<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX322785.6	176602	AAGCTTAAAAGTTTTAAGACACTGTTTAATCCTTCATTTGGAGTTGGCAG	176553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14354	AAGCTTAAAAGTTTTAAGACACTGTTTAATCCTTCATTTGGAGTTGGCAG	14403

C  BX322785.6	176552	CTTACGATCAGATAGACTAAAACATCTTATTAAAGGTGTTACTAAAATGT	176503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14404	CTTACGATCAGATAGACTAAAACATCTTATTAAAGGTGTTACTAAAATGT	14453

C  BX322785.6	176502	CATTCCCATGACATATATATATTAACCTCCTGTTTATTTTTTCCCCAATT	176453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14454	CATTCCCATGACATATATATATTAACCTCCTGTTTATTTTTTCCCCAATT	14503

C  BX322785.6	176452	TTTGTTTAATGGAGAGAAGATTTTTTCAACACATTTCTAAACAAAATGGA	176403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14504	TTTGTTTAATGGAGAGAAGATTTTTTCAACACATTTCTAAACAAAATGGA	14553

C  BX322785.6	176402	TTTAATAAATCATCTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGTTGA	176353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14554	TTTAATAAATCATCTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGTTGA	14603

C  BX322785.6	176352	CAGTAAATAATATTTGACTAGATATTCTTCAAGACACTTCTATACAGCTT	176303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14604	CAGTAAATAATATTTGACTAGATATTCTTCAAGACACTTCTATACAGCTT	14653

C  BX322785.6	176302	AAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGGTAACTAGGCAGGT	176253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14654	AAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGGTAACTAGGCAGGT	14703

C  BX322785.6	176252	TAGGGTAATTAGGCAAGTCATTGTATAATGATAGTTTGTTCTGTAGACTA	176203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14704	TAGGGTAATTAGGCAAGTCATTGTATAATGATAGTTTGTTCTGTAGACTA	14753

C  BX322785.6	176202	TTGAAAAAAACAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGACCTTAAAATGGTTT	176153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14754	TTGAAAAAAACAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGACCTTAAAATGGTTT	14803

C  BX322785.6	176152	TTAAATAATTAATAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATTAAACAAATAAGA	176103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14804	TTAAATAATTAATAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATTAAACAAATAAGA	14853

C  BX322785.6	176102	CTTTCTCCAGAAGAAAAAATATGATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTG	176053
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14854	CTTTCTCCAGAAGAAAAAATATGATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTG	14903

C  BX322785.6	176052	CTCTGTTAAACATCATTCGGGAACTATTGAAAAAAATCAAAGGGGGGGCT	176003
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14904	CTCTGTTAAACATCATTCGGGAACTATTGAAAAAAATCAAAGGGGGGGCT	14953

C  BX322785.6	176002	AATAATTCTGACTTTAACTGTAGGTGGACATAAAATCAGATTTCTGCAGA	175953
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	14954	AATAATTCTGACTTTAACTGTAGGTGGACATAAAATCAGATTTCTGCAGA	15003

C  BX322785.6	175952	TTGTTAAGTCATCAATCAATCTTCACTTAAATTGTGCAAAAATATGATAA	175903
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15004	TTGTTAAGTCATCAATCAATCTTCACTTAAATTGTGCAAAAATATGATAA	15053

C  BX322785.6	175902	ATATGTAAATATCAAATAAAGTGAAATGTTTAGAGGGATTGAATACATTT	175853
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15054	ATATGTAAATATCAAATAAAGTGAAATGTTTAGAGGGATTGAATACATTT	15103

C  BX322785.6	175852	TTAAAGTAATATTTCTCTACACTACCTGACAAAAGTCTTGTCATCGATTC	175803
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15104	TTAAAGTAATATTTCTCTACACTACCTGACAAAAGTCTTGTCATCGATTC	15153

C  BX322785.6	175802	CAGTTGTAAAAGCAACAAGTAATAACTTGACTTCTAGTTGATCATTTGGA	175753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15154	CAGTTGTAAAAGCAACAAGTAATAACTTGACTTCTAGTTGATCATTTGGA	15203

C  BX322785.6	175752	AAAGTTGCAGAAGGTACATTTTCTTTTCTGATGAATCATCTGTTGAGCTG	175703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15204	AAAGTTGCAGAAGGTACATTTTCTTTTCTGATGAATCATCTGTTGAGCTG	15253

C  BX322785.6	175702	CATCCCAATCATCTCAAATACTGCATAAGACCTACTTAAATTCTCATCGA	175653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15254	CATCCCAATCATCTCAAATACTGCATAAGACCTACTTAAATTCTCATCGA	15303

C  BX322785.6	175652	CCCAAGATTCTAACACAAGTCAGTCAAGTTCGGTGACGGGAAAATTATGG	175603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15304	CCCAAGATTCTAACACAAGTCAGTCAAGTTCGGTGACGGGAAAATTATGG	15353

C  BX322785.6	175602	TTTGGGGTTACATTCAGTATGGGGGCGTGCGAGAGATCTGCAGAGTGGAT	175553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15354	TTTGGGGTTACATTCAGTATGGGGGCGTGCGAGAGATCTGCAGAGTGGAT	15403

C  BX322785.6	175552	GGCAACATCAACAGCCTGAGATATCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACAT	175503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15404	GGCAACATCAACAGCCTGAGATATCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACAT	15453

C  BX322785.6	175502	TACAAACCACAGGAGAGGGCAAATTCTCCAGCAGGATAGCGCTGCTTCTC	175453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15454	TACAAACCACAGGAGAGGGCAAATTCTCCAGCAGGATAGCGCTGCTTCTC	15503

C  BX322785.6	175452	ATACTTCAGCCTCCACATCAAAGTTCCTGAAAGCAAAGAAGATCAAGCTG	175403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15504	ATACTTCAGCCTCCACATCAAAGTTCCTGAAAGCAAAGAAGATCAAGCTG	15553

C  BX322785.6	175402	CTCCAGGATTGGCCAGCCAAGTCACCGTACATGAACATTCTTGAGCATGT	175353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15554	CTCCAGGATTGGCCAGCCAAGTCACCGTACATGAACATTCTTGAGCATGT	15603

C  BX322785.6	175352	CTAGGGTAAAATGAAAGAGGAGGTGTTGAAGATGAATCCAAAGACTCTTG	175303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15604	CTAGGGTAAAATGAAAGAGGAGGTGTTGAAGATGAATCCAAAGACTCTTG	15653

C  BX322785.6	175302	ATGAACTCTGGGAGTCCTGCAGGAACGCTTTCTTTGCCATTCCAGATGAC	175253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15654	ATGAACTCTGGGAGTCCTGCAGGAACGCTTTCTTTGCCATTCCAGATGAC	15703

C  BX322785.6	175252	TTTATTAATCAGTGATTTGAGTCATGTCAGAGATGTGTGGATGCAGTCCT	175203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15704	TTTATTAATCAGTGATTTGAGTCATGTCAGAGATGTGTGGATGCAGTCCT	15753

C  BX322785.6	175202	CCAAGCTCATGATGGAGTCAGAAACAATTTCATTCTGTCTCCACTGCAGC	175153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15754	CCAAGCTCATGATGGAGTCAGAAACAATTTCATTCTGTCTCCACTGCAGC	15803

C  BX322785.6	175152	ATGACTTTATATTCTATACTGGACATTATTTCTGTAAAGTGATGAGACTT	175103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15804	ATGACTTTATATTCTATACTGGACATTATTTCTGTAAAGTGATGAGACTT	15853

C  BX322785.6	175102	TTGTCTAAGCAAAGTCAGACCTTGCTGTCTTAATTAAAGAATAAAAGATC	175053
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15854	TTGTCTAAGCAAAGTCAGACCTTGCTGTCTTAATTAAAGAATAAAAGATC	15903

C  BX322785.6	175052	AAGGCATGATCATATTTTATTTTGGTCAAATAAGTGAAATCTAGAGGCCT	175003
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15904	AAGGCATGATCATATTTTATTTTGGTCAAATAAGTGAAATCTAGAGGCCT	15953

C  BX322785.6	175002	TTGCTTTTCATATAAGCCACTTCTGATGCCAACTAGAAGTCAAGTTATTA	174953
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	15954	TTGCTTTTCATATAAGCCACTTCTGATGCCAACTAGAAGTCAAGTTATTA	16003

C  BX322785.6	174952	TTTGTTGTTCCTAAAACTTGGATAGGCTATAAGATATGTATATAAATATT	174903
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	16004	TTTGTTGTTCCTAAAACTTGGATAGGCTATAAGATATGTATATAAATATT	16053

C  BX322785.6	174902	TCTACTATAATGGATGTATTATAAAGAAAAACTTACAGTAGCTTTGTTTA	174853
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	16054	TCTACTATAATGGATGTATTATAAAGAAAAACTTACAGTAGCTTTGTTTA	16103

C  BX322785.6	174852	CCAATCAATTGCTTCTAATGTATCTAAGTATCTAAGTTATTTTTATTGTA	174803
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	16104	CCAATCAATTGCTTCTAATGTATCTAAGTATCTAAGTTATTTTTATTGTA	16153

C  BX322785.6	174802	TTGTTTAGGTTCTCAGCACTCCAAATATCCTTCCACTGCACAGAAATAGT	174753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	16154	TTGTTTAGGTTCTCAGCACTCCAAATATCCTTCCACTGCACAGAAATAGT	16203

C  BX322785.6	174752	AAAAAAAAGTCAGAAGATTCTGTCTGGCTCTACATGTGATTAATTCGGCA	174703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	16204	AAAAAAAAGTCAGAAGATTCTGTCTGGCTCTACATGTGATTAATTCGGCA	16253

C  BX322785.6	174702	TCCTAGAAACTACCTAAAAAAAAAAAGCTTCCTTTAGTGTCTGCAGGTTC	174653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	16254	TCCTAGAAACTACCTAAAAAAAAAAAGCTTCCTTTAGTGTCTGCAGGTTC	16303

C  BX322785.6	174652	CCACGCTTTAATGAATGCCAGATTCAAGAACTTTTTAAAGCACCATTAAT	174603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR352254.6	16304	CCACGCTTTAATGAATGCCAGATTCAAGAACTTTTTAAAGCACCATTAAT	16353

Overview

Query
BX322785.6 - 176602 bps
Hit
CR352254.6 - 16353 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019252000174603176602-114354163531
290.5631531263481264001243924911
393.6839951203091204031916092541
494.32318890612906991917592621
598.723878166220166297-1918092571
610037691602311602991918192491
798.5534699730697374-1918192491
897.56378232187322681918292631
997.53338195442955221918292621
1098.6834761662201662951918292571
1198.7235783218332260-1918292591
1296.330819061890698-1918292621
1397.5637829544095521-1918292631
141003368160232160299-1918292491
1598.653374120330120403-1918392561
161003164120484120547-1918892511
17100306258962590231919092511
1810030615896159021-1919092501
1987.77206403176081176483112251126511
2082.141173553662036974112292126551
2185.38102217119655119871114482147001
2290.77125196120780120975114495146891
2380.5144469170865171333114499149751
2481.25122364134066134429114612149791
2587.65138257115502115758114681149311
2688.97445698142246142943115274159801
Short-link