<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX004889.8	1	AAGCTTGTATTTTACAGTACTGTAATGCTGCATTCACACAATACGTGGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	1995	AAGCTTGTATTTTACAGTACTGTAATGCTGCATTCACACAATACGTGGAA	2044

BX004889.8	51	GAAGCGTCAAGCATGAGTGATTTACATGTTAAGTCAATGCGAAGATGCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2045	GAAGCGTCAAGCATGAGTGATTTACATGTTAAGTCAATGCGAAGATGCAA	2094

BX004889.8	101	ATAGATATTCTGTGGCGCGAATGACGCAATTCACGCGAATGAAGGATTAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2095	ATAGATATTCTGTGGCGCGAATGACGCAATTCACGCGAATGAAGGATTAG	2144

BX004889.8	151	AATGAAGTGATTAGAGTTCATAAAGCACATAAACACAGCTATTCTCTATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2145	AATGAAGTGATTAGAGTTCATAAAGCACATAAACACAGCTATTCTCTATA	2194

BX004889.8	201	TAAAATCCATATTAGCCATTTAGCAACGAATCTAGAGTCCATGATGTGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2195	TAAAATCCATATTAGCCATTTAGCAACGAATCTAGAGTCCATGATGTGAA	2244

BX004889.8	251	TTCGCATCTATTGTGAGGTGAATTCGACACCTGAAAAAAGCGGATTTGAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2245	TTCGCATCTATTGTGAGGTGAATTCGACACCTGAAAAAAGCGGATTTGAT	2294

BX004889.8	301	GCGCGAATTAAGCGAGTAAACTCAATGTTCATCTGTCCATTTACACACGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2295	GCGCGAATTAAGCGAGTAAACTCAATGTTCATCTGTCCATTTACACACGA	2344

BX004889.8	351	ATAGCATGATTTATCCGCCTGTGCCCTGTTTGGTAATTAAATTGATTAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2345	ATAGCATGATTTATCCGCCTGTGCCCTGTTTGGTAATTAAATTGATTAAA	2394

BX004889.8	401	ACATTCTTTTGTCAAATAAACGATTTTTCTAGAGTCATCCCCCATAATTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2395	ACATTCTTTTGTCAAATAAACGATTTTTCTAGAGTCATCCCCCATAATTC	2444

BX004889.8	451	TATAGCTCAAAAGTATCGTTTCAGGCACCAATACCATTTAAAAAAAATTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2445	TATAGCTCAAAAGTATCGTTTCAGGCACCAATACCATTTAAAAAAAATTG	2494

BX004889.8	501	ATTTAGCATCGGTATCGAAATAACCCCAAACGATACCCAAGCCTGCCTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2495	ATTTAGCATCGGTATCGAAATAACCCCAAACGATACCCAAGCCTGCCTTT	2544

BX004889.8	551	TTGTCACATGTTTATTTTCCTCGTTTAAAATATTAAAAATGTTTACAGAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2545	TTGTCACATGTTTATTTTCCTCGTTTAAAATATTAAAAATGTTTACAGAT	2594

BX004889.8	601	TAATATTTTTCTGACCCCATAAGCCTGTGGTTAATTGTTTTGAAAATATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2595	TAATATTTTTCTGACCCCATAAGCCTGTGGTTAATTGTTTTGAAAATATA	2644

BX004889.8	651	AACAGATGTTTCAATATAATGTTTCTGATAATTTCTCTGTGTTTTTATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2645	AACAGATGTTTCAATATAATGTTTCTGATAATTTCTCTGTGTTTTTATTT	2694

BX004889.8	701	TTCAAGATTTTACTGCAAATGTCACATCCATAACACTGGAATTGCACAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2695	TTCAAGATTTTACTGCAAATGTCACATCCATAACACTGGAATTGCACAAA	2744

BX004889.8	751	ATTGATTGAATTTTATTTTTAGAATCACTAATGAAACTTAACAAAAACAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2745	ATTGATTGAATTTTATTTTTAGAATCACTAATGAAACTTAACAAAAACAT	2794

BX004889.8	801	TCTCTTAAATTGTTTCTACACGTTCAATTAACATAAATAAAACATTATTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2795	TCTCTTAAATTGTTTCTACACGTTCAATTAACATAAATAAAACATTATTT	2844

BX004889.8	851	TTTTCAGGTTGCTGAAGCTAAAGTTTATGCGTACTAGAATGGAGCAAGAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2845	TTTTCAGGTTGCTGAAGCTAAAGTTTATGCGTACTAGAATGGAGCAAGAT	2894

BX004889.8	901	CACGAAACCAACGTCCTTCGTGACCGTTTCTGGAGGACACAATTATTCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2895	CACGAAACCAACGTCCTTCGTGACCGTTTCTGGAGGACACAATTATTCAA	2944

BX004889.8	951	TCAAACTATGGATCTACCATAACAGTCAATAACATATGTGTTACATGAGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2945	TCAAACTATGGATCTACCATAACAGTCAATAACATATGTGTTACATGAGA	2994

BX004889.8	1001	TTATCCTTTCAATAATCCAATAATCCAATCCAATAATGTCCAATCATGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	2995	TTATCCTTTCAATAATCCAATAATCCAATCCAATAATGTCCAATCATGCT	3044

BX004889.8	1051	GGTTAATCTCCCAAAACTATAGCAGGTTTCTAATAGTTTCCATCATGTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3045	GGTTAATCTCCCAAAACTATAGCAGGTTTCTAATAGTTTCCATCATGTGA	3094

BX004889.8	1101	TTTGCATTTGAATATGTGGAGGCGGGAATTAATGAGGTAGGACAGGACTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3095	TTTGCATTTGAATATGTGGAGGCGGGAATTAATGAGGTAGGACAGGACTG	3144

BX004889.8	1151	ACTTTACCTCGAGTACATTTCATACAGATTACAAAACCAGAGAACATTTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3145	ACTTTACCTCGAGTACATTTCATACAGATTACAAAACCAGAGAACATTTC	3194

BX004889.8	1201	TTTTCAAGTGCAGTTGGATCAATTAAAAGTAGATATTTCAAGTTTTAGAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3195	TTTTCAAGTGCAGTTGGATCAATTAAAAGTAGATATTTCAAGTTTTAGAC	3244

BX004889.8	1251	TGGGTTGGCCTGTGAGGCAAGTATTCGGTGTGTTTGCTGACCCTAGAGGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3245	TGGGTTGGCCTGTGAGGCAAGTATTCGGTGTGTTTGCTGACCCTAGAGGC	3294

BX004889.8	1301	AGGGCACTGCACAGGGGTATGGCCCGGTGGCTAGAGCCACTGCCCCTCTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3295	AGGGCACTGCACAGGGGTATGGCCCGGTGGCTAGAGCCACTGCCCCTCTG	3344

BX004889.8	1351	GTTTATAAGAATAACGCTGCAGAAACTTTCATAGAGAACACCAGTCTGGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3345	GTTTATAAGAATAACGCTGCAGAAACTTTCATAGAGAACACCAGTCTGGA	3394

BX004889.8	1401	CGGAGCCACTTCTCTGCTTTACTGATCGATGATTGGCTCCTTTATCAGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3395	CGGAGCCACTTCTCTGCTTTACTGATCGATGATTGGCTCCTTTATCAGAA	3444

BX004889.8	1451	CCAAGGACTTCTGTCGCTAGAGTAGAGCTATTGAAAGTCAAACTTTTCCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3445	CCAAGGACTTCTGTCGCTAGAGTAGAGCTATTGAAAGTCAAACTTTTCCC	3494

BX004889.8	1501	CATTTGAAACTGTATGAGTGACACTTCTTGAGTACTATTGTCTTTGTTAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3495	CATTTGAAACTGTATGAGTGACACTTCTTGAGTACTATTGTCTTTGTTAT	3544

BX004889.8	1551	TTATTAGCCAGTGCTTATTTGTTAAAAATATAATAGTTAATATTTAATAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3545	TTATTAGCCAGTGCTTATTTGTTAAAAATATAATAGTTAATATTTAATAA	3594

BX004889.8	1601	AGGGTATAATATTTCAGACAGGCTAGCAAGATCTTGACCGGTCTGGAAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3595	AGGGTATAATATTTCAGACAGGCTAGCAAGATCTTGACCGGTCTGGAAAT	3644

BX004889.8	1651	TAGTGCCAGTTTGCAGTATGAAAATTAATGCATTTAATGGATTAAATTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3645	TAGTGCCAGTTTGCAGTATGAAAATTAATGCATTTAATGGATTAAATTTT	3694

BX004889.8	1701	AAAACTGCTTAAAATTTTAAATAAAGTTAAAATATTGAGTTTGTTCAGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3695	AAAACTGCTTAAAATTTTAAATAAAGTTAAAATATTGAGTTTGTTCAGAT	3744

BX004889.8	1751	ATTTGTCTAATATTTGTTTGTTTTACAGCAACATCAACAAGCATGTAGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3745	ATTTGTCTAATATTTGTTTGTTTTACAGCAACATCAACAAGCATGTAGAT	3794

BX004889.8	1801	GTAAAAAGTAAAAAGTAAATAGTACTCCACATTGTGTTGACACTGACATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3795	GTAAAAAGTAAAAAGTAAATAGTACTCCACATTGTGTTGACACTGACATC	3844

BX004889.8	1851	AAAAAAGTTATTTGCAAAATCAGTAATTAGTAAAGCCAAAAGTATTTTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3845	AAAAAAGTTATTTGCAAAATCAGTAATTAGTAAAGCCAAAAGTATTTTTG	3894

BX004889.8	1901	TGCATACGTTAGTGTATAGAGACAGCTTTTTTAAATTAGACCCAACTTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3895	TGCATACGTTAGTGTATAGAGACAGCTTTTTTAAATTAGACCCAACTTGA	3944

BX004889.8	1951	TGATGTGCTCAAACATAGGTGCTCAACACATACAACCTGGGACTCCAATA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942843.5	3945	TGATGTGCTCAAACATAGGTGCTCAACACATACAACCTGGGACTCCAATA	3994

Overview

Query
BX004889.8 - 253422 bps
Hit
BX942843.5 - 3994 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019282000120001199539941
286.431672986804668343-14667671
Short-link