<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR382379.6	1	AAGCTTTTTGGACAGAACCGTGTGTATGTATAGTTTGTCCACTGTTACAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173372	AAGCTTTTTGGACAGAACCGTGTGTATGTATAGTTTGTCCACTGTTACAC	173421

CR382379.6	51	TCGAGTAATATAAACCCAAAGTCCCAAGTCTCAGTTTTAAATTTTCCTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173422	TCGAGTAATATAAACCCAAAGTCCCAAGTCTCAGTTTTAAATTTTCCTGA	173471

CR382379.6	101	CGTTAAAATAGGACCCAAATCCCAGTGATCCCCCTTTGCCGACTTGATTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173472	CGTTAAAATAGGACCCAAATCCCAGTGATCCCCCTTTGCCGACTTGATTG	173521

CR382379.6	151	ACAGGTGCCATGTTTCTATAATAACATGTATACACATGTCCAAAGTATAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173522	ACAGGTGCCATGTTTCTATAATAACATGTATACACATGTCCAAAGTATAT	173571

CR382379.6	201	ATATTTTTTGCAAATAAACTGGGATTAAAAATATTTGTTACAACTCTCTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173572	ATATTTTTTGCAAATAAACTGGGATTAAAAATATTTGTTACAACTCTCTG	173621

CR382379.6	251	TGATTTTTATAAGTTTAAAACGTTTTTAAAAGAGAGTATGTTGGTAATAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173622	TGATTTTTATAAGTTTAAAACGTTTTTAAAAGAGAGTATGTTGGTAATAA	173671

CR382379.6	301	AGACAGTAAAATCGCCTTGTACTTCGAATATCAGTAAACGCGAACATATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173672	AGACAGTAAAATCGCCTTGTACTTCGAATATCAGTAAACGCGAACATATG	173721

CR382379.6	351	TATGTGTGTGATCAAGCTTAATAAGACACGAAGATGGATTTCCATGGAGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173722	TATGTGTGTGATCAAGCTTAATAAGACACGAAGATGGATTTCCATGGAGG	173771

CR382379.6	401	GAGTAAGAGTGTGAAAGAGTAATTGAGCCAGCAGGTGAAACCATCATCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173772	GAGTAAGAGTGTGAAAGAGTAATTGAGCCAGCAGGTGAAACCATCATCAA	173821

CR382379.6	451	ATCTTTCACCTCTGCACCTCTACATCCCAGAGTTCTGACAGCTGATGTGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173822	ATCTTTCACCTCTGCACCTCTACATCCCAGAGTTCTGACAGCTGATGTGA	173871

CR382379.6	501	AGAACAGACAGCCCATAGATACAGTACCTAGTGTGAGGAAGGATTTCTCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173872	AGAACAGACAGCCCATAGATACAGTACCTAGTGTGAGGAAGGATTTCTCC	173921

CR382379.6	551	AGATCTCCTTTCACCTCCATTCGAATGCTCTCCTTGATGTCGTATGGACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173922	AGATCTCCTTTCACCTCCATTCGAATGCTCTCCTTGATGTCGTATGGACT	173971

CR382379.6	601	GTACCTCTTGTACCTTTCAAACACTGACACAAAGAGGCTGTGATTAGAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	173972	GTACCTCTTGTACCTTTCAAACACTGACACAAAGAGGCTGTGATTAGAAG	174021

CR382379.6	651	ATGATCATGACAGTTGACTTTAAAAAACATCTCTGTTCATGTATCACCTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174022	ATGATCATGACAGTTGACTTTAAAAAACATCTCTGTTCATGTATCACCTT	174071

CR382379.6	701	TCTGCAAGTGTGAAACACTCCTCTCGGAGAAGATGGAGATCCAGGTGACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174072	TCTGCAAGTGTGAAACACTCCTCTCGGAGAAGATGGAGATCCAGGTGACT	174121

CR382379.6	751	ACATCTGTTCCTTTTCGCCTCACTCCGGTTTCATAAAGAGTCTAAATTAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174122	ACATCTGTTCCTTTTCGCCTCACTCCGGTTTCATAAAGAGTCTAAATTAG	174171

CR382379.6	801	AACACAAATGACAGAGGAATTCACAAAGTATAGTTTTTGTATTCAAGAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174172	AACACAAATGACAGAGGAATTCACAAAGTATAGTTTTTGTATTCAAGAAT	174221

CR382379.6	851	TTTAAACATGGATTATATCAATGCACAACAATTTATTAATATTGTAAACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174222	TTTAAACATGGATTATATCAATGCACAACAATTTATTAATATTGTAAACA	174271

CR382379.6	901	TGCAGAAATGTTCAACACCTGTGACAGTAAATGGATTGGTTTTCTTAAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174272	TGCAGAAATGTTCAACACCTGTGACAGTAAATGGATTGGTTTTCTTAAGA	174321

CR382379.6	951	TTAAAGTGATACTCACTCTTGCATCATTATCAATCTTCTCATAGTCCACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174322	TTAAAGTGATACTCACTCTTGCATCATTATCAATCTTCTCATAGTCCACA	174371

CR382379.6	1001	ACGCTACTCTGCTCCTCTCTCTTGCCCTTTGGACATAAATACATGTGAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174372	ACGCTACTCTGCTCCTCTCTCTTGCCCTTTGGACATAAATACATGTGAGC	174421

CR382379.6	1051	ACTGAAATATAGAATCTGCAACTCACAAATTGAGTTGGAGTTTGACGAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174422	ACTGAAATATAGAATCTGCAACTCACAAATTGAGTTGGAGTTTGACGAAA	174471

CR382379.6	1101	CAATTGAAATTGAGAAAAACTACACTGGAATAAATGATTTCTGCAAAATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174472	CAATTGAAATTGAGAAAAACTACACTGGAATAAATGATTTCTGCAAAATT	174521

CR382379.6	1151	GTTGCAAAAATTTATATGGGTTGAATTTATACAAACAAATTGAATTTAGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174522	GTTGCAAAAATTTATATGGGTTGAATTTATACAAACAAATTGAATTTAGT	174571

CR382379.6	1201	GATGTTCAACTTCATTTATTTGTTTAGATTTAGCCCAAATAAATTGTTAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174572	GATGTTCAACTTCATTTATTTGTTTAGATTTAGCCCAAATAAATTGTTAA	174621

CR382379.6	1251	CAACCACTAACCTTTAAAAAAATGGTAAATCAAAGAAGCAGTCAATTATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174622	CAACCACTAACCTTTAAAAAAATGGTAAATCAAAGAAGCAGTCAATTATA	174671

CR382379.6	1301	ATGTTGAATATAAAGGGATAGTTCTGCCAAAAAAACTAAATGTTGGTTCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174672	ATGTTGAATATAAAGGGATAGTTCTGCCAAAAAAACTAAATGTTGGTTCC	174721

CR382379.6	1351	AAAAATAAAAAAGTGGTCCCAAATCTTTATGTTTCCAAACCTTTTTTTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174722	AAAAATAAAAAAGTGGTCCCAAATCTTTATGTTTCCAAACCTTTTTTTCT	174771

CR382379.6	1401	CTTGATTAAAAAAGATATACACTAAACAATGTTGGAAAATGGCCTTCCAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174772	CTTGATTAAAAAAGATATACACTAAACAATGTTGGAAAATGGCCTTCCAT	174821

CR382379.6	1451	AGTAGGAACAAATACTAAATGAAGTCAATGACTATAATATGGATGTCAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174822	AGTAGGAACAAATACTAAATGAAGTCAATGACTATAATATGGATGTCAAT	174871

CR382379.6	1501	GATCTTCTTTCATGAGATTATCAGATTTATTCAAGTTTAAAACCAATTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174872	GATCTTCTTTCATGAGATTATCAGATTTATTCAAGTTTAAAACCAATTGA	174921

CR382379.6	1551	GTGTGAGGAAATAATGACAGAAATGGTGCTGCATGTAAGTTTTTGACTCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174922	GTGTGAGGAAATAATGACAGAAATGGTGCTGCATGTAAGTTTTTGACTCT	174971

CR382379.6	1601	TCTAAAGCAAAAAAATACTATAATAGATATTTAAAAAACATGCCAAGTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	174972	TCTAAAGCAAAAAAATACTATAATAGATATTTAAAAAACATGCCAAGTAA	175021

CR382379.6	1651	ACACTTGTTTATCTGTAAAACAAAAGTCAGTTATTCTGCTTTGAAAATGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	175022	ACACTTGTTTATCTGTAAAACAAAAGTCAGTTATTCTGCTTTGAAAATGT	175071

CR382379.6	1701	GAGTTATGTGCCGGAACGCTGTCTTTGTGTTGGTTCATTAACCAATCCCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	175072	GAGTTATGTGCCGGAACGCTGTCTTTGTGTTGGTTCATTAACCAATCCCT	175121

CR382379.6	1751	TTTTCAGCACCCTGGGTTGCCTTGTTGGAAAATGCAACCTCGGGTAGACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	175122	TTTTCAGCACCCTGGGTTGCCTTGTTGGAAAATGCAACCTCGGGTAGACA	175171

CR382379.6	1801	GTAGCAGACTGTGAAATGAGACGCAGATTCAGAGTTCCACATGAGGTTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	175172	GTAGCAGACTGTGAAATGAGACGCAGATTCAGAGTTCCACATGAGGTTCT	175221

CR382379.6	1851	TAAGAAGCAGGGACTACAGATTGGCTTTATAGCTAACTCTGGCACAACAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	175222	TAAGAAGCAGGGACTACAGATTGGCTTTATAGCTAACTCTGGCACAACAT	175271

CR382379.6	1901	GTTGTACATTGTCCCTGTATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	175272	GTTGTACATTGTCCCTGTATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAA	175321

CR382379.6	1951	ATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAACAAATAAACAATAAACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352335.10	175322	ATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAACAAATAAACAATAAACA	175371

Overview

Query
CR382379.6 - 159548 bps
Hit
CR352335.10 - 175371 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191920001200011733721753711
293.069517346344465161531754891
389.23851298507585203-114976151051
481.93781786859068767-115142153181
586.112424742623026703183203836771
689.31801594614246300183759839171
797.12971394638646524183759838971
878.44862859253092814-189348896301
984.97681342496125094191341914731
1085.171001999048590683-192336925441
1182.88125291404434073311063961066871
1281.85132317849018521711290811293831
13872434772806728543-11299731304491
1492.46721064211742222-11301981303031
1580.69822056859168795-11332171334181
1683.911623319035390683-11352621356031
1787.941231997685577053-11361871363851
1894.44831074291443020-11573751574821
1989.956601036256902672511717341727681
2093.0263862663926724-11717351718201
Short-link