<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX664604.6	1	GAATTCATGATAATAAGTGGCTTTATGTTTTAGAATAGAATATGAAATAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194251	GAATTCATGATAATAAGTGGCTTTATGTTTTAGAATAGAATATGAAATAT	194300

BX664604.6	51	TCTAAATAATAACTGTAAAGGAAACACAGTTTCATATATTTCAATTAATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194301	TCTAAATAATAACTGTAAAGGAAACACAGTTTCATATATTTCAATTAATG	194350

BX664604.6	101	TGGAAAAAGAGTGTATGTTTTTACCAAAACTATTTTTTTTAAATGTGCAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194351	TGGAAAAAGAGTGTATGTTTTTACCAAAACTATTTTTTTTAAATGTGCAT	194400

BX664604.6	151	GCATAAAACAATAATTTGCACAAAAAAAGTTTTTTTTTTTAAGAATTTGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194401	GCATAAAACAATAATTTGCACAAAAAAAGTTTTTTTTTTTAAGAATTTGT	194450

BX664604.6	201	TTCTCCAACCTGTTTAGAGTGTCATTATGAGCCTTTTACGTTATAACTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194451	TTCTCCAACCTGTTTAGAGTGTCATTATGAGCCTTTTACGTTATAACTAA	194500

BX664604.6	251	TGTGGTTCTAACGATGGATCAGTGACAATGCAGCTTTTGGGAAACACTCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194501	TGTGGTTCTAACGATGGATCAGTGACAATGCAGCTTTTGGGAAACACTCC	194550

BX664604.6	301	TCACAACATCGTTCTTTTCCCAAATGATGCATCGTACTATGACAGTTTAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194551	TCACAACATCGTTCTTTTCCCAAATGATGCATCGTACTATGACAGTTTAG	194600

BX664604.6	351	CCACAAGTTATGTCTTTGTTTGTGAAACGCACCCCTGCATGGCTGCTGTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194601	CCACAAGTTATGTCTTTGTTTGTGAAACGCACCCCTGCATGGCTGCTGTT	194650

BX664604.6	401	ATTGTAAATGGCAAAGGTTAGCAAAACCTGTTGAATTCAGTACACAAAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194651	ATTGTAAATGGCAAAGGTTAGCAAAACCTGTTGAATTCAGTACACAAAAA	194700

BX664604.6	451	AAGTGAAACTGTAAATGAACAATGGCATAAATAAACTGTAAAAGGACCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194701	AAGTGAAACTGTAAATGAACAATGGCATAAATAAACTGTAAAAGGACCTC	194750

BX664604.6	501	AAAATGCAAGCCTCTGCAACTTTTTGACTTGGTTTATAGAGTGCAATTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194751	AAAATGCAAGCCTCTGCAACTTTTTGACTTGGTTTATAGAGTGCAATTTA	194800

BX664604.6	551	AAGCTTTACTACAGTCCACTTGAAAATGGATCACTTCAACCAAATAAACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194801	AAGCTTTACTACAGTCCACTTGAAAATGGATCACTTCAACCAAATAAACA	194850

BX664604.6	601	GGGAATAGGACAAACTCACCATGTTTATTCTGAAATCAAGACTTAATATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194851	GGGAATAGGACAAACTCACCATGTTTATTCTGAAATCAAGACTTAATATC	194900

BX664604.6	651	TGCATCTGCCTTGCTTCAAGATCAGACGTAAGTGCCTAATATAATGCTAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194901	TGCATCTGCCTTGCTTCAAGATCAGACGTAAGTGCCTAATATAATGCTAC	194950

BX664604.6	701	AGATGAGAAAATGATGATGAGTGCAGCAACATCCCCTTTAGCCTCTCTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	194951	AGATGAGAAAATGATGATGAGTGCAGCAACATCCCCTTTAGCCTCTCTCT	195000

BX664604.6	751	CCAACAGCCTCCTGTGCTCCATGATGAAGATAGAGGTGAAGCTAAGAGGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195001	CCAACAGCCTCCTGTGCTCCATGATGAAGATAGAGGTGAAGCTAAGAGGG	195050

BX664604.6	801	CTGTCAGCCACCTCTCCTTAACACACACACACACACACACACACTCACAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195051	CTGTCAGCCACCTCTCCTTAACACACACACACACACACACACACTCACAC	195100

BX664604.6	851	ACAAATCACAGCTGGAGAGTCGGGATGAACCATGTGTCAGCACGGGTCAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195101	ACAAATCACAGCTGGAGAGTCGGGATGAACCATGTGTCAGCACGGGTCAT	195150

BX664604.6	901	CCACGCATTACACTCTCTTCAAAAACTATTTATCTTCAGTGTGTGTTCAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195151	CCACGCATTACACTCTCTTCAAAAACTATTTATCTTCAGTGTGTGTTCAG	195200

BX664604.6	951	CAGCTAAAAATAATTACTCCTACTGACCCACGTAACACCATATGACCACT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195201	CAGCTAAAAATAATTACTCCTACTGACCCACGTAACACCATATGACCACT	195250

BX664604.6	1001	GGTCAAACCAGCTGAGGCAGTGGAGTCAACTGGTTGAAGAGCAGTTTGAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195251	GGTCAAACCAGCTGAGGCAGTGGAGTCAACTGGTTGAAGAGCAGTTTGAG	195300

BX664604.6	1051	TGAATTATAGTCCTTTGTGGAGTGCAAAGGATGTGCCACTCAAACACAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195301	TGAATTATAGTCCTTTGTGGAGTGCAAAGGATGTGCCACTCAAACACAAG	195350

BX664604.6	1101	CATAAACTGCTGAGATTAAACTGCTGTACAAAGGTGTCAAGTGGTACTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195351	CATAAACTGCTGAGATTAAACTGCTGTACAAAGGTGTCAAGTGGTACTTT	195400

BX664604.6	1151	GATATTTTAAAGGCAAGAAATTATTTAAACTATTTCCAAAAGTATGCACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195401	GATATTTTAAAGGCAAGAAATTATTTAAACTATTTCCAAAAGTATGCACA	195450

BX664604.6	1201	GGATTAGTTTTGTATCGTACCTGTCAATATTGGATATATGGATGTGCATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195451	GGATTAGTTTTGTATCGTACCTGTCAATATTGGATATATGGATGTGCATG	195500

BX664604.6	1251	CTCGGTTTCTACATTTTGGATTACATAGTGGACATTACATAATGGCAAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195501	CTCGGTTTCTACATTTTGGATTACATAGTGGACATTACATAATGGCAAAA	195550

BX664604.6	1301	TTTGAAAAAGTGTATTTGTAATACTTTACTTGAAGGAGTGTTGATAAGAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195551	TTTGAAAAAGTGTATTTGTAATACTTTACTTGAAGGAGTGTTGATAAGAC	195600

BX664604.6	1351	TGACATGACACCTTTATAATTATGACATCCCTTTGAGAATATGACGATTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195601	TGACATGACACCTTTATAATTATGACATCCCTTTGAGAATATGACGATTT	195650

BX664604.6	1401	TGTTATGCATGCTTTTGACAAATGTATGTCATTTTGAATGCAAATATTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195651	TGTTATGCATGCTTTTGACAAATGTATGTCATTTTGAATGCAAATATTGT	195700

BX664604.6	1451	TTGAGATGTCTTTGTTATGACAACTTGTCATAAACAAATAAATCACAACT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195701	TTGAGATGTCTTTGTTATGACAACTTGTCATAAACAAATAAATCACAACT	195750

BX664604.6	1501	TAACCATTAACCAGACAACTTGACTTGTCATAAATCTGTCATAAACATGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195751	TAACCATTAACCAGACAACTTGACTTGTCATAAATCTGTCATAAACATGA	195800

BX664604.6	1551	TTGTCATTGTAACCAGGGGAGTGACAGTTCGGATCCACATGCAGGTTTAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195801	TTGTCATTGTAACCAGGGGAGTGACAGTTCGGATCCACATGCAGGTTTAT	195850

BX664604.6	1601	TGAAGATTTAAGCAAGCAATGGTCAACACGGGTGCACACAGATGTATGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195851	TGAAGATTTAAGCAAGCAATGGTCAACACGGGTGCACACAGATGTATGAA	195900

BX664604.6	1651	GGCAATCCAGAAACAACGTCAAAGTAACAGGCAAGAGGTCAGAAGGCTGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195901	GGCAATCCAGAAACAACGTCAAAGTAACAGGCAAGAGGTCAGAAGGCTGG	195950

BX664604.6	1701	CATATTGACAGATTAACAAGGCGAAGGTAAAAACACGCAAAACAAGACAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	195951	CATATTGACAGATTAACAAGGCGAAGGTAAAAACACGCAAAACAAGACAG	196000

BX664604.6	1751	TAAATGCGTTGTAATGTCACTAATTGTAAACAAAACTTGGTGACTGGAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	196001	TAAATGCGTTGTAATGTCACTAATTGTAAACAAAACTTGGTGACTGGAGT	196050

BX664604.6	1801	GAGTGTGTGTGCTGCTTAAAAAGTGAGTATAATCAGTCCTTTACAATACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	196051	GAGTGTGTGTGCTGCTTAAAAAGTGAGTATAATCAGTCCTTTACAATACT	196100

BX664604.6	1851	CTGGTGGTGTATGTGCAATCAGTCAGGACGAGGAACGTGTGTTTGTGTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	196101	CTGGTGGTGTATGTGCAATCAGTCAGGACGAGGAACGTGTGTTTGTGTGT	196150

BX664604.6	1901	GTGGGGCGGAGTGCATGTATGGAGTTGTAGTCCATGAAATGGCGGTTTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	196151	GTGGGGCGGAGTGCATGTATGGAGTTGTAGTCCATGAAATGGCGGTTTTG	196200

BX664604.6	1951	TAGTCCGTTAGTGGTTGTGCATTTATTCTAGCAATCTATAGAGTTAATAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293522.9	196201	TAGTCCGTTAGTGGTTGTGCATTTATTCTAGCAATCTATAGAGTTAATAT	196250

Overview

Query
BX664604.6 - 150508 bps
Hit
CR293522.9 - 196250 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194920001200011942511962501
284.681172386263262869-1210523391
385.1376147127536127682-115683158301
478.98102323119557119879117068174001
510074955785757951-118969190631
683.291653687542875795-132410327681
786.01101190127067127256132432326171
884.91132927563875929-134611348881
984.4172150119555119704134732348851
1085.389622383948616169878700891
1188.51971799778897966169978701511
1285.091733347541375746179857801781
1385.593777279201492740-183517842521
1485.7276141137221137361-188657887961
1584.2574146119586119731188667888121
1681.548623212745612768711423851426061
1785.927814111975411989411481271482681
1884.621633157542875742-11521641524751
1980.828321810946810968511546131548311
2084.597194127067127260-11828801830791
2183.72103217118301118517-11828811831011
2287.77821374222642362-11892371893751
2385.9375134129360129493-11892371893711
Short-link