<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR352235.8	1	ACGTGGCTAAATCATAGAAGATGAGGATTTTAGAAAGTGTGCAGGAGTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216092	ACGTGGCTAAATCATAGAAGATGAGGATTTTAGAAAGTGTGCAGGAGTAT	216141

CR352235.8	51	ACGTTTGAAGAGCATCAGACTGTGAGAAGTAAATATTGACTATTTTACAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216142	ACGTTTGAAGAGCATCAGACTGTGAGAAGTAAATATTGACTATTTTACAA	216191

CR352235.8	101	CATTTGACCAGGAGCAAGAGCAGATGGCAAAATAACTGGGGAAATGTGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216192	CATTTGACCAGGAGCAAGAGCAGATGGCAAAATAACTGGGGAAATGTGCT	216241

CR352235.8	151	TTCCAAGAGAGTTTTAGACATAATATGTGTGCTGCAGAGAAACTGCCATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216242	TTCCAAGAGAGTTTTAGACATAATATGTGTGCTGCAGAGAAACTGCCATT	216291

CR352235.8	201	TATGTAAGAGTTTCTAGAGGAGATCATAAAGTAAAGAATTACAAGCCACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216292	TATGTAAGAGTTTCTAGAGGAGATCATAAAGTAAAGAATTACAAGCCACA	216341

CR352235.8	251	CAACTTTGATTCTGATTTTAACAAAATTCAGTTGAATAAAATTTCAGGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216342	CAACTTTGATTCTGATTTTAACAAAATTCAGTTGAATAAAATTTCAGGTT	216391

CR352235.8	301	AATAAAGATAATATTAAAATAATGATAGTCAATCACAGACCTTTAGGAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216392	AATAAAGATAATATTAAAATAATGATAGTCAATCACAGACCTTTAGGAAA	216441

CR352235.8	351	GTTTCTCCTCTTTCTTCATACTCAAACTTGCAGTCTGTGCGCTGGAGAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216442	GTTTCTCCTCTTTCTTCATACTCAAACTTGCAGTCTGTGCGCTGGAGAAT	216491

CR352235.8	401	GTTGATCGTCGACTGACTCACATGAATTCGTAGCGCTGCAATGAGGAGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216492	GTTGATCGTCGACTGACTCACATGAATTCGTAGCGCTGCAATGAGGAGAA	216541

CR352235.8	451	TAATGAAGAATAAAAAAAATAAACAGACTGATGCCTAGTTAAGTAAGCTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216542	TAATGAAGAATAAAAAAAATAAACAGACTGATGCCTAGTTAAGTAAGCTA	216591

CR352235.8	501	GTCAATGGATTAACAGTATCTACTGACAGTCATTTTTATTTGATCATTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216592	GTCAATGGATTAACAGTATCTACTGACAGTCATTTTTATTTGATCATTTT	216641

CR352235.8	551	CTCAATATTAGTAACTGAATTTTCTGCATTATTTTACTGCACTTCAGTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216642	CTCAATATTAGTAACTGAATTTTCTGCATTATTTTACTGCACTTCAGTCT	216691

CR352235.8	601	TTGGTAACACACAATTATTATAATATACTGATTTGGTACTTTAATGATTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216692	TTGGTAACACACAATTATTATAATATACTGATTTGGTACTTTAATGATTA	216741

CR352235.8	651	AAATGGTTGAGCAGCTTAATATTTTTATTTTGAGACCATTGTAAAAAAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216742	AAATGGTTGAGCAGCTTAATATTTTTATTTTGAGACCATTGTAAAAAAAC	216791

CR352235.8	701	AATTACACAGTAATAACGTATTTACTCACGTAGACCTGTGGACTCCATAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216792	AATTACACAGTAATAACGTATTTACTCACGTAGACCTGTGGACTCCATAC	216841

CR352235.8	751	GAGATGCTGTATTGACGGTGTCTCCAAACAGGCAGTATCGCGGCATCTTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216842	GAGATGCTGTATTGACGGTGTCTCCAAACAGGCAGTATCGCGGCATCTTA	216891

CR352235.8	801	ATTCCCACAACACCAGCAGCACAGGGTCCTGCACACATGCAATATTAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216892	ATTCCCACAACACCAGCAGCACAGGGTCCTGCACACATGCAATATTAATA	216941

CR352235.8	851	ATATTAATATATAACATAACATTAATAATAACATGTAGTATTAATATTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216942	ATATTAATATATAACATAACATTAATAATAACATGTAGTATTAATATTTA	216991

CR352235.8	901	CTGGAGAAGATGAATATATATATATATATATATATATATATATTATTTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	216992	CTGGAGAAGATGAATATATATATATATATATATATATATATATTATTTAA	217041

CR352235.8	951	AATATTTTTCAAACCCGTATTTCGAATTGCTTTCAAAAAAAAGTACACTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217042	AATATTTTTCAAACCCGTATTTCGAATTGCTTTCAAAAAAAAGTACACTC	217091

CR352235.8	1001	AGCAAGACTATATTATAGTAATATTATATACTTTCATGTTATTTTAAAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217092	AGCAAGACTATATTATAGTAATATTATATACTTTCATGTTATTTTAAAGT	217141

CR352235.8	1051	TTTACCTAAAGACAACATTGCCAAAAACACTGTTCACATGTGCAGATGTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217142	TTTACCTAAAGACAACATTGCCAAAAACACTGTTCACATGTGCAGATGTG	217191

CR352235.8	1101	TTAAACTTCATAAACAAACACTAAATGGCATAGTCTGAACACGCAATTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217192	TTAAACTTCATAAACAAACACTAAATGGCATAGTCTGAACACGCAATTAG	217241

CR352235.8	1151	GTAAAAACTTCAAGCCTTTTTTAATAGTTACTGTTTTAAGCCAACAAAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217242	GTAAAAACTTCAAGCCTTTTTTAATAGTTACTGTTTTAAGCCAACAAAAA	217291

CR352235.8	1201	TTGGTAAATGAATTTTTTTACTCTAAAAACACCATGTAAATGAGCCTTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217292	TTGGTAAATGAATTTTTTTACTCTAAAAACACCATGTAAATGAGCCTTTC	217341

CR352235.8	1251	AATGGCGCACATGGAATCTGTACACGCAGAATTCAGCAGATTTTTAGCCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217342	AATGGCGCACATGGAATCTGTACACGCAGAATTCAGCAGATTTTTAGCCC	217391

CR352235.8	1301	ATCATTGATTCTGTTTATTTACTTGTGTAAATGTATGTACATTTACAATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217392	ATCATTGATTCTGTTTATTTACTTGTGTAAATGTATGTACATTTACAATT	217441

CR352235.8	1351	ATTCAGTTTTTAGATTGATTTCAGTAATTGTATTGCCTAAAATTAAAATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217442	ATTCAGTTTTTAGATTGATTTCAGTAATTGTATTGCCTAAAATTAAAATA	217491

CR352235.8	1401	TTCATATGATTTAATTACAATACAGTTTGTAAAGTAAAATGTTGTGTCGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217492	TTCATATGATTTAATTACAATACAGTTTGTAAAGTAAAATGTTGTGTCGT	217541

CR352235.8	1451	TCAGTAGATATTTTATACGACAAACTTACTTTGTTGACCAAATAAAGTGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217542	TCAGTAGATATTTTATACGACAAACTTACTTTGTTGACCAAATAAAGTGG	217591

CR352235.8	1501	ATCTAATTGGTTTTGCATTGCAAACATTAAATACAAGTTAAAAAGGTATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217592	ATCTAATTGGTTTTGCATTGCAAACATTAAATACAAGTTAAAAAGGTATT	217641

CR352235.8	1551	ACTTTTTAGTTCATATATTAAGGTTTTAGTTATGATACTCCCAAAATCAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217642	ACTTTTTAGTTCATATATTAAGGTTTTAGTTATGATACTCCCAAAATCAT	217691

CR352235.8	1601	TCCGCATACATCCACAGATTTTTAACACAATTCTGTGCAGAAATAGCAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217692	TCCGCATACATCCACAGATTTTTAACACAATTCTGTGCAGAAATAGCAAA	217741

CR352235.8	1651	AAAAGTCAGCAGATTTCGCCTGGCCCTAGTCATGACAGATTTTTTGATTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217742	AAAAGTCAGCAGATTTCGCCTGGCCCTAGTCATGACAGATTTTTTGATTA	217791

CR352235.8	1701	CGGTGTCTTTGTTACAGTTTAACAATTTGTTTAAATACCGAGTGAAATGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217792	CGGTGTCTTTGTTACAGTTTAACAATTTGTTTAAATACCGAGTGAAATGA	217841

CR352235.8	1751	ATTCTCTACATGTATAGTTGGGATGAGAGTTATGTTTAGTTGCATGTGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217842	ATTCTCTACATGTATAGTTGGGATGAGAGTTATGTTTAGTTGCATGTGAT	217891

CR352235.8	1801	TATGCATAAATAATTGTGATCACTACAGTAAGTGCTTGGTTAATGTGTAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217892	TATGCATAAATAATTGTGATCACTACAGTAAGTGCTTGGTTAATGTGTAA	217941

CR352235.8	1851	TGACACCAGTGTTTCCTATTTTTTATATAAATATAACATAGATGCTTCAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217942	TGACACCAGTGTTTCCTATTTTTTATATAAATATAACATAGATGCTTCAC	217991

CR352235.8	1901	ATATGTTTTAACATTTTTCTTACAGCATCAACACTCCCTTGCTTTTGCAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	217992	ATATGTTTTAACATTTTTCTTACAGCATCAACACTCCCTTGCTTTTGCAC	218041

CR352235.8	1951	AGTGCTGTATTGTGATTAGTGTTTTGACAACATTATCCAAATCAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354584.8	218042	AGTGCTGTATTGTGATTAGTGTTTTGACAACATTATCCAAATCAAAGCTT	218091

Overview

Query
CR352235.8 - 83709 bps
Hit
CR354584.8 - 218091 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100188920001200012160922180911
288.63255686083161398126149267091
384.091352643383434097-134995352581
490.4859843362833711-135372354551
589.87537977307808135666357441
679.28732192094621164135669358901
782.34911579438057135885359971
883.067917970867264-170293704751
989.55421322596126092173744738771
1085.651322456263962883-11038791041221
1185.911613105357566611141481144591
1284.54561113720137311-11155471156561
1382.2711230430983401-11378561381711
1482.4913632653425667-11441351444711
1590.125581666996677911443951444751
1693.3348607091170970-11485651486241
1788.4644787055270629-11489201489971
1888.361946669866791-11990451991381
1983.24861785342551911990611992391
2081.38118333311343146612173542176861
Short-link