<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR847802.11	1	TTTTAATCTGTAAAGTGTCTTGAAAATTATCTAGTAAAATATTATTTACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	169532	TTTTAATCTGTAAAGTGTCTTGAAAATTATCTAGTAAAATATTATTTACT	169581

CR847802.11	51	GTCATCATGACAAATAGAAAAGAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTAATAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	169582	GTCATCATGACAAATAGAAAAGAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTAATAA	169631

CR847802.11	101	AACTATTATGTTCAGAAATGTGTTAAAATAATCTAATCTTCGTTAAACAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	169632	AACTATTATGTTCAGAAATGTGTTAAAATAATCTAATCTTCGTTAAACAG	169681

CR847802.11	151	AAATTGAGGAAAAAATAAACAGGGATGCTAATAATTCAGGGGGGCTAATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	169682	AAATTGAGGAAAAAATAAACAGGGATGCTAATAATTCAGGGGGGCTAATA	169731

CR847802.11	201	ATTGAATATATATATATATATATTCGTTGTTGAATACATATTAATAGAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	169732	ATTGAATATATATATATATATATTCGTTGTTGAATACATATTAATAGAAA	169781

CR847802.11	251	ACATGCATATTGAAGTAAACTGTCCCTTTCAAGACTCTAAAACTTATTCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	169782	ACATGCATATTGAAGTAAACTGTCCCTTTCAAGACTCTAAAACTTATTCC	169831

CR847802.11	301	TGTGTTCTCAACTGTTTTTTTTTCTTTGTTTTCTTCTCTTATCTCCTACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	169832	TGTGTTCTCAACTGTTTTTTTTTCTTTGTTTTCTTCTCTTATCTCCTACA	169881

CR847802.11	351	CCCCATGAAATAGTCACAGACACTGCTGATCACAGAAAAGCAATTTCTCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	169882	CCCCATGAAATAGTCACAGACACTGCTGATCACAGAAAAGCAATTTCTCC	169931

CR847802.11	401	TTGTTTTTTCTTTAATTTCCCTATAAACTATGTTTCTAAGCATGTGTTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	169932	TTGTTTTTTCTTTAATTTCCCTATAAACTATGTTTCTAAGCATGTGTTTC	169981

CR847802.11	451	ATTGTGTGATTGAAGCAGGAGAACGAGAGGATGGTTCGTGACTGCAGCTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	169982	ATTGTGTGATTGAAGCAGGAGAACGAGAGGATGGTTCGTGACTGCAGCTT	170031

CR847802.11	501	TGTGGATTTTCATGGAGATAAAGACCCCCTGTGGTGCTCACTGTACCATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170032	TGTGGATTTTCATGGAGATAAAGACCCCCTGTGGTGCTCACTGTACCATG	170081

CR847802.11	551	AGCCAATGCTGCGATTCTCATCTGGACCCACAGTGCCAACACATTACATG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170082	AGCCAATGCTGCGATTCTCATCTGGACCCACAGTGCCAACACATTACATG	170131

CR847802.11	601	ACAGCAGGATGGCCGTTGACAGGGGAATTGGGGAAGAGGGTGTAGATTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170132	ACAGCAGGATGGCCGTTGACAGGGGAATTGGGGAAGAGGGTGTAGATTAG	170181

CR847802.11	651	GACTCGGGGCAGGGAGGGTGCAGACGATGGCCTTCAGCCAGTCGTGGGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170182	GACTCGGGGCAGGGAGGGTGCAGACGATGGCCTTCAGCCAGTCGTGGGTG	170231

CR847802.11	701	AATTTGACGCCTGGGTGAGTTCTCCAAATTCCCTTCTTCTTCTGCCTTCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170232	AATTTGACGCCTGGGTGAGTTCTCCAAATTCCCTTCTTCTTCTGCCTTCA	170281

CR847802.11	751	CGCACACTTCCTCGCGTGAAGGGAGAAGAAGGGCAGTGGCTGGGAAGAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170282	CGCACACTTCCTCGCGTGAAGGGAGAAGAAGGGCAGTGGCTGGGAAGAAT	170331

CR847802.11	801	CACCTTTGACCGCATGTTGATCTATAGCCCAGTGGACACAAAGACAAACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170332	CACCTTTGACCGCATGTTGATCTATAGCCCAGTGGACACAAAGACAAACA	170381

CR847802.11	851	AGCTTGAAGTGATGGGGGTGGAGCGTTGACTACTGTTGTTCTTTGAGAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170382	AGCTTGAAGTGATGGGGGTGGAGCGTTGACTACTGTTGTTCTTTGAGAGA	170431

CR847802.11	901	GAAAAAATAAGAACACTTTTTATA----------TATATATATATATATA	940
			||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||
CR352298.10	170432	GAAAAAATAAGAACACTTTTTATATATATATATATATATATATATATATA	170481

CR847802.11	941	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170482	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	170531

CR847802.11	991	TATGGCTGTCTTGGAGTTATTATTTCAGCTCATGATTCATTTATTAGATA	1040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170532	TATGGCTGTCTTGGAGTTATTATTTCAGCTCATGATTCATTTATTAGATA	170581

CR847802.11	1041	TAGTATGCATTACACTAGGAATGTGCCGATATTTTTGGACCGATACCGAT	1090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170582	TAGTATGCATTACACTAGGAATGTGCCGATATTTTTGGACCGATACCGAT	170631

CR847802.11	1091	AACTATTTCAAGACTGGTAAATGACATTTTTTCTTATTTTTCTGTATGAT	1140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170632	AACTATTTCAAGACTGGTAAATGACATTTTTTCTTATTTTTCTGTATGAT	170681

CR847802.11	1141	TGGAAAAACAAAAGGTAAACAAATAAAGGGAAAAACTGATCATATTTTAA	1190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170682	TGGAAAAACAAAAGGTAAACAAATAAAGGGAAAAACTGATCATATTTTAA	170731

CR847802.11	1191	AAGCATAAGATTTTTGAAAAGTTTGAACTGATCTTGACTTTCTATGGCCA	1240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170732	AAGCATAAGATTTTTGAAAAGTTTGAACTGATCTTGACTTTCTATGGCCA	170781

CR847802.11	1241	ACTTTCGTTTACCTAAATAAAATCTACTGCCTGATAAATAAAATAAATTC	1290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170782	ACTTTCGTTTACCTAAATAAAATCTACTGCCTGATAAATAAAATAAATTC	170831

CR847802.11	1291	ATAAAACTAAAGTTTCTGAAAACTAAAATAACTAAAAACTATACTATAAC	1340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170832	ATAAAACTAAAGTTTCTGAAAACTAAAATAACTAAAAACTATACTATAAC	170881

CR847802.11	1341	TATAACTAAAATCCAAATAGCTTAAAAAAGTTGACCTATTTTTTTTTTTA	1390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170882	TATAACTAAAATCCAAATAGCTTAAAAAAGTTGACCTATTTTTTTTTTTA	170931

CR847802.11	1391	CGATAACAGTAACATACAAAACAGCATTTAGCAATCAATATGGATCCAGA	1440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170932	CGATAACAGTAACATACAAAACAGCATTTAGCAATCAATATGGATCCAGA	170981

CR847802.11	1441	TAAATTGTGCATCCCTACAGTACATTACACTTATTTTCTGATATTGCCTC	1490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	170982	TAAATTGTGCATCCCTACAGTACATTACACTTATTTTCTGATATTGCCTC	171031

CR847802.11	1491	ATTTCCCAAATTAAAGGTATAGTTCATAAGAATGAAACATTTCGATCAAC	1540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	171032	ATTTCCCAAATTAAAGGTATAGTTCATAAGAATGAAACATTTCGATCAAC	171081

CR847802.11	1541	TTTCTCACCCGCAGGTCATTCAAGGTACAGTGCTCAGCAAATATAAGTAC	1590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	171082	TTTCTCACCCGCAGGTCATTCAAGGTACAGTGCTCAGCAAATATAAGTAC	171131

CR847802.11	1591	ACCCCTCAAAAATCTATCTTTTAAATTCAAATTTTTGTAGGAAGCTTTTA	1640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	171132	ACCCCTCAAAAATCTATCTTTTAAATTCAAATTTTTGTAGGAAGCTTTTA	171181

CR847802.11	1641	GAGATGGCAAAAGTACACACATCCTTTACTCAAGTAGAAGTACAGATGCT	1690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	171182	GAGATGGCAAAAGTACACACATCCTTTACTCAAGTAGAAGTACAGATGCT	171231

CR847802.11	1691	CATGTTTAAAACAACTCTGTTAAAAGTTGAAGTACTACTTTTGTACTCAA	1740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	171232	CATGTTTAAAACAACTCTGTTAAAAGTTGAAGTACTACTTTTGTACTCAA	171281

CR847802.11	1741	GTAAAAGTAAAGAAGTACAGCCTGAAATATTTATTTAAATAGAAAGTACC	1790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	171282	GTAAAAGTAAAGAAGTACAGCCTGAAATATTTATTTAAATAGAAAGTACC	171331

CR847802.11	1791	CATTACTGCATGTTTTATTTTCACTAGATAGGTAAATATCTGGTTTCCCC	1840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	171332	CATTACTGCATGTTTTATTTTCACTAGATAGGTAAATATCTGGTTTCCCC	171381

CR847802.11	1841	CATGTATCATCATCCTGACTCAAACTCACAACTTTAATCATGTAGTTTTG	1890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	171382	CATGTATCATCATCCTGACTCAAACTCACAACTTTAATCATGTAGTTTTG	171431

CR847802.11	1891	CGGCTGTTGGATCAAAAACAACAGCTGCCACTCATGTTCATACACTCTAA	1940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	171432	CGGCTGTTGGATCAAAAACAACAGCTGCCACTCATGTTCATACACTCTAA	171481

CR847802.11	1941	AAATAATTCTGTAGGTCTGTATATCTTTATAAATAATCTCTTACATTTTA	1990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352298.10	171482	AAATAATTCTGTAGGTCTGTATATCTTTATAAATAATCTCTTACATTTTA	171531

CR847802.11	1991	CACTGAATTC	2000
			||||||||||
CR352298.10	171532	CACTGAATTC	171541

Compact alignment

skip 900 bps 100% identity alignment

CR847802.11	901	GAAAAAATAAGAACACTTTTTATA----------TATATATATATATATA	940
			||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||
CR352298.10	170432	GAAAAAATAAGAACACTTTTTATATATATATATATATATATATATATATA	170481

skip 1060 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR847802.11 - 172545 bps
Hit
CR352298.10 - 171541 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link