<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX323878.10	1	GAATTCTCAGTTCAAAAATCCAAATGATTAGAGGTGGGGAACTTTAAGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	81710	GAATTCTCAGTTCAAAAATCCAAATGATTAGAGGTGGGGAACTTTAAGGT	81759

BX323878.10	51	CTTCAGCATCCGATTACAATTATAGGAGTTACGATCCCAATCCAAAACAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	81760	CTTCAGCATCCGATTACAATTATAGGAGTTACGATCCCAATCCAAAACAT	81809

BX323878.10	101	ACATTGTTTATTTTTTCGGAAATACATCGATAACAGTGTAATATAATATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	81810	ACATTGTTTATTTTTTCGGAAATACATCGATAACAGTGTAATATAATATT	81859

BX323878.10	151	AATAATGACTTATATAATAACTGCACACTATGAATCATATAATAAGCATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	81860	AATAATGACTTATATAATAACTGCACACTATGAATCATATAATAAGCATT	81909

BX323878.10	201	AGAAAATAGTTAATTCATTCATCATTTAAGGATTAACTCTGCATTATTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	81910	AGAAAATAGTTAATTCATTCATCATTTAAGGATTAACTCTGCATTATTAA	81959

BX323878.10	251	ACAATAGTAAGCAGTTAGGCTTACACAATTTTTAGCCTATAATTGAGTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	81960	ACAATAGTAAGCAGTTAGGCTTACACAATTTTTAGCCTATAATTGAGTCT	82009

BX323878.10	301	ATTTATTTAACTATTTACTTGTGTAAATGTGTTTTAAATATATATTATTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82010	ATTTATTTAACTATTTACTTGTGTAAATGTGTTTTAAATATATATTATTT	82059

BX323878.10	351	CAATAATATTATTGACAAATATGCAAATGTTTATGATTTATGTACAATGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82060	CAATAATATTATTGACAAATATGCAAATGTTTATGATTTATGTACAATGC	82109

BX323878.10	401	AGATAGTAAATTAATAGTTTCTGTCGTTTAGTGGATGTATGCTATGAGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82110	AGATAGTAAATTAATAGTTTCTGTCGTTTAGTGGATGTATGCTATGAGAA	82159

BX323878.10	451	ATTTGCTTTGTTTACTAAACAAGTGGATCTAATTGGATTTGCAAACCTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82160	ATTTGCTTTGTTTACTAAACAAGTGGATCTAATTGGATTTGCAAACCTTA	82209

BX323878.10	501	AAATAAAAGTACAAAGGGTATTTTTTGATGAATTATGTATTTAATTACTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82210	AAATAAAAGTACAAAGGGTATTTTTTGATGAATTATGTATTTAATTACTA	82259

BX323878.10	551	AATCAATTATATTTCTAAAATTATATTTATAATTTGATTTATATACAATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82260	AATCAATTATATTTCTAAAATTATATTTATAATTTGATTTATATACAATA	82309

BX323878.10	601	CACATATAATGGCTTAATGATTGTATTTTCAAAATTTGTTAAAAAAAATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82310	CACATATAATGGCTTAATGATTGTATTTTCAAAATTTGTTAAAAAAAATA	82359

BX323878.10	651	AATTCAGTTACAAAATTAAGTGTGGCATTGTTTAACACAATTTAAGATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82360	AATTCAGTTACAAAATTAAGTGTGGCATTGTTTAACACAATTTAAGATTT	82409

BX323878.10	701	AAGTTTTTAGATCAATTTTAATGAGCAAGTAAATTACTAAACTATTTAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82410	AAGTTTTTAGATCAATTTTAATGAGCAAGTAAATTACTAAACTATTTAGA	82459

BX323878.10	751	CATCTTATTTGTCAGGCATATAGCTACTCTTGTTAATAAATGTTTATTAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82460	CATCTTATTTGTCAGGCATATAGCTACTCTTGTTAATAAATGTTTATTAT	82509

BX323878.10	801	TAAATCTCTACTGCAATTCAGTAGTAATTTAAGGACGCACTAAACAAAAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82510	TAAATCTCTACTGCAATTCAGTAGTAATTTAAGGACGCACTAAACAAAAG	82559

BX323878.10	851	CTTGGAATCTCAATCCTTTAAAAATACAATTACAGTGGAATACTGCTTAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82560	CTTGGAATCTCAATCCTTTAAAAATACAATTACAGTGGAATACTGCTTAT	82609

BX323878.10	901	GTGTGGCTATAGAAAAAAAACATGATGCATCTCAATTAGCATTTAACCAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82610	GTGTGGCTATAGAAAAAAAACATGATGCATCTCAATTAGCATTTAACCAT	82659

BX323878.10	951	CCTAATCAGTATTAAAAATTGAATTGGTGTATCCCAAATCATAATATGCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82660	CCTAATCAGTATTAAAAATTGAATTGGTGTATCCCAAATCATAATATGCT	82709

BX323878.10	1001	AAAATGAGTACTCCCAAAAGTTTGTCAAGTGCAGATCTGTGTACGCTTTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82710	AAAATGAGTACTCCCAAAAGTTTGTCAAGTGCAGATCTGTGTACGCTTTA	82759

BX323878.10	1051	CTGCCCAAAACACATCGTGTGTTGGATGTGAATTGCATTAGAACTATAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82760	CTGCCCAAAACACATCGTGTGTTGGATGTGAATTGCATTAGAACTATAAA	82809

BX323878.10	1101	CAGGGCTAAAATGTGTAAACTTGAAATATGGAGTATAAGTGAAAGAAGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82810	CAGGGCTAAAATGTGTAAACTTGAAATATGGAGTATAAGTGAAAGAAGCA	82859

BX323878.10	1151	GTTAAATCTAGAGGCTTCGGTAAATAAGTTTGAATGACTTCATTATTTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82860	GTTAAATCTAGAGGCTTCGGTAAATAAGTTTGAATGACTTCATTATTTTT	82909

BX323878.10	1201	TAAGCTGATGTAAAATATTTATTTAAAGTTTTCACATTTTATTTAATGCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82910	TAAGCTGATGTAAAATATTTATTTAAAGTTTTCACATTTTATTTAATGCA	82959

BX323878.10	1251	ACAGAGTGAACTTTTATAAAGATGCTGTTGGTCATTAATTTCTGAATGTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	82960	ACAGAGTGAACTTTTATAAAGATGCTGTTGGTCATTAATTTCTGAATGTA	83009

BX323878.10	1301	TAATTGTGCAAACCCCTGAGGAGATTTCTCTGCATGAAAGACTTATTAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83010	TAATTGTGCAAACCCCTGAGGAGATTTCTCTGCATGAAAGACTTATTAAC	83059

BX323878.10	1351	CTGCAGGAAATTAAATATGAATAAATGTGGATGATGTGACGAGATGATTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83060	CTGCAGGAAATTAAATATGAATAAATGTGGATGATGTGACGAGATGATTA	83109

BX323878.10	1401	AAAGGGCATAAAACTAAGCAACAGATTGGTCCGTTACTGAGGTAGTGGTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83110	AAAGGGCATAAAACTAAGCAACAGATTGGTCCGTTACTGAGGTAGTGGTA	83159

BX323878.10	1451	CAGTCACAAAGCTTGAATACTCGTCTTTAACACACTTAAAATATGTACGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83160	CAGTCACAAAGCTTGAATACTCGTCTTTAACACACTTAAAATATGTACGT	83209

BX323878.10	1501	TTTGTTCATAAAAAAACATCGAGTTGGCGAATTGGGACACAGCTTGTCTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83210	TTTGTTCATAAAAAAACATCGAGTTGGCGAATTGGGACACAGCTTGTCTT	83259

BX323878.10	1551	TCCAGCCAAACTGAATCTTTTTTTTCTGTTACAGAAAGTCTCAATAAAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83260	TCCAGCCAAACTGAATCTTTTTTTTCTGTTACAGAAAGTCTCAATAAAAA	83309

BX323878.10	1601	CACTAATGTCAATGAAAGTGATCAAATAAAATGAAGGCATCTTTTGGAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83310	CACTAATGTCAATGAAAGTGATCAAATAAAATGAAGGCATCTTTTGGAAA	83359

BX323878.10	1651	TAGCTTGACACTTCAGATGAAAATGGAATCAATTATATTTTTACGTCAGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83360	TAGCTTGACACTTCAGATGAAAATGGAATCAATTATATTTTTACGTCAGT	83409

BX323878.10	1701	AGATGGACTGGTGACCAGTTATCATTCACGTTATTTTTATTTTTTAAAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83410	AGATGGACTGGTGACCAGTTATCATTCACGTTATTTTTATTTTTTAAAGA	83459

BX323878.10	1751	AAAGAAATTCATTTAGATATGTGCACTCATCCAGTAACAGAACAAGTGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83460	AAAGAAATTCATTTAGATATGTGCACTCATCCAGTAACAGAACAAGTGAA	83509

BX323878.10	1801	GTCTTTTAGGAATATAATTACAAAACAAATGATTCATTATGTTGTTTATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83510	GTCTTTTAGGAATATAATTACAAAACAAATGATTCATTATGTTGTTTATT	83559

BX323878.10	1851	TGCACAATTTCCAGAGGCTTCACAAAATGACAGTATTTTTAGTTATCTAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83560	TGCACAATTTCCAGAGGCTTCACAAAATGACAGTATTTTTAGTTATCTAA	83609

BX323878.10	1901	TCCAAATAATCTAAGAACTGTGTTTATCCAGAATCATGCAGCTTGTGTTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83610	TCCAAATAATCTAAGAACTGTGTTTATCCAGAATCATGCAGCTTGTGTTA	83659

BX323878.10	1951	CTGTCAGTTTCTGAAAGTCTCTTTTTCTTCGTCACACAGAGAGACGGCTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR352235.8	83660	CTGTCAGTTTCTGAAAGTCTCTTTTTCTTCGTCACACAGAGAGACGGCTG	83709

Overview

Query
BX323878.10 - 190541 bps
Hit
CR352235.8 - 83709 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001861200012000181710837091
284.47521036333263434-1534254441
382.88131318177287177604-1534256681
479.6910332178891792111534256661
584.85519992316924141534354411
680.2116319893992571534656531
786.12791456309763241-1552156641
884.375812556309564331709872251
984.2210222789409166-1780980361
1078.5622155626256476-1864688591
1180.3751996572165919133262334591
1283.37202452101287101738-138802392701
1394.6671125674556856140028401381
1495.571111139254139364140028401381
1584.915610689399044-166666667711
1685.7178155162652162806-169461696211
1785.3765130162206162335-169952700741
1883.52154889910799594170551710471
1987.9875157111415111571178944791011
2090.73129206111608111813179206794101
2187.3274142174843174984179240793811
Short-link