<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1988 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

BX511137.14	1	AAGCTTGAGGCGAGTTTCAAGAACAGCGAGCCAAATATGTTAACCTTCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76113	AAGCTTGAGGCGAGTTTCAAGAACAGCGAGCCAAATATGTTAACCTTCAT	76162

BX511137.14	51	CTCTCTTGTAACTTTTATACGAACATAAACTCATAACTAAGGTCAATGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76163	CTCTCTTGTAACTTTTATACGAACATAAACTCATAACTAAGGTCAATGTT	76212

BX511137.14	101	ATTTGAATAGATGTAGTAATTAAATGTTTAATTAATCATAATCTGAATAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76213	ATTTGAATAGATGTAGTAATTAAATGTTTAATTAATCATAATCTGAATAC	76262

BX511137.14	151	ATCAGTTTGCCTACAAGTACATCTCACACAAGGCCAAAAAAATACTCACC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76263	ATCAGTTTGCCTACAAGTACATCTCACACAAGGCCAAAAAAATACTCACC	76312

BX511137.14	201	CTTTGAATGTAAGCAATATAAGACCACCAACATCATATTGATCTATTTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76313	CTTTGAATGTAAGCAATATAAGACCACCAACATCATATTGATCTATTTTT	76362

BX511137.14	251	AACTTATTCACCAATCTATGAGGCTATGAATACAAATACAACGCTTGCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76363	AACTTATTCACCAATCTATGAGGCTATGAATACAAATACAACGCTTGCAG	76412

BX511137.14	301	GAATGTGTGCCTGTCGGTGGGTTTTGAGAGTTCTCCTTCTGCACCAGTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76413	GAATGTGTGCCTGTCGGTGGGTTTTGAGAGTTCTCCTTCTGCACCAGTGT	76462

BX511137.14	351	CAAACTCACTCTATAATATCATCAGAGAGTACTTAACCTTATCTGAGTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76463	CAAACTCACTCTATAATATCATCAGAGAGTACTTAACCTTATCTGAGTTT	76512

BX511137.14	401	CACAATATGATTGGCTACACACTGATGGAGTTTGTCCAGCAGTTTCTGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76513	CACAATATGATTGGCTACACACTGATGGAGTTTGTCCAGCAGTTTCTGAA	76562

BX511137.14	451	GTGTGTTACTATCTCAGAGCCAGATAAAGAAAGAGAGAGAGAGGGAGAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76563	GTGTGTTACTATCTCAGAGCCAGATAAAGAAAGAGAGAGAGAGGGAGAAA	76612

BX511137.14	501	ATTGTAGTCAGCAGTCTCTCATGTGAGTTAGATGGACCTTGGGCGGCTCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76613	ATTGTAGTCAGCAGTCTCTCATGTGAGTTAGATGGACCTTGGGCGGCTCC	76662

BX511137.14	551	TGGGCCCTACACTAAGTGGACTACAGGGAGACACTGATAACAAGGTATAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76663	TGGGCCCTACACTAAGTGGACTACAGGGAGACACTGATAACAAGGTATAG	76712

BX511137.14	601	CAGCGCTCTAGAAGTCAACAGAAGAGAGCATGACAGAGAACCACTAGTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76713	CAGCGCTCTAGAAGTCAACAGAAGAGAGCATGACAGAGAACCACTAGTGT	76762

BX511137.14	651	TTCAGATCAAACAAGTGACAAGAATATCTGCTGTTTGTGTAAATGCAGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76763	TTCAGATCAAACAAGTGACAAGAATATCTGCTGTTTGTGTAAATGCAGAA	76812

BX511137.14	701	GACAGAAAGGGATGCTGCACAGTATTGTTTGATAGTGTCCTGTTTGTACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76813	GACAGAAAGGGATGCTGCACAGTATTGTTTGATAGTGTCCTGTTTGTACA	76862

BX511137.14	751	CACACATGGTGTCGGTTTGTTACATCTTTGTGCAGAGCTTATGTCTAGTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76863	CACACATGGTGTCGGTTTGTTACATCTTTGTGCAGAGCTTATGTCTAGTA	76912

BX511137.14	801	CTGTACAATAAGCAATAAGTGGAGATTGTGGCCATGTTTACAGCAGATTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76913	CTGTACAATAAGCAATAAGTGGAGATTGTGGCCATGTTTACAGCAGATTT	76962

BX511137.14	851	TACTTTCATCAACATAATAGCGTAATGAGATAACGAGCAATGAGAAGCAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	76963	TACTTTCATCAACATAATAGCGTAATGAGATAACGAGCAATGAGAAGCAT	77012

BX511137.14	901	GCTAGTCTATTCTTAAACCATTAGAAATTGTTCACAAAGAAGATGTTTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77013	GCTAGTCTATTCTTAAACCATTAGAAATTGTTCACAAAGAAGATGTTTTA	77062

BX511137.14	951	GATAAAGCCTAATTGCATCACTCAAGTATTCTTTTTATAGTTGGGAACAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77063	GATAAAGCCTAATTGCATCACTCAAGTATTCTTTTTATAGTTGGGAACAT	77112

BX511137.14	1001	CACTTAAATTTGCTGATCTTGAGCTTGTTTTTTAGATTTGAAATGGTTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77113	CACTTAAATTTGCTGATCTTGAGCTTGTTTTTTAGATTTGAAATGGTTTT	77162

BX511137.14	1051	GGCTCCAGCAGAGATAAATAACAGTGATTGTTTGTATAATCGTTTGTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77163	GGCTCCAGCAGAGATAAATAACAGTGATTGTTTGTATAATCGTTTGTTTT	77212

BX511137.14	1101	TGTATGTACCATGACTTTTCACAGAACGTAAACAGTTATAGAGAACACAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77213	TGTATGTACCATGACTTTTCACAGAACGTAAACAGTTATAGAGAACACAC	77262

BX511137.14	1151	TTCTTCTACATTAAAAATGTGGTTACTATTAATATACAGTATGGGATAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77263	TTCTTCTACATTAAAAATGTGGTTACTATTAATATACAGTATGGGATAAA	77312

BX511137.14	1201	GGTGAGAATTAGTCGATATGTCTAACTCTGGCTTATTATTTTATTCATGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77313	GGTGAGAATTAGTCGATATGTCTAACTCTGGCTTATTATTTTATTCATGT	77362

BX511137.14	1251	ATTAATGTGCATATTTCCCAATAAAGCAAATGAAATAATAATAAAAAAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77363	ATTAATGTGCATATTTCCCAATAAAGCAAATGAAATAATAATAAAAAAAT	77412

BX511137.14	1301	ATATATAAATACAAATATAAATAAATAAAACAAATAAATAAATAAATAA-	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CR293517.8	77413	ATATATAAATACAAATATAAATAAATAAAACAAATAAATAAATAAATAAA	77462

BX511137.14	1350	-----------ATATATATATATATATATTCATTCATTTATTTTATTTTC	1388
			           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77463	TATATATATATATATATATATATATATATTCATTCATTTATTTTATTTTC	77512

BX511137.14	1389	GGCTTAGTCCCTTTATTAATATCAGAGGTCGCCACAGTGGAATGAACTGC	1438
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77513	GGCTTAGTCCCTTTATTAATATCAGAGGTCGCCACAGTGGAATGAACTGC	77562

BX511137.14	1439	CAACTCATCCAGCACATGTTCTGATCAAGTGGTGAGGTGTAGTAAACAGT	1488
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77563	CAACTCATCCAGCACATGTTCTGATCAAGTGGTGAGGTGTAGTAAACAGT	77612

BX511137.14	1489	TCTAAGGCTGAACGAGTGATACAAGATGTATATAATTAGATGTGTTTTGT	1538
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77613	TCTAAGGCTGAACGAGTGATACAAGATGTATATAATTAGATGTGTTTTGT	77662

BX511137.14	1539	ATAAAGTCCAATGAAAATTAAGTGCATTTTTTAAGCCAGTCCATGAGTGT	1588
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77663	ATAAAGTCCAATGAAAATTAAGTGCATTTTTTAAGCCAGTCCATGAGTGT	77712

BX511137.14	1589	ACATGTGTGGGGTCAGTGCATTTGTGAGTTGGGAATGTTAATGGCTTTTG	1638
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77713	ACATGTGTGGGGTCAGTGCATTTGTGAGTTGGGAATGTTAATGGCTTTTG	77762

BX511137.14	1639	GGAAAAAGCCCTTCTTGGGTCTGTTTGACCTCGTTCTGATGCACCTGTAG	1688
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77763	GGAAAAAGCCCTTCTTGGGTCTGTTTGACCTCGTTCTGATGCACCTGTAG	77812

BX511137.14	1689	CGTCTTCAGGTTGAGCAGTTTAAAAGCTGATTGAAAGCTGTCCTAAATAA	1738
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77813	CGTCTTCAGGTTGAGCAGTTTAAAAGCTGATTGAAAGCTGTCCTAAATAA	77862

BX511137.14	1739	TGTTCTTAGCTGTGGACCTTTCAGGATTCTTGGAAGCTATAGAAATTCAA	1788
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77863	TGTTCTTAGCTGTGGACCTTTCAGGATTCTTGGAAGCTATAGAAATTCAA	77912

BX511137.14	1789	AATGTAAAAGAGGAAATATGTTGGGACCATTGTTTTTGTTTACATCTCTC	1838
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77913	AATGTAAAAGAGGAAATATGTTGGGACCATTGTTTTTGTTTACATCTCTC	77962

BX511137.14	1839	AAAACGGCCTCTAAAAAATGTACAATACATGAATTGAAAAACACTTGCAT	1888
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77963	AAAACGGCCTCTAAAAAATGTACAATACATGAATTGAAAAACACTTGCAT	78012

BX511137.14	1889	CATTGATGTTACAAATAAGTATGTTGACTTAAAGACTGCTTTCTTCTGCT	1938
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	78013	CATTGATGTTACAAATAAGTATGTTGACTTAAAGACTGCTTTCTTCTGCT	78062

BX511137.14	1939	GTTGTTGTGCAGATATGGGCAGACCAATCACAGCTGTTTCATGGTAATGA	1988
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	78063	GTTGTTGTGCAGATATGGGCAGACCAATCACAGCTGTTTCATGGTAATGA	78112

Compact alignment

skip 1300 bps 100% identity alignment

BX511137.14	1301	ATATATAAATACAAATATAAATAAATAAAACAAATAAATAAATAAATAA-	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CR293517.8	77413	ATATATAAATACAAATATAAATAAATAAAACAAATAAATAAATAAATAAA	77462

BX511137.14	1350	-----------ATATATATATATATATATTCATTCATTTATTTTATTTTC	1388
			           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293517.8	77463	TATATATATATATATATATATATATATATTCATTCATTTATTTTATTTTC	77512

skip 600 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX511137.14 - 214145 bps
Hit
CR293517.8 - 78112 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1988 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link