<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR753887.12	37742	GAATTCAGCCCATATAAATTGTTTGCATCCACTTACCTTAAAAAATAGTA	37791
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1	GAATTCAGCCCATATAAATTGTTTGCATCCACTTACCTTAAAAAATAGTA	50

CR753887.12	37792	AATCCAATTAGTCATTTTTTTATGGTTATTAAAGTTATATTTAATGAAAT	37841
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	51	AATCCAATTAGTCATTTTTTTATGGTTATTAAAGTTATATTTAATGAAAT	100

CR753887.12	37842	CCCAATAGGACTTCTGATAGACTGCCATTTTGAGACGCAGAGCTCGTTTT	37891
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	101	CCCAATAGGACTTCTGATAGACTGCCATTTTGAGACGCAGAGCTCGTTTT	150

CR753887.12	37892	GCCACCAGATGGCAGAATGTTTTAAGGATGAGAAGAGCAGCATGGTCTTT	37941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	151	GCCACCAGATGGCAGAATGTTTTAAGGATGAGAAGAGCAGCATGGTCTTT	200

CR753887.12	37942	GTTTATATTAACCTATATTGAGTGTTTGGATAAAACCATTAACCTCTGGT	37991
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	201	GTTTATATTAACCTATATTGAGTGTTTGGATAAAACCATTAACCTCTGGT	250

CR753887.12	37992	CATTTTTGCAGTTAAAAATCGCATATCCTTTGTATACAAGTTTAGATTAA	38041
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	251	CATTTTTGCAGTTAAAAATCGCATATCCTTTGTATACAAGTTTAGATTAA	300

CR753887.12	38042	GGGCAAAACTTGATATATAAAAAGGCCCATTATTTCTTAAAAAGATAGTT	38091
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	301	GGGCAAAACTTGATATATAAAAAGGCCCATTATTTCTTAAAAAGATAGTT	350

CR753887.12	38092	CACACAAAAAAAAAAATAAAAATAAAAATAAGAAAGAAAATTCTGTGTGC	38141
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	351	CACACAAAAAAAAAAATAAAAATAAAAATAAGAAAGAAAATTCTGTGTGC	400

CR753887.12	38142	ATTTACTCAGCCTTAACAAGTTACGTTCTTCTCTTGACCTTTAGCATTTT	38191
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	401	ATTTACTCAGCCTTAACAAGTTACGTTCTTCTCTTGACCTTTAGCATTTT	450

CR753887.12	38192	TGGTTATTATTTTCCAACATTTTTCAAGATATATTTTTTATGCTCATTAT	38241
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	451	TGGTTATTATTTTCCAACATTTTTCAAGATATATTTTTTATGCTCATTAT	500

CR753887.12	38242	AAAAAAAAGAAACTTAAAGCTCTGGAACTACTTTCATTTTAAATTATGAT	38291
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	501	AAAAAAAAGAAACTTAAAGCTCTGGAACTACTTTCATTTTAAATTATGAT	550

CR753887.12	38292	GACAAGACATGCACACAAAGAAAAACTACTGCTAAAAGTCTTCACCAGAA	38341
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	551	GACAAGACATGCACACAAAGAAAAACTACTGCTAAAAGTCTTCACCAGAA	600

CR753887.12	38342	CGTTTGCAATGAAAAGCAGGAAGTAGATAAACAAACTGAACGGTAAATAC	38391
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	601	CGTTTGCAATGAAAAGCAGGAAGTAGATAAACAAACTGAACGGTAAATAC	650

CR753887.12	38392	AAACATGTGCTTTAAAAACCTGCTTTGCTTGAAGACGACTCATTGTGAAG	38441
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	651	AAACATGTGCTTTAAAAACCTGCTTTGCTTGAAGACGACTCATTGTGAAG	700

CR753887.12	38442	ATGAACATCAGATAACATTTGGCAGATGAATAAGAGAACTGCCGTTTGTC	38491
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	701	ATGAACATCAGATAACATTTGGCAGATGAATAAGAGAACTGCCGTTTGTC	750

CR753887.12	38492	GCATAAACGAGTGAAAGATGATACTTTGCATTTGTCCGATGTCCACAGGT	38541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	751	GCATAAACGAGTGAAAGATGATACTTTGCATTTGTCCGATGTCCACAGGT	800

CR753887.12	38542	AGCAGTGTTACAACATGACTCAATGAATAGGTGTGTGTGTATTTTATTTC	38591
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	801	AGCAGTGTTACAACATGACTCAATGAATAGGTGTGTGTGTATTTTATTTC	850

CR753887.12	38592	TAATACAGTTAACAGCACAAAAATACTGTCTTGAAAGTGAACCCACAGCT	38641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	851	TAATACAGTTAACAGCACAAAAATACTGTCTTGAAAGTGAACCCACAGCT	900

CR753887.12	38642	CTTCTGTATTCATTGGTCAGAATTATCACACAAACGGTGGATGCTAATAA	38691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	901	CTTCTGTATTCATTGGTCAGAATTATCACACAAACGGTGGATGCTAATAA	950

CR753887.12	38692	TAAACGAATAATGTGACCTGCCACTGCAATTAAACTGCTTGCAACCAAAT	38741
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	951	TAAACGAATAATGTGACCTGCCACTGCAATTAAACTGCTTGCAACCAAAT	1000

CR753887.12	38742	GTGACATCATAAAATCAGCATGATGATTATATGACTGCTGGGAAAGCACT	38791
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1001	GTGACATCATAAAATCAGCATGATGATTATATGACTGCTGGGAAAGCACT	1050

CR753887.12	38792	GAGGAAATACTGAAACATTTATAACATACTTTATACATTTTCTTAAGTAC	38841
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1051	GAGGAAATACTGAAACATTTATAACATACTTTATACATTTTCTTAAGTAC	1100

CR753887.12	38842	CTGAAAGCAAATAGATAAACACTGATCATTCTGAAGAGCAATTTCACAAT	38891
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1101	CTGAAAGCAAATAGATAAACACTGATCATTCTGAAGAGCAATTTCACAAT	1150

CR753887.12	38892	GCAGGACAATTTCAGCGTCAATTGGATATCATCTAGTGCTCATTTATAAT	38941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1151	GCAGGACAATTTCAGCGTCAATTGGATATCATCTAGTGCTCATTTATAAT	1200

CR753887.12	38942	GAGAAAAAAGGATTGATAAGCATGAAGAGGTGATTTTAAAATCAATGATG	38991
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1201	GAGAAAAAAGGATTGATAAGCATGAAGAGGTGATTTTAAAATCAATGATG	1250

CR753887.12	38992	AGCACAACAGCTTGAATATATAAAAAAAACTCTCTTTTTCTTTAGGCAGA	39041
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1251	AGCACAACAGCTTGAATATATAAAAAAAACTCTCTTTTTCTTTAGGCAGA	1300

CR753887.12	39042	AGTACTTGGTAGACTGAGACAGAATCTGTTATTTATTTAATTTTTTTGCA	39091
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1301	AGTACTTGGTAGACTGAGACAGAATCTGTTATTTATTTAATTTTTTTGCA	1350

CR753887.12	39092	TAGTGTTTTTAGAATCATTTATGGTTATTAGTCATCACAATGGCTTTGAA	39141
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1351	TAGTGTTTTTAGAATCATTTATGGTTATTAGTCATCACAATGGCTTTGAA	1400

CR753887.12	39142	TCTTAATAGAGTTAATTTTATTTTAATAATTAAAATTATTCCTGTGATGG	39191
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1401	TCTTAATAGAGTTAATTTTATTTTAATAATTAAAATTATTCCTGTGATGG	1450

CR753887.12	39192	CAAAGCTGTTTTCAATACCCATTTCTCCCGTTTTCAATGATCAGTCCCAT	39241
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1451	CAAAGCTGTTTTCAATACCCATTTCTCCCGTTTTCAATGATCAGTCCCAT	1500

CR753887.12	39242	GATCATTAAGAATTCATTCTAATGCGCTGATCTGTTGCTTCAGAAAAAAA	39291
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1501	GATCATTAAGAATTCATTCTAATGCGCTGATCTGTTGCTTCAGAAAAAAA	1550

CR753887.12	39292	ATCATCTTATATTGATTCCTATTTATTATCAGTGTAGAAAACAGCTATGT	39341
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1551	ATCATCTTATATTGATTCCTATTTATTATCAGTGTAGAAAACAGCTATGT	1600

CR753887.12	39342	GCTTAGAGTAAATGATACATTTTTAGAAATTAACAACAGTATTTTATTTA	39391
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1601	GCTTAGAGTAAATGATACATTTTTAGAAATTAACAACAGTATTTTATTTA	1650

CR753887.12	39392	GCTATCTTTATTTGATATTTGCATTCTTGCTGAATAAAAGTTTTAAATTC	39441
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1651	GCTATCTTTATTTGATATTTGCATTCTTGCTGAATAAAAGTTTTAAATTC	1700

CR753887.12	39442	TTAAACAGAGAATCGTAATGTCCCCAAACATTTATATGATATTATGGAGT	39491
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1701	TTAAACAGAGAATCGTAATGTCCCCAAACATTTATATGATATTATGGAGT	1750

CR753887.12	39492	ATAGTGTGTACTGTATATACAGTCATGAATTCACAAAGCAAGAAAATAGA	39541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1751	ATAGTGTGTACTGTATATACAGTCATGAATTCACAAAGCAAGAAAATAGA	1800

CR753887.12	39542	CATAACCTGCTCTCTGTTACCTAAAAATTTGAGATATAAAATTGATGGTA	39591
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1801	CATAACCTGCTCTCTGTTACCTAAAAATTTGAGATATAAAATTGATGGTA	1850

CR753887.12	39592	TGATACATTCTTCAGCTTTAATGTCAGAATTCAACAAGTTTAATTCATTC	39641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1851	TGATACATTCTTCAGCTTTAATGTCAGAATTCAACAAGTTTAATTCATTC	1900

CR753887.12	39642	ACTATTATTCATTCATTTACTGAACAAACTGTCATTAAATATGCTATTCT	39691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1901	ACTATTATTCATTCATTTACTGAACAAACTGTCATTAAATATGCTATTCT	1950

CR753887.12	39692	TGCAGTAAAAAAAAGGCAATGCAGTTTTTCAAAAGGGCACCTATTTTAGC	39741
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX950214.7	1951	TGCAGTAAAAAAAAGGCAATGCAGTTTTTCAAAAGGGCACCTATTTTAGC	2000

Overview

Query
CR753887.12 - 39741 bps
Hit
BX950214.7 - 197499 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001888200037742397411120001
290.78661412833128471114752148921
390.78661412833128471114896150361
490.78661412833128471115040151801
588.7534822838828469115181152601
678.051014853240132885136735372031
784.111473123340433715-137521378221
878.31143971347213868146543469201
985.241573572243822794160815611731
1089.614522343324554193015932351
1188.153843642536508-11003191004021
1288.81921433626036402-11004031005451
1388.3973112362743638511060351061461
1480.74101270334553372411092471095161
1584.26551093360733715-11103531104601
1680.351063053339033694-11551011553901
1777.67763055270557411605231608311
1898.0448511341113461-11605771606271
1995.954874272922736511648711649441
2099.31109144283282847111648721650151
21883374283882846111650161650901
2291.956187333933347911674121674981
2386.3351117224472256311745221746381
2482.53101274224382271111836181838861
Short-link