<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX119988.9	141930	GAATTCCTGAAACAGCATCAATAAAACGAATATATTTTGAGACAAAGCTC	141881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	1995	GAATTCCTGAAACAGCATCAATAAAACGAATATATTTTGAGACAAAGCTC	2044

C  BX119988.9	141880	TTTTGAAAGGTTTTGCATTTGACATCTGCCATGTTTGCTAAGTTTGTATA	141831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2045	TTTTGAAAGGTTTTGCATTTGACATCTGCCATGTTTGCTAAGTTTGTATA	2094

C  BX119988.9	141830	TGCAATTGATAGCATCTGTTTTTAATTTCAGATGCAAATCTTATGCACCA	141781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2095	TGCAATTGATAGCATCTGTTTTTAATTTCAGATGCAAATCTTATGCACCA	2144

C  BX119988.9	141780	ACACTGAATTTCAAGTGACAGTAAACGGATCACACCTTATGAATTTCAAG	141731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2145	ACACTGAATTTCAAGTGACAGTAAACGGATCACACCTTATGAATTTCAAG	2194

C  BX119988.9	141730	CATAGGATCCAAGAGCTCGACCAGATCAGAGGCATTGGCATCTACCGTGA	141681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2195	CATAGGATCCAAGAGCTCGACCAGATCAGAGGCATTGGCATCTACCGTGA	2244

C  BX119988.9	141680	TGTGACCCTCAGCTCTTTTAATGTGGGGAAACTGCAGTGAGATGATGTTG	141631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2245	TGTGACCCTCAGCTCTTTTAATGTGGGGAAACTGCAGTGAGATGATGTTG	2294

C  BX119988.9	141630	CTGATGCAGTTTTAGTTTGATCTCTTGACATCTATGCAAGCATGTTATTT	141581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2295	CTGATGCAGTTTTAGTTTGATCTCTTGACATCTATGCAAGCATGTTATTT	2344

C  BX119988.9	141580	CCTTTAATAATCGTAATATGTTTTAAAATACTATGTAGCAGTGGAGTGCA	141531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2345	CCTTTAATAATCGTAATATGTTTTAAAATACTATGTAGCAGTGGAGTGCA	2394

C  BX119988.9	141530	AGTCCTTTTTTTCTGCAGCACCTGATCAAGAAGTTTTTATATTCATTTTT	141481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2395	AGTCCTTTTTTTCTGCAGCACCTGATCAAGAAGTTTTTATATTCATTTTT	2444

C  BX119988.9	141480	TTTCCAATAAGGTTTTTAGAAATATGCTTAAATTTCTTCATCATTTATTC	141431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2445	TTTCCAATAAGGTTTTTAGAAATATGCTTAAATTTCTTCATCATTTATTC	2494

C  BX119988.9	141430	ACCCTCAAGTGGTGCTAAACTTTTATGACTTTCTTTCATGTGCTGAACAC	141381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2495	ACCCTCAAGTGGTGCTAAACTTTTATGACTTTCTTTCATGTGCTGAACAC	2544

C  BX119988.9	141380	AAAAGCTGAAATACTGACTACTGTATTTTTCTCAAATGAAAGTAAAAAGT	141331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2545	AAAAGCTGAAATACTGACTACTGTATTTTTCTCAAATGAAAGTAAAAAGT	2594

C  BX119988.9	141330	CTGGCCTCAAACATGTGTTAAGTAAAAAGTATCAGTACAATTTTATATTT	141281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2595	CTGGCCTCAAACATGTGTTAAGTAAAAAGTATCAGTACAATTTTATATTT	2644

C  BX119988.9	141280	TAATTTCACACTGGTAATAGCCTCACATTATATTGATACATTTATAGAAT	141231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2645	TAATTTCACACTGGTAATAGCCTCACATTATATTGATACATTTATAGAAT	2694

C  BX119988.9	141230	AAGCTTACATTTCTATTTTTTATCTAAAACATTGTGTTGCCTTATCTTAT	141181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2695	AAGCTTACATTTCTATTTTTTATCTAAAACATTGTGTTGCCTTATCTTAT	2744

C  BX119988.9	141180	TTAGCCAAGCAAAATTACTTTTTTAATCAACACTCATAAAAGTCCTGTTT	141131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2745	TTAGCCAAGCAAAATTACTTTTTTAATCAACACTCATAAAAGTCCTGTTT	2794

C  BX119988.9	141130	TTGTTACAGCATGTAGGCCTATATTTCTATAAATAATAAATGTCTTCAAT	141081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2795	TTGTTACAGCATGTAGGCCTATATTTCTATAAATAATAAATGTCTTCAAT	2844

C  BX119988.9	141080	TTAGCACTTCATTTTGTCCCAAACGTATACAAGTTTGACTTTTTTTTCCG	141031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2845	TTAGCACTTCATTTTGTCCCAAACGTATACAAGTTTGACTTTTTTTTCCG	2894

C  BX119988.9	141030	CTGAAATATATACTTAATGCATATGAGTACAATTTTAAAGTCCTGTTTTT	140981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2895	CTGAAATATATACTTAATGCATATGAGTACAATTTTAAAGTCCTGTTTTT	2944

C  BX119988.9	140980	GTTACAGCATGTAGGCCTATATTTCTATAAATAATAAATGTCTTCAATTT	140931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2945	GTTACAGCATGTAGGCCTATATTTCTATAAATAATAAATGTCTTCAATTT	2994

C  BX119988.9	140930	AAAACTTCATTTTGTCCAAAACGTATGTACGCTTGTTTTTTCTTTTGCTA	140881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	2995	AAAACTTCATTTTGTCCAAAACGTATGTACGCTTGTTTTTTCTTTTGCTA	3044

C  BX119988.9	140880	AAATATATACTTAATGCATATGAGTGCTATTTTAATAAGTCCTGTTTTGT	140831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3045	AAATATATACTTAATGCATATGAGTGCTATTTTAATAAGTCCTGTTTTGT	3094

C  BX119988.9	140830	AGTCCTATATTTCTATAAATAATAAATGTCTTCAATTTAACACTTAACAC	140781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3095	AGTCCTATATTTCTATAAATAATAAATGTCTTCAATTTAACACTTAACAC	3144

C  BX119988.9	140780	TTAATAATAATGTCTTCAATTTAACACTTAACACTTCACTTCTCCACTTC	140731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3145	TTAATAATAATGTCTTCAATTTAACACTTAACACTTCACTTCTCCACTTC	3194

C  BX119988.9	140730	ACTTCCTAATCTGCAATTGCCTCTGGATATACCACTAACTGTACTCAAAA	140681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3195	ACTTCCTAATCTGCAATTGCCTCTGGATATACCACTAACTGTACTCAAAA	3244

C  BX119988.9	140680	TAAATAAATAAATAAATAAAATAAAAAATTACTAATACTTTCCTTCTTAG	140631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3245	TAAATAAATAAATAAATAAAATAAAAAATTACTAATACTTTCCTTCTTAG	3294

C  BX119988.9	140630	ACTTTACAACCTGAAACTTGCCTATAGCACTTATTCATTGTTGCTCTTAT	140581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3295	ACTTTACAACCTGAAACTTGCCTATAGCACTTATTCATTGTTGCTCTTAT	3344

C  BX119988.9	140580	AGTTGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTCGCTTTGGATAAA	140531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3345	AGTTGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTCGCTTTGGATAAA	3394

C  BX119988.9	140530	AGCATCTGCTAAATGACTAAATGTAAATGGACTTAATTTTGTCCAAAACG	140481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3395	AGCATCTGCTAAATGACTAAATGTAAATGGACTTAATTTTGTCCAAAACG	3444

C  BX119988.9	140480	TATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCTTTGAATTTTTTCTTCT	140431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3445	TATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCTTTGAATTTTTTCTTCT	3494

C  BX119988.9	140430	TTTTTAAATATTTTCCAAATGATGTTTAACATAGCAGGGACATTTTCACA	140381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3495	TTTTTAAATATTTTCCAAATGATGTTTAACATAGCAGGGACATTTTCACA	3544

C  BX119988.9	140380	GTTTGTCTGATAATGTTTTTTTTTCTGGGGAAAGTCTTATTTGACTTATT	140331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3545	GTTTGTCTGATAATGTTTTTTTTTCTGGGGAAAGTCTTATTTGACTTATT	3594

C  BX119988.9	140330	TCAGCTAGAATAAAAGCAGGTTTTATTTTTTAAACACCATTTTAGGGACA	140281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3595	TCAGCTAGAATAAAAGCAGGTTTTATTTTTTAAACACCATTTTAGGGACA	3644

C  BX119988.9	140280	CAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATTTTTTCTAGATAATCTACAGATCA	140231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3645	CAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATTTTTTCTAGATAATCTACAGATCA	3694

C  BX119988.9	140230	AACCACTGTTATACAATAACTTGCCTAATTACCCTTACCTGCCTAGGTAA	140181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3695	AACCACTGTTATACAATAACTTGCCTAATTACCCTTACCTGCCTAGGTAA	3744

C  BX119988.9	140180	CCTAATTAACCTAGTTAAGCTTTTAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGT	140131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3745	CCTAATTAACCTAGTTAAGCTTTTAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGT	3794

C  BX119988.9	140130	GTCTTAAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGA	140081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3795	GTCTTAAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGA	3844

C  BX119988.9	140080	TAAAATAAATCAGTTGTTAGAGATGAGTTATTAAACTATCATGTTTAGAA	140031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3845	TAAAATAAATCAGTTGTTAGAGATGAGTTATTAAACTATCATGTTTAGAA	3894

C  BX119988.9	140030	ATGTGTTGAAAAAAATCTTCTCTCCGTTAAACAGAAATTGGGGAAAAAAT	139981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3895	ATGTGTTGAAAAAAATCTTCTCTCCGTTAAACAGAAATTGGGGAAAAAAT	3944

C  BX119988.9	139980	AAACAGGGGGGCTAATAATTCTGACTGTAAGTCAGATAATTTCAACTGTA	139931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX957229.8	3945	AAACAGGGGGGCTAATAATTCTGACTGTAAGTCAGATAATTTCAACTGTA	3994

Overview

Query
BX119988.9 - 141930 bps
Hit
BX957229.8 - 3994 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018742000139931141930-1199539941
286.7695209140786140994-1278330011
386.1293219140924141142-1293131391
485.582405151200401205541344539641
585.091272761794118216-1344737211
688.11843361258241261591349138261
786.9157303103875104177-1356138731
889.86120208122809123016-1375939651
997.534401262851263241382438631
Short-link