<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX530033.6	1	GAATTCTGTACATACTTTCAGTATTAACTTTGATTAAAAAGATCCGATCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165420	GAATTCTGTACATACTTTCAGTATTAACTTTGATTAAAAAGATCCGATCT	165469

BX530033.6	51	AATCCTGTTTATATGAAATAAGCCTGCTCCCGAGCAGGTATGAGCTACCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165470	AATCCTGTTTATATGAAATAAGCCTGCTCCCGAGCAGGTATGAGCTACCA	165519

BX530033.6	101	GAACTGTTGCTATGACAACAACTCTTGGATGAGTTTTGAAGAACGAAACG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165520	GAACTGTTGCTATGACAACAACTCTTGGATGAGTTTTGAAGAACGAAACG	165569

BX530033.6	151	ATGCTGGATCATGTCAAACATAATAGCCATATACAGCTAAGTGAGTAGTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165570	ATGCTGGATCATGTCAAACATAATAGCCATATACAGCTAAGTGAGTAGTC	165619

BX530033.6	201	CCCATACAAAGAACGTACCCTTGGACATGCTAAAGGAAGGTAGAAGTTAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165620	CCCATACAAAGAACGTACCCTTGGACATGCTAAAGGAAGGTAGAAGTTAC	165669

BX530033.6	251	ACGAGTGTTTAACCAAAAGAGAAAAGTTAAAATGTTAATCTCTATCTGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165670	ACGAGTGTTTAACCAAAAGAGAAAAGTTAAAATGTTAATCTCTATCTGAG	165719

BX530033.6	301	AAAATAGTGTAGTGAGGGGTCTTAAAACATCTATAATAATTGTAAAAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165720	AAAATAGTGTAGTGAGGGGTCTTAAAACATCTATAATAATTGTAAAAAAA	165769

BX530033.6	351	AATAAAGTGGACTACTTTGTGGATTTCACCTATTGCAAGCTATTTTAAAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165770	AATAAAGTGGACTACTTTGTGGATTTCACCTATTGCAAGCTATTTTAAAG	165819

BX530033.6	401	CTGGAGTCTAAAAACCAGCATCTCTAACCACACAACATGTCAAACCTTGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165820	CTGGAGTCTAAAAACCAGCATCTCTAACCACACAACATGTCAAACCTTGA	165869

BX530033.6	451	AGCAGATGAGCTACAGCAGATAACAGTATGGATATTTACAAATAGTGAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165870	AGCAGATGAGCTACAGCAGATAACAGTATGGATATTTACAAATAGTGAAT	165919

BX530033.6	501	GAAATGTCTGGAGATTGAACATCAACAATATGTATACATGTGCTTAGACA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165920	GAAATGTCTGGAGATTGAACATCAACAATATGTATACATGTGCTTAGACA	165969

BX530033.6	551	TTGGCTGTATGATAAGTGTTAATAATGTATGATACCCATTTTAATAATGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	165970	TTGGCTGTATGATAAGTGTTAATAATGTATGATACCCATTTTAATAATGA	166019

BX530033.6	601	ATGTTATGCAAAAGACGATAAAGTATAGCTAGCGGTTCTTTTACTGACTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166020	ATGTTATGCAAAAGACGATAAAGTATAGCTAGCGGTTCTTTTACTGACTG	166069

BX530033.6	651	TTGTCTTTAGTTAACTTCAACATAACAAATTATTTTACTACTTACCATGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166070	TTGTCTTTAGTTAACTTCAACATAACAAATTATTTTACTACTTACCATGA	166119

BX530033.6	701	CATGAGCTACAGCAGCAGAACAGCTTTGAAAGGTTTGCAGAAAAAGCAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166120	CATGAGCTACAGCAGCAGAACAGCTTTGAAAGGTTTGCAGAAAAAGCAGA	166169

BX530033.6	751	AAAGGTTTGCCTGTTCTGATGAGTCTAGAGTTTCGTTCAATGACAGTGAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166170	AAAGGTTTGCCTGTTCTGATGAGTCTAGAGTTTCGTTCAATGACAGTGAC	166219

BX530033.6	801	AGCAACGTTCAGAATTTGGTGTGAATAATATTAAAGGATGGATCCATCTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166220	AGCAACGTTCAGAATTTGGTGTGAATAATATTAAAGGATGGATCCATCTT	166269

BX530033.6	851	ATCTTATTATATCAACAGTTTAAGATACTGGTTATGGGGCTTTTTCTTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166270	ATCTTATTATATCAACAGTTTAAGATACTGGTTATGGGGCTTTTTCTTGG	166319

BX530033.6	901	AACACTTTGTGCCCTTTAAAATCAGCTGAGGATCATTAAAATGCCACAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166320	AACACTTTGTGCCCTTTAAAATCAGCTGAGGATCATTAAAATGCCACAGT	166369

BX530033.6	951	CTACCTGAGTAGTGTTGCCGTGCTGACCATGTCAATTCCTTTATGAACAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166370	CTACCTGAGTAGTGTTGCCGTGCTGACCATGTCAATTCCTTTATGAACAC	166419

BX530033.6	1001	AATGTACCTATCTTATGAAGGCTACTTACAGCAGGGTAACATTTCATGTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166420	AATGTACCTATCTTATGAAGGCTACTTACAGCAGGGTAACATTTCATGTC	166469

BX530033.6	1051	ACCAAGCTCAGATCATTTCAGACTGGTTTCCTGACCATGACAGTGAGTTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166470	ACCAAGCTCAGATCATTTCAGACTGGTTTCCTGACCATGACAGTGAGTTC	166519

BX530033.6	1101	ACTAAATTCAAATGTCCTCCACAGTCAGCAGATCTCCTTTGGGATGGACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166520	ACTAAATTCAAATGTCCTCCACAGTCAGCAGATCTCCTTTGGGATGGACT	166569

BX530033.6	1151	GGAATGGGAGATTCACAGCATGGATGCACATCTGAAAAATCTGCAGCAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166570	GGAATGGGAGATTCACAGCATGGATGCACATCTGAAAAATCTGCAGCAAC	166619

BX530033.6	1201	TGTGTGATGCTATCAAGTCAGTATGGACCAAAGTCTTAGAATAATGTTTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166620	TGTGTGATGCTATCAAGTCAGTATGGACCAAAGTCTTAGAATAATGTTTA	166669

BX530033.6	1251	TAGCATCTTGTTTGGTCTGTGTCACCAAGATTTAAGACAGTTCTGAAGGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166670	TAGCATCTTGTTTGGTCTGTGTCACCAAGATTTAAGACAGTTCTGAAGGC	166719

BX530033.6	1301	AAAATTGAGGGTACTAACTGCACTTGAAAAATGTTGGATTAGAAGTTAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166720	AAAATTGAGGGTACTAACTGCACTTGAAAAATGTTGGATTAGAAGTTAGA	166769

BX530033.6	1351	TGTTTGTGTTATTTGACAACCCAGTGCTGATTAAATATTGGACAAGACAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166770	TGTTTGTGTTATTTGACAACCCAGTGCTGATTAAATATTGGACAAGACAC	166819

BX530033.6	1401	GTGCAGAGTTATTGTTATCTAGCTTGTTGGGTTGGATACATTAAACCATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166820	GTGCAGAGTTATTGTTATCTAGCTTGTTGGGTTGGATACATTAAACCATT	166869

BX530033.6	1451	TGCTGGTTGTTTTTTTAACCTTTGCTGGGTCAAACAAATCTATTCATTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166870	TGCTGGTTGTTTTTTTAACCTTTGCTGGGTCAAACAAATCTATTCATTCA	166919

BX530033.6	1501	TTAATTTTCTTTTCGGCATAGTCTCTTTATTATTCTAGGGTCGCCACAGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166920	TTAATTTTCTTTTCGGCATAGTCTCTTTATTATTCTAGGGTCGCCACAGC	166969

BX530033.6	1551	GGAATGAACCACCAACTTATTCAGCACATGTTTTACACAGCGGAAGCCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	166970	GGAATGAACCACCAACTTATTCAGCACATGTTTTACACAGCGGAAGCCCT	167019

BX530033.6	1601	TCCAGCCGCAACCCATCACTGGGAAACATCCATACACTTCCATTCACACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	167020	TCCAGCCGCAACCCATCACTGGGAAACATCCATACACTTCCATTCACACA	167069

BX530033.6	1651	TACACACTCATACACTACGGTCAATTTTAGCATACCCAATTCACCTGTAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	167070	TACACACTCATACACTACGGTCAATTTTAGCATACCCAATTCACCTGTAC	167119

BX530033.6	1701	CTCAGGTCTTTGTACTTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	167120	CTCAGGTCTTTGTACTTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACTAA	167169

BX530033.6	1751	CAAGAACATGGGGAGAACATGCAAACTTCACACAGAAATGCCAACTGACC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	167170	CAAGAACATGGGGAGAACATGCAAACTTCACACAGAAATGCCAACTGACC	167219

BX530033.6	1801	CAGCCAAGGCTTGAACCAGCTTCCTTCTGTATCACAAACCTATGTTTTAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	167220	CAGCCAAGGCTTGAACCAGCTTCCTTCTGTATCACAAACCTATGTTTTAG	167269

BX530033.6	1851	GTTATTAATTTTAGGCATTTCGATTGGTTATTCTTCTCTAGATACTGCAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	167270	GTTATTAATTTTAGGCATTTCGATTGGTTATTCTTCTCTAGATACTGCAG	167319

BX530033.6	1901	CATGCTGGTTCCAAACTTATCTGACAAATCCAATAGTATCTGGATGCGGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	167320	CATGCTGGTTCCAAACTTATCTGACAAATCCAATAGTATCTGGATGCGGC	167369

BX530033.6	1951	CTTGATGCAAGCTGAGATTGCATATCTCAGAGATGCAATGTCAGACACAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354403.16	167370	CTTGATGCAAGCTGAGATTGCATATCTCAGAGATGCAATGTCAGACACAA	167419

Overview

Query
BX530033.6 - 221265 bps
Hit
CR354403.16 - 167419 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195920001200011654201674191
288.8516327572937567-120188204561
379.87104316174984175299-121895222171
490.11132196111852112047143923441141
580.321153104497945288-146919472231
687.511011814478244962-147283474661
789.161282014458644786-148061482631
882.51158462165560166021-148441489031
986.9114725297389989-168256685071
1087.64146270175465175734-188369886431
1193.01161244183495183738-11045231047651
1281.65112265115429115693-11050061052721
1385.991462578482885084-11094441097001
148312928811207111235811094491097481
1585.6722149016556016604911147931152941
1687.6814528317546617574811147931150761
1782.1399238118312118549-11175691178031
1882.5110122431753398-11175821178041
1981.722626836709739111198121204841
2083.15159353513195167111198141201691
2186.45118215147701147915-11201071203201
2287.4132244566355687811298941301391
2385.6835565968477505-11559761566381
Short-link