<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2005 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005059.4	192599	GTCTATTCTATGTTTTTATTTATTTTTATATTATTGGTTTGATTAGTATT	192648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1	GTCTATTCTATGTTTTTATTTATTTTTATATTATTGGTTTGATTAGTATT	50

BX005059.4	192649	TGTGCTCTGTTCTGTAAATGTAGATGAAAATGTTTGAATTGTGCCTCGTA	192698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	51	TGTGCTCTGTTCTGTAAATGTAGATGAAAATGTTTGAATTGTGCCTCGTA	100

BX005059.4	192699	TTTTTTTTATACTGCAATAAATTAAAACACGTGACCAGAGTTCTGACGTG	192748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	101	TTTTTTTTATACTGCAATAAATTAAAACACGTGACCAGAGTTCTGACGTG	150

BX005059.4	192749	GAAACGTATGACGCGATGTTCAAGTTCAAAGATGAAAATAATAAAGAAAA	192798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	151	GAAACGTATGACGCGATGTTCAAGTTCAAAGATGAAAATAATAAAGAAAA	200

BX005059.4	192799	ACGGGGACATTATTTATCTGGGTATATGGGCCCTCTGTTATTATACCTAA	192848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	201	ACGGGGACATTATTTATCTGGGTATATGGGCCCTCTGTTATTATACCTAA	250

BX005059.4	192849	TATTTATTAAGAGATGTTCTGTGTTTAATAACATTTAACAAAAAACTGTA	192898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	251	TATTTATTAAGAGATGTTCTGTGTTTAATAACATTTAACAAAAAACTGTA	300

BX005059.4	192899	GTGTACATACAGCTCCTGCTGCTCTAATTGACTTAAGGGTGAAATTGTGT	192948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	301	GTGTACATACAGCTCCTGCTGCTCTAATTGACTTAAGGGTGAAATTGTGT	350

BX005059.4	192949	ACATTTAAATGACCCTCGTCATTCTGTCACCACGGCAACACGAGTTGGTT	192998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	351	ACATTTAAATGACCCTCGTCATTCTGTCACCACGGCAACACGAGTTGGTT	400

BX005059.4	192999	TACAAATCCACGCTACTGTCTATAGAGTGATCGATTCTGATCATCCCGCT	193048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	401	TACAAATCCACGCTACTGTCTATAGAGTGATCGATTCTGATCATCCCGCT	450

BX005059.4	193049	GCACAACTCTGAGCAAATCTCCCCTCGGCTGAGTTACATCAGTTTGGAAA	193098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	451	GCACAACTCTGAGCAAATCTCCCCTCGGCTGAGTTACATCAGTTTGGAAA	500

BX005059.4	193099	GTTGTTTTGGAGTTGTTGATGATGACGCTGCGACGCTCACAGAGGACCAG	193148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	501	GTTGTTTTGGAGTTGTTGATGATGACGCTGCGACGCTCACAGAGGACCAG	550

BX005059.4	193149	GACTGTCCCCGGACACCTCAGGGACTTCTTGCTGGAGCGACACCTGAAGA	193198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	551	GACTGTCCCCGGACACCTCAGGGACTTCTTGCTGGAGCGACACCTGAAGA	600

BX005059.4	193199	ACGCGGCTGTCCTTCCTGCCCTTCGTCCCGCAGCCCCAGTCCCCCCAGTG	193248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	601	ACGCGGCTGTCCTTCCTGCCCTTCGTCCCGCAGCCCCAGTCCCCCCAGTG	650

BX005059.4	193249	GGTGAGTGTCTGCAGGAAGAGCCGCTCTCCATCCACGGTCGGAGTGTACA	193298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	651	GGTGAGTGTCTGCAGGAAGAGCCGCTCTCCATCCACGGTCGGAGTGTACA	700

BX005059.4	193299	GGAATACCAGGGCATCTACCGCAGTGTGATGGACTCCACAGTGAAGAAGC	193348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	701	GGAATACCAGGGCATCTACCGCAGTGTGATGGACTCCACAGTGAAGAAGC	750

BX005059.4	193349	GTGCTGGCCGATACACCCTTCAGAAAGGATTGGAGGTAAAGCAGCGGCTG	193398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	751	GTGCTGGCCGATACACCCTTCAGAAAGGATTGGAGGTAAAGCAGCGGCTG	800

BX005059.4	193399	TGGGAGAAGCTGGGCCGGCCTGCGCTGCTGGAGACCGAGCAGCCTGATGG	193448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	801	TGGGAGAAGCTGGGCCGGCCTGCGCTGCTGGAGACCGAGCAGCCTGATGG	850

BX005059.4	193449	ACGTGTGCTCATCACGGAGATCAGGTCCGAGTCCAGCGTCCCCCCTCAGA	193498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	851	ACGTGTGCTCATCACGGAGATCAGGTCCGAGTCCAGCGTCCCCCCTCAGA	900

BX005059.4	193499	TCAAGGTGGACATTAGCAAGGAGCCGCTGCCCAAGGAGCCCCGGAGGAAG	193548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	901	TCAAGGTGGACATTAGCAAGGAGCCGCTGCCCAAGGAGCCCCGGAGGAAG	950

BX005059.4	193549	AGGCCCAGGCACTGAGCCATCCTAGTGCCAGATGAAGGATAATGGGCACG	193598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	951	AGGCCCAGGCACTGAGCCATCCTAGTGCCAGATGAAGGATAATGGGCACG	1000

BX005059.4	193599	TATGTACATACTGTATATATTGTATATAGTTATAGAATAAGTTTTCAATT	193648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1001	TATGTACATACTGTATATATTGTATATAGTTATAGAATAAGTTTTCAATT	1050

BX005059.4	193649	AATCAAATTGAACTTTTCATTCAAGTTTATCACATTGCTGGATGTTTTGG	193698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1051	AATCAAATTGAACTTTTCATTCAAGTTTATCACATTGCTGGATGTTTTGG	1100

BX005059.4	193699	TGATTGTCCGTGCTGCTCATATTCGGCTCTTGGGTTCTTTTGGATGTTGA	193748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1101	TGATTGTCCGTGCTGCTCATATTCGGCTCTTGGGTTCTTTTGGATGTTGA	1150

BX005059.4	193749	CATGCGGTTAGTGAGGTTTTCTAGGCGGTTTCTTGCGTGTTGCTGGTCTC	193798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1151	CATGCGGTTAGTGAGGTTTTCTAGGCGGTTTCTTGCGTGTTGCTGGTCTC	1200

BX005059.4	193799	CTCTGAGTGGTTTTTGGCACATTAGTGGTTGTTGTTAGGGTTGTTAGTGT	193848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1201	CTCTGAGTGGTTTTTGGCACATTAGTGGTTGTTGTTAGGGTTGTTAGTGT	1250

BX005059.4	193849	TGGCTGTTGGGTTAGGGTAGGTTAGGGTCCCTCACATGGTTTGCAGCTTG	193898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1251	TGGCTGTTGGGTTAGGGTAGGTTAGGGTCCCTCACATGGTTTGCAGCTTG	1300

BX005059.4	193899	ACGTGCTGTGAGGGCTTGTGTGCATCAGTGATGCTGAGAGCTACGCCACT	193948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1301	ACGTGCTGTGAGGGCTTGTGTGCATCAGTGATGCTGAGAGCTACGCCACT	1350

BX005059.4	193949	GGTACTTCACAGCTACCGGTAGGGTCACCCATAGTGGACAGGTCTCAGCT	193998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1351	GGTACTTCACAGCTACCGGTAGGGTCACCCATAGTGGACAGGTCTCAGCT	1400

BX005059.4	193999	GAGATGCCTGACCAAGACAAACCACCTGATTATGGACAGCAGAAGATTGG	194048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1401	GAGATGCCTGACCAAGACAAACCACCTGATTATGGACAGCAGAAGATTGG	1450

BX005059.4	194049	CCTGATGCTCCAGACAGAAGATGTCCCCTGTCACCACACCACGCACACAC	194098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1451	CCTGATGCTCCAGACAGAAGATGTCCCCTGTCACCACACCACGCACACAC	1500

BX005059.4	194099	ACACGCACACACACACACAACACACACACAACACACACACAACCACCACA	194148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1501	ACACGCACACACACACACAACACACACACAACACACACACAACCACCACA	1550

BX005059.4	194149	CCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	194198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1551	CCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	1600

BX005059.4	194199	ACACAAACCGCACACACCACACACACACACACACACACACACATACACAC	194248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1601	ACACAAACCGCACACACCACACACACACACACACACACACACATACACAC	1650

BX005059.4	194249	ACACACACACCACACATACACTCACACACACACACACACACACCACACAT	194298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1651	ACACACACACCACACATACACTCACACACACACACACACACACCACACAT	1700

BX005059.4	194299	ACACTCACACACACATACACCACACACACACACACACCACACACACAAAC	194348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1701	ACACTCACACACACATACACCACACACACACACACACCACACACACAAAC	1750

BX005059.4	194349	ACACACACACACACACATACACACACAAAAAAAACTAAATGTTTATTGGC	194398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1751	ACACACACACACACACATACACACACAAAAAAAACTAAATGTTTATTGGC	1800

BX005059.4	194399	AAAATATTTATTAATTACCTTAATTTAGGAATATTTTTAATTATTTTGTT	194448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1801	AAAATATTTATTAATTACCTTAATTTAGGAATATTTTTAATTATTTTGTT	1850

BX005059.4	194449	AAAGAAACTCTTATCCGTGTCTTGAAATAGGCGAGTTTCACTAAAACACA	194498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1851	AAAGAAACTCTTATCCGTGTCTTGAAATAGGCGAGTTTCACTAAAACACA	1900

BX005059.4	194499	TGAATGAAATGAATAGATTGTGTCATCAAACATGTAATACTTACGGCCCT	194548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1901	TGAATGAAATGAATAGATTGTGTCATCAAACATGTAATACTTACGGCCCT	1950

BX005059.4	194549	GAAGAAAAAGAAAAAGAAGTGACCAAGTCATTATTGGTGTTCCTGAATTG	194598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936446.8	1951	GAAGAAAAAGAAAAAGAAGTGACCAAGTCATTATTGGTGTTCCTGAATTG	2000

BX005059.4	194599	AATTC	194603
			|||||
BX936446.8	2001	AATTC	2005

Overview

Query
BX005059.4 - 194603 bps
Hit
BX936446.8 - 21911 bps
Total alignments
6
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2005 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199520051925991946031120051
284.313046021670851676861417347841
376.09672891300613294-110387106621
489.586396166383166478116562166571
585.29461022395524056116597166981
686.29691256024760371-119704198271
Short-link