<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR450820.5	1	GAATTCAATGGCTGCAGGTTTATAATATTCATCAGAATGTCTTGCATCGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157378	GAATTCAATGGCTGCAGGTTTATAATATTCATCAGAATGTCTTGCATCGT	157427

CR450820.5	51	GTTCAACAGAAGAAAAAAAAATCATAAGTGTATAGAATGACTCACTGTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157428	GTTCAACAGAAGAAAAAAAAATCATAAGTGTATAGAATGACTCACTGTGT	157477

CR450820.5	101	TGGCGGTAACACATTACAAGTAACACAAGTTATGTAATAGTATTATTTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157478	TGGCGGTAACACATTACAAGTAACACAAGTTATGTAATAGTATTATTTTT	157527

CR450820.5	151	GTAACAATAAAGTAACGCATTACTTTTTAAAAGTAAGTAATAATATTTGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157528	GTAACAATAAAGTAACGCATTACTTTTTAAAAGTAAGTAATAATATTTGA	157577

CR450820.5	201	GTTACTTTTTTTTGTAAATGTTACAAGAGTTACTTTTCAGTTTAATTTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157578	GTTACTTTTTTTTGTAAATGTTACAAGAGTTACTTTTCAGTTTAATTTAA	157627

CR450820.5	251	TGGCTTTAAAAAATAAATTGCTGAATTAAAATTAAAGTATGTGAATGTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157628	TGGCTTTAAAAAATAAATTGCTGAATTAAAATTAAAGTATGTGAATGTGT	157677

CR450820.5	301	TCATTATTTTGCAAAAGTAACTCAAAAGTAACGTAACTCATTACTTTCCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157678	TCATTATTTTGCAAAAGTAACTCAAAAGTAACGTAACTCATTACTTTCCA	157727

CR450820.5	351	TAAAAAGCCACTAAGTAACGCAACCAGTTAATTTTTTGGGGGGTAACTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157728	TAAAAAGCCACTAAGTAACGCAACCAGTTAATTTTTTGGGGGGTAACTCA	157777

CR450820.5	401	TTATTGTAATGAAGTACTTTCAAAAGTAACTTTTACCAAAACTGATGACT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157778	TTATTGTAATGAAGTACTTTCAAAAGTAACTTTTACCAAAACTGATGACT	157827

CR450820.5	451	CGTCACATGAGAGTAAATTTAGAGGAAATTGTCATTTTGGGGTGAACTAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157828	CGTCACATGAGAGTAAATTTAGAGGAAATTGTCATTTTGGGGTGAACTAG	157877

CR450820.5	501	CCCTTTAAGCTGTGTCTAATCCAGATACATTTGAAAATTAATTTTCAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157878	CCCTTTAAGCTGTGTCTAATCCAGATACATTTGAAAATTAATTTTCAAAT	157927

CR450820.5	551	GTTTTGTCCTCCATTCACATTGAGACAGTGTTTTTTTAATGTCTTCCCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157928	GTTTTGTCCTCCATTCACATTGAGACAGTGTTTTTTTAATGTCTTCCCAA	157977

CR450820.5	601	GAGTCTACAGAACTTTCTCCACATCCCAAGGAAAAACAAAGACCCTATTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	157978	GAGTCTACAGAACTTTCTCCACATCCCAAGGAAAAACAAAGACCCTATTT	158027

CR450820.5	651	GTTTCTTTTTATGGTCTTCATTCACATTACATTCCAGCAAAGGTGATAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158028	GTTTCTTTTTATGGTCTTCATTCACATTACATTCCAGCAAAGGTGATAAA	158077

CR450820.5	701	ATGTACTCACTTCCTGCATCAGAACATGATGGCTTTGCTGTACATCGAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158078	ATGTACTCACTTCCTGCATCAGAACATGATGGCTTTGCTGTACATCGAAT	158127

CR450820.5	751	GCCGATTGATCTGGACATTTAAATTGGCGAGATATTTTGCCAAGGAAATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158128	GCCGATTGATCTGGACATTTAAATTGGCGAGATATTTTGCCAAGGAAATG	158177

CR450820.5	801	TTAATAGAAGAAGAATAAAGTGAAACATTATTATTTCTGTTGTTTTATAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158178	TTAATAGAAGAAGAATAAAGTGAAACATTATTATTTCTGTTGTTTTATAA	158227

CR450820.5	851	ATGAAAACAATATTAGATAACAGGTTTATTTTTTTTTTTATCATTTTCAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158228	ATGAAAACAATATTAGATAACAGGTTTATTTTTTTTTTTATCATTTTCAG	158277

CR450820.5	901	TGTGTATGAGACACTTTTGGAAAATGCAAATGTGAATTAAAAGGCTATTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158278	TGTGTATGAGACACTTTTGGAAAATGCAAATGTGAATTAAAAGGCTATTT	158327

CR450820.5	951	TCAAATGTATCTTTTGCTTATATTGGTCATTATTTAACAATCTTGTTCAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158328	TCAAATGTATCTTTTGCTTATATTGGTCATTATTTAACAATCTTGTTCAC	158377

CR450820.5	1001	CCAAAAATTAAAATGTACTCAAAAGTGGTTTCAAACCTTATGTTTCTTTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158378	CCAAAAATTAAAATGTACTCAAAAGTGGTTTCAAACCTTATGTTTCTTTA	158427

CR450820.5	1051	TTATGTTGAACACACAAAAAAAGATATTTTGAAGAAAGCTGAAAACCTGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158428	TTATGTTGAACACACAAAAAAAGATATTTTGAAGAAAGCTGAAAACCTGT	158477

CR450820.5	1101	AACCACTGACTTTCATAAAAACAAATTTAATGGAAGTCAATGCTTACAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158478	AACCACTGACTTTCATAAAAACAAATTTAATGGAAGTCAATGCTTACAGG	158527

CR450820.5	1151	TTTTCAGCTATTGTCAAAACAACATCTTTTTGTGTGTTCAACAGATGAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158528	TTTTCAGCTATTGTCAAAACAACATCTTTTTGTGTGTTCAACAGATGAAG	158577

CR450820.5	1201	GAAAGTCAAACCGGTTTGGAACAATTTTTAGTTTGGGTGAAATATATCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158578	GAAAGTCAAACCGGTTTGGAACAATTTTTAGTTTGGGTGAAATATATCTT	158627

CR450820.5	1251	TAATGCTCTCCTAAAAGGAATTGTTTAATCTCAAGAGTAATATCTAACGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158628	TAATGCTCTCCTAAAAGGAATTGTTTAATCTCAAGAGTAATATCTAACGT	158677

CR450820.5	1301	CCTTGTGTTTTGTTAATGCAGGTTGAAGATTGAAGTTTGACTCAGCTGCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158678	CCTTGTGTTTTGTTAATGCAGGTTGAAGATTGAAGTTTGACTCAGCTGCC	158727

CR450820.5	1351	TGGCCTAATATTGGCCAGGTTGCTTTGGTCAAAACACCTTAACCAGTCAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158728	TGGCCTAATATTGGCCAGGTTGCTTTGGTCAAAACACCTTAACCAGTCAA	158777

CR450820.5	1401	GATGTCTTCTCAAGACTCTCCAGATCTTCCTCCAAAGCCTGAGGTTAAAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158778	GATGTCTTCTCAAGACTCTCCAGATCTTCCTCCAAAGCCTGAGGTTAAAC	158827

CR450820.5	1451	AAAAACCCCCAGTTCCCTCCAAACCTTCCATTACTACCCCAGACTCTTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158828	AAAAACCCCCAGTTCCCTCCAAACCTTCCATTACTACCCCAGACTCTTCA	158877

CR450820.5	1501	TCTGTTGATACTGCGGCCTCGCAGAGTTCTGGCAATGTCAAAAACATAGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158878	TCTGTTGATACTGCGGCCTCGCAGAGTTCTGGCAATGTCAAAAACATAGT	158927

CR450820.5	1551	CAACAAATTCAGCCAGCCCGAGTCTAAGCCTCCACTTGTAGAGACAGTAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158928	CAACAAATTCAGCCAGCCCGAGTCTAAGCCTCCACTTGTAGAGACAGTAA	158977

CR450820.5	1601	AGAGCGTCAACACAGAGTGGAGATCACAGAGACCTCCAGCAGTTAAGCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	158978	AGAGCGTCAACACAGAGTGGAGATCACAGAGACCTCCAGCAGTTAAGCCC	159027

CR450820.5	1651	AAACGCAGGTCCAAATCTTCTTCACTCAGCAGTGCTGGAAATGCTCCTCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	159028	AAACGCAGGTCCAAATCTTCTTCACTCAGCAGTGCTGGAAATGCTCCTCC	159077

CR450820.5	1701	ACTGCCCCCAAAAACCAGGCAGAACTCAATTCACAGTGGGCAGAAAGACG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	159078	ACTGCCCCCAAAAACCAGGCAGAACTCAATTCACAGTGGGCAGAAAGACG	159127

CR450820.5	1751	AGCTGGACGGCCAAGAGAGACACGAAGAAGGCTTGAGTGCTGCTGATGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	159128	AGCTGGACGGCCAAGAGAGACACGAAGAAGGCTTGAGTGCTGCTGATGAA	159177

CR450820.5	1801	GGCCGATCAGGTATGGTGATTTTACTTTGAATTTCAGGAAATGCTTGTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	159178	GGCCGATCAGGTATGGTGATTTTACTTTGAATTTCAGGAAATGCTTGTTT	159227

CR450820.5	1851	TTCAGGATTTATATTTCACAATGCTGAGTTATTAAATTATTAGTTGAGCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	159228	TTCAGGATTTATATTTCACAATGCTGAGTTATTAAATTATTAGTTGAGCA	159277

CR450820.5	1901	ATATGTGTTATTATTTTTTACCAATTGGGCTTTTTTAAATAATTTGTTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	159278	ATATGTGTTATTATTTTTTACCAATTGGGCTTTTTTAAATAATTTGTTTC	159327

CR450820.5	1951	AGTCATTTGTACAGAAACATTCACAGCAATTGATTAAACAGGTCTTTAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR354379.13	159328	AGTCATTTGTACAGAAACATTCACAGCAATTGATTAAACAGGTCTTTAAA	159377

Overview

Query
CR450820.5 - 127166 bps
Hit
CR354379.13 - 159377 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192620001200011573781593771
288.89981524206742218-1563157831
389.551001528430984460-1563857901
480.941213333135331685114251145911
585.851082048365083853-136414366251
692.751572075731857524-136419366251
784.61423397865278990-138040383701
888.69991671146411630-140284404511
992.5962819551095590-150719507991
1086.321152327610376334-169832700651
1189.25711201151511634169832699521
1286.361022127511075321169846700651
1390.424338065446923-176119764931
1490.82671102647226581176184762921
1593.546792115271161811019731020651
1683.65148320955029582111197611200781
1779.04107360463464670511197651201171
1888.21119203573145751611197651199591
1994.49104127644506457611197651198911
2079.5991350112681161711216721220141
2182.751423817606776447-11218001221761
2285.35741524206742218-11233671235231
2381.421073497609276440-11443611446991
Short-link