<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX530074.13	1	AAGCTTTGTATATATCTATTGAATTAATCAATCCATTAAAGAAATGTTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42220	AAGCTTTGTATATATCTATTGAATTAATCAATCCATTAAAGAAATGTTGG	42269

BX530074.13	51	CTAGAAAATGCATCATAAATGGATAATTTTCCAAATAGGTATCGCTGCAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42270	CTAGAAAATGCATCATAAATGGATAATTTTCCAAATAGGTATCGCTGCAG	42319

BX530074.13	101	GCCCAAATAGGAGGAATTTAACTGCAAGTAGACTGGGTGACCTCCAAGTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42320	GCCCAAATAGGAGGAATTTAACTGCAAGTAGACTGGGTGACCTCCAAGTG	42369

BX530074.13	151	GTAGGAACTGGCAGTATGTTGCAAGTGGGCTGGTTTGCTGTTGGTGTAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42370	GTAGGAACTGGCAGTATGTTGCAAGTGGGCTGGTTTGCTGTTGGTGTAGT	42419

BX530074.13	201	AGACAATAATAAAACCCAACAGGTTACTGTGAGGTTGGATGTAGGATTGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42420	AGACAATAATAAAACCCAACAGGTTACTGTGAGGTTGGATGTAGGATTGG	42469

BX530074.13	251	GGTAGGTGTAGACATTCATAAAACACAATAGGTTGGACTCTTAAAAGACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42470	GGTAGGTGTAGACATTCATAAAACACAATAGGTTGGACTCTTAAAAGACA	42519

BX530074.13	301	TCTATAAAACGAAAACTCCAGGTTTGTATAGCCCACTTGGAGCTCAAGTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42520	TCTATAAAACGAAAACTCCAGGTTTGTATAGCCCACTTGGAGCTCAAGTC	42569

BX530074.13	351	CCCTCCATTTGCAGCTGGCGCCGACCTCGGTTGATTACCTTCTCCAGTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42570	CCCTCCATTTGCAGCTGGCGCCGACCTCGGTTGATTACCTTCTCCAGTTT	42619

BX530074.13	401	CTGGTGCTGTTTGGATTTAATGTTTACTTTGCTGGTATAGGAAAATATTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42620	CTGGTGCTGTTTGGATTTAATGTTTACTTTGCTGGTATAGGAAAATATTT	42669

BX530074.13	451	GGCAGAGATGCAACTAGATGAAAACCTGTAATCTGAGGGTTCAAAAAAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42670	GGCAGAGATGCAACTAGATGAAAACCTGTAATCTGAGGGTTCAAAAAAAT	42719

BX530074.13	501	TTAAATACTGAGAAATTGACTTATAGCTAATTTGAGATATTTTCTAAATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42720	TTAAATACTGAGAAATTGACTTATAGCTAATTTGAGATATTTTCTAAATA	42769

BX530074.13	551	GGAAATACTAAACATTTTCATGGGACCTTTATTCATGATGTTTACATATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42770	GGAAATACTAAACATTTTCATGGGACCTTTATTCATGATGTTTACATATT	42819

BX530074.13	601	TTTTATTATTTTTGGCATAAAATAATCCATTCTTTTTAAATGTATTTTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42820	TTTTATTATTTTTGGCATAAAATAATCCATTCTTTTTAAATGTATTTTCT	42869

BX530074.13	651	TGTCTATTGCCAGAAATATACCTATGCAACATAATTTTGTGGTTCAGGGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42870	TGTCTATTGCCAGAAATATACCTATGCAACATAATTTTGTGGTTCAGGGT	42919

BX530074.13	701	CGCATAATACAATAGAAAAAATATATACAGATTGCAGTTTTATATTTATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42920	CGCATAATACAATAGAAAAAATATATACAGATTGCAGTTTTATATTTATA	42969

BX530074.13	751	TTTATTGTATGATATGATTTATTTCAAATAAAGAAACCTTTTTATTTTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	42970	TTTATTGTATGATATGATTTATTTCAAATAAAGAAACCTTTTTATTTTTT	43019

BX530074.13	801	ACTGTTCTCAGATCAAAATTGACATACTTATACAGTATGTCAAAAGATCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43020	ACTGTTCTCAGATCAAAATTGACATACTTATACAGTATGTCAAAAGATCA	43069

BX530074.13	851	AAGCAATTTTGATTTTGCAGTTCATGACCCCTTTAAACTCTTTAAAAATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43070	AAGCAATTTTGATTTTGCAGTTCATGACCCCTTTAAACTCTTTAAAAATC	43119

BX530074.13	901	TGACCAACTGTGTGTGTGGTATGCAGTAATGAAGTACATTATTGATTGAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43120	TGACCAACTGTGTGTGTGGTATGCAGTAATGAAGTACATTATTGATTGAT	43169

BX530074.13	951	AGACTTTGTTGCTTACTGCAACATCTCCTTGAACCATTGCCTGCTTTGAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43170	AGACTTTGTTGCTTACTGCAACATCTCCTTGAACCATTGCCTGCTTTGAT	43219

BX530074.13	1001	GCACAGGTTTAAGGTTCACACACACACACACACACACACACACACACTCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43220	GCACAGGTTTAAGGTTCACACACACACACACACACACACACACACACTCA	43269

BX530074.13	1051	CCCTAGGGACCACTTCTCTCTCCTCATGTTCCTTCCTGTAGTAACATCCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43270	CCCTAGGGACCACTTCTCTCTCCTCATGTTCCTTCCTGTAGTAACATCCT	43319

BX530074.13	1101	TTTGGAAGACATTAGAGCGCATTATACCAAGCCCATCTGACAGAGTGATG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43320	TTTGGAAGACATTAGAGCGCATTATACCAAGCCCATCTGACAGAGTGATG	43369

BX530074.13	1151	AAGGATTTTAAAGTGGCAGTTCTGGGGGTTCAGTCTCTGTGCTGACCCTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43370	AAGGATTTTAAAGTGGCAGTTCTGGGGGTTCAGTCTCTGTGCTGACCCTC	43419

BX530074.13	1201	AATCCATTTTCCTCCCAAGATTTACAAATATTGCAGTCTGTGGTAAAGAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43420	AATCCATTTTCCTCCCAAGATTTACAAATATTGCAGTCTGTGGTAAAGAG	43469

BX530074.13	1251	CTACAGGTTCAAATCTGAGCAGCTTAAATGCGGTTTTAATGGAGTAGTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43470	CTACAGGTTCAAATCTGAGCAGCTTAAATGCGGTTTTAATGGAGTAGTTT	43519

BX530074.13	1301	ACATAAAACTAAAAAGGATTTATTCACCCTCCGAGATTATCTATTGTTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43520	ACATAAAACTAAAAAGGATTTATTCACCCTCCGAGATTATCTATTGTTTT	43569

BX530074.13	1351	TTACCACAATTATTCTGAACTTCTTAATATAAAATAACTTAAAAGCGATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43570	TTACCACAATTATTCTGAACTTCTTAATATAAAATAACTTAAAAGCGATG	43619

BX530074.13	1401	TGAATGTATTAAGAAAGTAGACTATGCAATCTGTGTGACAAATTCACATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43620	TGAATGTATTAAGAAAGTAGACTATGCAATCTGTGTGACAAATTCACATT	43669

BX530074.13	1451	TTAAAGCAATAACAATGAATTTTAAAGCATTTACATGAAGATTTGCGGGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43670	TTAAAGCAATAACAATGAATTTTAAAGCATTTACATGAAGATTTGCGGGC	43719

BX530074.13	1501	TTAAACAAACTGACTGGGAATCGTTTGACAGAGTGATTTATTTCAAACAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43720	TTAAACAAACTGACTGGGAATCGTTTGACAGAGTGATTTATTTCAAACAC	43769

BX530074.13	1551	TTAACTAAAGTTATGGGGTGAGTTAGGAGTAAAAACATGTATTTTCACTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43770	TTAACTAAAGTTATGGGGTGAGTTAGGAGTAAAAACATGTATTTTCACTG	43819

BX530074.13	1601	CTTGCAGGACAAAACTGTATTACAAATAATATATACATATAAATTAAATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43820	CTTGCAGGACAAAACTGTATTACAAATAATATATACATATAAATTAAATA	43869

BX530074.13	1651	TATTTATAGATTTTACTGAACAAAAAATTATTGTGTTGTGAAGACAAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43870	TATTTATAGATTTTACTGAACAAAAAATTATTGTGTTGTGAAGACAAAAA	43919

BX530074.13	1701	TCTAATTGTGGATGGCAAGCATCGTCAATGCACCGAGATATCGAATTAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43920	TCTAATTGTGGATGGCAAGCATCGTCAATGCACCGAGATATCGAATTAAA	43969

BX530074.13	1751	CCAAATCGATGGCATGATAATCTTAACCAAACCAAACCATGAGACCAGTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	43970	CCAAATCGATGGCATGATAATCTTAACCAAACCAAACCATGAGACCAGTG	44019

BX530074.13	1801	TAGGTTCACACTCCTCAGTCTATTGCAGTCTATTTTACATTGTGCAGTGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	44020	TAGGTTCACACTCCTCAGTCTATTGCAGTCTATTTTACATTGTGCAGTGC	44069

BX530074.13	1851	AGTTCAGTTCTGAGGGTGCAGTTCACTTATTGATGACTAATAACAAGGAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	44070	AGTTCAGTTCTGAGGGTGCAGTTCACTTATTGATGACTAATAACAAGGAT	44119

BX530074.13	1901	TTCTAGATTCTATACATTTATACACTTCTGGTATGGTAAGGTTTGGCACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	44120	TTCTAGATTCTATACATTTATACACTTCTGGTATGGTAAGGTTTGGCACA	44169

BX530074.13	1951	TCTCAGCTCACTTCGGTTTCAGATTTGCTGAGCTTTCCATTTCTGAATGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293516.8	44170	TCTCAGCTCACTTCGGTTTCAGATTTGCTGAGCTTTCCATTTCTGAATGT	44219

Overview

Query
BX530074.13 - 124070 bps
Hit
CR293516.8 - 44219 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001930200012000142220442191
279.595414683717838621202521711
385.791883671125671129331686772181
495.7411413949935131-1693970791
585.891362654204342307-1697472211
687.0910118496269809118121183061
790.271181859337193555-118122183061
898.553469123321123389-118411184791
998.533468123321123388118412184791
1094.55501103243332542-122235223441
1198.593771123403123473-122249223191
1296.848496117827117922-123492235861
1399.11581123245032561-130070301811
141003157103748103804-130076301321
1598.463265123409123473-130085301491
1698.4432643249632559-130118301811
1789.93931393313933277138705388431
1886.661202174209142307-138747389561
1994.55891104218442293-141603417121
2095.8848973243332529141682417781
2198.443264123410123473141714417771
2293.7536484204642093-141810418571
Short-link