<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR352231.8	1	GAATTCTTCTTTCATCATTTCTAATGTTTCCAAATTGCATTGTTTGTATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	134904	GAATTCTTCTTTCATCATTTCTAATGTTTCCAAATTGCATTGTTTGTATT	134953

CR352231.8	51	TGTTCTTAGCAATTTTTATATCTGTGTTATATTAATTTCTGTGGCGGTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	134954	TGTTCTTAGCAATTTTTATATCTGTGTTATATTAATTTCTGTGGCGGTTC	135003

CR352231.8	101	ATTCCGCTGTGGTGGCCTCTGATAAATAAGAAATTAAGCAGAAGTGAATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135004	ATTCCGCTGTGGTGGCCTCTGATAAATAAGAAATTAAGCAGAAGTGAATA	135053

CR352231.8	151	GATGGACTATTTTCTGTAGAGCTGCTTCTGGTCATGACATGTTCATGCCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135054	GATGGACTATTTTCTGTAGAGCTGCTTCTGGTCATGACATGTTCATGCCC	135103

CR352231.8	201	AAATGGTTATAAGAGGTGTGTTTAGGGTATCATGTGCAGCATCCCTAATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135104	AAATGGTTATAAGAGGTGTGTTTAGGGTATCATGTGCAGCATCCCTAATT	135153

CR352231.8	251	TATTCTCTTAGGTAAGCCGAGATCTACTCTTAAGGTTCATACTTAGAGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135154	TATTCTCTTAGGTAAGCCGAGATCTACTCTTAAGGTTCATACTTAGAGGG	135203

CR352231.8	301	AAAATGTGCCTAATGCATTTTAAAGCATCAGAGTGGGTTCTCTGTATCGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135204	AAAATGTGCCTAATGCATTTTAAAGCATCAGAGTGGGTTCTCTGTATCGG	135253

CR352231.8	351	CCGATCACCATGACAAGAAATCGGTATCGCCTGCAAAAATCTTGATTGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135254	CCGATCACCATGACAAGAAATCGGTATCGCCTGCAAAAATCTTGATTGGA	135303

CR352231.8	401	GCATCCCTAGTATATAGTATTTAAAAATGCATTAACTGTTTTTATTAATC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135304	GCATCCCTAGTATATAGTATTTAAAAATGCATTAACTGTTTTTATTAATC	135353

CR352231.8	451	TATTTATTAATATTAACAACAACAATAATATGTTATTATTAAACTAAATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135354	TATTTATTAATATTAACAACAACAATAATATGTTATTATTAAACTAAATA	135403

CR352231.8	501	CTACAAATACTTTATTTACCTTATTTTAGTGTCAGGTTATTGTACTTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135404	CTACAAATACTTTATTTACCTTATTTTAGTGTCAGGTTATTGTACTTTTT	135453

CR352231.8	551	ATTAATATTTTAATTTAGTAACGTTATTGATTCCAATAATTTTATTCTGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135454	ATTAATATTTTAATTTAGTAACGTTATTGATTCCAATAATTTTATTCTGT	135503

CR352231.8	601	TTTAAATTTTGTGTCATCACTCAATACTTCACAAATTTTTCCCCCTTCCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135504	TTTAAATTTTGTGTCATCACTCAATACTTCACAAATTTTTCCCCCTTCCT	135553

CR352231.8	651	CACTCTGTCTCTCTATTTCATTTTAATAATTATAATAAAAATGTAATTAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135554	CACTCTGTCTCTCTATTTCATTTTAATAATTATAATAAAAATGTAATTAC	135603

CR352231.8	701	TAATTAATATTTGTAGTAGCAATTATAATTGTATTGCTGTTGTTATTTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135604	TAATTAATATTTGTAGTAGCAATTATAATTGTATTGCTGTTGTTATTTTT	135653

CR352231.8	751	ATTAATACAACTATAAATTATTACAATGTAGTAATGTTAATAATGACATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135654	ATTAATACAACTATAAATTATTACAATGTAGTAATGTTAATAATGACATT	135703

CR352231.8	801	ATTGCTGATATTATTAAATAATACTCCCACAAATTTTTATTTTTTTATTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135704	ATTGCTGATATTATTAAATAATACTCCCACAAATTTTTATTTTTTTATTA	135753

CR352231.8	851	TTTATTAAAGTGTTAGAATTTTTGAATAATGATTGTCATTTTTATTGATT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135754	TTTATTAAAGTGTTAGAATTTTTGAATAATGATTGTCATTTTTATTGATT	135803

CR352231.8	901	GTCATTTATTTATTTGTAATTAGTTATTAATTATATTAGCTTTAATTAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135804	GTCATTTATTTATTTGTAATTAGTTATTAATTATATTAGCTTTAATTAAA	135853

CR352231.8	951	ATAAATGAGACGTATTACCTTGGTGATTTATTTGCTGAGTTAAAGTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135854	ATAAATGAGACGTATTACCTTGGTGATTTATTTGCTGAGTTAAAGTTTTT	135903

CR352231.8	1001	CTATTTACTATTTCAACAAAATTATTTAACATTTATCCTTTTAGTTTTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135904	CTATTTACTATTTCAACAAAATTATTTAACATTTATCCTTTTAGTTTTGG	135953

CR352231.8	1051	CTAACTATAATAATCCTTGTTTATTATAATTGATAATGGGCTATGCTTAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	135954	CTAACTATAATAATCCTTGTTTATTATAATTGATAATGGGCTATGCTTAA	136003

CR352231.8	1101	TTTATTTTAAAAAATCATGATAAAATGTACTTGACAGTTATTCATTTAGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136004	TTTATTTTAAAAAATCATGATAAAATGTACTTGACAGTTATTCATTTAGC	136053

CR352231.8	1151	ATCACGCCATTCTTAAAATGCCTTGAATAAAGAAGGAAAAACAGCAGGAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136054	ATCACGCCATTCTTAAAATGCCTTGAATAAAGAAGGAAAAACAGCAGGAG	136103

CR352231.8	1201	TTTGTAAAATGTGTGTGTGTTTTTTCTTTTTACCTCTGCTACTTCTCATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136104	TTTGTAAAATGTGTGTGTGTTTTTTCTTTTTACCTCTGCTACTTCTCATT	136153

CR352231.8	1251	TAGCAGGAGATTATGGTCAGTTCCAGTAGGGACAGTTTCCCTCGAGCAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136154	TAGCAGGAGATTATGGTCAGTTCCAGTAGGGACAGTTTCCCTCGAGCAGC	136203

CR352231.8	1301	CTGGCCTACCATACTCAGGGGTGTTTGGAAATGAACCTGCACCTTTTGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136204	CTGGCCTACCATACTCAGGGGTGTTTGGAAATGAACCTGCACCTTTTGTA	136253

CR352231.8	1351	CTGTCATCCCAGATCCTTAACCCATTTGTATTGCTAGTAAAACGGTAAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136254	CTGTCATCCCAGATCCTTAACCCATTTGTATTGCTAGTAAAACGGTAAAG	136303

CR352231.8	1401	CTACTCAAATGACAGAGAGAGCGAGTAAATGTGTTTGTGTGTAAAACGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136304	CTACTCAAATGACAGAGAGAGCGAGTAAATGTGTTTGTGTGTAAAACGCA	136353

CR352231.8	1451	TGAAAGCCATTTAGAATTTGACCTCCTGACACTGCTTAGAGGCAGCTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136354	TGAAAGCCATTTAGAATTTGACCTCCTGACACTGCTTAGAGGCAGCTTTT	136403

CR352231.8	1501	CTTTAGTAGATTTGACACGCTCTCTTATGCGCTCACTTAAGTTTGGATTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136404	CTTTAGTAGATTTGACACGCTCTCTTATGCGCTCACTTAAGTTTGGATTT	136453

CR352231.8	1551	TTTTTCTTCTTCTGGTTGTTAAGCCACATAACTGGCAGTGCTGGTGCTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136454	TTTTTCTTCTTCTGGTTGTTAAGCCACATAACTGGCAGTGCTGGTGCTTT	136503

CR352231.8	1601	ACTGTATGTCTGCCCTGTCACTGTTTGTTCAGAGAGCTGTTGCATCATTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136504	ACTGTATGTCTGCCCTGTCACTGTTTGTTCAGAGAGCTGTTGCATCATTT	136553

CR352231.8	1651	CTTTCTACAATCTAGAGGTGTAACTTTTTTTTTGGTTATGCTTACAAGCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136554	CTTTCTACAATCTAGAGGTGTAACTTTTTTTTTGGTTATGCTTACAAGCA	136603

CR352231.8	1701	GTGTCTAAAATTGACTCTCATTAAACAACAAATGTGAGTAAAAATACAAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136604	GTGTCTAAAATTGACTCTCATTAAACAACAAATGTGAGTAAAAATACAAG	136653

CR352231.8	1751	TCAATAAATATTGGCCAGTTGATTTATTCAATTAAAGTCAGCTGATAAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136654	TCAATAAATATTGGCCAGTTGATTTATTCAATTAAAGTCAGCTGATAAAT	136703

CR352231.8	1801	GCAATTTCTTTTGTCATTTCTGTTTAAAGGTTTGAAATATTTGTACATGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136704	GCAATTTCTTTTGTCATTTCTGTTTAAAGGTTTGAAATATTTGTACATGA	136753

CR352231.8	1851	ACAGCCAAATAAACGTTTTTCATCTGTTGTGAAATAATTGTTGTTTAGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136754	ACAGCCAAATAAACGTTTTTCATCTGTTGTGAAATAATTGTTGTTTAGTT	136803

CR352231.8	1901	TTATTCAAAATGCATTATTTTCATTGTTTCTTACATGCAAGATTCTGGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136804	TTATTCAAAATGCATTATTTTCATTGTTTCTTACATGCAAGATTCTGGAA	136853

CR352231.8	1951	TTTAGCCAAATATAAATATCAGATAGAAAAATCAAGTGATAGTGCAGGGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352245.9	136854	TTTAGCCAAATATAAATATCAGATAGAAAAATCAAGTGATAGTGCAGGGT	136903

Overview

Query
CR352231.8 - 202686 bps
Hit
CR352245.9 - 136903 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100186920001200011349041369031
290.452443524456144912-147375477301
389.33235365114545114909-147375477301
487.93212358117467117824147375477221
589.83231345159219159563147375477281
684.311893977695577351150344507511
790.03226337154127154463150354506941
887.931953264459244917-150362507091
981.73158405124624125028167040674551
1085.972083857697677360-167065674561
1188.772213544456044913167083674561
1287.7209367114544114910167083674561
1390.08249367117466117832-167084674561
1487.67201348159214159561-167088674601
1591.55267374154139154512-167090674561
1683.291583481400214349-167112674641
1786.561913524456144912-11014951018511
1886189365114545114909-11014951018511
1986192365769777734111014951018511
2088.5822936811746711783411014951018531
2186.3218134115921915955911014951018451
2282.551664153863739051-11190551194841
Short-link