<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR354436.14	179664	AATAAAGTAGATGAGGTTAATGTATTTAAGAAATCAAAAGCATTAAAAAA	179713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1	AATAAAGTAGATGAGGTTAATGTATTTAAGAAATCAAAAGCATTAAAAAA	50

CR354436.14	179714	TAGTAGAGCAACAGGGTTAGATAATATACCAGTGCAGTTCCTAAAAGACT	179763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	51	TAGTAGAGCAACAGGGTTAGATAATATACCAGTGCAGTTCCTAAAAGACT	100

CR354436.14	179764	CTGCGAAATTAATCTCTCCAATGGTTACACATATTATTAATCTTTCTATT	179813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	101	CTGCGAAATTAATCTCTCCAATGGTTACACATATTATTAATCTTTCTATT	150

CR354436.14	179814	TGTCATGGTAAAGTTCCAGATGAGCTAAAACAAGCACGAGTTATTCTTCT	179863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	151	TGTCATGGTAAAGTTCCAGATGAGCTAAAACAAGCACGAGTTATTCTTCT	200

CR354436.14	179864	TTTTAAGAAAGGTTGTAGGTTTGATGTTAATAATTATAGGCCGGTATCAA	179913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	201	TTTTAAGAAAGGTTGTAGGTTTGATGTTAATAATTATAGGCCGGTATCAA	250

CR354436.14	179914	TTGAGTTCTTTTGTCTAAAGTGATGGAGAAAATTATTTATAAGCAGATTG	179963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	251	TTGAGTTCTTTTGTCTAAAGTGATGGAGAAAATTATTTATAAGCAGATTG	300

CR354436.14	179964	TAAATTATTTTTTAAAATAGGACATATTGTATGAATTTCAATCCGGTTTT	180013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	301	TAAATTATTTTTTAAAATAGGACATATTGTATGAATTTCAATCCGGTTTT	350

CR354436.14	180014	AGGAAAAATCATTCTACTGGTTCAACAATTTTATATTTAATTGATTATAT	180063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	351	AGGAAAAATCATTCTACTGGTTCAACAATTTTATATTTAATTGATTATAT	400

CR354436.14	180064	AAAGAGATAAAAAGTTTATATATAAAGATATAAAGTCTCTGAATGGTTTT	180113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	401	AAAGAGATAAAAAGTTTATATATAAAGATATAAAGTCTCTGAATGGTTTT	450

CR354436.14	180114	GTCTTAATAAATTGTCCTTACATTTGGGTAAAACTGAATTTATTTTATTT	180163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	451	GTCTTAATAAATTGTCCTTACATTTGGGTAAAACTGAATTTATTTTATTT	500

CR354436.14	180164	GATTCAGCTGCGAAATTAAGAAAATGTGTCTGGGCAAAGATAAAAGTAGG	180213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	501	GATTCAGCTGCGAAATTAAGAAAATGTGTCTGGGCAAAGATAAAAGTAGG	550

CR354436.14	180214	GGATCAAGTTGTTACTCCAGAACACGTAGTGAAATACTTAGGTTGCATTT	180263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	551	GGATCAAGTTGTTACTCCAGAACACGTAGTGAAATACTTAGGTTGCATTT	600

CR354436.14	180264	TAGATTTTTGCATTTTCAAAAATCTGTTCTAGAATAAAGTTTTTAGCAAG	180313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	601	TAGATTTTTGCATTTTCAAAAATCTGTTCTAGAATAAAGTTTTTAGCAAG	650

CR354436.14	180314	ACAGGCAGTGCTACTAGATACCAAAACTCTCAAAATTTTAGCTAGTGCAT	180363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	651	ACAGGCAGTGCTACTAGATACCAAAACTCTCAAAATTTTAGCTAGTGCAT	700

CR354436.14	180364	TAGTGCAGCCATACTTTGACTATCCTGCAGCTTTTGGTACAGCGGTACTT	180413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	701	TAGTGCAGCCATACTTTGACTATCCTGCAGCTTTTGGTACAGCGGTACTT	750

CR354436.14	180414	CTAAAAAAATGAAAAATAAATTGCAGACAGCCCAAAATAAGTTGTGTAAA	180463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	751	CTAAAAAAATGAAAAATAAATTGCAGACAGCCCAAAATAAGTTGTGTAAA	800

CR354436.14	180464	ATTATTATGAAAGTTCCTCCACTGACACATTCAAATAAAGAACATTAAAG	180513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	801	ATTATTATGAAAGTTCCTCCACTGACACATTCAAATAAAGAACATTAAAG	850

CR354436.14	180514	TCAAAGTAATTTTTTAAAAGTTGAGAAGAGGCTAAAGTTTTTAAAATTAG	180563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	851	TCAAAGTAATTTTTTAAAAGTTGAGAAGAGGCTAAAGTTTTTAAAATTAG	900

CR354436.14	180564	TGATGGTTTTTAAGATTTTAAAGAAAACGGTCCCAAAATATTTTCTTAAT	180613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	901	TGATGGTTTTTAAGATTTTAAAGAAAACGGTCCCAAAATATTTTCTTAAT	950

CR354436.14	180614	TATCATGTTTTAGTCAGCGAGGTGCACAGTCATTCTACAAGAGCACGCAG	180663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	951	TATCATGTTTTAGTCAGCGAGGTGCACAGTCATTCTACAAGAGCACGCAG	1000

CR354436.14	180664	CAGGGATAATTACCCATATAGATTCAAGAGTGAATCAGGTAAAAATTCTT	180713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1001	CAGGGATAATTACCCATATAGATTCAAGAGTGAATCAGGTAAAAATTCTT	1050

CR354436.14	180714	TTTTGTATACGAGCTCTGCTGCTTGGAATATTTTGCCCACCATTTTAAAG	180763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1051	TTTTGTATACGAGCTCTGCTGCTTGGAATATTTTGCCCACCATTTTAAAG	1100

CR354436.14	180764	AGATTCAAATTGAGAGTGTTTTTAGAAGGGAAATTAAAAAGTGTTTGTTT	180813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1101	AGATTCAAATTGAGAGTGTTTTTAGAAGGGAAATTAAAAAGTGTTTGTTT	1150

CR354436.14	180814	TAAAGTTGAAGTTTTTTTATTGTGCCGAGTTGCTGAGCTGTTGATGTTTG	180863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1151	TAAAGTTGAAGTTTTTTTATTGTGCCGAGTTGCTGAGCTGTTGATGTTTG	1200

CR354436.14	180864	CAAGCCATTAATGATTTGCTCCTCCATTTAAGAATCGAGGACCACAATGG	180913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1201	CAAGCCATTAATGATTTGCTCCTCCATTTAAGAATCGAGGACCACAATGG	1250

CR354436.14	180914	AAATAAGCCTGTGGCTTTTTTGTGTATTTTATGTATGAATTTGTATGAAT	180963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1251	AAATAAGCCTGTGGCTTTTTTGTGTATTTTATGTATGAATTTGTATGAAT	1300

CR354436.14	180964	TAGTCTAACTGGACTTGTTTGTATATTTTTTGGTAAAATTGTCAAATAAA	181013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1301	TAGTCTAACTGGACTTGTTTGTATATTTTTTGGTAAAATTGTCAAATAAA	1350

CR354436.14	181014	ATCAATCAATCAATCAAACTTGATAAAATATTACAAAGCATGGGCATTGC	181063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1351	ATCAATCAATCAATCAAACTTGATAAAATATTACAAAGCATGGGCATTGC	1400

CR354436.14	181064	TAGGTCTATTTTAATGGTGCTGTAGCTCCCGTAAATTTCTATTTAGCCCC	181113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1401	TAGGTCTATTTTAATGGTGCTGTAGCTCCCGTAAATTTCTATTTAGCCCC	1450

CR354436.14	181114	ACTAAAATCTTTGCAATTAGCTCATAAACTGTACACTAAATTATCGCTCA	181163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1451	ACTAAAATCTTTGCAATTAGCTCATAAACTGTACACTAAATTATCGCTCA	1500

CR354436.14	181164	GTCTCCTTTAAATTTGATAAGAAAACGGCGGCAGAATTCAGCTCCTCCCC	181213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1501	GTCTCCTTTAAATTTGATAAGAAAACGGCGGCAGAATTCAGCTCCTCCCC	1550

CR354436.14	181214	GTCTTTTGTTTTTCATTTTATCAGCAAACCACAGCCGTGGACAGCAAGAA	181263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1551	GTCTTTTGTTTTTCATTTTATCAGCAAACCACAGCCGTGGACAGCAAGAA	1600

CR354436.14	181264	AACGAGGTGTGTTTTTATTGATAAATTGTTATAATATCTGCTTATTTGCA	181313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1601	AACGAGGTGTGTTTTTATTGATAAATTGTTATAATATCTGCTTATTTGCA	1650

CR354436.14	181314	GTTCCTTGATAAAGATAACCTTGTGTAAGAATTAAAATGATGACGAAGAA	181363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1651	GTTCCTTGATAAAGATAACCTTGTGTAAGAATTAAAATGATGACGAAGAA	1700

CR354436.14	181364	AATCTCAATGAAAATATATTTATTCAGCATAGCAGTCTCAAAATACATGG	181413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1701	AATCTCAATGAAAATATATTTATTCAGCATAGCAGTCTCAAAATACATGG	1750

CR354436.14	181414	CAGTACCTTGGGTTCACCAGAGTCAGAATGAACCCTGAACTTTCCTAAAC	181463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1751	CAGTACCTTGGGTTCACCAGAGTCAGAATGAACCCTGAACTTTCCTAAAC	1800

CR354436.14	181464	TCAAACCTTTATACTGTTTTTGATGTTTCCTTTAAATGTTAATGAAGTTG	181513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1801	TCAAACCTTTATACTGTTTTTGATGTTTCCTTTAAATGTTAATGAAGTTG	1850

CR354436.14	181514	CTCCTTGGCTGTTGACCCAGCGGTTCTCTCTATCTTATCATGTTAATGCA	181563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1851	CTCCTTGGCTGTTGACCCAGCGGTTCTCTCTATCTTATCATGTTAATGCA	1900

CR354436.14	181564	GTTTCAACACCATTGATGAGATGGTTCTCTGTGCACCACACCCATTCCCA	181613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1901	GTTTCAACACCATTGATGAGATGGTTCTCTGTGCACCACACCCATTCCCA	1950

CR354436.14	181614	TTCTACAATTCAAGAGTTCACACTTCGCTGATGATTAATTATAAAAGCTT	181663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR339056.8	1951	TTCTACAATTCAAGAGTTCACACTTCGCTGATGATTAATTATAAAAGCTT	2000

Overview

Query
CR354436.14 - 181663 bps
Hit
CR339056.8 - 27007 bps
Total alignments
16
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190120001796641816631120001
277.466936530809311731851388671
391.3910715188248974-124540246901
495.2217602126148339150464-124688268161
595.7317992128161915164042-124688268161
695.9618182128173093175220-124688268161
782.865271139116737117875125249263971
876.812739651198712951125261262131
984.35029687700477971-125261262281
1084.165019663868139646-125263262281
1181.684129366794068875-125265262031
1287.045789573221033166-125272262281
1379.223238862266223547125318262031
1482.95424880128978129857-125350262291
1585.71117210111343111552-126017262261
1681.4434973201932115-126323264191
Short-link