<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX936436.13	1	AAGCTTCCAGTCATGCATGATCAGCCCTGCATTTTTATCATAGTTATTCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	161721	AAGCTTCCAGTCATGCATGATCAGCCCTGCATTTTTATCATAGTTATTCG	161770

BX936436.13	51	TTAAGTCACCTGTTTTTTCAAATGTTGCTCAACCCCAAAATAAAAAATAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	161771	TTAAGTCACCTGTTTTTTCAAATGTTGCTCAACCCCAAAATAAAAAATAA	161820

BX936436.13	101	AAAAGTTTAAGTTCATATACAGAATTAAAGTGCTTTTACAATATATGAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	161821	AAAAGTTTAAGTTCATATACAGAATTAAAGTGCTTTTACAATATATGAAG	161870

BX936436.13	151	TTCACTAAATGTTACTTTTACTAACACTTCTAGTTCTAAGGCATCTCATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	161871	TTCACTAAATGTTACTTTTACTAACACTTCTAGTTCTAAGGCATCTCATC	161920

BX936436.13	201	TTCAATCTCTTCTAAAACGTTTCCTTCATAATTACTCTGAAAGAAATGTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	161921	TTCAATCTCTTCTAAAACGTTTCCTTCATAATTACTCTGAAAGAAATGTG	161970

BX936436.13	251	CCGCTATTGTAGAAGTGCAGAAGACAGGAAGACACGTTCCAAAAATAGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	161971	CCGCTATTGTAGAAGTGCAGAAGACAGGAAGACACGTTCCAAAAATAGTT	162020

BX936436.13	301	TGCCTGTGCTCTACCTTGGCTAGTTGTAGCCCGAGTTGTGTGGGCTGACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162021	TGCCTGTGCTCTACCTTGGCTAGTTGTAGCCCGAGTTGTGTGGGCTGACT	162070

BX936436.13	351	TTTTTAGCGCAGAGGTGGAACAGACATGCGAGCTGGAACGCCTCTATACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162071	TTTTTAGCGCAGAGGTGGAACAGACATGCGAGCTGGAACGCCTCTATACT	162120

BX936436.13	401	GTTTTTTTTTTTTCTCTTGTGAAGATCCTGCATATATAGGCAGTCATAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162121	GTTTTTTTTTTTTCTCTTGTGAAGATCCTGCATATATAGGCAGTCATAAT	162170

BX936436.13	451	ACAAGCAACAGCGTGAATATTTTTGACCTTCTCATGACAACCCACAATGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162171	ACAAGCAACAGCGTGAATATTTTTGACCTTCTCATGACAACCCACAATGT	162220

BX936436.13	501	AAAAAATTAATTTCGACAACAACCCACATGAAATGCGTTTAGTGTTGTGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162221	AAAAAATTAATTTCGACAACAACCCACATGAAATGCGTTTAGTGTTGTGA	162270

BX936436.13	551	AGAGGCAGAAGTCATTTACTTTCCTCACTTCAACACTGATTGACCTACTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162271	AGAGGCAGAAGTCATTTACTTTCCTCACTTCAACACTGATTGACCTACTT	162320

BX936436.13	601	TGTTATTTTGGCCTGGGGAGAGAATTGAATCAACGTAATAAATTGATTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162321	TGTTATTTTGGCCTGGGGAGAGAATTGAATCAACGTAATAAATTGATTTC	162370

BX936436.13	651	TCTGACCCACTAATACCAGCTTTGATTCCAGCGTGTTCGTTTAGAACATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162371	TCTGACCCACTAATACCAGCTTTGATTCCAGCGTGTTCGTTTAGAACATC	162420

BX936436.13	701	TAATTGTTGTAATAGATAATAGCTGGAACGGGATGATTTAAGACAATCTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162421	TAATTGTTGTAATAGATAATAGCTGGAACGGGATGATTTAAGACAATCTC	162470

BX936436.13	751	GTCTTGATGGTTTTCTTTTTTGACCTAAAGCTGTTCTCACAATAGAGCAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162471	GTCTTGATGGTTTTCTTTTTTGACCTAAAGCTGTTCTCACAATAGAGCAG	162520

BX936436.13	801	ATTTAGCAGAGATTCAGGCTGATGTCAAGAACTTAAACACTGTGCGGAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162521	ATTTAGCAGAGATTCAGGCTGATGTCAAGAACTTAAACACTGTGCGGAAT	162570

BX936436.13	851	ATCAGAGCTTCTGTGTGTGGTTAAAATACATATTTTTAATATTTAATGTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162571	ATCAGAGCTTCTGTGTGTGGTTAAAATACATATTTTTAATATTTAATGTA	162620

BX936436.13	901	GTGTACTTGTGTTAGTTTCGTATATAAAAAACTTTTATATCAGTTTGTAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162621	GTGTACTTGTGTTAGTTTCGTATATAAAAAACTTTTATATCAGTTTGTAC	162670

BX936436.13	951	TGACCTAAAAATTTCATAATGCGTAACGATGAAGTCAGAGTCAGAATATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162671	TGACCTAAAAATTTCATAATGCGTAACGATGAAGTCAGAGTCAGAATATT	162720

BX936436.13	1001	CACCTTGAATATGCTATTAGGGTATTTGTTTATTGAAACAAACCTTTTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162721	CACCTTGAATATGCTATTAGGGTATTTGTTTATTGAAACAAACCTTTTGA	162770

BX936436.13	1051	ATGACATGCCTTATTAATTATTATTAAATTCAAGTCACAGTCAGATACAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162771	ATGACATGCCTTATTAATTATTATTAAATTCAAGTCACAGTCAGATACAT	162820

BX936436.13	1101	TTTAAAGCCTGAAGTAACTTTGCATTCTTGTGAAATGTTCAGTTCTATTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162821	TTTAAAGCCTGAAGTAACTTTGCATTCTTGTGAAATGTTCAGTTCTATTA	162870

BX936436.13	1151	AATATTCACAGATTTTTTTGGTTATGAGGGTCTGAAGGATTTTTATTAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162871	AATATTCACAGATTTTTTTGGTTATGAGGGTCTGAAGGATTTTTATTAAC	162920

BX936436.13	1201	AAATTTTTTCTTTTGATAATACCAAAGTGACATTTTTATCACTATAATTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162921	AAATTTTTTCTTTTGATAATACCAAAGTGACATTTTTATCACTATAATTA	162970

BX936436.13	1251	ATTTTGTTAAAATATTATTAACAGAGCAAACACTGTAGAGTGAGGTCACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	162971	ATTTTGTTAAAATATTATTAACAGAGCAAACACTGTAGAGTGAGGTCACA	163020

BX936436.13	1301	TTAGTTAACTTTAATTAATACATGAACTAATGCTGAATTAATTTGTTTCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163021	TTAGTTAACTTTAATTAATACATGAACTAATGCTGAATTAATTTGTTTCA	163070

BX936436.13	1351	GAGTGTATGAATTTTAATCTGTTAATATAAAAATACAGCTGTTCAGCTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163071	GAGTGTATGAATTTTAATCTGTTAATATAAAAATACAGCTGTTCAGCTCT	163120

BX936436.13	1401	GCAAGAACATTAAGTAAAATCAACAAATGCAACATTTTAGTAATGTAGTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163121	GCAAGAACATTAAGTAAAATCAACAAATGCAACATTTTAGTAATGTAGTA	163170

BX936436.13	1451	ATAAATATTGAAATGAACATGAGCTAAGATTTAAAATATGCTTTAGAAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163171	ATAAATATTGAAATGAACATGAGCTAAGATTTAAAATATGCTTTAGAAGT	163220

BX936436.13	1501	GTTACATTTCATGTTAGCTAATGAAGTTTAATAATGCATTAATTAACAGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163221	GTTACATTTCATGTTAGCTAATGAAGTTTAATAATGCATTAATTAACAGC	163270

BX936436.13	1551	TTTTCAAGAAATATTTTATCTTAATTATGTTATTTATAGTGTTTTTTATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163271	TTTTCAAGAAATATTTTATCTTAATTATGTTATTTATAGTGTTTTTTATA	163320

BX936436.13	1601	TGCACCGCATTTTTATGATTGTTATAAGTATAAAATACATTTTTATGTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163321	TGCACCGCATTTTTATGATTGTTATAAGTATAAAATACATTTTTATGTAT	163370

BX936436.13	1651	TCATGAATAAATTCATAAATCAACAACAGCACACACACACACACACACAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163371	TCATGAATAAATTCATAAATCAACAACAGCACACACACACACACACACAC	163420

BX936436.13	1701	ACACACACACACACACACGTTTTATTGTATAGTGGTAAGGGAAAAACGGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163421	ACACACACACACACACACGTTTTATTGTATAGTGGTAAGGGAAAAACGGC	163470

BX936436.13	1751	TGAGGTGCATTAAAGGATATTAACACACAACATTTTAATTTTAACAATTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163471	TGAGGTGCATTAAAGGATATTAACACACAACATTTTAATTTTAACAATTA	163520

BX936436.13	1801	ATAAATGTTGAAATTAACACAAACTAAGATTTAAAATTTACGTTCAACTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163521	ATAAATGTTGAAATTAACACAAACTAAGATTTAAAATTTACGTTCAACTT	163570

BX936436.13	1851	ATCATTTTCTTTTTTTCATTTAGTTTTTATTGTAGTTTCCAGATTTACAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163571	ATCATTTTCTTTTTTTCATTTAGTTTTTATTGTAGTTTCCAGATTTACAT	163620

BX936436.13	1901	ACAGATATAGTATAGTAAGGGTTTTCCATAATGGGTACACAAAACAACCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163621	ACAGATATAGTATAGTAAGGGTTTTCCATAATGGGTACACAAAACAACCA	163670

BX936436.13	1951	AACATCTGAATCCAAAAATTTTAGAAAAAAATGAAATTATAAACTACAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936445.8	163671	AACATCTGAATCCAAAAATTTTAGAAAAAAATGAAATTATAAACTACAAA	163720

Overview

Query
BX936436.13 - 200434 bps
Hit
BX936445.8 - 163720 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100188420001200011617211637201
284.8996239164261164499-19901101451
383.561935169116291677-110599111271
484.33197486118834119319110627111111
578.311055857461475198110652112091
686.913628027883067-110834111231
793.38107136180045180180-118913190481
887.95251438179538179975-119049194711
993.54361464178915179378-119508199711
1091.89831112231922429-121760218701
1179.5192325164030164354-141286416171
1288.68173306118930119235150535508431
1385.43151302150656150957152583528911
1481.93121303156699157001152583528921
1587.64248471118878119348-158109585771
1679.381244877461475100-158116586001
1786.63991784928049457-171160713461
1882.45107257100191027511044321046761
1981.28992578007580331-11088271090771
2080.58163480485334901211131991136821
2189.8991492054720695-11182591184051
2283.96175431118918119348-11235351239581
2388.11981882800298711235641237481
2493.48310514916814927211476481477531
Short-link