<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL935286.14	1	GAATTCTCAGCAGACCATCAGCGTACACCAATCTAAGAATAAAATAAGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42140	GAATTCTCAGCAGACCATCAGCGTACACCAATCTAAGAATAAAATAAGCA	42189

AL935286.14	51	ATTTGTTAAAAACCAAAAATATATGTATTTTATATTTCCAGGTTTATAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42190	ATTTGTTAAAAACCAAAAATATATGTATTTTATATTTCCAGGTTTATAGG	42239

AL935286.14	101	AAAGAAGAAAGCTAAAGCAGATTTAAAATGTAGAAAAAAAAACCTATTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42240	AAAGAAGAAAGCTAAAGCAGATTTAAAATGTAGAAAAAAAAACCTATTGA	42289

AL935286.14	151	CAATTTAATGTCACAACATACCCCAATCTAAGCAGCACGCTCAAATGATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42290	CAATTTAATGTCACAACATACCCCAATCTAAGCAGCACGCTCAAATGATT	42339

AL935286.14	201	AATTTACATAAACGACAACTGCTTCTCATTATACCAATTTTAACTGTTAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42340	AATTTACATAAACGACAACTGCTTCTCATTATACCAATTTTAACTGTTAT	42389

AL935286.14	251	GGATTCATTCATTCATTTTCTTTTGGGCTTAGTCCCTTTATTAATCTGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42390	GGATTCATTCATTCATTTTCTTTTGGGCTTAGTCCCTTTATTAATCTGGG	42439

AL935286.14	301	GTCGCCACAGCGGAATGAAAGGCCAACTTATCCAGCAAATGTTTTACGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42440	GTCGCCACAGCGGAATGAAAGGCCAACTTATCCAGCAAATGTTTTACGCA	42489

AL935286.14	351	GCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCAATACACACTCATTCACACACACTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42490	GCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCAATACACACTCATTCACACACACTTA	42539

AL935286.14	401	TACACTATGGTCAATTTTTGCATACCCAATTCACCCATGTCTTTGGACTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42540	TACACTATGGTCAATTTTTGCATACCCAATTCACCCATGTCTTTGGACTT	42589

AL935286.14	451	GGGAAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCATGCCAACACAGGGAGAGCAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42590	GGGAAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCATGCCAACACAGGGAGAGCAT	42639

AL935286.14	501	GCAAACTTTACACAGAAACACCAACTGACCCAGCCAAAGCTTGAAGCAGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42640	GCAAACTTTACACAGAAACACCAACTGACCCAGCCAAAGCTTGAAGCAGC	42689

AL935286.14	551	GACCTTCTTGCTGTGAGGCAAACGTGCTACCCTCTGCGCCACCGTGCTGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42690	GACCTTCTTGCTGTGAGGCAAACGTGCTACCCTCTGCGCCACCGTGCTGC	42739

AL935286.14	601	CCTGTTAAGGAATCAGATTAATATAAATGAATTGACATGTTTATTTAGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42740	CCTGTTAAGGAATCAGATTAATATAAATGAATTGACATGTTTATTTAGTG	42789

AL935286.14	651	TCTGACACATTAAATATTGCATTTTTAAATATTGTTTCATTTTAAGATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42790	TCTGACACATTAAATATTGCATTTTTAAATATTGTTTCATTTTAAGATTT	42839

AL935286.14	701	ATTTCAGAATTAACTATAGAACCGGATATATCGTCACATTTTCATGCACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42840	ATTTCAGAATTAACTATAGAACCGGATATATCGTCACATTTTCATGCACA	42889

AL935286.14	751	GCAGCATTTCCAAGAACATAGAAAAACAGAATATAGGCCAACTGAAAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42890	GCAGCATTTCCAAGAACATAGAAAAACAGAATATAGGCCAACTGAAAAAA	42939

AL935286.14	801	AATTTAAATAAATAAACTCTGACTGAATGCTTTAAGTAACTGGCTAGGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42940	AATTTAAATAAATAAACTCTGACTGAATGCTTTAAGTAACTGGCTAGGAA	42989

AL935286.14	851	TGGGCAGGTATAAGATTCTGAGGGTATAATCTTGGATAAAAATATCACAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	42990	TGGGCAGGTATAAGATTCTGAGGGTATAATCTTGGATAAAAATATCACAG	43039

AL935286.14	901	TTTCACAGTATTGTGATTACTGCTCTGAAATGTGTTTTTTTTATCTCTGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43040	TTTCACAGTATTGTGATTACTGCTCTGAAATGTGTTTTTTTTATCTCTGT	43089

AL935286.14	951	GTAAAAAACATCTACTTTTCCCCCATTGAACACAATATGTTTTATTTTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43090	GTAAAAAACATCTACTTTTCCCCCATTGAACACAATATGTTTTATTTTAA	43139

AL935286.14	1001	GAAACATTTAAAATATTTTGTAACAGTAAACATGCCAGGCTAAATAATAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43140	GAAACATTTAAAATATTTTGTAACAGTAAACATGCCAGGCTAAATAATAA	43189

AL935286.14	1051	TTTAATAAAATAGTACTATCTTCATTAGACTCAAAAACACTGATTTCTTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43190	TTTAATAAAATAGTACTATCTTCATTAGACTCAAAAACACTGATTTCTTG	43239

AL935286.14	1101	TGAAGGCATAATAAGCTATTTGTTTTTCAGATGTTTGCTGAATCGTGAGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43240	TGAAGGCATAATAAGCTATTTGTTTTTCAGATGTTTGCTGAATCGTGAGC	43289

AL935286.14	1151	TGACCAGTAGCTTTTGATGTGGAGGGTCTTTTGCTGCTGTAAATAATGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43290	TGACCAGTAGCTTTTGATGTGGAGGGTCTTTTGCTGCTGTAAATAATGTT	43339

AL935286.14	1201	GGACTATTTTTTTAAGTCTTTGATAACGCGCTAAAAACCATATACAATGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43340	GGACTATTTTTTTAAGTCTTTGATAACGCGCTAAAAACCATATACAATGC	43389

AL935286.14	1251	ATCCGGAAAGTATTGATAGCGCTTCACTTTTTCCACATTTTTAATGTTTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43390	ATCCGGAAAGTATTGATAGCGCTTCACTTTTTCCACATTTTTAATGTTTC	43439

AL935286.14	1301	AGTCTTATTTCAAAATGGATTAAATTCATTAATTTCCTCAAAATTCTACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43440	AGTCTTATTTCAAAATGGATTAAATTCATTAATTTCCTCAAAATTCTACA	43489

AL935286.14	1351	CACAATCCCCATAATGTGTGTTGACCCGATTTTAGTTAATCATTTACAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43490	CACAATCCCCATAATGTGTGTTGACCCGATTTTAGTTAATCATTTACAAG	43539

AL935286.14	1401	TCAATATTGCCTATATGGATTGTGATTTTAACATGTAAAATTGCATTGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43540	TCAATATTGCCTATATGGATTGTGATTTTAACATGTAAAATTGCATTGTT	43589

AL935286.14	1451	AAATGCAATGCCATCAAACATTTTAGACGCACCAGTGCAAAAAGCTAGTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43590	AAATGCAATGCCATCAAACATTTTAGACGCACCAGTGCAAAAAGCTAGTC	43639

AL935286.14	1501	TAGAGCACTTGGAATGCTGGTGTAGTTCTAGTTAAATTCAGTTCAGTTAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43640	TAGAGCACTTGGAATGCTGGTGTAGTTCTAGTTAAATTCAGTTCAGTTAA	43689

AL935286.14	1551	AGCTGTATATGCAACAGGTCTCAAGTATAGGATTTAGTATTTAACTAATC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43690	AGCTGTATATGCAACAGGTCTCAAGTATAGGATTTAGTATTTAACTAATC	43739

AL935286.14	1601	TTAACAACTAAACATTTACGAGTCTGTATTAGCCAGCTCATGTACTACAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43740	TTAACAACTAAACATTTACGAGTCTGTATTAGCCAGCTCATGTACTACAA	43789

AL935286.14	1651	TGTAACAGATGCTATATATTGCCACCTTGATACTTAAGCTTTCTTTAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43790	TGTAACAGATGCTATATATTGCCACCTTGATACTTAAGCTTTCTTTAAAA	43839

AL935286.14	1701	TATTTTGTGTTCAACCGATTAATTAATTCTTTCATTTAATTTTTTCAGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43840	TATTTTGTGTTCAACCGATTAATTAATTCTTTCATTTAATTTTTTCAGTG	43889

AL935286.14	1751	TAATAGTATAGCTTACACTGGTGTATTTGTATGGACCCCCCAAAATAGCG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43890	TAATAGTATAGCTTACACTGGTGTATTTGTATGGACCCCCCAAAATAGCG	43939

AL935286.14	1801	GAGGCCACTTTCTGGCCACCCAAGTATAAACTTCTAGCCTAGCCACTGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43940	GAGGCCACTTTCTGGCCACCCAAGTATAAACTTCTAGCCTAGCCACTGTG	43989

AL935286.14	1851	AACTACCTGTCTGTCCTGCTCCAGAACTCTTTGTCGGCTGCTTGTATGTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	43990	AACTACCTGTCTGTCCTGCTCCAGAACTCTTTGTCGGCTGCTTGTATGTC	44039

AL935286.14	1901	TGGATACAGCTGCACAAGTCTTTTAACACTGACAAATACAGCCTCTGCAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	44040	TGGATACAGCTGCACAAGTCTTTTAACACTGACAAATACAGCCTCTGCAC	44089

AL935286.14	1951	ATCCTCACAACCAGGAGAACAGAATGATCAGGAGGACCTGAAAAATATAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957261.10	44090	ATCCTCACAACCAGGAGAACAGAATGATCAGGAGGACCTGAAAAATATAA	44139

Overview

Query
AL935286.14 - 211297 bps
Hit
BX957261.10 - 44139 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001932200012000142140441391
284.571002146222162434-1528054801
395.45421106244762556-1589059991
495.414210962440625481589159991
594.194886181137181222-1593560201
697.8950956242662520-1811482081
790.32451246243162554-1861887411
893.865211424145242581861887311
993.274210462449625521861887211
1090.8558142108251108392-1862287631
11100427945855459331862787051
1299.046510434496345991863287351
1395.391221534616646318-112220123711
1495.34702839200917201755-112233130901
1595.97173820261081012835112233142901
1686.1162108149820149927123536236431
1794.744757125157125213123589236451
1890.164161149674149734-123652237121
1984.4545899646796555124463245521
2088.0893152173844173995-124622247721
2193.3347609659496653-127059271181
2291.074056170072170127128820288751
2386.4942749659196664-128821288941
2488.8960909659096679130799308881
2582.05501158735987473130800309161
2687.871102048193482137-140048402531
2785.71661215004650166142395425131
2885.45581115028050390142624427331
Short-link