<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR361545.10	1	TTTTATTTAGATAAATACAGGAAAACATTGCAAAGAATTTTTAAATTTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152313	TTTTATTTAGATAAATACAGGAAAACATTGCAAAGAATTTTTAAATTTTT	152362

CR361545.10	51	ACATTGGATTGTGTTAAATATTTTTGTTTGTGTGTGTTACATCGTGTTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152363	ACATTGGATTGTGTTAAATATTTTTGTTTGTGTGTGTTACATCGTGTTGA	152412

CR361545.10	101	CTATATTGGGCAGCCTGTTAACTGTAGACTTGAGTCTTCTGTGTTCTTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152413	CTATATTGGGCAGCCTGTTAACTGTAGACTTGAGTCTTCTGTGTTCTTCT	152462

CR361545.10	151	GAGCGCTATATTTGTCCCCTTATGAATATTATCCATAGTTTTACTGTAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152463	GAGCGCTATATTTGTCCCCTTATGAATATTATCCATAGTTTTACTGTAGT	152512

CR361545.10	201	TACCATGTAGTAACCATTCTTTTTTCTGCGTTGATTTTTAGAACCATTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152513	TACCATGTAGTAACCATTCTTTTTTCTGCGTTGATTTTTAGAACCATTTT	152562

CR361545.10	251	TTTTCTGTAAGTATCATGCTTAAGCTATGGTTAGCAAAAATATGGGTGAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152563	TTTTCTGTAAGTATCATGCTTAAGCTATGGTTAGCAAAAATATGGGTGAT	152612

CR361545.10	301	TTGGCTTTACCATGGTTTGACCACAATAAAAAGTCTTCATGTAAGTTTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152613	TTGGCTTTACCATGGTTTGACCACAATAAAAAGTCTTCATGTAAGTTTTT	152662

CR361545.10	351	GTTGGCTGGCCTCTGTTAGCTTTGCAACATGGCAACATCAAACTTGATTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152663	GTTGGCTGGCCTCTGTTAGCTTTGCAACATGGCAACATCAAACTTGATTA	152712

CR361545.10	401	GGGTCTCCTTTATAAAGTGTTGTTTGTGCAGTGTAGAGTTGCTATTGGAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152713	GGGTCTCCTTTATAAAGTGTTGTTTGTGCAGTGTAGAGTTGCTATTGGAG	152762

CR361545.10	451	TTGTCTGTGCCAAATAAGTCTCTTGTAACATTTCATGATGATGATTAAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152763	TTGTCTGTGCCAAATAAGTCTCTTGTAACATTTCATGATGATGATTAAGA	152812

CR361545.10	501	TCAAGATGCTCTTTTAAAAGGCAGCTGCCTACAGTTTGTAAAAGTAGACA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152813	TCAAGATGCTCTTTTAAAAGGCAGCTGCCTACAGTTTGTAAAAGTAGACA	152862

CR361545.10	551	TTGTGTCTTGTAGATATTTTTTTTATCGGCGTTAACGCGAGACTCTTATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152863	TTGTGTCTTGTAGATATTTTTTTTATCGGCGTTAACGCGAGACTCTTATC	152912

CR361545.10	601	GCACGATAAAAAATATCGCCGTAAATCTATTCTTCAAAGTTGGTTTGGTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152913	GCACGATAAAAAATATCGCCGTAAATCTATTCTTCAAAGTTGGTTTGGTA	152962

CR361545.10	651	GCTGGGTCTATTCTACGCAAGCTATGATGACTTTCACCTTGATATTTTAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	152963	GCTGGGTCTATTCTACGCAAGCTATGATGACTTTCACCTTGATATTTTAG	153012

CR361545.10	701	CACGGATGTATACCTGCCTGGTGAGGAATCTGACAAAAAGTGCCCTTCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153013	CACGGATGTATACCTGCCTGGTGAGGAATCTGACAAAAAGTGCCCTTCTG	153062

CR361545.10	751	AATCATACCAGCAGGATGCCTGACTTTAACTGCAGTTCGGCAGTTTCACG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153063	AATCATACCAGCAGGATGCCTGACTTTAACTGCAGTTCGGCAGTTTCACG	153112

CR361545.10	801	TTAACTCTTGAAGATTTCATTCATGCTACCGTGACAAACTGGGGTATTAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153113	TTAACTCTTGAAGATTTCATTCATGCTACCGTGACAAACTGGGGTATTAG	153162

CR361545.10	851	ACGCAAATAAGCAGTAAGGACTGGTGAGAGTGTTATGGAGTTTAATAATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153163	ACGCAAATAAGCAGTAAGGACTGGTGAGAGTGTTATGGAGTTTAATAATG	153212

CR361545.10	901	CACGCCAACGCGTTTCCACTTCCGCATTTCACAATGTGTGTGTGTGTGTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153213	CACGCCAACGCGTTTCCACTTCCGCATTTCACAATGTGTGTGTGTGTGTG	153262

CR361545.10	951	TGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGCGGTCCTTGACTTGACAGCCGCCTGTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153263	TGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGCGGTCCTTGACTTGACAGCCGCCTGTGT	153312

CR361545.10	1001	GGATCTTGTCAGAAAATATGGCGAAAAGTCCTACATGATGGTAATAGTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153313	GGATCTTGTCAGAAAATATGGCGAAAAGTCCTACATGATGGTAATAGTTT	153362

CR361545.10	1051	AACTGCGGTGTTTACTTCCATTTCTGTTTAGTTCAGTTATGACTTTAGTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153363	AACTGCGGTGTTTACTTCCATTTCTGTTTAGTTCAGTTATGACTTTAGTT	153412

CR361545.10	1101	GCATTAAGGTAATCAATAATCGCTGTTTACATGGTAGACTCCTAATCAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153413	GCATTAAGGTAATCAATAATCGCTGTTTACATGGTAGACTCCTAATCAGA	153462

CR361545.10	1151	GTATTGTTTTAATCATATTAAAATTGTATTAAAGTATTGTTGCCCATGTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153463	GTATTGTTTTAATCATATTAAAATTGTATTAAAGTATTGTTGCCCATGTA	153512

CR361545.10	1201	AACATACTCAATGTTTGACACACCGTCAGGGCTCTGTGAACTCGGCTTCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153513	AACATACTCAATGTTTGACACACCGTCAGGGCTCTGTGAACTCGGCTTCG	153562

CR361545.10	1251	CGAAGAAGCATTTTCTGTATATACATACATCAAAAGCAAGTTAGGAGCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153563	CGAAGAAGCATTTTCTGTATATACATACATCAAAAGCAAGTTAGGAGCTT	153612

CR361545.10	1301	ATGTCGGCCTACAGTTCAAAATTCATGTTTAGCTGAATAAACAGTTAGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153613	ATGTCGGCCTACAGTTCAAAATTCATGTTTAGCTGAATAAACAGTTAGTA	153662

CR361545.10	1351	AACACAAGTACATCTTATTGAACATCATTTATTGTCATCACCAATTATCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153663	AACACAAGTACATCTTATTGAACATCATTTATTGTCATCACCAATTATCA	153712

CR361545.10	1401	TAGTAGAACAATTTTTCAAGCAGTTTGTGATGCATTTTGGAAACAGGAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153713	TAGTAGAACAATTTTTCAAGCAGTTTGTGATGCATTTTGGAAACAGGAGA	153762

CR361545.10	1451	TTCAGAGCCACTGGTCTAATGCACCACCTGGCTTGAGAAACCCTTTCTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153763	TTCAGAGCCACTGGTCTAATGCACCACCTGGCTTGAGAAACCCTTTCTCA	153812

CR361545.10	1501	AAGACTTATTATTTGGGTTGCACACATACTCTGAATGCTTTCGGCAGAAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153813	AAGACTTATTATTTGGGTTGCACACATACTCTGAATGCTTTCGGCAGAAT	153862

CR361545.10	1551	TCAAATGAGCCATTTTAATCTAGATTAATCTAGATTAATTTCGAGATTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153863	TCAAATGAGCCATTTTAATCTAGATTAATCTAGATTAATTTCGAGATTGA	153912

CR361545.10	1601	AAAAAAATCTATGCCCACCTATAATATATATGAAGTGTTGTAAAACATTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153913	AAAAAAATCTATGCCCACCTATAATATATATGAAGTGTTGTAAAACATTT	153962

CR361545.10	1651	TTTATTTTTGAATGATGTATATAATCTTATGGTTATCATGCAAAGGTCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	153963	TTTATTTTTGAATGATGTATATAATCTTATGGTTATCATGCAAAGGTCAA	154012

CR361545.10	1701	ATTAGAGCTGGTTGTTTCACTTAAAGAAGTCCCATAGTGAATAAGTTGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	154013	ATTAGAGCTGGTTGTTTCACTTAAAGAAGTCCCATAGTGAATAAGTTGCT	154062

CR361545.10	1751	TACTTAGAAGGCAATATGCAATGACAAAAGTCATAACATGTTAAAAAGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	154063	TACTTAGAAGGCAATATGCAATGACAAAAGTCATAACATGTTAAAAAGAA	154112

CR361545.10	1801	ATAATTTAGGTCAAATATATGCAAACTTAACCACTGTGTTAAGGTTGGGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	154113	ATAATTTAGGTCAAATATATGCAAACTTAACCACTGTGTTAAGGTTGGGT	154162

CR361545.10	1851	TAAGAAATTAAATTAATAAACAAAGGAAATCTTGCAATTTTACCCAAATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	154163	TAAGAAATTAAATTAATAAACAAAGGAAATCTTGCAATTTTACCCAAATT	154212

CR361545.10	1901	TGGAAACAATTTTTTTTGAGTGTAGATTTTGGAAATAAACTCAGATTTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	154213	TGGAAACAATTTTTTTTGAGTGTAGATTTTGGAAATAAACTCAGATTTAA	154262

CR361545.10	1951	TGCAACTTTAGACTGATATATGTTTTTTTTCTTTTTAAATATGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318635.8	154263	TGCAACTTTAGACTGATATATGTTTTTTTTCTTTTTAAATATGTGAATTC	154312

Overview

Query
CR361545.10 - 112007 bps
Hit
CR318635.8 - 154312 bps
Total alignments
33
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192320001200011523131543121
297.87389455357554501155116441
395.513490100662100751-123743238311
496.434084100662100745123768238511
595.433852984129925-123771238571
689.05731361678416919129671298071
794.743694100640100733148009481031
81003673100662100734-148025480971
998.6533742985729930148036481091
1010034692985729925-148037481051
1187.93671491675816906-164149642971
1287.095612591729296164155642781
1398.7238786896469041-165573656501
1498.6837761179311868165575656501
1593.953846790967992-178985790661
1685.83571276791368039184085842111
1798.738776896569041190203902791
1898.6737751179311867-190225902991
1910033338664986681-195359953911
2086.9210721090879296-195414956271
2185.71811811677716957-196113962941
2298.7334795537255450-11098771099551
231003675117931186711265211265951
2410037776896569041-11265591266351
2580.41754862866829153-11303601308491
2681.4660154955279568011326331327831
2781.96112263959299619111330311332851
28802266362866629301-11381791388231
2997.53380298462992511466771467561
301003673100661100733-11466921467641
31100367410066210073511466921467651
3210035712985529925-11466951467651
3392.866598679426803911489591490561
Short-link