<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX119977.10	182186	GAATTCTTTACAGAACAGTCTTTTAAATCCAGGATTAATACTAAACACAG	182137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	114788	GAATTCTTTACAGAACAGTCTTTTAAATCCAGGATTAATACTAAACACAG	114837

C  BX119977.10	182136	AATAAAATCCTTTTATTAAACATTTTTTATGTCTTTGGTTTCAAGTAAAA	182087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	114838	AATAAAATCCTTTTATTAAACATTTTTTATGTCTTTGGTTTCAAGTAAAA	114887

C  BX119977.10	182086	TTATACAGTTTAAACTTACAAAAAGTTGCAGAGATTTATGCTTTCAAGTA	182037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	114888	TTATACAGTTTAAACTTACAAAAAGTTGCAGAGATTTATGCTTTCAAGTA	114937

C  BX119977.10	182036	AATAAAACATTACATGTAAGAATCATTCAACTCAATTTACAGTTGAAGTC	181987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	114938	AATAAAACATTACATGTAAGAATCATTCAACTCAATTTACAGTTGAAGTC	114987

C  BX119977.10	181986	AATATTATTAGCCCCCCTTTGAATTTTTTTTTCTTTTTTATATATTTCCC	181937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	114988	AATATTATTAGCCCCCCTTTGAATTTTTTTTTCTTTTTTATATATTTCCC	115037

C  BX119977.10	181936	AAATGGTGTTTAACAGATTCAGCAAGTTTCCACAGTATGTCTGATAATAT	181887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115038	AAATGGTGTTTAACAGATTCAGCAAGTTTCCACAGTATGTCTGATAATAT	115087

C  BX119977.10	181886	TTTACTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTAGACTAGAATAAAAGC	181837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115088	TTTACTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTAGACTAGAATAAAAGC	115137

C  BX119977.10	181836	AGTTTTTAATTTTTTAAACACCATTTTAAGGACAAAATTATTATCCCCTT	181787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115138	AGTTTTTAATTTTTTAAACACCATTTTAAGGACAAAATTATTATCCCCTT	115187

C  BX119977.10	181786	TTGGCAATTTTTTTTTCAATAGTCTACAGAACAAACCATCATTATACAAT	181737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115188	TTGGCAATTTTTTTTTCAATAGTCTACAGAACAAACCATCATTATACAAT	115237

C  BX119977.10	181736	AACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCTTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTA	181687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115238	AACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCTTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTA	115287

C  BX119977.10	181686	AGTCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGTAGTGTCTTGAAAACATCTA	181637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115288	AGTCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGTAGTGTCTTGAAAACATCTA	115337

C  BX119977.10	181636	GTCAAATATAATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTAT	181587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115338	GTCAAATATAATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTAT	115387

C  BX119977.10	181586	TAGAGATGAGTTATTAAAACTACTATGTTTAGAAAGTTGTTGAAAAAAAT	181537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115388	TAGAGATGAGTTATTAAAACTACTATGTTTAGAAAGTTGTTGAAAAAAAT	115437

C  BX119977.10	181536	CTTCTCTCCGTTAAACAGAAATTGTGGGAAAAAATAAACAGGGGGGCTAA	181487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115438	CTTCTCTCCGTTAAACAGAAATTGTGGGAAAAAATAAACAGGGGGGCTAA	115487

C  BX119977.10	181486	TAATTCAGGGGGGCTAATAATTTTGACTTTAACTGTACATCTCTTAAGGA	181437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115488	TAATTCAGGGGGGCTAATAATTTTGACTTTAACTGTACATCTCTTAAGGA	115537

C  BX119977.10	181436	AAAAAAAGTGTATAAACATATATAAAGTATTTACTTAATTACACATAAAG	181387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115538	AAAAAAAGTGTATAAACATATATAAAGTATTTACTTAATTACACATAAAG	115587

C  BX119977.10	181386	CCTAACTGTAATGTAAAGCTGCAGCCCTGTAAAAAGCCTGATGGAGTTTC	181337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115588	CCTAACTGTAATGTAAAGCTGCAGCCCTGTAAAAAGCCTGATGGAGTTTC	115637

C  BX119977.10	181336	AGTTGTTTGCTATATCAACTTTTTCTTGTCAGAGATACTTTACAGCTGAA	181287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115638	AGTTGTTTGCTATATCAACTTTTTCTTGTCAGAGATACTTTACAGCTGAA	115687

C  BX119977.10	181286	TTACATTATGCTGCATTTGACAGTCATATAGAAATGAATGGAACCCTAAT	181237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115688	TTACATTATGCTGCATTTGACAGTCATATAGAAATGAATGGAACCCTAAT	115737

C  BX119977.10	181236	TGAACAGACTTGAACAAAGATTTTGATCCGAAAACAGACATTTTTCTATT	181187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115738	TGAACAGACTTGAACAAAGATTTTGATCCGAAAACAGACATTTTTCTATT	115787

C  BX119977.10	181186	ACATACTGGCTATCTTGACACTAAAAAAATTACGTTTGCTATTTGTTCAA	181137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115788	ACATACTGGCTATCTTGACACTAAAAAAATTACGTTTGCTATTTGTTCAA	115837

C  BX119977.10	181136	ATTACTTATTTAAAATAAGCTAAACCAACACAATTTAACAACTTAATTGT	181087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115838	ATTACTTATTTAAAATAAGCTAAACCAACACAATTTAACAACTTAATTGT	115887

C  BX119977.10	181086	TTTATGTTCAATCAACCTAAATGTGTAAAAACGTAATTACTTTCAACACC	181037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115888	TTTATGTTCAATCAACCTAAATGTGTAAAAACGTAATTACTTTCAACACC	115937

C  BX119977.10	181036	AATCGATTGTGTGGAACCAAGTATTTTTTACAGTGTATGTTGCATTTACT	180987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115938	AATCGATTGTGTGGAACCAAGTATTTTTTACAGTGTATGTTGCATTTACT	115987

C  BX119977.10	180986	TAATCAGTTTAAATCTTTTTAATAGCCCCCAAATTTCACTCATGAACCCA	180937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	115988	TAATCAGTTTAAATCTTTTTAATAGCCCCCAAATTTCACTCATGAACCCA	116037

C  BX119977.10	180936	ACCGTCATTGGGAGTTAACTGAGTAAATTGTACTTAAATGTACAAATGAG	180887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116038	ACCGTCATTGGGAGTTAACTGAGTAAATTGTACTTAAATGTACAAATGAG	116087

C  BX119977.10	180886	ACTGTACAAATTCATATAAAAATTTGCCACTAATTCAAAGGTATGAATTT	180837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116088	ACTGTACAAATTCATATAAAAATTTGCCACTAATTCAAAGGTATGAATTT	116137

C  BX119977.10	180836	CTGTGAGATTGTGTTCTAGCAGACATGGATTGCTGTCTGTGATTGAAAGC	180787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116138	CTGTGAGATTGTGTTCTAGCAGACATGGATTGCTGTCTGTGATTGAAAGC	116187

C  BX119977.10	180786	TTGATTAAATTTCACCATTTTCTAGTATACTAAGATTGTTTTTATTATTA	180737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116188	TTGATTAAATTTCACCATTTTCTAGTATACTAAGATTGTTTTTATTATTA	116237

C  BX119977.10	180736	AAAAACTAAAAGAATATAATTAATGGAGTATAAGGTAGTGGACCTGTCAA	180687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116238	AAAAACTAAAAGAATATAATTAATGGAGTATAAGGTAGTGGACCTGTCAA	116287

C  BX119977.10	180686	AGAAATGATTGTCAGTGTAATACGGGGCTTCAAGTGGGATTTGAATAGGC	180637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116288	AGAAATGATTGTCAGTGTAATACGGGGCTTCAAGTGGGATTTGAATAGGC	116337

C  BX119977.10	180636	ATCTGTCAATGGAGATGGGCATGCTAAGAAGGATGGTAAAGTCCACATGC	180587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116338	ATCTGTCAATGGAGATGGGCATGCTAAGAAGGATGGTAAAGTCCACATGC	116387

C  BX119977.10	180586	TCCAGCACTTAATTAACATTGCTGCTTGTTCAAACTACTTATTTAAAATA	180537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116388	TCCAGCACTTAATTAACATTGCTGCTTGTTCAAACTACTTATTTAAAATA	116437

C  BX119977.10	180536	AGCTGAAATCACACAATTCCCAAGAATTTTTTATTTATTTATTACATTTT	180487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116438	AGCTGAAATCACACAATTCCCAAGAATTTTTTATTTATTTATTACATTTT	116487

C  BX119977.10	180486	TTCAATCATTCATTTATTTTCTTTTCGGCGTAGTCCCTTTATTAATCCTG	180437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116488	TTCAATCATTCATTTATTTTCTTTTCGGCGTAGTCCCTTTATTAATCCTG	116537

C  BX119977.10	180436	GGTCGTCACAGTGGAATGAACCGTCAACTTATCCAGCATGTTTTTAAGGA	180387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116538	GGTCGTCACAGTGGAATGAACCGTCAACTTATCCAGCATGTTTTTAAGGA	116587

C  BX119977.10	180386	GCTGATGCCCTTCCAACCACAACCCATCTCTGCGAAATCTTTTATGTTCA	180337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116588	GCTGATGCCCTTCCAACCACAACCCATCTCTGCGAAATCTTTTATGTTCA	116637

C  BX119977.10	180336	ATCCATTTAAATTTGCTAAGTTAACTTAAAGGATTTGTATTGGTACAACA	180287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116638	ATCCATTTAAATTTGCTAAGTTAACTTAAAGGATTTGTATTGGTACAACA	116687

C  BX119977.10	180286	TGAATAAAATGTGTGGATCCCGGCATTTTTTACAGTGAGTGTCAGCCACA	180237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116688	TGAATAAAATGTGTGGATCCCGGCATTTTTTACAGTGAGTGTCAGCCACA	116737

C  BX119977.10	180236	AGTTTTTCCTGCAAATCTATCTGGCAGGTCATGAAACCAATATACACTTA	180187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352307.11	116738	AGTTTTTCCTGCAAATCTATCTGGCAGGTCATGAAACCAATATACACTTA	116787

Overview

Query
BX119977.10 - 182186 bps
Hit
CR352307.11 - 116787 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018832000180187182186-11147881167871
289.061131851044411046251322634171
386.131512702307823347123849241221
484.68138283109894110176-123850241231
583.26175444124843125286-129606300351
679.772266798585586533-138070387561
789.42139209103790103998138467386741
885.61270519136539137057156844573641
981.691173028258782888-169913702071
1080.95130319109841110159-169927702461
1181.11263399798298320-176403767461
1289.89231353104446104798185078854431
1382.891263008258882887-185079853761
1482.091343329796198292-185107854411
1588205342104441104782-187534878831
1685.75188336109841110176187544878801
1789.5127198104442104639-190751909501
1889.45124199125087125285193327935251
1981.41134328109825110152196460967871
2080.251133129798198292196472967801
2182.78117268118681118948196510967821
2284.672104941945919952198574990691
2385.98270550181450181999-198574991151
2484.02121248771667741311128141130571
2581.0613934410981211015511128221131591
2680.07116319979609827811128261131361
2786.0915133215806615839711149751153121
Short-link