<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR354373.17	1	GCACTGTAAAACATATACTGGATAAGTTAGCGGTTCATTCATCTGTGGCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178397	GCACTGTAAAACATATACTGGATAAGTTAGCGGTTCATTCATCTGTGGCG	178446

CR354373.17	51	ACCCCTGATTGATAAAGGGACTCAGACAAAAAGAAAATGAATAAATTAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178447	ACCCCTGATTGATAAAGGGACTCAGACAAAAAGAAAATGAATAAATTAAT	178496

CR354373.17	101	GAATGAATATCCATAAGAGGCACTATGATATCATGCTTTTATTCAAGATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178497	GAATGAATATCCATAAGAGGCACTATGATATCATGCTTTTATTCAAGATG	178546

CR354373.17	151	TAAGTTATTGAACAGCACAGTGTCTTGCAAACCTAACAGATCACTCAGAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178547	TAAGTTATTGAACAGCACAGTGTCTTGCAAACCTAACAGATCACTCAGAT	178596

CR354373.17	201	TATTAGGATCAAGCAAATTAGAAAATCTAAGAGTTCAGTCAAAGCAGGGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178597	TATTAGGATCAAGCAAATTAGAAAATCTAAGAGTTCAGTCAAAGCAGGGT	178646

CR354373.17	251	GAATCCGCCTTCAGCTACTGCGCCTCGCTGCTGGAATCAGCTTCCAGAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178647	GAATCCGCCTTCAGCTACTGCGCCTCGCTGCTGGAATCAGCTTCCAGAAA	178696

CR354373.17	301	TGATCAGATGTGCTCCAACATTAGGCTGTTTAGCTCTGCCTTTACTGAGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178697	TGATCAGATGTGCTCCAACATTAGGCTGTTTAGCTCTGCCTTTACTGAGC	178746

CR354373.17	351	AAGCACTGTGCTACGTCTTTGCCTGTGCTATTATGTCTTTATTTTGTTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178747	AAGCACTGTGCTACGTCTTTGCCTGTGCTATTATGTCTTTATTTTGTTTT	178796

CR354373.17	401	TATTCTCTTTATTTTTTCTGTTTTAACACATTTTAAGACATTTTTAAGCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178797	TATTCTCTTTATTTTTTCTGTTTTAACACATTTTAAGACATTTTTAAGCA	178846

CR354373.17	451	TTTTTATTCTTTGTTTTTATTTTGTTAAATGTATGTTGTTTCTTTAATTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178847	TTTTTATTCTTTGTTTTTATTTTGTTAAATGTATGTTGTTTCTTTAATTC	178896

CR354373.17	501	CAGCAGAAAGAGGGAAGGGTTTGCATAAAAATGGAAGTTTCAGTTTGGGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178897	CAGCAGAAAGAGGGAAGGGTTTGCATAAAAATGGAAGTTTCAGTTTGGGC	178946

CR354373.17	551	TCGTGCTGGCAAAACAACATATAGACACAGGGGAGAAAGACAGCGACTGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178947	TCGTGCTGGCAAAACAACATATAGACACAGGGGAGAAAGACAGCGACTGT	178996

CR354373.17	601	GTTTACAGGGACATCAGTAAAGGAATTATTTGTCAAATTATTAATTTGTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	178997	GTTTACAGGGACATCAGTAAAGGAATTATTTGTCAAATTATTAATTTGTC	179046

CR354373.17	651	GACTTTAAATGCAGTTTGCCACTTTCACTTTCATTCAGGAACATTTCATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179047	GACTTTAAATGCAGTTTGCCACTTTCACTTTCATTCAGGAACATTTCATG	179096

CR354373.17	701	CATGCCCCCGTGACAAACGAGATATTAGATGCAAGGAACTGCTGGAAGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179097	CATGCCCCCGTGACAAACGAGATATTAGATGCAAGGAACTGCTGGAAGAG	179146

CR354373.17	751	TGTTGTTTTAATGGAATGTTTGATACCATATGGTGAATGGGAGAAATATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179147	TGTTGTTTTAATGGAATGTTTGATACCATATGGTGAATGGGAGAAATATA	179196

CR354373.17	801	TATGTGTCCTAATAGTGTTTTTAGCAGCGTGGAACACATATATGACTGTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179197	TATGTGTCCTAATAGTGTTTTTAGCAGCGTGGAACACATATATGACTGTC	179246

CR354373.17	851	AACATCTCAAAAAAATGTGTTTTGGTGTTTCATGACCCTTTAAGGCACAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179247	AACATCTCAAAAAAATGTGTTTTGGTGTTTCATGACCCTTTAAGGCACAA	179296

CR354373.17	901	AATGGCGGCAAATCGATGCTTTACTGGTTAACTTGTGGGGCAACTGGTCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179297	AATGGCGGCAAATCGATGCTTTACTGGTTAACTTGTGGGGCAACTGGTCC	179346

CR354373.17	951	AGAATGGCATGTTTTATTTTCTCAGAAACATGTTAAACGTGACTGCGGCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179347	AGAATGGCATGTTTTATTTTCTCAGAAACATGTTAAACGTGACTGCGGCA	179396

CR354373.17	1001	ATGTTTTACCATCACAGCATTATGCATATAGAATGAGCCAGAGTGAATTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179397	ATGTTTTACCATCACAGCATTATGCATATAGAATGAGCCAGAGTGAATTA	179446

CR354373.17	1051	CCTAAAGTGCAAAACCTCACCACAGAAATTAGCCTGCTAACCAGAATGGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179447	CCTAAAGTGCAAAACCTCACCACAGAAATTAGCCTGCTAACCAGAATGGA	179496

CR354373.17	1101	GGAAAGTTCCCAGCATAGTGCTTGACCGGCTGATCATCCCCTACAGGCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179497	GGAAAGTTCCCAGCATAGTGCTTGACCGGCTGATCATCCCCTACAGGCTT	179546

CR354373.17	1151	ATAAGGGCAAGGTTAGAGCCTCTTCAGCCTGTCAGGTACAGTATGACGTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179547	ATAAGGGCAAGGTTAGAGCCTCTTCAGCCTGTCAGGTACAGTATGACGTG	179596

CR354373.17	1201	TGTAATTTTCTAAAATGAGCATGCTTATAATGGCATAATCCAAACTCAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179597	TGTAATTTTCTAAAATGAGCATGCTTATAATGGCATAATCCAAACTCAAA	179646

CR354373.17	1251	AGCATCATCTTGACAAAAATACAGTCTTTGCATTTCTGCTTTTAACCTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179647	AGCATCATCTTGACAAAAATACAGTCTTTGCATTTCTGCTTTTAACCTTT	179696

CR354373.17	1301	TAGCACAACTGCCATTAGGCTGTCCTTCTCTGTGATAGCTGGTAGATGAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179697	TAGCACAACTGCCATTAGGCTGTCCTTCTCTGTGATAGCTGGTAGATGAT	179746

CR354373.17	1351	GACAGTACAGTTGTTTCCCTCTTGCTTTTAAAAAGGCAGGGTAATTTATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179747	GACAGTACAGTTGTTTCCCTCTTGCTTTTAAAAAGGCAGGGTAATTTATT	179796

CR354373.17	1401	TTTCATAAACCTGCTTTCCACCATGTTTGTTGATTCCACCAAACTTTTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179797	TTTCATAAACCTGCTTTCCACCATGTTTGTTGATTCCACCAAACTTTTTT	179846

CR354373.17	1451	ATCCACATAAAAGCCTTGGGTGAAAGGTACAAGTGACTTTCGCTGAGAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179847	ATCCACATAAAAGCCTTGGGTGAAAGGTACAAGTGACTTTCGCTGAGAAT	179896

CR354373.17	1501	AAAACATGTGAACAGATCCTACGGCAAATGTAAACTCCGCTGCCCTTTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179897	AAAACATGTGAACAGATCCTACGGCAAATGTAAACTCCGCTGCCCTTTGT	179946

CR354373.17	1551	GTTTAGAGAGTTCAATTGTGATCTCGCTCTCTCACACACACTTACATTTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179947	GTTTAGAGAGTTCAATTGTGATCTCGCTCTCTCACACACACTTACATTTG	179996

CR354373.17	1601	GGAAAGTCTATAACAGATGGGCTCAGAAGTTCTGTGTCTCCTAGCAACAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	179997	GGAAAGTCTATAACAGATGGGCTCAGAAGTTCTGTGTCTCCTAGCAACAG	180046

CR354373.17	1651	GTGAGCTGATTTTGGTGAACCTAGAGAGAGTAAGTCGGGCGCGAAGGTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	180047	GTGAGCTGATTTTGGTGAACCTAGAGAGAGTAAGTCGGGCGCGAAGGTTT	180096

CR354373.17	1701	GTAGGGTATTACACCGCATTCCTCGTAGATCTCTGAACTGTGAATTAGCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	180097	GTAGGGTATTACACCGCATTCCTCGTAGATCTCTGAACTGTGAATTAGCC	180146

CR354373.17	1751	CAGTCCAAACACTAGCAGTAAACACTGTCACTTTGTTTTGCTGGTGTTTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	180147	CAGTCCAAACACTAGCAGTAAACACTGTCACTTTGTTTTGCTGGTGTTTG	180196

CR354373.17	1801	TCTGGCTACTGTACGCTGTAATTCACAGCCTGCTGTTATGGCAGCTTGAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	180197	TCTGGCTACTGTACGCTGTAATTCACAGCCTGCTGTTATGGCAGCTTGAC	180246

CR354373.17	1851	TTACACATCACTGATAGACACACTCACCAAGGTTTCTCTGCTTCACCACA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	180247	TTACACATCACTGATAGACACACTCACCAAGGTTTCTCTGCTTCACCACA	180296

CR354373.17	1901	AATCGGGTTTCTGATTTCTCACACAAGAACTGAAGTGGTAAAGTGTTCTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	180297	AATCGGGTTTCTGATTTCTCACACAAGAACTGAAGTGGTAAAGTGTTCTG	180346

CR354373.17	1951	GATGTAACGTTAGATGGCTCATGATGCTGTAATGCAAATTTCACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957359.10	180347	GATGTAACGTTAGATGGCTCATGATGCTGTAATGCAAATTTCACAAGCTT	180396

Overview

Query
CR354373.17 - 145734 bps
Hit
BX957359.10 - 180396 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196720001200011783971803961
284.4714331179183794931553958601
379.729428024731250101554358281
484.141092376070960945-114722149481
583.71042366371563950114722149481
691.38861164891249027-114836149511
788.8275150143133143282115453156041
880.61762737804278314120172204341
983.071062427919079431141576418231
1090.08851316703967169141577417071
1192.16721026344463545141609417101
1288.83120222113579113800-11280741282971
1389.17711209328693405-11281631282821
1480.8785227791887941411400211402501
1581.18852038048980691-11400491402501
1692.3178104634416354411400531401561
1794.447290948829497111402581403471
1886.0966115791867930011478371479511
1983.34661398058280720-11478381479751
2092.86971266111761242-11478481479731
2192.2376103634416354311478711479731
2289.55841317474074870-11722381723711
2392.48101133488884902011722391723711
2490891309484294971-11722421723711
2590.7921296384563973-11722431723711
2690.792129606866081411722431723711
Short-link