<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248321.5	1	GGCCAAGTATTTACCCAAAAGAGACCTGAAACATTGTTTTCTTTTTCTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4356	GGCCAAGTATTTACCCAAAAGAGACCTGAAACATTGTTTTCTTTTTCTTT	4405

BX248321.5	51	CTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTCACCCGGGCTGGAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4406	CTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTCACCCGGGCTGGAGT	4455

BX248321.5	101	GCAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTACAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4456	GCAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTACAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGC	4505

BX248321.5	151	AATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4506	AATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCA	4555

BX248321.5	201	CTACGCCCAGCTAATTTATTTTTATTTTTATTTTTATTAGAGATGGGGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4556	CTACGCCCAGCTAATTTATTTTTATTTTTATTTTTATTAGAGATGGGGTT	4605

BX248321.5	251	TCACCATGTTGATCAGGCTGGTCTCAAACTCCTAACCCGCCCACCTTGGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4606	TCACCATGTTGATCAGGCTGGTCTCAAACTCCTAACCCGCCCACCTTGGC	4655

BX248321.5	301	TTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCAAAATTTTTTTCTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4656	TTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCAAAATTTTTTTCTTT	4705

BX248321.5	351	CTTATTGTTTTTAATTCTCCCCCCAAGCTTACTGAGGTAAAATAGACAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4706	CTTATTGTTTTTAATTCTCCCCCCAAGCTTACTGAGGTAAAATAGACAAA	4755

BX248321.5	401	AATTATATGTTTTCAGCGTGTACAATGTGTTGATTTGATGAGTATACATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4756	AATTATATGTTTTCAGCGTGTACAATGTGTTGATTTGATGAGTATACATT	4805

BX248321.5	451	GTGAAATAATTACCACTATCAAACTAATGAACACATCACCAACACATATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4806	GTGAAATAATTACCACTATCAAACTAATGAACACATCACCAACACATATT	4855

BX248321.5	501	TACCATTTCTTTTCTGTGTGTGTTAGCAAATTTCAGATAGACAATACAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4856	TACCATTTCTTTTCTGTGTGTGTTAGCAAATTTCAGATAGACAATACAAT	4905

BX248321.5	551	ATTGTTAATTATAGTCTCCATGTGATTAAAGTTCCAGAACTCATTCTTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4906	ATTGTTAATTATAGTCTCCATGTGATTAAAGTTCCAGAACTCATTCTTCT	4955

BX248321.5	601	TATAACTGAAAGTTTGTACCCTTGACTGTTGTTTTTAATCTTTAAATTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	4956	TATAACTGAAAGTTTGTACCCTTGACTGTTGTTTTTAATCTTTAAATTGA	5005

BX248321.5	651	GGCTTAAAATATATGCAGTAAAATGTGCAGAGTGGACACATAAGTGCTCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5006	GGCTTAAAATATATGCAGTAAAATGTGCAGAGTGGACACATAAGTGCTCA	5055

BX248321.5	701	AGTCGTTGAATTTTATTTAATTCTTTAATGTATTTATTTTAAAGAAATAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5056	AGTCGTTGAATTTTATTTAATTCTTTAATGTATTTATTTTAAAGAAATAG	5105

BX248321.5	751	AGACAGGGTCTTGCTATGTTGCCTAGACTGCTCTTGAACTCCTGGGCTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5106	AGACAGGGTCTTGCTATGTTGCCTAGACTGCTCTTGAACTCCTGGGCTCA	5155

BX248321.5	801	CACAATCCTCCCACCTCAGCCTCTCAAGGTGTTGGGATTACAGGCATGAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5156	CACAATCCTCCCACCTCAGCCTCTCAAGGTGTTGGGATTACAGGCATGAG	5205

BX248321.5	851	CCACCGCACCCGGCCAATTGTTGAATCTTAACACATGCATACACTCACCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5206	CCACCGCACCCGGCCAATTGTTGAATCTTAACACATGCATACACTCACCT	5255

BX248321.5	901	ACCCACTTTCCAGATCAAGATGTGCCACATTCTTATCACCCCAGAAGCCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5256	ACCCACTTTCCAGATCAAGATGTGCCACATTCTTATCACCCCAGAAGCCT	5305

BX248321.5	951	CCCCTGCCTCCTCCCCATCAGTGCCACCCTAGAGGTAGCCAGTATTTTGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5306	CCCCTGCCTCCTCCCCATCAGTGCCACCCTAGAGGTAGCCAGTATTTTGA	5355

BX248321.5	1001	CTTTAATCATCATCAGTTGATTTTTCCATGTACTTGACTTTCATATAATT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5356	CTTTAATCATCATCAGTTGATTTTTCCATGTACTTGACTTTCATATAATT	5405

BX248321.5	1051	AGAACCATACAGTATGCCTTCCAAAAGAGACACTTTTAAAAGAAAATGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5406	AGAACCATACAGTATGCCTTCCAAAAGAGACACTTTTAAAAGAAAATGAA	5455

BX248321.5	1101	ATTTCATCACCAATATTTGGCAAGCTTATACCCGTATCCTCATTTCCAAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5456	ATTTCATCACCAATATTTGGCAAGCTTATACCCGTATCCTCATTTCCAAC	5505

BX248321.5	1151	CCCAGGCTTCCCTGCCATTGGTGGGAAAGAGAGTCTGGAAACTGAGTTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5506	CCCAGGCTTCCCTGCCATTGGTGGGAAAGAGAGTCTGGAAACTGAGTTGG	5555

BX248321.5	1201	GTGAGTTATAGCAAGCCAAACTACATTTTTCCTTGCATATCTGAATTACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5556	GTGAGTTATAGCAAGCCAAACTACATTTTTCCTTGCATATCTGAATTACA	5605

BX248321.5	1251	CGGGGTAAATTTCAATCAACTGCTAGTTGTGAGCCTAGAAATAGGGACGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5606	CGGGGTAAATTTCAATCAACTGCTAGTTGTGAGCCTAGAAATAGGGACGC	5655

BX248321.5	1301	AGGTGAGTCAGGGTCCCTGACCTATGCTTAAGAGCCATTGCCAAAGATTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5656	AGGTGAGTCAGGGTCCCTGACCTATGCTTAAGAGCCATTGCCAAAGATTG	5705

BX248321.5	1351	ACTCAGGGAAATGGGTAGTTCCGTGCCCCATCCTCTTCCCTACTCACTTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5706	ACTCAGGGAAATGGGTAGTTCCGTGCCCCATCCTCTTCCCTACTCACTTC	5755

BX248321.5	1401	CGCTTGATACTAGAAGTGAGACTCACTCAGTGTCCACTTTCCCCACCCTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5756	CGCTTGATACTAGAAGTGAGACTCACTCAGTGTCCACTTTCCCCACCCTT	5805

BX248321.5	1451	GGAGAGCTCACAGGGAGTGGAGTGTATCACTCACGTAGCCATGTGCTGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5806	GGAGAGCTCACAGGGAGTGGAGTGTATCACTCACGTAGCCATGTGCTGCT	5855

BX248321.5	1501	CTGCAGCTGGGAAGGAGCACTCTGGAGAAAGCCGGGCGTGTGTCCTGATG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5856	CTGCAGCTGGGAAGGAGCACTCTGGAGAAAGCCGGGCGTGTGTCCTGATG	5905

BX248321.5	1551	CTCTTATCACCCTCCAAATCCCCAGCTTCCCCTAGATAGACTGCTATTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5906	CTCTTATCACCCTCCAAATCCCCAGCTTCCCCTAGATAGACTGCTATTGA	5955

BX248321.5	1601	CCTTTACCATCCATTTGTTTCCTTTTCTTCTCTTCTTCCTTCTTTCTTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	5956	CCTTTACCATCCATTTGTTTCCTTTTCTTCTCTTCTTCCTTCTTTCTTCT	6005

BX248321.5	1651	ACAAAGGCCTCCTGCTTTGAAAATGAGGCATACCCAGGGAAAACAGGTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	6006	ACAAAGGCCTCCTGCTTTGAAAATGAGGCATACCCAGGGAAAACAGGTTT	6055

BX248321.5	1701	CAGGTCAGCTCTGGTTCAAAGGGTGGGTCCCTTCCACTCCGACAAATTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	6056	CAGGTCAGCTCTGGTTCAAAGGGTGGGTCCCTTCCACTCCGACAAATTTG	6105

BX248321.5	1751	ATCCCCTCATTCTGCCTCCCTCCCTGCCCCTCCTCATGTGTGCGCCCTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	6106	ATCCCCTCATTCTGCCTCCCTCCCTGCCCCTCCTCATGTGTGCGCCCTCT	6155

BX248321.5	1801	GGTCTTGCCGACTCTGCTCTCTCCTCCGCCTTGATTCCTGTAGGGTACAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	6156	GGTCTTGCCGACTCTGCTCTCTCCTCCGCCTTGATTCCTGTAGGGTACAT	6205

BX248321.5	1851	CTCTCCAAACGGCCCTGCAGAAAGCACAGCGCAGAAATGCCCCTCCCTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	6206	CTCTCCAAACGGCCCTGCAGAAAGCACAGCGCAGAAATGCCCCTCCCTGG	6255

BX248321.5	1901	GGAGGGAGGACCCAAAGTTCTGGCCTCCCCTACTCAGTATCAGCTATAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	6256	GGAGGGAGGACCCAAAGTTCTGGCCTCCCCTACTCAGTATCAGCTATAAA	6305

BX248321.5	1951	TGCCACAGACACGTTTGCGAGGAAAAAAGAAGAAAAATAAGAAGCCAAAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX942838.5	6306	TGCCACAGACACGTTTGCGAGGAAAAAAGAAGAAAAATAAGAAGCCAAAC	6355

Overview

Query
BX248321.5 - 29117 bps
Hit
BX942838.5 - 6355 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link