<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX247872.12	1	GAATTCTGTTGAGCAATAAATAAGTAGCTAGAATAAGCAGCAAAATACAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	118828	GAATTCTGTTGAGCAATAAATAAGTAGCTAGAATAAGCAGCAAAATACAT	118877

BX247872.12	51	TTTTGAGTGTGTGTATCTTAGTGTGTATAATTACATAGCCAGAGATGATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	118878	TTTTGAGTGTGTGTATCTTAGTGTGTATAATTACATAGCCAGAGATGATG	118927

BX247872.12	101	CTTTGTATAGTCTAAATTTTAAAACAAGTGTTACCAAATAATATATGAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	118928	CTTTGTATAGTCTAAATTTTAAAACAAGTGTTACCAAATAATATATGAGC	118977

BX247872.12	151	ATAATATGAGTTCAATCTATCATTAGCCTCAATAAGAAAAATCATTTAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	118978	ATAATATGAGTTCAATCTATCATTAGCCTCAATAAGAAAAATCATTTAAA	119027

BX247872.12	201	TTCACTGTTCTGCAAAAAAACATTGAGAACAAAAAGCAAAGGATAAACAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119028	TTCACTGTTCTGCAAAAAAACATTGAGAACAAAAAGCAAAGGATAAACAA	119077

BX247872.12	251	GCTATTTGTGTGTGCCAAAATCCGAATCAATCTCTTTTTGAACATAACAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119078	GCTATTTGTGTGTGCCAAAATCCGAATCAATCTCTTTTTGAACATAACAT	119127

BX247872.12	301	GTTTTTGAACATAAGCGATCGACAATTCAATACCCCCGACTGACTCACAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119128	GTTTTTGAACATAAGCGATCGACAATTCAATACCCCCGACTGACTCACAT	119177

BX247872.12	351	TATCATGATGCTTTTTTTGATGGTTGTTTGTCTGTTATTTCAGTTTGAGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119178	TATCATGATGCTTTTTTTGATGGTTGTTTGTCTGTTATTTCAGTTTGAGC	119227

BX247872.12	401	TGCAGTCGATGCTGATCCTCTGTGACTTAAACATCCCGCAGAGAGACACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119228	TGCAGTCGATGCTGATCCTCTGTGACTTAAACATCCCGCAGAGAGACACA	119277

BX247872.12	451	TGCAGTGACCTTCCTGCAAGGAGACAGGTGAGACATGTCTGACATCTCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119278	TGCAGTGACCTTCCTGCAAGGAGACAGGTGAGACATGTCTGACATCTCAA	119327

BX247872.12	501	TTTTAAAGGCAGACACTGCAGACAAAAGCACTCTTTTTTGGCATCAATTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119328	TTTTAAAGGCAGACACTGCAGACAAAAGCACTCTTTTTTGGCATCAATTT	119377

BX247872.12	551	TGAGATTTGGGGCTTTTTTTGAGTCTAATGTAAAGGAAACATCCTTAATG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119378	TGAGATTTGGGGCTTTTTTTGAGTCTAATGTAAAGGAAACATCCTTAATG	119427

BX247872.12	601	CACTATTAGGTGTATCATTTGTTGCACCTTTTTAGCTTGTATCTGTACAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119428	CACTATTAGGTGTATCATTTGTTGCACCTTTTTAGCTTGTATCTGTACAC	119477

BX247872.12	651	TCTCAGAAATAAAGGTACAAAATCTGCCACTGGGATGGTACACATTTGTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119478	TCTCAGAAATAAAGGTACAAAATCTGCCACTGGGATGGTACACATTTGTA	119527

BX247872.12	701	CCATACAGGTGGACATTAGTACCTTTAGGGTACACCTTTGTACCTTTAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119528	CCATACAGGTGGACATTAGTACCTTTAGGGTACACCTTTGTACCTTTAAG	119577

BX247872.12	751	GTTTTTTACATTTAAGGTACTGTGAGGTAGGGCTGGGCCGATAAATTATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119578	GTTTTTTACATTTAAGGTACTGTGAGGTAGGGCTGGGCCGATAAATTATA	119627

BX247872.12	801	TCATATCGAATCACAATGAAATTTATCTCAGTAACGATAATAAGCTATGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119628	TCATATCGAATCACAATGAAATTTATCTCAGTAACGATAATAAGCTATGG	119677

BX247872.12	851	ACATTTTTACTCAATTTTGATCAAAGAGCCAATCACACAGCAGAAATATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119678	ACATTTTTACTCAATTTTGATCAAAGAGCCAATCACACAGCAGAAATATA	119727

BX247872.12	901	CAACAACGGTAATGTGTAATTGTGTTGATATTAGAGATATGATGCTCTAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119728	CAACAACGGTAATGTGTAATTGTGTTGATATTAGAGATATGATGCTCTAT	119777

BX247872.12	951	CCAGTATTGTTTGGCGAGCTCGATTCACTTTTCTGCCAGCAGTATTAGAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119778	CCAGTATTGTTTGGCGAGCTCGATTCACTTTTCTGCCAGCAGTATTAGAG	119827

BX247872.12	1001	GTTAGACTGTCGTTTATTTTAATGATGACTATTTTTACCATTTTTAATTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119828	GTTAGACTGTCGTTTATTTTAATGATGACTATTTTTACCATTTTTAATTA	119877

BX247872.12	1051	AGTAAAACATTTATTTTAAAATATTTCTATTATGTTTAATTTTAGAAAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119878	AGTAAAACATTTATTTTAAAATATTTCTATTATGTTTAATTTTAGAAAAT	119927

BX247872.12	1101	ACAATAAGTAAATTTTTGTTTGTGTACTGTATATCTGCTGTCAGTTACAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119928	ACAATAAGTAAATTTTTGTTTGTGTACTGTATATCTGCTGTCAGTTACAG	119977

BX247872.12	1151	TTCTTCAGAATATTATATTTTATATTGTATTTTATAAGTATATTACAGAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	119978	TTCTTCAGAATATTATATTTTATATTGTATTTTATAAGTATATTACAGAA	120027

BX247872.12	1201	AATCGGAATCTCCAAAACCTCTGAGTATTTATTCATTCATTCATTTTCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120028	AATCGGAATCTCCAAAACCTCTGAGTATTTATTCATTCATTCATTTTCTT	120077

BX247872.12	1251	TTCTGCTTATTCCCTTTATTAATCCGGGGTTGCCACAGCGGAATGAACTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120078	TTCTGCTTATTCCCTTTATTAATCCGGGGTTGCCACAGCGGAATGAACTG	120127

BX247872.12	1301	CCAACTTATCCGCCAAATGTTTTACACAGTGGATGCCCTTCCAGCTGCAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120128	CCAACTTATCCGCCAAATGTTTTACACAGTGGATGCCCTTCCAGCTGCAA	120177

BX247872.12	1351	CCCATCTCTGGGGAACACACTTACACTTTTATTAACACACATACACTAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120178	CCCATCTCTGGGGAACACACTTACACTTTTATTAACACACATACACTAGG	120227

BX247872.12	1401	ACAATTTTAGCTTACCCAATTCACCTGTACCACATGTCTTTGGACTTATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120228	ACAATTTTAGCTTACCCAATTCACCTGTACCACATGTCTTTGGACTTATG	120277

BX247872.12	1451	GGGGAAACCGGAGCACCCAGAAGAAACCCACGCAAACGCGGGGAGAACAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120278	GGGGAAACCGGAGCACCCAGAAGAAACCCACGCAAACGCGGGGAGAACAT	120327

BX247872.12	1501	GCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGTCGAGGCTCGAACCAGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120328	GCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGTCGAGGCTCGAACCAGC	120377

BX247872.12	1551	AACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACCGTGTCGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120378	AACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACCGTGTCGC	120427

BX247872.12	1601	CCATCTGAGTAATATGTAAACTTTTTGTTATTATGTTATTTAATGAAGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120428	CCATCTGAGTAATATGTAAACTTTTTGTTATTATGTTATTTAATGAAGCA	120477

BX247872.12	1651	TCTAATCTTTGTGTCTTCACTCATTGTTGCGATACTTCTTGAAAGCTGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120478	TCTAATCTTTGTGTCTTCACTCATTGTTGCGATACTTCTTGAAAGCTGGA	120527

BX247872.12	1701	AGCATTACCAACCTATATCGAAATATATATCGGTATGGTTCAATATGAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120528	AGCATTACCAACCTATATCGAAATATATATCGGTATGGTTCAATATGAAA	120577

BX247872.12	1751	AAGAATTATCGAGATTACACACTGTGAGTTATACACTTGTTTTTTAAGCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120578	AAGAATTATCGAGATTACACACTGTGAGTTATACACTTGTTTTTTAAGCT	120627

BX247872.12	1801	ATGCACCTTTTGAAAATGTACTGCCTTGTTGACAGATGTTGTACCTTGAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120628	ATGCACCTTTTGAAAATGTACTGCCTTGTTGACAGATGTTGTACCTTGAT	120677

BX247872.12	1851	TTCTGAGAGCAGAGTTATAAATTACAGTATTCATTCATTCATTCATTCAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120678	TTCTGAGAGCAGAGTTATAAATTACAGTATTCATTCATTCATTCATTCAT	120727

BX247872.12	1901	TCATTCATTCATTCATTCATTCATTTTCTTTTCGGTTTAGTCCCTTCATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120728	TCATTCATTCATTCATTCATTCATTTTCTTTTCGGTTTAGTCCCTTCATT	120777

BX247872.12	1951	AATCTGGGATCGCAACAGCGGAATGAACCGCCAAATGAATGGAATGGAAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352299.11	120778	AATCTGGGATCGCAACAGCGGAATGAACCGCCAAATGAATGGAATGGAAT	120827

Overview

Query
BX247872.12 - 199873 bps
Hit
CR352299.11 - 120827 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193720001200011188281208271
279.95122355108849109203-1193722901
383.3412928579615798991193722241
485.021432841936541939371193822241
583.02122284131916021202422941
686.721337712271603-1370940841
785.219136727148275141372040841
882.916837612271602124053244321
982.67127294169853170146124127244321
1083.5414832612691594130267305821
1181.551173027021870519130274305821
1292.61662158825188465132121323361
1393.15143219121610121828138994392121
1493.3168256121610121865139194394471
1591.15134226121607121832139739399641
1683.83173438104468104905169742701741
1785.621302801192112200169817701081
1883.19155355108849109203195805961491
1982.1312128712351521-11051331054231
2085.91242452164990165441-11074791079321
2183.28129291164676164966-11080031082891
2294.161111377961379749-11152711154071
2393.3310713519710019723411152711154051
2482.89145350701727052111200561204231
Short-link