<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX324002.8	178173	GAATTCCTGTTATCTGCATCTATACTGTTCTTATTCATTTGTTCTTCCAC	178124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15275	GAATTCCTGTTATCTGCATCTATACTGTTCTTATTCATTTGTTCTTCCAC	15324

C  BX324002.8	178123	TTATGATTATTATTGGATTTCTGCTCTAAAAGTGTCTCATACAAAACTAT	178074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15325	TTATGATTATTATTGGATTTCTGCTCTAAAAGTGTCTCATACAAAACTAT	15374

C  BX324002.8	178073	AAAAAAAAACACAAAATTTGGAAAGGATGGACCCAAATATCCCTCACTTC	178024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15375	AAAAAAAAACACAAAATTTGGAAAGGATGGACCCAAATATCCCTCACTTC	15424

C  BX324002.8	178023	TCAGTTGTACACTTACACTGATCTGACCGTAAGCGGTGTTATAATTACAA	177974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15425	TCAGTTGTACACTTACACTGATCTGACCGTAAGCGGTGTTATAATTACAA	15474

C  BX324002.8	177973	CTTTTAAATTTTTAGTAGTTTTTCTGTAAACACACACGTTATTAACTGTT	177924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15475	CTTTTAAATTTTTAGTAGTTTTTCTGTAAACACACACGTTATTAACTGTT	15524

C  BX324002.8	177923	AATAAGTGTTATGATTGCCAGATCTTTAGTTAGTCAATTTATAATAAATT	177874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15525	AATAAGTGTTATGATTGCCAGATCTTTAGTTAGTCAATTTATAATAAATT	15574

C  BX324002.8	177873	AACAACATGTCAAGATTTAGTTGTCAATTTAATTTGTATATTTATCCTTG	177824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15575	AACAACATGTCAAGATTTAGTTGTCAATTTAATTTGTATATTTATCCTTG	15624

C  BX324002.8	177823	TTGTTTAACATCAATTTTTATTTAAATTTGATATCTTTTCAACAATAGCA	177774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15625	TTGTTTAACATCAATTTTTATTTAAATTTGATATCTTTTCAACAATAGCA	15674

C  BX324002.8	177773	CCCCAAATTACTGTACTTGGACCTGTGAATGTCGCTTGCAGCTATATTTT	177724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15675	CCCCAAATTACTGTACTTGGACCTGTGAATGTCGCTTGCAGCTATATTTT	15724

C  BX324002.8	177723	TATTCAACACAGACTCATTATTGATACGTACCCCAGAAAACATTTCTGGA	177674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15725	TATTCAACACAGACTCATTATTGATACGTACCCCAGAAAACATTTCTGGA	15774

C  BX324002.8	177673	GTGTGCGAAACACATCCCAGGAGGTGAGTATTTTTGCAGTTTTCACGAAT	177624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15775	GTGTGCGAAACACATCCCAGGAGGTGAGTATTTTTGCAGTTTTCACGAAT	15824

C  BX324002.8	177623	CCACAAGAGGCCGCTGTGCACGCTTTTACAGATCTCAAGTTTCTCTTGTG	177574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15825	CCACAAGAGGCCGCTGTGCACGCTTTTACAGATCTCAAGTTTCTCTTGTG	15874

C  BX324002.8	177573	TGCCATTCACACCGCCTGTTCTCGCGTAAATCCACCTGAGGTCACTGTCA	177524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15875	TGCCATTCACACCGCCTGTTCTCGCGTAAATCCACCTGAGGTCACTGTCA	15924

C  BX324002.8	177523	ACCAACTGACTGACTGACTGGCCGATGGACTGACCAATCCCACTTCCCTA	177474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15925	ACCAACTGACTGACTGACTGGCCGATGGACTGACCAATCCCACTTCCCTA	15974

C  BX324002.8	177473	AACCCAAACGACAGTGTTTTCAAAAGCAACTAATAAAAAGAAAAGCTCTC	177424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	15975	AACCCAAACGACAGTGTTTTCAAAAGCAACTAATAAAAAGAAAAGCTCTC	16024

C  BX324002.8	177423	ACAGCCAGCAGATTTTTAGCATGTTTTCAGATCTTACCACGTTCTCACGC	177374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16025	ACAGCCAGCAGATTTTTAGCATGTTTTCAGATCTTACCACGTTCTCACGC	16074

C  BX324002.8	177373	TGTTATTTGCTTGTTTATTTAATTTTTTGCCTTTTGTTTTTGTTTTACCT	177324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16075	TGTTATTTGCTTGTTTATTTAATTTTTTGCCTTTTGTTTTTGTTTTACCT	16124

C  BX324002.8	177323	GTTGTCTGGAACCGTTCTTCGCCTGACTCGAACCCCATCATCGCAGTCAA	177274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16125	GTTGTCTGGAACCGTTCTTCGCCTGACTCGAACCCCATCATCGCAGTCAA	16174

C  BX324002.8	177273	CTCCTCTCAACTTGTCCATAGCATTTGTTTTAAAGACAAAATGCAGTAAT	177224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16175	CTCCTCTCAACTTGTCCATAGCATTTGTTTTAAAGACAAAATGCAGTAAT	16224

C  BX324002.8	177223	AAATAACTCTGGCTACATAATTCACACGCTCTAGAAATAAATACGGGGGT	177174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16225	AAATAACTCTGGCTACATAATTCACACGCTCTAGAAATAAATACGGGGGT	16274

C  BX324002.8	177173	ACATTTTCACAATAAACCCGTGTTGATTTTATTAATTACAATTATATCAG	177124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16275	ACATTTTCACAATAAACCCGTGTTGATTTTATTAATTACAATTATATCAG	16324

C  BX324002.8	177123	TGTTGACTTTTGAAATTTTCTTTTATGTTTTTTTTTCTAGTACAGACAAC	177074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16325	TGTTGACTTTTGAAATTTTCTTTTATGTTTTTTTTTCTAGTACAGACAAC	16374

C  BX324002.8	177073	AATGTTCAAATAAAATGATCCCTGTTCACACGGATCAATGAAGGCAATGA	177024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16375	AATGTTCAAATAAAATGATCCCTGTTCACACGGATCAATGAAGGCAATGA	16424

C  BX324002.8	177023	AAATGCCAAGCCAGTAGTTGGCAATGTGACTTGTAAAGAAGCAAATATGG	176974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16425	AAATGCCAAGCCAGTAGTTGGCAATGTGACTTGTAAAGAAGCAAATATGG	16474

C  BX324002.8	176973	GTACACAAATATGGGCCGCAGTCTTCGATTGGGGCCAAAATGAGCCAAAA	176924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16475	GTACACAAATATGGGCCGCAGTCTTCGATTGGGGCCAAAATGAGCCAAAA	16524

C  BX324002.8	176923	TGTGGTTGGTTTCAGTTAAAAGCCAACATTTTTAAATCTGGCTACTTCTG	176874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16525	TGTGGTTGGTTTCAGTTAAAAGCCAACATTTTTAAATCTGGCTACTTCTG	16574

C  BX324002.8	176873	TTTTAATGATCTATATTCTTTCATGTCATTGCTCAATTTGAATGCCTTTT	176824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16575	TTTTAATGATCTATATTCTTTCATGTCATTGCTCAATTTGAATGCCTTTT	16624

C  BX324002.8	176823	GATTCTGTCAACCTATTTGTCATCACACACTGCAGTGTGCGTTTTTTTTT	176774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16625	GATTCTGTCAACCTATTTGTCATCACACACTGCAGTGTGCGTTTTTTTTT	16674

C  BX324002.8	176773	TTTTTTTACCTCTGATCATGTATCGTCAGCTTATTTATTTAAGCTTAACA	176724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16675	TTTTTTTACCTCTGATCATGTATCGTCAGCTTATTTATTTAAGCTTAACA	16724

C  BX324002.8	176723	GCCAACGTAGAGACAGAGAGAGTCTGCGATGTAAACATGACTAATGTCAT	176674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16725	GCCAACGTAGAGACAGAGAGAGTCTGCGATGTAAACATGACTAATGTCAT	16774

C  BX324002.8	176673	GCTTATATCCGGTGTTAAGATGTGTTTTGGTCCATCGGATCACAGGTAAA	176624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16775	GCTTATATCCGGTGTTAAGATGTGTTTTGGTCCATCGGATCACAGGTAAA	16824

C  BX324002.8	176623	ACAAGACACAAGAATCTGGCAAATAAATGTACTTCTCTGATCTTTCAATC	176574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16825	ACAAGACACAAGAATCTGGCAAATAAATGTACTTCTCTGATCTTTCAATC	16874

C  BX324002.8	176573	TAATACCATGAAAAAAAAGAAAAAGATCAATCGTGCTTTTTGTCAACATT	176524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16875	TAATACCATGAAAAAAAAGAAAAAGATCAATCGTGCTTTTTGTCAACATT	16924

C  BX324002.8	176523	TGACCAGTTAGTACCCAATTGAATACCTATGAACATGTTATGCAGTGAGG	176474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16925	TGACCAGTTAGTACCCAATTGAATACCTATGAACATGTTATGCAGTGAGG	16974

C  BX324002.8	176473	TTTATCTCCTTCGTTTCCAACGTGTTACTGTTATCTAGTACAGAATTTAA	176424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	16975	TTTATCTCCTTCGTTTCCAACGTGTTACTGTTATCTAGTACAGAATTTAA	17024

C  BX324002.8	176423	ACTGTTTTATGTTTAACCTGTATATTATATACACCATTGTCTTCATTTAA	176374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	17025	ACTGTTTTATGTTTAACCTGTATATTATATACACCATTGTCTTCATTTAA	17074

C  BX324002.8	176373	ATGTGTTAGATTGTTAAATAAATATTTAACAATATTAAAAGTTTTTATAC	176324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	17075	ATGTGTTAGATTGTTAAATAAATATTTAACAATATTAAAAGTTTTTATAC	17124

C  BX324002.8	176323	TGGGTGATATGTAAAGTTAAGTTTTGTGTCTAGGTAATGATACACAGGGC	176274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	17125	TGGGTGATATGTAAAGTTAAGTTTTGTGTCTAGGTAATGATACACAGGGC	17174

C  BX324002.8	176273	TACTTTTTGAGCAGTGTTGTTGGCCAATATTCTAGAGTGGTGTTGCTTGT	176224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	17175	TACTTTTTGAGCAGTGTTGTTGGCCAATATTCTAGAGTGGTGTTGCTTGT	17224

C  BX324002.8	176223	CTACTTTGCTGCTGAAAATAAGCAAACATTTTTTAACAAAGAAATCAGAA	176174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354597.8	17225	CTACTTTGCTGCTGAAAATAAGCAAACATTTTTTAACAAAGAAATCAGAA	17274

Overview

Query
BX324002.8 - 178173 bps
Hit
CR354597.8 - 17274 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019242000176174178173-115275172741
286.222073841566241570071279131531
380.461093101602411605501284731531
482.765211578514786281290630211
580.23298150662150759-1296730671
678.927737755833562091591162801
798.6540741471681472411645165241
8100377056283563521645565241
9100346934993350611645665241
10100346947575476431645665241
11100346974541746091645665241
1210035711261511262211645665261
1310034691357211357891645665241
1410034703499135060-1645665251
1510034694757647644-1645665241
1610034695628556353-1645665241
1710034707453974608-1645665251
181003469126134126202-1645665241
191003469135720135788-1645665241
201003469147174147242-1645665241
21100316377215772771646465261
2298.6132727720477275-1646565361
2387.672123861262881266731705574351
2493.26270382150942151323-110488108731
Short-link