATGTAAAGATATTTGCCTATTGCTCTCTTTTGCGTATTAA	266719
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111144	ATTTTTTCATATGTAAAGATATTTGCCTATTGCTCTCTTTTGCGTATTAA	111193

C  BX571974.6	266718	GCAGTGCGTAAGCGAGGCGCAACTCTGCGCCGGAGTTTAGACTGGGTTTG	266669
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111194	GCAGTGCGTAAGCGAGGCGCAACTCTGCGCCGGAGTTTAGACTGGGTTTG	111243

C  BX571974.6	266668	TTTTGGTCTAATGAAAAATCTATTATAGTTTCTCAAAATAGCAACGTGCC	266619
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111244	TTTTGGTCTAATGAAAAATCTATTATAGTTTCTCAAAATAGCAACGTGCC	111293

C  BX571974.6	266618	AGCAGTGCGCCTCAGAACGCCTTCCTTTTTAGACCAGAATGCCTATGGGC	266569
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111294	AGCAGTGCGCCTCAGAACGCCTTCCTTTTTAGACCAGAATGCCTATGGGC	111343

C  BX571974.6	266568	GCACAAATGAGCGCTAATGCATTTCATATTTAAACAGCGTTGCGCAACGC	266519
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111344	GCACAAATGAGCGCTAATGCATTTCATATTTAAACAGCGTTGCGCAACGC	111393

C  BX571974.6	266518	CTTAAAACGACTCTTGCGCCAAGCTGAAACTAGCAAAAGACTATTGCGCC	266469
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111394	CTTAAAACGACTCTTGCGCCAAGCTGAAACTAGCAAAAGACTATTGCGCC	111443

C  BX571974.6	266468	GCGCCTTGCGCCACATTGCACCGGGTGTATGATAGGGCCCTGTGTCTGTG	266419
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111444	GCGCCTTGCGCCACATTGCACCGGGTGTATGATAGGGCCCTGTGTCTGTG	111493

C  BX571974.6	266418	TGCGTCTCCTCAACACGGATCAATCTAATGTTTTGCTGCGTGAAGAATGC	266369
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111494	TGCGTCTCCTCAACACGGATCAATCTAATGTTTTGCTGCGTGAAGAATGC	111543

C  BX571974.6	266368	TCTTTTTTGCGGTGTGGATACTTTGAGATTCTACATTTTTTTTTACTAAA	266319
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111544	TCTTTTTTGCGGTGTGGATACTTTGAGATTCTACATTTTTTTTTACTAAA	111593

C  BX571974.6	266318	GACCAAGACACATTTCTGTCACTTTTGATCTGACCAACTGAGAGGAAAAA	266269
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111594	GACCAAGACACATTTCTGTCACTTTTGATCTGACCAACTGAGAGGAAAAA	111643

C  BX571974.6	266268	ATATAACAATGAAAATAGCTGTGATTATGTTAAGTTTATACAACATCAAA	266219
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111644	ATATAACAATGAAAATAGCTGTGATTATGTTAAGTTTATACAACATCAAA	111693

C  BX571974.6	266218	CCATGCAAATTATTATAGTTCTACTTTGTTATGAAATTGTTGTGTGTACA	266169
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111694	CCATGCAAATTATTATAGTTCTACTTTGTTATGAAATTGTTGTGTGTACA	111743

C  BX571974.6	266168	TTTAGTGTATGTACACTACATAACAAAAGTCTTGTCATCGATCCCAGTTA	266119
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111744	TTTAGTGTATGTACACTACATAACAAAAGTCTTGTCATCGATCCCAGTTA	111793

C  BX571974.6	266118	TAAGAGCAACAAATAATAACTTGACTTTTAGTTGATCATTTGATAAAGTG	266069
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111794	TAAGAGCAACAAATAATAACTTGACTTTTAGTTGATCATTTGATAAAGTG	111843

C  BX571974.6	266068	GCAGAAGGTACATTTTTTCGATGAATCATCTGTTGAACTGCATCCTGAAC	266019
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111844	GCAGAAGGTACATTTTTTCGATGAATCATCTGTTGAACTGCATCCTGAAC	111893

C  BX571974.6	266018	TGGAACCCACATGGACCCAAGATTCTCACAGAAATCAGTCAAGTTTGGTG	265969
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111894	TGGAACCCACATGGACCCAAGATTCTCACAGAAATCAGTCAAGTTTGGTG	111943

C  BX571974.6	265968	AAGAAAAAAATCATGGTTTGGGGTTACATTCAGTATTGGGGCGTGTGAGA	265919
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111944	AAGAAAAAAATCATGGTTTGGGGTTACATTCAGTATTGGGGCGTGTGAGA	111993

C  BX571974.6	265918	GATCTACAGAGTGGATGGCAACATCAACAGCCACAGGTATCAAGACATTT	265869
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	111994	GATCTACAGAGTGGATGGCAACATCAACAGCCACAGGTATCAAGACATTT	112043

C  BX571974.6	265868	ATGCTGCACTTTACATTACAACCCACAGGAGAGAGCAAATTCTTCAGCAG	265819
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112044	ATGCTGCACTTTACATTACAACCCACAGGAGAGAGCAAATTCTTCAGCAG	112093

C  BX571974.6	265818	GATAGCGCTCCTTCTCATACTTCAGCCTCCACATTAAAGTTCCTGAAAGC	265769
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112094	GATAGCGCTCCTTCTCATACTTCAGCCTCCACATTAAAGTTCCTGAAAGC	112143

C  BX571974.6	265768	AAAAAAGGTCAAGGTGCTCCAGGATTGGCCAGACCAGTCACCAGACATGA	265719
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112144	AAAAAAGGTCAAGGTGCTCCAGGATTGGCCAGACCAGTCACCAGACATGA	112193

C  BX571974.6	265718	ACAATATTGAGCATGTCTGGGGTAAGATAAAGGAGGAGGTATTGAAGAGG	265669
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112194	ACAATATTGAGCATGTCTGGGGTAAGATAAAGGAGGAGGTATTGAAGAGG	112243

C  BX571974.6	265668	AATTCAAAGAATCTTGATGAACTCTGGGAGTCCTGCAAGATCGCTTTTTT	265619
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112244	AATTCAAAGAATCTTGATGAACTCTGGGAGTCCTGCAAGATCGCTTTTTT	112293

C  BX571974.6	265618	TTTTTTTTGCCATTCCATATGACCTTAATGATTAACAATTTGAGTCATTG	265569
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112294	TTTTTTTTGCCATTCCATATGACCTTAATGATTAACAATTTGAGTCATTG	112343

C  BX571974.6	265568	CAGAGATGTATGGATGCAGTCATCCAAGCTCATGGGAGTCATACACAATA	265519
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112344	CAGAGATGTATGGATGCAGTCATCCAAGCTCATGGGAGTCATACACAATA	112393

C  BX571974.6	265518	TTAATTCGGTCAAACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGTTAATTAAT	265469
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112394	TTAATTCGGTCAAACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGTTAATTAAT	112443

C  BX571974.6	265468	GCATTTACTAACATAAACAAACATTGAACAATACATTTACGGCTGTATTG	265419
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112444	GCATTTACTAACATAAACAAACATTGAACAATACATTTACGGCTGTATTG	112493

C  BX571974.6	265418	GTTCATGTTAGTTAACGTTAGTTAATGGAAATACAGTAGTTCATTGTTAC	265369
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112494	GTTCATGTTAGTTAACGTTAGTTAATGGAAATACAGTAGTTCATTGTTAC	112543

C  BX571974.6	265368	TGTAGTTCATGTTAACTCATGGTGCATTAAGTAATGTTAACAAGCATGGA	265319
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112544	TGTAGTTCATGTTAACTCATGGTGCATTAAGTAATGTTAACAAGCATGGA	112593

C  BX571974.6	265318	CTTGGATGTTAATAATGCATTAGTAAATGTTGTACATGTGTTGTTCATGA	265269
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112594	CTTGGATGTTAATAATGCATTAGTAAATGTTGTACATGTGTTGTTCATGA	112643

C  BX571974.6	265268	TTAGTTCATGTTAGTAAATGCATTAACTAAGAAACCTTATTGTAAAGTGT	265219
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112644	TTAGTTCATGTTAGTAAATGCATTAACTAAGAAACCTTATTGTAAAGTGT	112693

C  BX571974.6	265218	TACCATTAATTCTTTTTCCACTGCACCCTGACTTTATATTCTATGCTGTA	265169
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112694	TACCATTAATTCTTTTTCCACTGCACCCTGACTTTATATTCTATGCTGTA	112743

C  BX571974.6	265168	CATTATTTCTGTAAAGTGACAAGACTTTGGCAAAAGAAAAGTCAAATCTT	265119
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112744	CATTATTTCTGTAAAGTGACAAGACTTTGGCAAAAGAAAAGTCAAATCTT	112793

C  BX571974.6	265118	TCTGACCTAATTAAATAATCAAAAATCAAGGCTTGATCATATTTTATTTA	265069
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112794	TCTGACCTAATTAAATAATCAAAAATCAAGGCTTGATCATATTTTATTTA	112843

C  BX571974.6	265068	GGTAAAATAAGCATATTCTAGAGGCCTTTGCCCCTTATATTAGCCACTTT	265019
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR356224.5	112844	GGTAAAATAAGCATATTCTAGAGGCCTTTGCCCCTTATATTAGCCACTTT	112893

Overview

Query
BX571974.6 - 267018 bps
Hit
CR356224.5 - 112893 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019332000265019267018-11108941128931
283.05100236138786139021133106333351
388.1585135260934261068133200333341
487.1666109239787239895-137871379791
584.81187363242643243005137872382331
683.47172362241975242336-137873382411
782.441503338758787919-137897382321
884.1281167113666113832138520386891
991.84429600266419267018145433460321
1090140228169029169256-147008472371
1182.53120369116144116512147010473641
1298.02661019537395473-147264473641
1395116141109177109317152392525311
1492.2597129225304225432-152403525311
1581.211524312656526995166676671061
1688.7384133225300225432178538786701
1777.9271249231839232087-179573798121
1893.67121157142378142534180893810501
1991.74431582142376142957186865874451
2085.38289585178461179045192207928011
2185.62143315183186183500-11123991126971
Short-link