<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

BX957237.11	1	AGTCACTGCTGATTAGAAACTAACATTAAAGCTAAGCTTACAGAAATCCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105163	AGTCACTGCTGATTAGAAACTAACATTAAAGCTAAGCTTACAGAAATCCT	105212

BX957237.11	51	GTATGCATGACAATATAAAGATGTATTACTCACTGATGTCGAAGCACTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105213	GTATGCATGACAATATAAAGATGTATTACTCACTGATGTCGAAGCACTTC	105262

BX957237.11	101	CAGGTCATCAGAGATGTAGACAGGACAGAATGTGTGCTATCAAATGAGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105263	CAGGTCATCAGAGATGTAGACAGGACAGAATGTGTGCTATCAAATGAGCT	105312

BX957237.11	151	CTTGTGCAGCCTTTGTTGGACATCCAGGTAGTATGTTCACCCACACTGTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105313	CTTGTGCAGCCTTTGTTGGACATCCAGGTAGTATGTTCACCCACACTGTA	105362

BX957237.11	201	AGAAACAAAAACAGAAACAATTTATTAAAATGTGAGGGATAGTAAACATG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105363	AGAAACAAAAACAGAAACAATTTATTAAAATGTGAGGGATAGTAAACATG	105412

BX957237.11	251	TTTGGTCTACAGAGAGAAGAAAATGTTTACTTTAAGCATTGATCCTAATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105413	TTTGGTCTACAGAGAGAAGAAAATGTTTACTTTAAGCATTGATCCTAATG	105462

BX957237.11	301	AATCTATTTCTCAACTACATTTAACCTTATCACGGAAACAGCATTTTTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105463	AATCTATTTCTCAACTACATTTAACCTTATCACGGAAACAGCATTTTTGA	105512

BX957237.11	351	GCTTTTAGACCAGGGGTGCTCAACCTTGTTTGCTTTAAATTAGAATTAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105513	GCTTTTAGACCAGGGGTGCTCAACCTTGTTTGCTTTAAATTAGAATTAAA	105562

BX957237.11	401	ACAATAAATCTCTATGTCAAATAAAATACTTCAGATCTAAATAAAGTAGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105563	ACAATAAATCTCTATGTCAAATAAAATACTTCAGATCTAAATAAAGTAGG	105612

BX957237.11	451	TGTTTTTACCTAAAGGTTCCTTCCCTCCAGTTAGTTTGGCTGCAAATCCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105613	TGTTTTTACCTAAAGGTTCCTTCCCTCCAGTTAGTTTGGCTGCAAATCCC	105662

BX957237.11	501	TCCACATCTGTGCTTTATTCGGTTCTTGTCTTAAGAGTAACTGGTGTCAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105663	TCCACATCTGTGCTTTATTCGGTTCTTGTCTTAAGAGTAACTGGTGTCAC	105712

BX957237.11	551	ATTCCAGGTTCATCACAATCTGAGCTAGAAAGACAATATGGCAAAAGACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105713	ATTCCAGGTTCATCACAATCTGAGCTAGAAAGACAATATGGCAAAAGACA	105762

BX957237.11	601	AGACACATATAAATAAGTCTCAGAATAAAATATTTAAAAGGATAGTTTAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105763	AGACACATATAAATAAGTCTCAGAATAAAATATTTAAAAGGATAGTTTAC	105812

BX957237.11	651	TTTTTTGCCACCATTACTCCATGTGTTTTAAATCCGTTTAAATTTCTGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105813	TTTTTTGCCACCATTACTCCATGTGTTTTAAATCCGTTTAAATTTCTGTT	105862

BX957237.11	701	AAACACTAAAGCAGATATTTTGAAGAATGTTAGTAAACAGTAACTATTGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105863	AAACACTAAAGCAGATATTTTGAAGAATGTTAGTAAACAGTAACTATTGA	105912

BX957237.11	751	CATCCATATTTGAACCAAATTTCTTTAAAAAATACGAGTTTGTGTTCAAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105913	CATCCATATTTGAACCAAATTTCTTTAAAAAATACGAGTTTGTGTTCAAC	105962

BX957237.11	801	GGAACAAATTAAATGTATAACTATTTTGAAACAAGTGGAGGATGCCAAAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	105963	GGAACAAATTAAATGTATAACTATTTTGAAACAAGTGGAGGATGCCAAAG	106012

BX957237.11	851	ATGCTGTTATTTTCATTTTGGGGTGAACTGTCCCTTCAATTAAAGTGTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106013	ATGCTGTTATTTTCATTTTGGGGTGAACTGTCCCTTCAATTAAAGTGTCA	106062

BX957237.11	901	AGCAATAGTCATAAAATCTGATGTATCGCTTGAGGAAAACTAAATCAAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106063	AGCAATAGTCATAAAATCTGATGTATCGCTTGAGGAAAACTAAATCAAGT	106112

BX957237.11	951	ACTTTCTTTGAACAAGCAGAATCATTATGCCATTGTATTCAGTGATTCTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106113	ACTTTCTTTGAACAAGCAGAATCATTATGCCATTGTATTCAGTGATTCTC	106162

BX957237.11	1001	TTTTACATTTTCCCACTATAAAACGATAGCTTCACCATGCAATCTATGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106163	TTTTACATTTTCCCACTATAAAACGATAGCTTCACCATGCAATCTATGTT	106212

BX957237.11	1051	AACAAAAAAATGAATAGCATAAAATAACATTTTGAACTAAACTTACAGTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106213	AACAAAAAAATGAATAGCATAAAATAACATTTTGAACTAAACTTACAGTT	106262

BX957237.11	1101	TCCAGGCTGTTTGAAAAAAAAAAACACATACGCCCAGTAAAATTGCTAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106263	TCCAGGCTGTTTGAAAAAAAAAAACACATACGCCCAGTAAAATTGCTAAT	106312

BX957237.11	1151	AAACACAAAGACAACAGTTATAGAAAAAAATGTTTGTCTAATATTTACTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106313	AAACACAAAGACAACAGTTATAGAAAAAAATGTTTGTCTAATATTTACTC	106362

BX957237.11	1201	AGCACTTGGTAGGCAGATAGCATAGGCGTGGCTGTTTTAACACCAGATTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106363	AGCACTTGGTAGGCAGATAGCATAGGCGTGGCTGTTTTAACACCAGATTT	106412

BX957237.11	1251	TTTTTATCTTAGGAACTGCTGGAAGAAGAAAAAGAGGTTGTACATGAAAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106413	TTTTTATCTTAGGAACTGCTGGAAGAAGAAAAAGAGGTTGTACATGAAAC	106462

BX957237.11	1301	TCCTCACAACAAATCTGTGAACAACTTGACATTTAAAAATCTAATCAAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106463	TCCTCACAACAAATCTGTGAACAACTTGACATTTAAAAATCTAATCAAAA	106512

BX957237.11	1351	TGAGGAAGACATCAACATTACCTTGAATAATCAAGTGAGGAGAGATTGGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106513	TGAGGAAGACATCAACATTACCTTGAATAATCAAGTGAGGAGAGATTGGT	106562

BX957237.11	1401	AGCATCAGTTTTTCAACATCAATTACTGTAGCTGAAAAACAGATAAATAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106563	AGCATCAGTTTTTCAACATCAATTACTGTAGCTGAAAAACAGATAAATAT	106612

BX957237.11	1451	AATAAGAGTAAAATAAGACTTAACATTAATTAATCTAAATCTATGGTACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106613	AATAAGAGTAAAATAAGACTTAACATTAATTAATCTAAATCTATGGTACA	106662

BX957237.11	1501	ACCATACCAATCTGTATGGGGTTAAAATACATTTGTACACAAATCATTCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106663	ACCATACCAATCTGTATGGGGTTAAAATACATTTGTACACAAATCATTCC	106712

BX957237.11	1551	CTGACCCCATCAATTTCTCTTAGAATAGGATGGATATATATATATATATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106713	CTGACCCCATCAATTTCTCTTAGAATAGGATGGATATATATATATATATA	106762

BX957237.11	1601	TAGTGATAATGACTTTGGCTTATATCTGTGTACTCAGAACGTACACTCAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106763	TAGTGATAATGACTTTGGCTTATATCTGTGTACTCAGAACGTACACTCAC	106812

BX957237.11	1651	TTCAGGTACACCTGAACACCAAAAATTAAATGTACAATTAATGACACATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106813	TTCAGGTACACCTGAACACCAAAAATTAAATGTACAATTAATGACACATT	106862

BX957237.11	1701	ATACATCAAGCTCATTAACATTATTGAGAAATAGACAATTAATATGTATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106863	ATACATCAAGCTCATTAACATTATTGAGAAATAGACAATTAATATGTATT	106912

BX957237.11	1751	TTGTTAATATTAACGTTAGCTTAAAATAATTCAACTGCATTTAATTTTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106913	TTGTTAATATTAACGTTAGCTTAAAATAATTCAACTGCATTTAATTTTCA	106962

BX957237.11	1801	GCTCCATTTAATAAAACAGTTAAGACTCATTTCATTATGAGTTTAGTTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	106963	GCTCCATTTAATAAAACAGTTAAGACTCATTTCATTATGAGTTTAGTTTA	107012

BX957237.11	1851	AATAACTAACTTACAGTTGAAAAATTTTTACCATAATGATAGCTTAGTCA	1900
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	107013	AATAACTAACTTACAGTTGAAAATTTTTTACCATAATGATAGCTTAGTCA	107062

BX957237.11	1901	TAATGACTATGTGAAGACCAGAGCTTACCTTAACGGTAAACGTTTAACTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	107063	TAATGACTATGTGAAGACCAGAGCTTACCTTAACGGTAAACGTTTAACTT	107112

BX957237.11	1951	TTCATGGTGACTTCGCCTTCATCTCAGTGTTGTGCTGAAATAGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	107113	TTCATGGTGACTTCGCCTTCATCTCAGTGTTGTGCTGAAATAGAGAATTC	107162

Compact alignment

skip 1850 bps 100% identity alignment

BX957237.11	1851	AATAACTAACTTACAGTTGAAAAATTTTTACCATAATGATAGCTTAGTCA	1900
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
BX957323.7	107013	AATAACTAACTTACAGTTGAAAATTTTTTACCATAATGATAGCTTAGTCA	107062

skip 100 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX957237.11 - 73296 bps
Hit
BX957323.7 - 107162 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95189420001200011051631071621
297.971211483930339450-114579147261
383.93932763937939654-114579148581
491.0342763930139376-114727148041
595.2457843960839691-114774148571
6100469457015794118079181721
710034706743067499118079181481
8100468757105796-120956210421
910034706743067499-120972210411
1081.561022724864848919-128938292081
1181.811163197258872906128948292661
1285.46731744346143634135221353921
1384.39842015702157221135275354791
1487.151683004125041549-138412386991
1582.281022423120631447-138416386521
1685.671733454859048934-138417387651
1784.421342897258872876138446387211
1885.36717240374208178028781971
1979.86843125701557326180683809801
2086.334725741657487-186771868431
2182.581032835702157303-186961872471
2288.02851734346143633-187131872971
2385.89751675674456910187132872941
2410034636742967491189148892101
25100346357335795189149892111
2679.5811133392819613191418917501
2783.2485196990610101192023922071
2889.032554114575146161-11010061014061
Short-link