<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX942838.5	1	GGCCAACATGGCAAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1137	GGCCAACATGGCAAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAT	1186

BX942838.5	51	GCGCGGTGGTGCGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGAAGGCTGAGGCAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1187	GCGCGGTGGTGCGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGAAGGCTGAGGCAGG	1236

BX942838.5	101	AGAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGACGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1237	AGAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGACGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGT	1286

BX942838.5	151	CACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAATTTAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1287	CACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAATTTAAA	1336

BX942838.5	201	AAAATTATTTCCAAAAATAAACAACAAATGACTCAAATGAATGGGCATTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1337	AAAATTATTTCCAAAAATAAACAACAAATGACTCAAATGAATGGGCATTT	1386

BX942838.5	251	TGAGCTAGAGGAAGGAGAAAAGGGGGGAGTCCCTGGTGAGCAATTTACCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1387	TGAGCTAGAGGAAGGAGAAAAGGGGGGAGTCCCTGGTGAGCAATTTACCT	1436

BX942838.5	301	TGTGATTGATTCACATAGTTGTGCTGTGAGTATCTCATTACTCCCAGCAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1437	TGTGATTGATTCACATAGTTGTGCTGTGAGTATCTCATTACTCCCAGCAA	1486

BX942838.5	351	CTGGGGTGTGCAGGTAGAGTTTGGAAGCATCATTACCCAGCTTTCGTCAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1487	CTGGGGTGTGCAGGTAGAGTTTGGAAGCATCATTACCCAGCTTTCGTCAT	1536

BX942838.5	401	GGAATACACCTACTCCTGTAATGTGACAAAGCCCCAGCCCACCAAGCATG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1537	GGAATACACCTACTCCTGTAATGTGACAAAGCCCCAGCCCACCAAGCATG	1586

BX942838.5	451	CGTGACCCAAGCAAAAGTCCAGGAAGTGGACAGGGTTAAAGGGCTGCCCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1587	CGTGACCCAAGCAAAAGTCCAGGAAGTGGACAGGGTTAAAGGGCTGCCCA	1636

BX942838.5	501	TCTAGACCTGTGCCTTTGCACTGTGGATTTAGCACAATGATCTTCACGTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1637	TCTAGACCTGTGCCTTTGCACTGTGGATTTAGCACAATGATCTTCACGTG	1686

BX942838.5	551	GCATCTGTGCCCCCACATCTTGGGCGTACATAAAGACTTCCTGAAGAGTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1687	GCATCTGTGCCCCCACATCTTGGGCGTACATAAAGACTTCCTGAAGAGTA	1736

BX942838.5	601	TTATGCAGGCGTGGGTTGTTTGATGGGAACCATTTTCCAGATCTTCAACT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1737	TTATGCAGGCGTGGGTTGTTTGATGGGAACCATTTTCCAGATCTTCAACT	1786

BX942838.5	651	TCCGTATGTGCTTGTGGCCTAGAACTGATCTGTCTGAGGGCACCTCTGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1787	TCCGTATGTGCTTGTGGCCTAGAACTGATCTGTCTGAGGGCACCTCTGTG	1836

BX942838.5	701	GTCAGGGCTACACTTTTCTGACTCTTCTTTGATGAACATCCAACATTTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1837	GTCAGGGCTACACTTTTCTGACTCTTCTTTGATGAACATCCAACATTTCC	1886

BX942838.5	751	TCTGTAGCTCCCATATTATTATTACCACATTTCCGCAGGGTGTAGAACAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1887	TCTGTAGCTCCCATATTATTATTACCACATTTCCGCAGGGTGTAGAACAT	1936

BX942838.5	801	TTCAGGGTGTCAAATAAAGCCTTTTAGTGAAGGGATACCTCAAAAACCAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1937	TTCAGGGTGTCAAATAAAGCCTTTTAGTGAAGGGATACCTCAAAAACCAC	1986

BX942838.5	851	CTCTAATTTAGGGATCATATACCCAGAGTAGGACTTCCTGTTTTCTCCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	1987	CTCTAATTTAGGGATCATATACCCAGAGTAGGACTTCCTGTTTTCTCCTG	2036

BX942838.5	901	CCTCATATAAATTCCTGTGAAGGGCTACGTGGAGTGTAAGGAACTGGTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2037	CCTCATATAAATTCCTGTGAAGGGCTACGTGGAGTGTAAGGAACTGGTAA	2086

BX942838.5	951	TTTTGGCATGTGTTAAGGTGTTATTTACGCAGATACACTGTAGAATGAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2087	TTTTGGCATGTGTTAAGGTGTTATTTACGCAGATACACTGTAGAATGAAG	2136

BX942838.5	1001	TAACAGGAGTAATAAAAACTTCTTTTTTTCCTTTCTTTTTTTTTTAACAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2137	TAACAGGAGTAATAAAAACTTCTTTTTTTCCTTTCTTTTTTTTTTAACAA	2186

BX942838.5	1051	TCTCTTCTCTTCCATCCACTCTTTAAAAATGCATCCCTCTTGAGGGAGTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2187	TCTCTTCTCTTCCATCCACTCTTTAAAAATGCATCCCTCTTGAGGGAGTA	2236

BX942838.5	1101	TCTCATGAGATTGGAGCAAGAGCAGAATCAGCAGAAAGAATAGAGGAGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2237	TCTCATGAGATTGGAGCAAGAGCAGAATCAGCAGAAAGAATAGAGGAGGC	2286

BX942838.5	1151	AGTGGCTTATTTAACCAAGGAGAAAAATCCCATGGCAGCCAACCCACCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2287	AGTGGCTTATTTAACCAAGGAGAAAAATCCCATGGCAGCCAACCCACCTT	2336

BX942838.5	1201	ATCTGTCTGTCTGCCTATTTTAGAATATTCAAGATTTGTCAACAACTTGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2337	ATCTGTCTGTCTGCCTATTTTAGAATATTCAAGATTTGTCAACAACTTGC	2386

BX942838.5	1251	TGGGACAAAGCAATGTGCTATGAAGCACACTTCCCTGAATTGTACACCAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2387	TGGGACAAAGCAATGTGCTATGAAGCACACTTCCCTGAATTGTACACCAT	2436

BX942838.5	1301	TTTCTGTAAGGGGAAAGAGCTACCTGTTCACTAGTTTCTTGGTTTAGGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2437	TTTCTGTAAGGGGAAAGAGCTACCTGTTCACTAGTTTCTTGGTTTAGGTA	2486

BX942838.5	1351	ACAATTGTGTATTTGGCATGATTTCAAGGAGAAAGATGTTGTAAGCTCCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2487	ACAATTGTGTATTTGGCATGATTTCAAGGAGAAAGATGTTGTAAGCTCCA	2536

BX942838.5	1401	ACTGATTAATGTTACACCTTAAGATAAAAGACACTTAGAGAGGCCATACG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2537	ACTGATTAATGTTACACCTTAAGATAAAAGACACTTAGAGAGGCCATACG	2586

BX942838.5	1451	GCATGTCAGCTAAGAGCACAGATTGTGGAGCTCGAATTTCTGGTTTCAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2587	GCATGTCAGCTAAGAGCACAGATTGTGGAGCTCGAATTTCTGGTTTCAAA	2636

BX942838.5	1501	TCCAATTTCATTGTGACTTTCCACAAATTCCTTAATTCTTCTGGGTCTCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2637	TCCAATTTCATTGTGACTTTCCACAAATTCCTTAATTCTTCTGGGTCTCA	2686

BX942838.5	1551	GTTTCCATATTTGTAAACATGAGAGTGAAAATAGTACCCACTTCATGGGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2687	GTTTCCATATTTGTAAACATGAGAGTGAAAATAGTACCCACTTCATGGGG	2736

BX942838.5	1601	TTATTGTGAAGCCTTAGAATAGTCCTGCATTTCGTAAGCGCTCTGTAAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2737	TTATTGTGAAGCCTTAGAATAGTCCTGCATTTCGTAAGCGCTCTGTAAGT	2786

BX942838.5	1651	TGTGTTATTTTTAAAATGTTAGGTAAGTGGGCCAAGCGAGGTGGCTCATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2787	TGTGTTATTTTTAAAATGTTAGGTAAGTGGGCCAAGCGAGGTGGCTCATG	2836

BX942838.5	1701	CCTGTAATTTCAGCACTTTGGGAGGCGGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2837	CCTGTAATTTCAGCACTTTGGGAGGCGGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGT	2886

BX942838.5	1751	CAGGCTTTTGAGACTAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2887	CAGGCTTTTGAGACTAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTA	2936

BX942838.5	1801	AAAATACAAAAACTAGCTGGCGTGGTGGCAGGCACCTGTAGTCCCAGCTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2937	AAAATACAAAAACTAGCTGGCGTGGTGGCAGGCACCTGTAGTCCCAGCTA	2986

BX942838.5	1851	CGTGGGAAGCTGAGGCAAGAGAATAGCTTGAACCTGGGAAGTGGAGGTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	2987	CGTGGGAAGCTGAGGCAAGAGAATAGCTTGAACCTGGGAAGTGGAGGTTG	3036

BX942838.5	1901	CAGTGAGCCGAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGTCGACAGAGCGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	3037	CAGTGAGCCGAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGTCGACAGAGCGAG	3086

BX942838.5	1951	ACTCCGTCTCAAAAAAATGAAAAATAAAAAATGTTAGGTAAGTTAATGAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936457.5	3087	ACTCCGTCTCAAAAAAATGAAAAATAAAAAATGTTAGGTAAGTTAATGAT	3136

Overview

Query
BX942838.5 - 6355 bps
Hit
BX936457.5 - 3136 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link