<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX640477.6	1	AAGCTTGCCTTAATCACAGAGTCAATCTGCTGATCAAATTTCAGACTACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	58531	AAGCTTGCCTTAATCACAGAGTCAATCTGCTGATCAAATTTCAGACTACT	58580

BX640477.6	51	GTCTAGTCTCACACACAAGTTTTATTGTTTATTATTGTTTTATTTATTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	58581	GTCTAGTCTCACACACAAGTTTTATTGTTTATTATTGTTTTATTTATTGT	58630

BX640477.6	101	TATTAAGTTATATTATCGTATGAGATAATATTATGGCGATGCAGACTCAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	58631	TATTAAGTTATATTATCGTATGAGATAATATTATGGCGATGCAGACTCAG	58680

BX640477.6	151	TGAGTGGTATATTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGATTCGAGCCTCAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	58681	TGAGTGGTATATTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGATTCGAGCCTCAG	58730

BX640477.6	201	CTGAGTCATTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	58731	CTGAGTCATTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTC	58780

BX640477.6	251	ACGTTGAATTCCTCCAGTTGCTCCGGTTTCCCCCACAGGTCCAAAGACAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	58781	ACGTTGAATTCCTCCAGTTGCTCCGGTTTCCCCCACAGGTCCAAAGACAT	58830

BX640477.6	301	GCGGTTTAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTCTGTGTGTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	58831	GCGGTTTAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTCTGTGTGTG	58880

BX640477.6	351	AATGAGTGTGTGTGGATGTTTCCCTGTGATGGGTTGCAGCTGAAAGGGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	58881	AATGAGTGTGTGTGGATGTTTCCCTGTGATGGGTTGCAGCTGAAAGGGCA	58930

BX640477.6	401	TCTGCTGTGTGAAATATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTTCACTGTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	58931	TCTGCTGTGTGAAATATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTTCACTGTG	58980

BX640477.6	451	GCAACCCATGATTATTAAAGGGACTAAGCTGAAAAGAAAATGAATTAATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	58981	GCAACCCATGATTATTAAAGGGACTAAGCTGAAAAGAAAATGAATTAATG	59030

BX640477.6	501	ATTCACTCATTAAGACAAGAACTAGATAGCAAATAGTGTTGGTTTTACCG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59031	ATTCACTCATTAAGACAAGAACTAGATAGCAAATAGTGTTGGTTTTACCG	59080

BX640477.6	551	CTATAGTTATTTATCTGTGACCATCCTAATCCAGTCAAGATACCAAAATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59081	CTATAGTTATTTATCTGTGACCATCCTAATCCAGTCAAGATACCAAAATT	59130

BX640477.6	601	AATTCACACTTCCCAAGATATTGTTAAATTTCTATTAAGATACATTTAGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59131	AATTCACACTTCCCAAGATATTGTTAAATTTCTATTAAGATACATTTAGG	59180

BX640477.6	651	TCAGTATTGCCTGACCCAAGTGTGCACTATACTTTCATGCATTATGAACA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59181	TCAGTATTGCCTGACCCAAGTGTGCACTATACTTTCATGCATTATGAACA	59230

BX640477.6	701	GTAAAAACAAATAATCAGTGGCATTAAAACATATTTACAGGTGGTAAATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59231	GTAAAAACAAATAATCAGTGGCATTAAAACATATTTACAGGTGGTAAATG	59280

BX640477.6	751	ATTCCAAACATGCATTTTCCTCTTCCTTAAGCTCGAGAAGCTGTGATCTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59281	ATTCCAAACATGCATTTTCCTCTTCCTTAAGCTCGAGAAGCTGTGATCTG	59330

BX640477.6	801	GGAGTTAGAACAGCGCCATCTACAGGAAAAGTATCATCTATTTAAACAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59331	GGAGTTAGAACAGCGCCATCTACAGGAAAAGTATCATCTATTTAAACAGC	59380

BX640477.6	851	AGGTGAAAGAGCAATATTCCCTACAAAGACAGCAGCTGACCAAGAGACAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59381	AGGTGAAAGAGCAATATTCCCTACAAAGACAGCAGCTGACCAAGAGACAT	59430

BX640477.6	901	AACAAGGTAACATCCAAAACAATCTGTTTGTTTTTTATCCTCTATGTTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59431	AACAAGGTAACATCCAAAACAATCTGTTTGTTTTTTATCCTCTATGTTTA	59480

BX640477.6	951	TTTGTATCTTAGTGACACCTTTGTTTCTCTTCTGGCAGGATAAAGAGAGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59481	TTTGTATCTTAGTGACACCTTTGTTTCTCTTCTGGCAGGATAAAGAGAGA	59530

BX640477.6	1001	GCGTCCCGCTTCCAGCAGTCTCTCCTGGAGGAGCAGAAGTCACTGCAGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59531	GCGTCCCGCTTCCAGCAGTCTCTCCTGGAGGAGCAGAAGTCACTGCAGGC	59580

BX640477.6	1051	CCAGGAGAGAGCGTCGTTCCTGAAGACCCAAAAAGCTGAAGCAAAATCCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59581	CCAGGAGAGAGCGTCGTTCCTGAAGACCCAAAAAGCTGAAGCAAAATCCC	59630

BX640477.6	1101	GTCTGAATCAGTTGAAAATGGAGCTAAGAAAGCAAGGTCTGAGCGGCCCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59631	GTCTGAATCAGTTGAAAATGGAGCTAAGAAAGCAAGGTCTGAGCGGCCCT	59680

BX640477.6	1151	GAGCAGAGACAACATCTCACACAGGTTTGGATGCAGAAACCTCAGTGTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59681	GAGCAGAGACAACATCTCACACAGGTTTGGATGCAGAAACCTCAGTGTCA	59730

BX640477.6	1201	GAATAATGTGTGGTTAATTAATAACACTTTGATTAAAATGGAACTGTTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59731	GAATAATGTGTGGTTAATTAATAACACTTTGATTAAAATGGAACTGTTCC	59780

BX640477.6	1251	TCTCTGGGTTTATATTTAGCTTTTGTCTGAAGAAGAGGCCAGACAGAAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59781	TCTCTGGGTTTATATTTAGCTTTTGTCTGAAGAAGAGGCCAGACAGAAGC	59830

BX640477.6	1301	AAGAGAAACAGAGTCTTCAAGAAAGTCACGAGAGCCAATTGAAAGCAGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59831	AAGAGAAACAGAGTCTTCAAGAAAGTCACGAGAGCCAATTGAAAGCAGTG	59880

BX640477.6	1351	CAGGAACAATGTGATGCCAGTACAGCTGAACTACAGCAGCTTCAGGTACG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59881	CAGGAACAATGTGATGCCAGTACAGCTGAACTACAGCAGCTTCAGGTACG	59930

BX640477.6	1401	TCAGCAACAGCTTGCTAAAGAAAAAATAATTGAATAAGTGAATAAGGTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59931	TCAGCAACAGCTTGCTAAAGAAAAAATAATTGAATAAGTGAATAAGGTTT	59980

BX640477.6	1451	TAAAAAGTATATGTATAATAGTTAAATATATTTTGAAAAGTGATGGGAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	59981	TAAAAAGTATATGTATAATAGTTAAATATATTTTGAAAAGTGATGGGAAT	60030

BX640477.6	1501	AATGGCGCTATAAATAAACGGTATTACTAATGGTAGTACTTTTTTTTCAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	60031	AATGGCGCTATAAATAAACGGTATTACTAATGGTAGTACTTTTTTTTCAA	60080

BX640477.6	1551	TAACCAGTAGGGTTGGGTATCGTTTAGGGTTATTTCGATACCGGTGCTAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	60081	TAACCAGTAGGGTTGGGTATCGTTTAGGGTTATTTCGATACCGGTGCTAA	60130

BX640477.6	1601	ATTAATACTTTTAAAACGGTACCAGTGCCAATACAGTGCATGAACCTAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	60131	ATTAATACTTTTAAAACGGTACCAGTGCCAATACAGTGCATGAACCTAAA	60180

BX640477.6	1651	CTTTTGAGCCTCAAAATTATAGTGGATGACTCAAGAATTTTTTATTTTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	60181	CTTTTGAGCCTCAAAATTATAGTGGATGACTCAAGAATTTTTTATTTTTA	60230

BX640477.6	1701	TTTTCACGTTTCTGGAGATTCATGTCATTTCGGGTGTATCCTTTTTAGTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	60231	TTTTCACGTTTCTGGAGATTCATGTCATTTCGGGTGTATCCTTTTTAGTT	60280

BX640477.6	1751	TTTCAACTTTAACTGCAGTTTTACTTTCATTCAGCAACATGCTTAGTGAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	60281	TTTCAACTTTAACTGCAGTTTTACTTTCATTCAGCAACATGCTTAGTGAC	60330

BX640477.6	1801	AAACTGAGATATTGCATGAGAATATGAAGTAAGGATTGGTGGAAGAGTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	60331	AAACTGAGATATTGCATGAGAATATGAAGTAAGGATTGGTGGAAGAGTTT	60380

BX640477.6	1851	TGTTTTAATGGAATTGAATACTGGTCGCTGATAGAAACTCATGGTAGAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	60381	TGTTTTAATGGAATTGAATACTGGTCGCTGATAGAAACTCATGGTAGAAG	60430

BX640477.6	1901	CATTTAACACTGAATAAAGCCAAAGTCTCTTTAAAGCAATTCATTTCACT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	60431	CATTTAACACTGAATAAAGCCAAAGTCTCTTTAAAGCAATTCATTTCACT	60480

BX640477.6	1951	CGACGGCTATCTTTGAAAGGTCTCTTGGGCAGTATGCTTGGGCATTCTGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957284.5	60481	CGACGGCTATCTTTGAAAGGTCTCTTGGGCAGTATGCTTGGGCATTCTGT	60530

Overview

Query
BX640477.6 - 258048 bps
Hit
BX957284.5 - 60530 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001958200012000158531605301
294.021712364219142426-1468249151
382.1209553335839101762981811
480.78136483104152104634-112570130581
589.6150755927659350-118492185681
696.26641079977299878-122762228681
796.6756909977299861-123073231621
898.6857762361123686126113261881
992.31651043092231025126113262161
1097.39911153150231616126113262271
1186.25741609910599264126113262721
1282.35591703075330922126132263011
1396.1559783088330960126687267641
1483.2517138931913579129412297871
1583.41155406117906118311146070464671
1695.82382457157206157662-148044484971
1792.2378103157090157192-148618487201
1895.72591720154850155569-148753494771
1989.366394106804106897153345534381
2084.561352735473255004158693589641
2184.851072206945569674158799590291
2283.42100219171167171385158807590231
Short-link