<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX927235.7	1	ATCATCAGTTGCTGCTCAGAGATGCAGTATGAAGGTCAGCTTCTGAAACA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	54496	ATCATCAGTTGCTGCTCAGAGATGCAGTATGAAGGTCAGCTTCTGAAACA	54545

BX927235.7	51	ATTTCCTCCTTTAAATGATTGTTTTAATTTAGTACTTGGAAGGTTTGATC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	54546	ATTTCCTCCTTTAAATGATTGTTTTAATTTAGTACTTGGAAGGTTTGATC	54595

BX927235.7	101	CAGTTGCATGTAGAACACTTTAACTGGGTCCTTATTGTGAGCCAGCTCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	54596	CAGTTGCATGTAGAACACTTTAACTGGGTCCTTATTGTGAGCCAGCTCTG	54645

BX927235.7	151	TGCTGGTCAGTGATGTGTTCACAAGTTTGAGACTTGTAAGAGCATTCATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	54646	TGCTGGTCAGTGATGTGTTCACAAGTTTGAGACTTGTAAGAGCATTCATT	54695

BX927235.7	201	TCCCACTTGACAAGACAACTGTTTGCAGAAGTGAGTGTGTGAGTGTGTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	54696	TCCCACTTGACAAGACAACTGTTTGCAGAAGTGAGTGTGTGAGTGTGTTT	54745

BX927235.7	251	AGGAGTAAAGGAGATGGAGGGAACATGGTTGTAAATCTGGAGACCTGTAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	54746	AGGAGTAAAGGAGATGGAGGGAACATGGTTGTAAATCTGGAGACCTGTAA	54795

BX927235.7	301	TCTAGTCCTTATTGCACCATATCTTAATGTCATAGATTTGGGAAAATTAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	54796	TCTAGTCCTTATTGCACCATATCTTAATGTCATAGATTTGGGAAAATTAC	54845

BX927235.7	351	TTCATGTCTCACAGTTGAAATGAAGGCACTGCGATCTTTCAGGTCTTTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	54846	TTCATGTCTCACAGTTGAAATGAAGGCACTGCGATCTTTCAGGTCTTTCA	54895

BX927235.7	401	ATACTGGAAAATGCTGTGATTCTGTGGACGCCTCAAGTAGCAACAGCCCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	54896	ATACTGGAAAATGCTGTGATTCTGTGGACGCCTCAAGTAGCAACAGCCCC	54945

BX927235.7	451	TGGGTATCTGATGATAGGACAGAATGACAGCTGTTAACTGGAGAGGGTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	54946	TGGGTATCTGATGATAGGACAGAATGACAGCTGTTAACTGGAGAGGGTAT	54995

BX927235.7	501	TCTGTACCTATTTCCAGGTAGGGATGTCTTTAATAAGTTAAAGGAAATGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	54996	TCTGTACCTATTTCCAGGTAGGGATGTCTTTAATAAGTTAAAGGAAATGG	55045

BX927235.7	551	AAAGTTTGTTAATAATTTAATCTGAGATTAAATTGTTTTCAAGTGTGTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55046	AAAGTTTGTTAATAATTTAATCTGAGATTAAATTGTTTTCAAGTGTGTCT	55095

BX927235.7	601	CCTGATGCTGCCCCCAAGTTTAGTGGCACCTCCAGAACACACACAGGAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55096	CCTGATGCTGCCCCCAAGTTTAGTGGCACCTCCAGAACACACACAGGAAG	55145

BX927235.7	651	GGGCTTGCAGGGACCACCTATGTGCAATGGAGGGTCTGAAGGTGCCTTTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55146	GGGCTTGCAGGGACCACCTATGTGCAATGGAGGGTCTGAAGGTGCCTTTG	55195

BX927235.7	701	TATAGCACTTACCCTAACAATGTGATAAGGTCAACTGTGCAATCGAAGTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55196	TATAGCACTTACCCTAACAATGTGATAAGGTCAACTGTGCAATCGAAGTA	55245

BX927235.7	751	TTCAGGGGTCTGAGAGATTGATCAAGGACTCAAAGTCAGCTGTTGACAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55246	TTCAGGGGTCTGAGAGATTGATCAAGGACTCAAAGTCAGCTGTTGACAGA	55295

BX927235.7	801	ACAACACTGCTGTAAAATAATTAATATTTTATGTGAAGAGTGTTCAATCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55296	ACAACACTGCTGTAAAATAATTAATATTTTATGTGAAGAGTGTTCAATCC	55345

BX927235.7	851	CTCATTCCTGGTTCCCATTAGGATTTCCTCATTTGATTGAGGTTATGGCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55346	CTCATTCCTGGTTCCCATTAGGATTTCCTCATTTGATTGAGGTTATGGCC	55395

BX927235.7	901	CTTTACTATTATGCTTCTTTTGATTTATCATAAGGGAAGATATAAGAAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55396	CTTTACTATTATGCTTCTTTTGATTTATCATAAGGGAAGATATAAGAAGA	55445

BX927235.7	951	CTGTGCTAACTAATACGTTACAGAATGTTCAGGAAAGAGAACCCTAGGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55446	CTGTGCTAACTAATACGTTACAGAATGTTCAGGAAAGAGAACCCTAGGGA	55495

BX927235.7	1001	AAAACTATGAATTACATCAGCTGATGTAATCATGTAATTTTAAACATATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55496	AAAACTATGAATTACATCAGCTGATGTAATCATGTAATTTTAAACATATA	55545

BX927235.7	1051	ATTCTACATTTAGATAATTATTATGCTTTATACTAATATAAATGTGACAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55546	ATTCTACATTTAGATAATTATTATGCTTTATACTAATATAAATGTGACAT	55595

BX927235.7	1101	CTAAGATTCAGAATGGACTTCAAAGTACGGCTATACATATAAAGCTCTGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55596	CTAAGATTCAGAATGGACTTCAAAGTACGGCTATACATATAAAGCTCTGC	55645

BX927235.7	1151	ATTAATTCACACTGTACCACAGTTCTGATAGGCACTCCTTCCTTATGTGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55646	ATTAATTCACACTGTACCACAGTTCTGATAGGCACTCCTTCCTTATGTGC	55695

BX927235.7	1201	CTTAGTGTTTCCAGGAGCAGGATTCTCACCATGCTGCGATAAAAATGAGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55696	CTTAGTGTTTCCAGGAGCAGGATTCTCACCATGCTGCGATAAAAATGAGC	55745

BX927235.7	1251	ATTTGACTTTGTACTCAGAATTGTACTAAAAGCTTTCTATGCTTCATATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55746	ATTTGACTTTGTACTCAGAATTGTACTAAAAGCTTTCTATGCTTCATATT	55795

BX927235.7	1301	TTTATTTAATTCTCACATCAGCTCAGTAAAATAAACACCGTTTTCATGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55796	TTTATTTAATTCTCACATCAGCTCAGTAAAATAAACACCGTTTTCATGCT	55845

BX927235.7	1351	TACAGGTGGAGAGACTAAAATGATGGAGATAAAACAAATTTTGCCAAGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55846	TACAGGTGGAGAGACTAAAATGATGGAGATAAAACAAATTTTGCCAAGAT	55895

BX927235.7	1401	ACACTAGTAAACGGTACACTATAGATTGAGCCAAATTATATACCTCTCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55896	ACACTAGTAAACGGTACACTATAGATTGAGCCAAATTATATACCTCTCAA	55945

BX927235.7	1451	GCTCAGTCATTAGATCATACTCCTTCAGAAAGAAGGGGAAAAGCAAAAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55946	GCTCAGTCATTAGATCATACTCCTTCAGAAAGAAGGGGAAAAGCAAAAGA	55995

BX927235.7	1501	AAAAGAAAAAAGAAACAAATTTGTGAAAAAAAGAAACTAATTGTGATAGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	55996	AAAAGAAAAAAGAAACAAATTTGTGAAAAAAAGAAACTAATTGTGATAGT	56045

BX927235.7	1551	AGTAATCCAGGAAATCAGCTAAGGTTCACGTTAGTATTTCAGGATAAAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	56046	AGTAATCCAGGAAATCAGCTAAGGTTCACGTTAGTATTTCAGGATAAAAG	56095

BX927235.7	1601	GGTGGTGATGCTGGCAGTGGCGAGCTGTCCAGAGTGGCCGGCTACAGCGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	56096	GGTGGTGATGCTGGCAGTGGCGAGCTGTCCAGAGTGGCCGGCTACAGCGG	56145

BX927235.7	1651	GAAGTTGCAAGCGGTGGCGGCAGGAGCCACTGAGGGAGTAGTGGCCGTGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	56146	GAAGTTGCAAGCGGTGGCGGCAGGAGCCACTGAGGGAGTAGTGGCCGTGG	56195

BX927235.7	1701	TGGGACCCTTGTGCCCCATGTCCCCTGTGCCTTGCGTCACTGAGGCAGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	56196	TGGGACCCTTGTGCCCCATGTCCCCTGTGCCTTGCGTCACTGAGGCAGCT	56245

BX927235.7	1751	GACTGCACTGACCCCACTCTTGAACAGCCAGCAGGACTGCCCCCAGGCCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	56246	GACTGCACTGACCCCACTCTTGAACAGCCAGCAGGACTGCCCCCAGGCCC	56295

BX927235.7	1801	AGAGCCTTCACTCCTGCGTTGCTGCTCTCACCTTGCAGTCGTGGGGAGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	56296	AGAGCCTTCACTCCTGCGTTGCTGCTCTCACCTTGCAGTCGTGGGGAGAG	56345

BX927235.7	1851	CATGGAGCTGGGGCCACCCTTCAGTGACCCGGGGTGGGACATGGGAGTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	56346	CATGGAGCTGGGGCCACCCTTCAGTGACCCGGGGTGGGACATGGGAGTGG	56395

BX927235.7	1901	CCTCACTTTGAGGACCCGCCCTGCCAAGGGCGCCCAGTTCCTGCGCCTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	56396	CCTCACTTTGAGGACCCGCCCTGCCAAGGGCGCCCAGTTCCTGCGCCTCA	56445

BX927235.7	1951	GGAAGAGGCTCTGCTTGAGGCCGTCCAGGGTTTTGTCCCCGCGGGTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354545.5	56446	GGAAGAGGCTCTGCTTGAGGCCGTCCAGGGTTTTGTCCCCGCGGGTGGCC	56495

Overview

Query
BX927235.7 - 99242 bps
Hit
CR354545.5 - 56495 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link