<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR388138.29	1	TAAAGTTGCACAAATAAGTACTGAGCAATGTTCAATATACTCACTGAATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225075	TAAAGTTGCACAAATAAGTACTGAGCAATGTTCAATATACTCACTGAATT	225124

CR388138.29	51	AATGTTTGGAATAGGTTTGATTTAAGATTAGTTACATTGTAATTATGTCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225125	AATGTTTGGAATAGGTTTGATTTAAGATTAGTTACATTGTAATTATGTCC	225174

CR388138.29	101	AATTCTTTACAGTATAACTATAATATACAGTATAATATTATTACAGTGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225175	AATTCTTTACAGTATAACTATAATATACAGTATAATATTATTACAGTGAT	225224

CR388138.29	151	TAAGTAGATTAATTGTAGATTCATTTAAATATATAGCCTAAAAATATTTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225225	TAAGTAGATTAATTGTAGATTCATTTAAATATATAGCCTAAAAATATTTG	225274

CR388138.29	201	CATTTCTATTATTATAGAATTTACACAATATTTTATCTGTGTTTACCAAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225275	CATTTCTATTATTATAGAATTTACACAATATTTTATCTGTGTTTACCAAC	225324

CR388138.29	251	CTTATATGTTCATTTCTTAGAGAGCACATCAGTAAGATTAATTCATGATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225325	CTTATATGTTCATTTCTTAGAGAGCACATCAGTAAGATTAATTCATGATC	225374

CR388138.29	301	AATATCTGGATATCACCCAGCATTTTCATTTCTTACGGAATAATAAATCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225375	AATATCTGGATATCACCCAGCATTTTCATTTCTTACGGAATAATAAATCA	225424

CR388138.29	351	ACTATTGCATTTATTATTACATTATACATTAAAAACATAATATTATTAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225425	ACTATTGCATTTATTATTACATTATACATTAAAAACATAATATTATTAAT	225474

CR388138.29	401	AATAATATTAACAACAACAACAACAACAATATTAATAAGTGATGGTGATG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225475	AATAATATTAACAACAACAACAACAACAATATTAATAAGTGATGGTGATG	225524

CR388138.29	451	AGGTGGGTAGATAAAAACAGACTCACCAACAAAGCAGAATTCCTTCCTCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225525	AGGTGGGTAGATAAAAACAGACTCACCAACAAAGCAGAATTCCTTCCTCT	225574

CR388138.29	501	TTGATGAGACCAGAGTGTGTTTGTCTGGAAAAAATAAATCGCAATAAATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225575	TTGATGAGACCAGAGTGTGTTTGTCTGGAAAAAATAAATCGCAATAAATG	225624

CR388138.29	551	AATAAAGAAATGAATTTATATACAAAACACAAACATTTTAAGAATTTGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225625	AATAAAGAAATGAATTTATATACAAAACACAAACATTTTAAGAATTTGCA	225674

CR388138.29	601	CTTTTAAGATGGGGAAATGCAAATTCACAGAAGCTAAACAAAGCTGAATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225675	CTTTTAAGATGGGGAAATGCAAATTCACAGAAGCTAAACAAAGCTGAATT	225724

CR388138.29	651	ATCAACTATTAGCAAATCATAATTTGTTAACAAATGTTTGTGAAGAAAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225725	ATCAACTATTAGCAAATCATAATTTGTTAACAAATGTTTGTGAAGAAAAA	225774

CR388138.29	701	TAATTCTCATTAAATATTTAACAATTTTAAAATTGTAATTATTTAATTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225775	TAATTCTCATTAAATATTTAACAATTTTAAAATTGTAATTATTTAATTTT	225824

CR388138.29	751	TAAATATATATTGAAATCCAGCATCTAATTAGATTAAGCATTAAATAGAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225825	TAAATATATATTGAAATCCAGCATCTAATTAGATTAAGCATTAAATAGAT	225874

CR388138.29	801	TCTATATCCTATATGTCCTATGAGAACTCAATGAGCGATTGAGTCAGTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225875	TCTATATCCTATATGTCCTATGAGAACTCAATGAGCGATTGAGTCAGTGT	225924

CR388138.29	851	TGTGTGTGTTTGTGTTTCAGGCGTGTGACAGGGATGTGCAGTGTGGTGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225925	TGTGTGTGTTTGTGTTTCAGGCGTGTGACAGGGATGTGCAGTGTGGTGTG	225974

CR388138.29	901	GGTCTCTGCTGTGCTGTGAGTCTGTGGCTCCGAGGTCTCCGCATGTGCAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	225975	GGTCTCTGCTGTGCTGTGAGTCTGTGGCTCCGAGGTCTCCGCATGTGCAC	226024

CR388138.29	951	ACCGCAGGGGCTGGAGGGAGACGAATGCCATCCATACAGCCACAAGGTAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226025	ACCGCAGGGGCTGGAGGGAGACGAATGCCATCCATACAGCCACAAGGTAC	226074

CR388138.29	1001	ACAGATACATAAATACACTCATAAACCGCCATTCAGAGCCAGGAGAAACC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226075	ACAGATACATAAATACACTCATAAACCGCCATTCAGAGCCAGGAGAAACC	226124

CR388138.29	1051	CTTCTGGAAGATCAAGCTGATCTATAGAGCCCTGCGGTAACAATTAAGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226125	CTTCTGGAAGATCAAGCTGATCTATAGAGCCCTGCGGTAACAATTAAGAG	226174

CR388138.29	1101	CCAAGGAGAAAGGAAGAACAAAGCACAGACTATAATATTTTTGATTAGCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226175	CCAAGGAGAAAGGAAGAACAAAGCACAGACTATAATATTTTTGATTAGCC	226224

CR388138.29	1151	AGAACAGACAATTAAGCTTATATCAGAGGAAAAAGTCATTAGTTATGTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226225	AGAACAGACAATTAAGCTTATATCAGAGGAAAAAGTCATTAGTTATGTTT	226274

CR388138.29	1201	ACTAAATTAAACTGTGCTTAACATTTTTACTTTCACTCTAAGAATATATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226275	ACTAAATTAAACTGTGCTTAACATTTTTACTTTCACTCTAAGAATATATA	226324

CR388138.29	1251	TTTTTTGCTGTTAATTTGTGTTTCTGACACCACTCTTTGCAAATTTTTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226325	TTTTTTGCTGTTAATTTGTGTTTCTGACACCACTCTTTGCAAATTTTTTT	226374

CR388138.29	1301	TTGTTTGTTTTAATGATAATCTACAGGCAAAAGAACCAGGGAGTTACAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226375	TTGTTTGTTTTAATGATAATCTACAGGCAAAAGAACCAGGGAGTTACAAT	226424

CR388138.29	1351	GCCTGTTAAAAGATTAATTCAATAAATGATATTAACCTTCCTTAATATAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226425	GCCTGTTAAAAGATTAATTCAATAAATGATATTAACCTTCCTTAATATAT	226474

CR388138.29	1401	ATATACTACTATATTAAAATAATTTCTTATGTTGAATCACATTGACTTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226475	ATATACTACTATATTAAAATAATTTCTTATGTTGAATCACATTGACTTTG	226524

CR388138.29	1451	TTTTACTTGCCTACATTTTTGTTTTGTAGTCCTATTAACACTATAAGCTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226525	TTTTACTTGCCTACATTTTTGTTTTGTAGTCCTATTAACACTATAAGCTC	226574

CR388138.29	1501	TTCACAATGTTAATTAAAATAAAATTGAAATGTTAAATAAACAAATTTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226575	TTCACAATGTTAATTAAAATAAAATTGAAATGTTAAATAAACAAATTTGT	226624

CR388138.29	1551	GCAGTTTGTCTGCAAAAAGACAGATTAACACAACTCATTGTGATTATATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226625	GCAGTTTGTCTGCAAAAAGACAGATTAACACAACTCATTGTGATTATATA	226674

CR388138.29	1601	TTATATGTGATTATATAATGTGTTAGTTGTGTTAATGCACTCCAAAAAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226675	TTATATGTGATTATATAATGTGTTAGTTGTGTTAATGCACTCCAAAAAAT	226724

CR388138.29	1651	AATAATAATAATAATAATAATGCTGGGTTCCCCCCAATCGATTTGTGTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226725	AATAATAATAATAATAATAATGCTGGGTTCCCCCCAATCGATTTGTGTTG	226774

CR388138.29	1701	GGAAAACATGAAGAAATTAAGTTAACTTGATTTAACGTAATTTCAACAAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226775	GGAAAACATGAAGAAATTAAGTTAACTTGATTTAACGTAATTTCAACAAG	226824

CR388138.29	1751	TTGATTGAATATAAAACAATTAAGTTTTCCCCCCATCATTTTTAACCTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226825	TTGATTGAATATAAAACAATTAAGTTTTCCCCCCATCATTTTTAACCTCT	226874

CR388138.29	1801	AAATCCCTAGAGAACATTTAAGACTAATTTTACCTATGTTAATTCTGCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226875	AAATCCCTAGAGAACATTTAAGACTAATTTTACCTATGTTAATTCTGCAT	226924

CR388138.29	1851	GAGCAAAACCATGTTTTCTGCCAACTACAAATCTGCCAGTTTAAGTTGAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226925	GAGCAAAACCATGTTTTCTGCCAACTACAAATCTGCCAGTTTAAGTTGAT	226974

CR388138.29	1901	TCAATTTAAGTTCCTTTTAATACAATCATATTTTGAGTTCAAGTAACTCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	226975	TCAATTTAAGTTCCTTTTAATACAATCATATTTTGAGTTCAAGTAACTCT	227024

CR388138.29	1951	TTTCTATTAAGTACACTGAACATTTGTTAAATTTGTGAGTGAAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354582.14	227025	TTTCTATTAAGTACACTGAACATTTGTTAAATTTGTGAGTGAAAGAATTC	227074

Overview

Query
CR388138.29 - 232320 bps
Hit
CR354582.14 - 227074 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100186920001200012250752270741
287.372965543044630999168940694931
385.1203456103107103562-168997694591
485.31206456155370155825-168997694591
586.61239466206883207348-168997694591
685.3213451224531224981-169043694911
784.83201493206856207348182539830191
888.22173319206884207202-194996953091
984.852205083048830995-11213491218561
1084.7920044922453322498111213491217951
1181.99201628304433107011761151767081
1288.75193337207013207349-11761751765121
1384.13487986649186590311818801828561
1484.1348798612425712524211818801828561
1584.1348798617654117752611818801828561
1690.57335528304723099911918921924211
1785.38205455155370155824-11919231923871
1886.66237465206883207347-11919231923871
1985207451224531224981-11919671924191
2086.082795543044630999-12225522231041
2187.2523144322453322497512225562229941
2285.2520545610310710356212225862230461
2386.5523946620688320734812225862230461
2485.8820844115538515582512226012230461
2587.9719336920686820723612242482246211
2688.071843443062230965-12242632246141
Short-link