<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX000689.17	143526	AAGCTTGCCCCCTAAAATGTATCTAAACTATGCCACTGTGCTTCTTTAAA	143477
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	23496	AAGCTTGCCCCCTAAAATGTATCTAAACTATGCCACTGTGCTTCTTTAAA	23545

C  BX000689.17	143476	GGTTCACGAAACCCTCAAGTACTTTTTTTGAGATTTTAACAGATTTGTGA	143427
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	23546	GGTTCACGAAACCCTCAAGTACTTTTTTTGAGATTTTAACAGATTTGTGA	23595

C  BX000689.17	143426	GAGTTAAGCATCAGTTAAGACAATGTTAGCACCTGTTAGCTTTAATTGTG	143377
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	23596	GAGTTAAGCATCAGTTAAGACAATGTTAGCACCTGTTAGCTTTAATTGTG	23645

C  BX000689.17	143376	GGGAAAACTGGGTAATTTTGAGCTTTTGTCAGCTCCTTTCTTCCGGGTTT	143327
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	23646	GGGAAAACTGGGTAATTTTGAGCTTTTGTCAGCTCCTTTCTTCCGGGTTT	23695

C  BX000689.17	143326	AAAATGATTTTTGGGGCGGGTTCAAAATGGGCGACGTAGCGCAGAACTAC	143277
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	23696	AAAATGATTTTTGGGGCGGGTTCAAAATGGGCGACGTAGCGCAGAACTAC	23745

C  BX000689.17	143276	AAGTGCAAAGATAATGCGTTGGTTTCTCATTTTTATTCATAATGGAGCTT	143227
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	23746	AAGTGCAAAGATAATGCGTTGGTTTCTCATTTTTATTCATAATGGAGCTT	23795

C  BX000689.17	143226	TCTTATCCTATGAGAAGAGCCTGCTTCTTAATTATTCATGAGAGCTAATG	143177
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	23796	TCTTATCCTATGAGAAGAGCCTGCTTCTTAATTATTCATGAGAGCTAATG	23845

C  BX000689.17	143176	CTTTCTGAAGACAAAGCAGACCTGGCTGCCAGTGCCAAGCTCAGCTGTGA	143127
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	23846	CTTTCTGAAGACAAAGCAGACCTGGCTGCCAGTGCCAAGCTCAGCTGTGA	23895

C  BX000689.17	143126	AATTCTATGTTGATGACTGGGTGAGACGCATCCGCGGACTCACTGTACGT	143077
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	23896	AATTCTATGTTGATGACTGGGTGAGACGCATCCGCGGACTCACTGTACGT	23945

C  BX000689.17	143076	ATTATTTAGCCGTTCATGAAGGGTGTATGTGTTTGTTTCCATGATCCACG	143027
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	23946	ATTATTTAGCCGTTCATGAAGGGTGTATGTGTTTGTTTCCATGATCCACG	23995

C  BX000689.17	143026	TGGGTTTGTTGCATGTGAACCGAAGGTGGGGGTGTCATGGCTTTTTAAGA	142977
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	23996	TGGGTTTGTTGCATGTGAACCGAAGGTGGGGGTGTCATGGCTTTTTAAGA	24045

C  BX000689.17	142976	TAAGAATGCTGCTTGAAGACACCTCAAAGTTTCCAGGGGTGGGTGCCAAT	142927
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24046	TAAGAATGCTGCTTGAAGACACCTCAAAGTTTCCAGGGGTGGGTGCCAAT	24095

C  BX000689.17	142926	CAGTCTTAAATAATAGTTTTAAAAATCTTTTTTTTCCTACCCCACACGAA	142877
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24096	CAGTCTTAAATAATAGTTTTAAAAATCTTTTTTTTCCTACCCCACACGAA	24145

C  BX000689.17	142876	AAAAAAAAAAAAAAAAAAATCGTGATACGAACCGAATCGTGGGTCAAAAA	142827
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24146	AAAAAAAAAAAAAAAAAAATCGTGATACGAACCGAATCGTGGGTCAAAAA	24195

C  BX000689.17	142826	TCGTGATACGAACCGAATCGTGGGTTTGGTGTATCGTTACAGCCCTAATG	142777
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24196	TCGTGATACGAACCGAATCGTGGGTTTGGTGTATCGTTACAGCCCTAATG	24245

C  BX000689.17	142776	CCTATAAGACTTATTGTTTTTTTTTTAATAAAAAAAATGTTAAATATTAA	142727
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24246	CCTATAAGACTTATTGTTTTTTTTTTAATAAAAAAAATGTTAAATATTAA	24295

C  BX000689.17	142726	ATTTTTATAATCCGGGCATATAAAATAATTATGCAAGCCCCAAATTTGGC	142677
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24296	ATTTTTATAATCCGGGCATATAAAATAATTATGCAAGCCCCAAATTTGGC	24345

C  BX000689.17	142676	CAAAAGCTGTATTTAGATGCATTAGATTTTGTTGCTATATCTTTAAGGTT	142627
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24346	CAAAAGCTGTATTTAGATGCATTAGATTTTGTTGCTATATCTTTAAGGTT	24395

C  BX000689.17	142626	TATCAGACTTATAGTTTTCCAATAAATATTTTTTAAGCATTATTTTTCTT	142577
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24396	TATCAGACTTATAGTTTTCCAATAAATATTTTTTAAGCATTATTTTTCTT	24445

C  BX000689.17	142576	AAAATATGGCAAGCCGTTTTTGCATGCATCACTTTCACACGTATTAAGCA	142527
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24446	AAAATATGGCAAGCCGTTTTTGCATGCATCACTTTCACACGTATTAAGCA	24495

C  BX000689.17	142526	TTGTATTTTCAAAAAAAATACGGCAAGCCATTTTTACATAATGTTTATTC	142477
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24496	TTGTATTTTCAAAAAAAATACGGCAAGCCATTTTTACATAATGTTTATTC	24545

C  BX000689.17	142476	CCTTAGTCTCTTTATTAATCAGGGGTCGCCACAACTGAATGAACCGCCAA	142427
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24546	CCTTAGTCTCTTTATTAATCAGGGGTCGCCACAACTGAATGAACCGCCAA	24595

C  BX000689.17	142426	CTTATCCAGCATTTGTTTTACACAGCAAATGCCCTTCCAGCCGCAACCCA	142377
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24596	CTTATCCAGCATTTGTTTTACACAGCAAATGCCCTTCCAGCCGCAACCCA	24645

C  BX000689.17	142376	ACACCAGGAATACATAATGATCAAGTCCAGTTTTTGACACTCATAAAAAC	142327
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24646	ACACCAGGAATACATAATGATCAAGTCCAGTTTTTGACACTCATAAAAAC	24695

C  BX000689.17	142326	TGTCATAGAAACATCGGGGTTGATTAAGATCACTCATATTGCCAAGAAGC	142277
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24696	TGTCATAGAAACATCGGGGTTGATTAAGATCACTCATATTGCCAAGAAGC	24745

C  BX000689.17	142276	TTTGATGTATCATCACAAACCTGTCAAATGCCCCCATAGCAATAAAACAG	142227
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24746	TTTGATGTATCATCACAAACCTGTCAAATGCCCCCATAGCAATAAAACAG	24795

C  BX000689.17	142226	TATAACCTAGCAACCATTTAAAAATGGCAATATCTCTACATCAGAACATC	142177
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24796	TATAACCTAGCAACCATTTAAAAATGGCAATATCTCTACATCAGAACATC	24845

C  BX000689.17	142176	GTAGGGACCTGGGCATTGGCTTGTTTGACTCATGCTAGCAAATGGGACTT	142127
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24846	GTAGGGACCTGGGCATTGGCTTGTTTGACTCATGCTAGCAAATGGGACTT	24895

C  BX000689.17	142126	CCTGTGTACTATGCATGGTAACAATGATAATGGAAGCCAAGTGCTTATAA	142077
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24896	CCTGTGTACTATGCATGGTAACAATGATAATGGAAGCCAAGTGCTTATAA	24945

C  BX000689.17	142076	TGATTAGCTACATGCTATGAATGATTATATAAATGCAATAACATATGCTA	142027
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24946	TGATTAGCTACATGCTATGAATGATTATATAAATGCAATAACATATGCTA	24995

C  BX000689.17	142026	GAAATGCCTACTAAGTGCATTTGATCAAACATGTACACGAGCATTGCCAT	141977
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	24996	GAAATGCCTACTAAGTGCATTTGATCAAACATGTACACGAGCATTGCCAT	25045

C  BX000689.17	141976	TTAGCAACTGCTTAGCAACAACCTAACAATGCCATAACTGTTTTAGCAAC	141927
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	25046	TTAGCAACTGCTTAGCAACAACCTAACAATGCCATAACTGTTTTAGCAAC	25095

C  BX000689.17	141926	TGCCACCGTGCTTCCTGCCAACTGCCATTCCTAGTCCTAGCACAGTCACG	141877
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	25096	TGCCACCGTGCTTCCTGCCAACTGCCATTCCTAGTCCTAGCACAGTCACG	25145

C  BX000689.17	141876	TTGGGTTTTTCAAGCCCACATCAAAGTTTATCAATAAACTTTAAGTTCTG	141827
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	25146	TTGGGTTTTTCAAGCCCACATCAAAGTTTATCAATAAACTTTAAGTTCTG	25195

C  BX000689.17	141826	GTTGGAGTTAATGTAGCTTTTCTATCAGCTCAAACCAGTCTGGCCATTCT	141777
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	25196	GTTGGAGTTAATGTAGCTTTTCTATCAGCTCAAACCAGTCTGGCCATTCT	25245

C  BX000689.17	141776	CCTCTGACCTCTGGCATCATTAAGGCAGTTGCGCCTACAGAACTGCCCCT	141727
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	25246	CCTCTGACCTCTGGCATCATTAAGGCAGTTGCGCCTACAGAACTGCCCCT	25295

C  BX000689.17	141726	CATTGGATATTTCCTATTTTTCGGACCATTCTCTGTAAACTGGAGACATA	141677
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	25296	CATTGGATATTTCCTATTTTTCGGACCATTCTCTGTAAACTGGAGACATA	25345

C  BX000689.17	141676	ATTGTGCAAGAAGATACCAGTAGATCAGCAGTTTCTGAAATACTCAGACC	141627
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	25346	ATTGTGCAAGAAGATACCAGTAGATCAGCAGTTTCTGAAATACTCAGACC	25395

C  BX000689.17	141626	AGCCCGTCTGGCATCAACAACCATGGCACGTTCAAAGTCAAAGTCAAAGT	141577
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	25396	AGCCCGTCTGGCATCAACAACCATGGCACGTTCAAAGTCAAAGTCAAAGT	25445

C  BX000689.17	141576	CAATTGAATCACCTTTCTTCTCCTACTTGCTGAACTGCAGCAGATCGTCT	141527
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR354552.8	25446	CAATTGAATCACCTTTCTTCTCCTACTTGCTGAACTGCAGCAGATCGTCT	25495

Overview

Query
BX000689.17 - 143526 bps
Hit
CR354552.8 - 25495 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019612000141527143526-123496254951
286.7492163111780111942-1747176361
386.8680137575558911762777631
487.55290100984101073114329144161
Short-link