<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR318633.23	1	GAATTCAGTGTAATGTAATATTTTTGTTTCTAGTAAATTAAACAATGTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50000	GAATTCAGTGTAATGTAATATTTTTGTTTCTAGTAAATTAAACAATGTGG	50049

CR318633.23	51	TTTTAATTCATGTAATCAATTACTCTTGAAATATTGCAATTAATTCCTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50050	TTTTAATTCATGTAATCAATTACTCTTGAAATATTGCAATTAATTCCTAA	50099

CR318633.23	101	AAAAATTCAATAAAATAAAAAATATATATATTTGACCTAAAAACACTTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50100	AAAAATTCAATAAAATAAAAAATATATATATTTGACCTAAAAACACTTTT	50149

CR318633.23	151	ATATATAAAAATATTTTTTTCAGTAATTTTTCTTTACATACAGTACTTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50150	ATATATAAAAATATTTTTTTCAGTAATTTTTCTTTACATACAGTACTTTT	50199

CR318633.23	201	ATTGTACAGCATACCACATATGTCATGTCTAAAATGAATGTAGATTAATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50200	ATTGTACAGCATACCACATATGTCATGTCTAAAATGAATGTAGATTAATT	50249

CR318633.23	251	AATTAATTATTAAAACAATCAAATCAACAAAATACATTACTACATGCACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50250	AATTAATTATTAAAACAATCAAATCAACAAAATACATTACTACATGCACA	50299

CR318633.23	301	CACACTCATAGTGTGTGTTTATATAGTAATGTATTTTGTTCATTTGACCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50300	CACACTCATAGTGTGTGTTTATATAGTAATGTATTTTGTTCATTTGACCC	50349

CR318633.23	351	TAATAATATAATTTATCCATATTCCTTTTTGAGTCACACTTTTATTAATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50350	TAATAATATAATTTATCCATATTCCTTTTTGAGTCACACTTTTATTAATA	50399

CR318633.23	401	CAGCTTCTTCTATTAATGTACCTTAAGGTAAATATTAAATTGCCATTGCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50400	CAGCTTCTTCTATTAATGTACCTTAAGGTAAATATTAAATTGCCATTGCT	50449

CR318633.23	451	GTCTATTGAAGGTGTGTGCATGCTGTCAGTGAGGATCGGGGAGGGGCAGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50450	GTCTATTGAAGGTGTGTGCATGCTGTCAGTGAGGATCGGGGAGGGGCAGT	50499

CR318633.23	501	GAATCAGCTTTGTCAGTGGCACCAATCACATCACAATAATTTAGTGGCTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50500	GAATCAGCTTTGTCAGTGGCACCAATCACATCACAATAATTTAGTGGCTG	50549

CR318633.23	551	CTATTTATTTATTTATTTAATTAATTATTTATTAATTAAAATATTGCGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50550	CTATTTATTTATTTATTTAATTAATTATTTATTAATTAAAATATTGCGCA	50599

CR318633.23	601	TCAACGCAAATACATTTACATTAGTAATAACAGCAAAATCATATTGGGGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50600	TCAACGCAAATACATTTACATTAGTAATAACAGCAAAATCATATTGGGGT	50649

CR318633.23	651	GGCCGCAGGTGTGGCCAGAGTTTACACAGGGGGGCGCCCCTGCACTAAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50650	GGCCGCAGGTGTGGCCAGAGTTTACACAGGGGGGCGCCCCTGCACTAAGG	50699

CR318633.23	701	CATTCTGCCTGTGGCCTCTAGCCAAAGCACTCCTCCCACCATTGCTGATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50700	CATTCTGCCTGTGGCCTCTAGCCAAAGCACTCCTCCCACCATTGCTGATA	50749

CR318633.23	751	TACAGCCATATTGCATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50750	TACAGCCATATTGCATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	50799

CR318633.23	801	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACACACAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50800	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACACACAG	50849

CR318633.23	851	TGGTCACTCGTTTATTGCGGGAGTTATGTTCTAAACATAACCTGTGATAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50850	TGGTCACTCGTTTATTGCGGGAGTTATGTTCTAAACATAACCTGTGATAG	50899

CR318633.23	901	GCAAAATCCGTGAAGCAGTCAGCTTTATTTTTTGACAATTATTATAGATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50900	GCAAAATCCGTGAAGCAGTCAGCTTTATTTTTTGACAATTATTATAGATG	50949

CR318633.23	951	TTTTAAGGCTGTAAAACCCCTCATTACACACTTTATACACTTTTTTTTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	50950	TTTTAAGGCTGTAAAACCCCTCATTACACACTTTATACACTTTTTTTTTA	50999

CR318633.23	1001	GAAAGGTATTAACATTTTCCCACTTTTCTCTCTTGTCTCGAAGTCCAAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51000	GAAAGGTATTAACATTTTCCCACTTTTCTCTCTTGTCTCGAAGTCCAAAG	51049

CR318633.23	1051	TTTCGTAGAAAAATAAGTCCAGTATTATAAAATGAAGCCAAAGATCAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51050	TTTCGTAGAAAAATAAGTCCAGTATTATAAAATGAAGCCAAAGATCAAAA	51099

CR318633.23	1101	CCTGTTATCAGGCGCAAATGTTCATCACTGTCAGCAAAAAGTTCATGAAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51100	CCTGTTATCAGGCGCAAATGTTCATCACTGTCAGCAAAAAGTTCATGAAG	51149

CR318633.23	1151	CGTTTCAGCTTTTGTGCGGACGATGTCCAGCCTAGTGTTCTTTTTCCTGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51150	CGTTTCAGCTTTTGTGCGGACGATGTCCAGCCTAGTGTTCTTTTTCCTGC	51199

CR318633.23	1201	AGTCACTGATTCACAAAGCAAAAGCAGACTCCATCCTTATAGGAGGTCGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51200	AGTCACTGATTCACAAAGCAAAAGCAGACTCCATCCTTATAGGAGGTCGT	51249

CR318633.23	1251	ACAATAACGAAACTGGTGAAAATATGGCTAATTTGTTTTTCATATTTTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51250	ACAATAACGAAACTGGTGAAAATATGGCTAATTTGTTTTTCATATTTTTA	51299

CR318633.23	1301	ATGCCCTGTTTTGTGTTTTTCTAAAGCTTTATTAGTTTGTAATCTTGGCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51300	ATGCCCTGTTTTGTGTTTTTCTAAAGCTTTATTAGTTTGTAATCTTGGCA	51349

CR318633.23	1351	GAAAGTAATTAAAACAAATGGCTCTGGCCTTCATCTCCATGAGGTACCCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51350	GAAAGTAATTAAAACAAATGGCTCTGGCCTTCATCTCCATGAGGTACCCA	51399

CR318633.23	1401	TTATTCACTTCTGACTTCACATTTGTTTTGCTGGATAATTGAGTGTGCAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51400	TTATTCACTTCTGACTTCACATTTGTTTTGCTGGATAATTGAGTGTGCAG	51449

CR318633.23	1451	CACTTTGTATCATAGCAGCTCACATAAGAGTGTAATTATTGATGTTTGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51450	CACTTTGTATCATAGCAGCTCACATAAGAGTGTAATTATTGATGTTTGAA	51499

CR318633.23	1501	TTAGAGCTCTGTGCATTGATCACACTTCTGCTAATGCCTCTATTTTAGAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51500	TTAGAGCTCTGTGCATTGATCACACTTCTGCTAATGCCTCTATTTTAGAG	51549

CR318633.23	1551	CGGCTTGATCAATGTGACACGAGGACTTGTTGAAACACTTGCTTCACGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51550	CGGCTTGATCAATGTGACACGAGGACTTGTTGAAACACTTGCTTCACGTT	51599

CR318633.23	1601	AATGCAGTCTTCTAGAACAACTGTACTTTACATCTTCTCAATATTTAGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51600	AATGCAGTCTTCTAGAACAACTGTACTTTACATCTTCTCAATATTTAGAA	51649

CR318633.23	1651	AAAAAATGCTATTGCTTTGTCATTTTTGTTATTGTTTTGTTATTATAAGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51650	AAAAAATGCTATTGCTTTGTCATTTTTGTTATTGTTTTGTTATTATAAGG	51699

CR318633.23	1701	TGGTCTAATGCAGCTCACTGTAGTGTTGATAATCATGTACTCGTATAGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51700	TGGTCTAATGCAGCTCACTGTAGTGTTGATAATCATGTACTCGTATAGAT	51749

CR318633.23	1751	GTCTGAATATCAACATTTATAGCTGTACAATTCAGCTTTTATCTATTTTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51750	GTCTGAATATCAACATTTATAGCTGTACAATTCAGCTTTTATCTATTTTC	51799

CR318633.23	1801	TTTCTGTGTTGGTTCTTTTCCTTGTTACTTTTCCCTTGCTACCTTCCATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51800	TTTCTGTGTTGGTTCTTTTCCTTGTTACTTTTCCCTTGCTACCTTCCATC	51849

CR318633.23	1851	TCTCTTTTTCACTCTTCCTTTTCTTAGATTATGTACTTTCCTTTCCTTCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51850	TCTCTTTTTCACTCTTCCTTTTCTTAGATTATGTACTTTCCTTTCCTTCC	51899

CR318633.23	1901	TTTGCTTCTTTACATCTGTATTATTTTGCTTTTCTTCCAAAATAATTTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51900	TTTGCTTCTTTACATCTGTATTATTTTGCTTTTCTTCCAAAATAATTTTC	51949

CR318633.23	1951	CCCACATACCTTTCTTCCTTTTTATTTTTCGTTTTTTGTTTCTGCTGTAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957321.5	51950	CCCACATACCTTTCTTCCTTTTTATTTTTCGTTTTTTGTTTCTGCTGTAT	51999

Overview

Query
CR318633.23 - 158788 bps
Hit
BX957321.5 - 51999 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001889200012000150000519991
286.21541169287092985-1323733521
386.215411643458435731323733521
495.421001311034741036041323733671
593.4812018643356435411337935621
699.2901259286892992-1339635201
794.231051561034501036051340735621
894.49931261038981040231942795531
991.9274992608826186-19903100011
1086.631282272628826514-110264104951
1190.211341946915769350110264104571
1285.711833522181122162-115243155851
1387.861352312628626516-117290175281
1481.041263516949269842117301176641
1590.071021512608826238-117500176501
1696.32511362671726852118794189291
1797.78561358443384567-118795189291
1899451002620526304118795188941
1995.3845130113290113419-118800189291
2010041852756027644132021321051
2198.8941902755527644-132038321271
2295.16851249287092993-146118462411
2386.4932084336143568146119463241
2498.8140167103450103616146126462921
Short-link