<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573199.4	1	CAGCCCAGCGCGCACACACACACACATGCACACGCACACACAAACACGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180433	CAGCCCAGCGCGCACACACACACACATGCACACGCACACACAAACACGCA	180482

CT573199.4	51	CACACACACCATAAACACTTGCACAAACCTGACACTTAAATCCAAGGCAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180483	CACACACACCATAAACACTTGCACAAACCTGACACTTAAATCCAAGGCAC	180532

CT573199.4	101	GCACATAAAGGATCAGATGTACACTTCTACACACAAGCGTCAACTCAACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180533	GCACATAAAGGATCAGATGTACACTTCTACACACAAGCGTCAACTCAACA	180582

CT573199.4	151	CTACTCTGCACAGCACACTGCATACCATCAACACCTCTTAAACTAGCTAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180583	CTACTCTGCACAGCACACTGCATACCATCAACACCTCTTAAACTAGCTAT	180632

CT573199.4	201	AAATGTAATGCACTTTTTTACTAGAGTTGTTATATACTTATATTTTTATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180633	AAATGTAATGCACTTTTTTACTAGAGTTGTTATATACTTATATTTTTATT	180682

CT573199.4	251	ATTAGGATTATTTTATATAATATAATATATGTTTATGAATTTGCCAATTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180683	ATTAGGATTATTTTATATAATATAATATATGTTTATGAATTTGCCAATTT	180732

CT573199.4	301	AATCATTGCATTGTAAATATATAATCCAAAAACACCTGAATGTGTAATGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180733	AATCATTGCATTGTAAATATATAATCCAAAAACACCTGAATGTGTAATGC	180782

CT573199.4	351	AATAATTGAATTGGCAAATTTAAGAACATATATATGTTCTATTATATTAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180783	AATAATTGAATTGGCAAATTTAAGAACATATATATGTTCTATTATATTAC	180832

CT573199.4	401	TTAATAGCTATTATATAATGTTAAAAGCATAAATATAACTATAACATTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180833	TTAATAGCTATTATATAATGTTAAAAGCATAAATATAACTATAACATTAA	180882

CT573199.4	451	TAAAACATAAATTTTTAAAAGTGTATTAATATCTAAAATTACAATAAACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180883	TAAAACATAAATTTTTAAAAGTGTATTAATATCTAAAATTACAATAAACT	180932

CT573199.4	501	TATATACAGTAAATATACAGTTCATACATATGTATGAACTCAATTCCTGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180933	TATATACAGTAAATATACAGTTCATACATATGTATGAACTCAATTCCTGA	180982

CT573199.4	551	AGGGCCGAAGCCCTGCACAGTTTAGTTCCAACCCTGCTCCAACACACTTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	180983	AGGGCCGAAGCCCTGCACAGTTTAGTTCCAACCCTGCTCCAACACACTTA	181032

CT573199.4	601	CCTGTAGGTTTCAAACAAGCCTGAAGGACTCAATTAGTTTGATCAGGTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181033	CCTGTAGGTTTCAAACAAGCCTGAAGGACTCAATTAGTTTGATCAGGTGT	181082

CT573199.4	651	GTTTAATTAGGGTTGGAACTAAACTGTGCAGAGCTGTGGCCCTTTTGGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181083	GTTTAATTAGGGTTGGAACTAAACTGTGCAGAGCTGTGGCCCTTTTGGAA	181132

CT573199.4	701	CTGAGTTTGACACCTGTGTTCTAAACTATTGGTGTAAATATTTGCAAAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181133	CTGAGTTTGACACCTGTGTTCTAAACTATTGGTGTAAATATTTGCAAAAT	181182

CT573199.4	751	ATTGTTTTATTGTAAAATAATAATGTTTTTCTCAGTTATCATAGGGCAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181183	ATTGTTTTATTGTAAAATAATAATGTTTTTCTCAGTTATCATAGGGCAGC	181232

CT573199.4	801	ACTGTGACGGAGTGGGTAGCAAAACAGCTGGCATTTCTTTGTGGAGTTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181233	ACTGTGACGGAGTGGGTAGCAAAACAGCTGGCATTTCTTTGTGGAGTTTG	181282

CT573199.4	851	CACGTTCTCCCCATGTTCACATGGGTTGCCTCCGGGTGATCCGGTGCAGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181283	CACGTTCTCCCCATGTTCACATGGGTTGCCTCCGGGTGATCCGGTGCAGT	181332

CT573199.4	901	CCACAGACATGCAGAACAGGTGGATTGGGCAAGCTAAATTGTCCGTAGTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181333	CCACAGACATGCAGAACAGGTGGATTGGGCAAGCTAAATTGTCCGTAGTG	181382

CT573199.4	951	TATGTGTGTGAATGAGTGTGTATGGGTGTTTTCCAGTGAGGGGTTGCAGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181383	TATGTGTGTGAATGAGTGTGTATGGGTGTTTTCCAGTGAGGGGTTGCAGC	181432

CT573199.4	1001	TGGAAGGGCATTCGCTGCATAAAACATATTTTGGATAAGTTGGTAGTTCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181433	TGGAAGGGCATTCGCTGCATAAAACATATTTTGGATAAGTTGGTAGTTCA	181482

CT573199.4	1051	TTCCACTGTGGCGACCCCAGATTAATAAATGGACTAAGCCGAAAATGAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181483	TTCCACTGTGGCGACCCCAGATTAATAAATGGACTAAGCCGAAAATGAAT	181532

CT573199.4	1101	GAATGTATATGTCATCATGGATAAGTTAAAAAAATATAATTTTATTTAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181533	GAATGTATATGTCATCATGGATAAGTTAAAAAAATATAATTTTATTTAAA	181582

CT573199.4	1151	ATTTATGTTTTTTTATGTATTTATTGCCTTTTTTGTTTATTTATTTATTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181583	ATTTATGTTTTTTTATGTATTTATTGCCTTTTTTGTTTATTTATTTATTA	181632

CT573199.4	1201	GGAAATATTTAATTTATACCACAGGTGTCAATTCCAGTTCCTGGAAGACC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181633	GGAAATATTTAATTTATACCACAGGTGTCAATTCCAGTTCCTGGAAGACC	181682

CT573199.4	1251	GAAGCTCTGCATAGTTTAGTTCCGACCCTAATTAAACACACCTGATCCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181683	GAAGCTCTGCATAGTTTAGTTCCGACCCTAATTAAACACACCTGATCCAA	181732

CT573199.4	1301	CTAATTAAGTCATTCATTCAATCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181733	CTAATTAAGTCATTCATTCAATCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTTAT	181782

CT573199.4	1351	TAATCCGGGGTCACCACAGCGGAATGAACCACCAACTTATCCAGCACATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181783	TAATCCGGGGTCACCACAGCGGAATGAACCACCAACTTATCCAGCACATT	181832

CT573199.4	1401	TTTACGCAGTGGATGCCCTTCCAGTCGGAGGAAACCCACGCGAATGCAGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181833	TTTACGCAGTGGATGCCCTTCCAGTCGGAGGAAACCCACGCGAATGCAGG	181882

CT573199.4	1451	GAGAACATGCAAACTCCACACAGAATCGCCAACTGACCCAGCCGGGGCTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181883	GAGAACATGCAAACTCCACACAGAATCGCCAACTGACCCAGCCGGGGCTC	181932

CT573199.4	1501	GAACCAGCGACCTTCTTCCTGTGAGGCAATAGCACTACCTACTGCGCCAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181933	GAACCAGCGACCTTCTTCCTGTGAGGCAATAGCACTACCTACTGCGCCAC	181982

CT573199.4	1551	TGCTTCGCCCAACTAATTTATTCCTTCAAGCTTATTTGAAACCTACATGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	181983	TGCTTCGCCCAACTAATTTATTCCTTCAAGCTTATTTGAAACCTACATGT	182032

CT573199.4	1601	AAGTGTGTTAGAAAAGGGTTGAAACTAAACTGTGAGATGCGGCCCTCCAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	182033	AAGTGTGTTAGAAAAGGGTTGAAACTAAACTGTGAGATGCGGCCCTCCAG	182082

CT573199.4	1651	GAACTGGAATTGGCACCTGTGCTTTAAACTATCAGTTATTAATAAATTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	182083	GAACTGGAATTGGCACCTGTGCTTTAAACTATCAGTTATTAATAAATTAT	182132

CT573199.4	1701	GTACACATTTTGCATACATGGTTTACAGGGCAAAAAATGCTTGATTTTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	182133	GTACACATTTTGCATACATGGTTTACAGGGCAAAAAATGCTTGATTTTAA	182182

CT573199.4	1751	CAATCTGGGCGTAAAGTCTAAAGCGCATGGTGTGAAAGCATTAGTGTCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	182183	CAATCTGGGCGTAAAGTCTAAAGCGCATGGTGTGAAAGCATTAGTGTCTG	182232

CT573199.4	1801	TCTGAATCCACTATTGCTATTTTAAGAACAGAAAAATAAGATTTGCACCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	182233	TCTGAATCCACTATTGCTATTTTAAGAACAGAAAAATAAGATTTGCACCC	182282

CT573199.4	1851	GGCACATGGTCTAACAGAGTTGTGCTTATTCTCCTAATGAGTTATGGGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	182283	GGCACATGGTCTAACAGAGTTGTGCTTATTCTCCTAATGAGTTATGGGTG	182332

CT573199.4	1901	TGTTTTAAGCATAGTGCATTAAACCAATCAAAGTCAACACTTCACTAGCG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	182333	TGTTTTAAGCATAGTGCATTAAACCAATCAAAGTCAACACTTCACTAGCG	182382

CT573199.4	1951	AGAAAATAGTTAAACAGCAGATCTGCAGCACGAGAATAAAGAACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957239.7	182383	AGAAAATAGTTAAACAGCAGATCTGCAGCACGAGAATAAAGAACAAGCTT	182432

Overview

Query
CT573199.4 - 3994 bps
Hit
BX957239.7 - 182432 bps
Total alignments
6
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195320001200011804331824321
298.61357234263497127989280601
398.61357234263497-128001280721
494.559111013151424156669567781
594.11348434283511-11535281536121
610032653427349111535481536121
Short-link