<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT027728.5	1	GGTTCTGGAGGGCCGGTGTCCTTAAGTGTTTAGCTCTAACCCTAATCAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	156789	GGTTCTGGAGGGCCGGTGTCCTTAAGTGTTTAGCTCTAACCCTAATCAAA	156838

CT027728.5	51	CACACCTGAACCAGCTAATCAAGCTCTTACTAGATATAGGCCTACTAGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	156839	CACACCTGAACCAGCTAATCAAGCTCTTACTAGATATAGGCCTACTAGAA	156888

CT027728.5	101	CAGGGGTGGCCAAACTCGATCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCATAGTTTAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	156889	CAGGGGTGGCCAAACTCGATCCTGGAGGGCCGGTGTCCTGCATAGTTTAG	156938

CT027728.5	151	CTCTTTCAAGACACCTGCTTGGAAGTTTCTAGTATACACCTAAACTAGAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	156939	CTCTTTCAAGACACCTGCTTGGAAGTTTCTAGTATACACCTAAACTAGAA	156988

CT027728.5	201	AGAGCTTGATTAGCTGGTTCATGTGTGTTTAATTGGGGTTGGAACTAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	156989	AGAGCTTGATTAGCTGGTTCATGTGTGTTTAATTGGGGTTGGAACTAAAA	157038

CT027728.5	251	TATGCTGAACACTGGCCCTCCAGGACAGAGTTTGGGCACCCCTATACTAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157039	TATGCTGAACACTGGCCCTCCAGGACAGAGTTTGGGCACCCCTATACTAA	157088

CT027728.5	301	AAACTTCCTAGCAGGTGTGTTGAAGCAAGTTGGAGCTAAACTCAGCAGGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157089	AAACTTCCTAGCAGGTGTGTTGAAGCAAGTTGGAGCTAAACTCAGCAGGA	157138

CT027728.5	351	CACCGGCCCTCTAGGACCGAGTTTGGACATCCCTGTTTTAGTAAAGCTGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157139	CACCGGCCCTCTAGGACCGAGTTTGGACATCCCTGTTTTAGTAAAGCTGC	157188

CT027728.5	401	GGTCACGCTAGAGTTAGAGCTTGCGAAATTCTGTCATGCAGCGCTGTGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157189	GGTCACGCTAGAGTTAGAGCTTGCGAAATTCTGTCATGCAGCGCTGTGAA	157238

CT027728.5	451	AAGGGGGATTACAAAAGATCATTAGACATATTAAAAAGCGAGCGATTAGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157239	AAGGGGGATTACAAAAGATCATTAGACATATTAAAAAGCGAGCGATTAGT	157288

CT027728.5	501	CCATTTTTAAAACTTCTGTCCAGGGAGGTCATTTTTTGATCTTTGATTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157289	CCATTTTTAAAACTTCTGTCCAGGGAGGTCATTTTTTGATCTTTGATTGG	157338

CT027728.5	551	TTTCATGCAGTCGTGTGATGCAATTTCACAGGTCAGAGTTCACCAAGATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157339	TTTCATGCAGTCGTGTGATGCAATTTCACAGGTCAGAGTTCACCAAGATT	157388

CT027728.5	601	GAACTTTGCAACGCAGCAACCTTCGAAACTTGTTGCATGAGCTTGCGTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157389	GAACTTTGCAACGCAGCAACCTTCGAAACTTGTTGCATGAGCTTGCGTTT	157438

CT027728.5	651	CCGGTCTGACGCATTCGTGTGCGTATGAATGAAAGACTATGGAAAGAAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157439	CCGGTCTGACGCATTCGTGTGCGTATGAATGAAAGACTATGGAAAGAAAA	157488

CT027728.5	701	GTGCAGTGTGAACACAGCTTGAATCTGAAGAAACTGATTACTTTAGTTCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157489	GTGCAGTGTGAACACAGCTTGAATCTGAAGAAACTGATTACTTTAGTTCA	157538

CT027728.5	751	GGTGTGTTGAATAAGGTTTGGAGCTAATCTCTGCAGGACAGTTGTCCTAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157539	GGTGTGTTGAATAAGGTTTGGAGCTAATCTCTGCAGGACAGTTGTCCTAC	157588

CT027728.5	801	AGGTACAGGTTTGAACATCCCAATTCCAAGAGAAAACTTCAAGACAAGCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157589	AGGTACAGGTTTGAACATCCCAATTCCAAGAGAAAACTTCAAGACAAGCT	157638

CT027728.5	851	CAGCCAGAGATTTCTACATGGCAGTCAAACAGTCAGAAAAGTGTATATTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157639	CAGCCAGAGATTTCTACATGGCAGTCAAACAGTCAGAAAAGTGTATATTG	157688

CT027728.5	901	GAAAGAAAGACCCTTAAGGGTACATGTTGTCAGATTTGTGTAAGAATATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157689	GAAAGAAAGACCCTTAAGGGTACATGTTGTCAGATTTGTGTAAGAATATT	157738

CT027728.5	951	ATTCTTGGAAAATAGTTGTCTAGGATCATAATTAACAGTAACTCTCCTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157739	ATTCTTGGAAAATAGTTGTCTAGGATCATAATTAACAGTAACTCTCCTAA	157788

CT027728.5	1001	TTTGTTATTAGTTATATAAACGGCACACTGTAACACTCATGGATCTTTAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157789	TTTGTTATTAGTTATATAAACGGCACACTGTAACACTCATGGATCTTTAA	157838

CT027728.5	1051	ACATAAGGGAGATATTAAGCATTACAGCATGGGTAAATTAAAGCGATCAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157839	ACATAAGGGAGATATTAAGCATTACAGCATGGGTAAATTAAAGCGATCAG	157888

CT027728.5	1101	AAGAATGCACATCTATACAAATCATTTCCAGCAAGGAGCAAACAGTCCCG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157889	AAGAATGCACATCTATACAAATCATTTCCAGCAAGGAGCAAACAGTCCCG	157938

CT027728.5	1151	TAAATCAAACACTACACGGTGGGTCTGAAATACCATGAGATTATCGGATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157939	TAAATCAAACACTACACGGTGGGTCTGAAATACCATGAGATTATCGGATG	157988

CT027728.5	1201	ACATCAGTGATGTTTTAGGAGTTTGACAATGACAAACTATAGCTCTGTCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	157989	ACATCAGTGATGTTTTAGGAGTTTGACAATGACAAACTATAGCTCTGTCA	158038

CT027728.5	1251	CTTGACTGTTTTGGGATCTCTGGAGTACTGTGTGCTTTCAAGTCAAAAGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158039	CTTGACTGTTTTGGGATCTCTGGAGTACTGTGTGCTTTCAAGTCAAAAGG	158088

CT027728.5	1301	ATCAAATAAAAGAGTGTGGGATGTCTGTATGATACATGTGTGGGCTCATG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158089	ATCAAATAAAAGAGTGTGGGATGTCTGTATGATACATGTGTGGGCTCATG	158138

CT027728.5	1351	ATGGGTTTAAAAGATTTAGTCAGACAATCTCTGGTAATCCACACTTGCTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158139	ATGGGTTTAAAAGATTTAGTCAGACAATCTCTGGTAATCCACACTTGCTT	158188

CT027728.5	1401	GGGATCAGTGTGGAAAGAACATTCTAGGGAATGTTGGTGTTCGATGACAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158189	GGGATCAGTGTGGAAAGAACATTCTAGGGAATGTTGGTGTTCGATGACAG	158238

CT027728.5	1451	GCACTGGTGATCTGACAGAAGTCCGGTTACTATTGGTGTCGGATCTCCTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158239	GCACTGGTGATCTGACAGAAGTCCGGTTACTATTGGTGTCGGATCTCCTG	158288

CT027728.5	1501	CTCTGCATCTCACTGCACTCTCACTAAGTAATTGGCTCTACTGTGGCCTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158289	CTCTGCATCTCACTGCACTCTCACTAAGTAATTGGCTCTACTGTGGCCTA	158338

CT027728.5	1551	TAGCCAAGTTCTTGCTGTACACAGAGGTTCTTCAACCTGAAAGTCAGGTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158339	TAGCCAAGTTCTTGCTGTACACAGAGGTTCTTCAACCTGAAAGTCAGGTC	158388

CT027728.5	1601	TGGGGTGGAAAAAGGACCAGGAACAAATCTGCATGACAAGTCTCCTCTGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158389	TGGGGTGGAAAAAGGACCAGGAACAAATCTGCATGACAAGTCTCCTCTGG	158438

CT027728.5	1651	GCTGTTAACATGCATTGAGCCTAGGTGAGGTAAGACCAAGTGTTTGACCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158439	GCTGTTAACATGCATTGAGCCTAGGTGAGGTAAGACCAAGTGTTTGACCA	158488

CT027728.5	1701	TGACAGTGGACATAATACATGTTGCCAGGATGTAAAAGATCCCAGCTGTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158489	TGACAGTGGACATAATACATGTTGCCAGGATGTAAAAGATCCCAGCTGTT	158538

CT027728.5	1751	TATTACACACCTCTCATCTGGGAAAACCATTGCAGATTTTTTTTCTCCCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158539	TATTACACACCTCTCATCTGGGAAAACCATTGCAGATTTTTTTTCTCCCT	158588

CT027728.5	1801	GCAGCTGCTCCTTGCTTCTATTAGACACTATTTTCGATGACTGAGCAAGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158589	GCAGCTGCTCCTTGCTTCTATTAGACACTATTTTCGATGACTGAGCAAGC	158638

CT027728.5	1851	ATAACACCAGGCCTGCGTCAGCGAAACCTAGGCAGAGCCGGAGGCATGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158639	ATAACACCAGGCCTGCGTCAGCGAAACCTAGGCAGAGCCGGAGGCATGTG	158688

CT027728.5	1901	GGATTATGTTTAGATACTCAAGCATGAGCTGATCAGACTCTATTTGTGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158689	GGATTATGTTTAGATACTCAAGCATGAGCTGATCAGACTCTATTTGTGAG	158738

CT027728.5	1951	TAAATGTGTGCTATCAATGCTCCCCCTGTTCTCTATCTCTTAATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318633.23	158739	TAAATGTGTGCTATCAATGCTCCCCCTGTTCTCTATCTCTTAATGAATTC	158788

Overview

Query
CT027728.5 - 48009 bps
Hit
CR318633.23 - 158788 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198320001200011567891587881
289.09641109785989413464551
398.824685419284201217658491
480.54792744202542298-1885191121
593.626868793715938037-119881207581
694.212142593687037128-120757210151
780.8581513553335683126088262381
810048924115441245-126212263031
984.651022034602746229-126283264841
1085.3510620270547255-126308265051
1191.122843942178722180-132673330661
1286.523616612178722447137734383931
1383.91641681671716884-151396515691
1476.197130470787381169516698091
1510044914115441244184433845231
1684.311453804196142340-11038331042081
1791.311332084003640243-11038511040571
1880.611042627120738111114681117301
1996.74391411544124411132901133801
2083.05143401420244242411380271384271
2184.95194467400364050211381151385791
Short-link