<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX571883.3	253172	AAGCTTGAAAACAAAAGAATGTCGTAACAAATGCCCTTAAATAATGCAGC	253123
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	25543	AAGCTTGAAAACAAAAGAATGTCGTAACAAATGCCCTTAAATAATGCAGC	25592

C  BX571883.3	253122	CTGTAGTTTACAGAAAGCATCAAGTGTTCATTGAGATTGTGTTGTCTGTC	253073
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	25593	CTGTAGTTTACAGAAAGCATCAAGTGTTCATTGAGATTGTGTTGTCTGTC	25642

C  BX571883.3	253072	ATTTCTTCTGTCTTTCCGAGTTTTTTTTTTTTCTCGTAAGCCACGGCTTT	253023
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	25643	ATTTCTTCTGTCTTTCCGAGTTTTTTTTTTTTCTCGTAAGCCACGGCTTT	25692

C  BX571883.3	253022	AGAAAATGATGACATGACATTTTGTTGGGTAGTTGTTCTTGTTTACAAAC	252973
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	25693	AGAAAATGATGACATGACATTTTGTTGGGTAGTTGTTCTTGTTTACAAAC	25742

C  BX571883.3	252972	GCTTGTTTAGGTCTGTAATTTCTCAGCATCTTTATAAGTGTGGTATTGTT	252923
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	25743	GCTTGTTTAGGTCTGTAATTTCTCAGCATCTTTATAAGTGTGGTATTGTT	25792

C  BX571883.3	252922	TTTATCGTTGAACTAGTTTGTGGTGATGACTGCTTTTGATGGCACTAGTA	252873
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	25793	TTTATCGTTGAACTAGTTTGTGGTGATGACTGCTTTTGATGGCACTAGTA	25842

C  BX571883.3	252872	GTCTGCAGTTTGCAGTGCACGTTACTGTTTTGTGTAGGATTTAAAAAAAA	252823
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	25843	GTCTGCAGTTTGCAGTGCACGTTACTGTTTTGTGTAGGATTTAAAAAAAA	25892

C  BX571883.3	252822	AAAAACTATATAGCTCAAGACTACTGAAGTCTAGTGACGTTTCTGGTCAA	252773
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	25893	AAAAACTATATAGCTCAAGACTACTGAAGTCTAGTGACGTTTCTGGTCAA	25942

C  BX571883.3	252772	CAATGTCTGTGACTTTTTCTTACCTGATTTAAAAAAAAAATTTCCTGCTC	252723
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	25943	CAATGTCTGTGACTTTTTCTTACCTGATTTAAAAAAAAAATTTCCTGCTC	25992

C  BX571883.3	252722	TTTGAAGTGCAACTAACACTGTATCGCTGTAAACTTGTTTACTGCATGCA	252673
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	25993	TTTGAAGTGCAACTAACACTGTATCGCTGTAAACTTGTTTACTGCATGCA	26042

C  BX571883.3	252672	GCATCCGGAAGGGCAGGCTGCAAAATGCTTGCGCAGCGTTACGCATAGTG	252623
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26043	GCATCCGGAAGGGCAGGCTGCAAAATGCTTGCGCAGCGTTACGCATAGTG	26092

C  BX571883.3	252622	CGTGAATATTATCGAGCAAGTATCGAACTGTCATTATCGTTTTATTGAAA	252573
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26093	CGTGAATATTATCGAGCAAGTATCGAACTGTCATTATCGTTTTATTGAAA	26142

C  BX571883.3	252572	AATTATATATCGTAATAATTATCAATATCGAATTATCACCCAGCCCTACA	252523
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26143	AATTATATATCGTAATAATTATCAATATCGAATTATCACCCAGCCCTACA	26192

C  BX571883.3	252522	ACATATAGACGATCAAAAGTGCCTTTCAGTCAGATTTTCAGCAGCTTTTG	252473
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26193	ACATATAGACGATCAAAAGTGCCTTTCAGTCAGATTTTCAGCAGCTTTTG	26242

C  BX571883.3	252472	ATTAGATTTATTTGTAATGTAGCTTATAATGAATTTCAAATATATATTTT	252423
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26243	ATTAGATTTATTTGTAATGTAGCTTATAATGAATTTCAAATATATATTTT	26292

C  BX571883.3	252422	TTGTTTTGAATGTTTTTTTTTCTGTGTTGAAGTATTACTTACATTTAAGC	252373
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26293	TTGTTTTGAATGTTTTTTTTTCTGTGTTGAAGTATTACTTACATTTAAGC	26342

C  BX571883.3	252372	CGGAAGCTTTTTTTTCATTTTTCTTTAATTCCAAAAAGAGAAATTGATTT	252323
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26343	CGGAAGCTTTTTTTTCATTTTTCTTTAATTCCAAAAAGAGAAATTGATTT	26392

C  BX571883.3	252322	TGTTTGTTTTTATTATTTTGTGCTGTATTACTTGGTGACTGAGCAGCAAC	252273
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26393	TGTTTGTTTTTATTATTTTGTGCTGTATTACTTGGTGACTGAGCAGCAAC	26442

C  BX571883.3	252272	AACACTTAAAATTATAAATGTAATGAACATAAAATAATTGTGAAACCGCA	252223
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26443	AACACTTAAAATTATAAATGTAATGAACATAAAATAATTGTGAAACCGCA	26492

C  BX571883.3	252222	AACTATAATTGTTCCAACAAAATCTAAAATCATTGCATCCTTACTCATGT	252173
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26493	AACTATAATTGTTCCAACAAAATCTAAAATCATTGCATCCTTACTCATGT	26542

C  BX571883.3	252172	GTATTTAATATATAATATAAATTGGGTGTGTATAAACTGCATCTACTATT	252123
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26543	GTATTTAATATATAATATAAATTGGGTGTGTATAAACTGCATCTACTATT	26592

C  BX571883.3	252122	AAATTTATTACTAAAAAAGAATTGTGGAAATTTGTACATGGTGTAAAAGC	252073
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26593	AAATTTATTACTAAAAAAGAATTGTGGAAATTTGTACATGGTGTAAAAGC	26642

C  BX571883.3	252072	ACCTATTGTTATCTTCCAATTGGCGTTAACAGCATCTTGATAATAAAACT	252023
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26643	ACCTATTGTTATCTTCCAATTGGCGTTAACAGCATCTTGATAATAAAACT	26692

C  BX571883.3	252022	CTAAACACAATCCATTTGCATTTAAATTCCTATACTTCTTCAATAGTAAT	251973
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26693	CTAAACACAATCCATTTGCATTTAAATTCCTATACTTCTTCAATAGTAAT	26742

C  BX571883.3	251972	AATGGTGGTAAAAACTCAGGGTGTTAATAATTCTGACTTACACTGTACAT	251923
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26743	AATGGTGGTAAAAACTCAGGGTGTTAATAATTCTGACTTACACTGTACAT	26792

C  BX571883.3	251922	GTTAAAACTGTGAAACAGTACAAAGTCTGTTTTAGGAAATAAAGGAACAA	251873
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26793	GTTAAAACTGTGAAACAGTACAAAGTCTGTTTTAGGAAATAAAGGAACAA	26842

C  BX571883.3	251872	TATGTTAACGCATAAAGTATTTATTTGCTTTAGTACTAATTGAACAATAA	251823
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26843	TATGTTAACGCATAAAGTATTTATTTGCTTTAGTACTAATTGAACAATAA	26892

C  BX571883.3	251822	GTACATGATTGTTAATTTGATTAGTTTTTTCTTTTTTTTCCCCCCCACAA	251773
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26893	GTACATGATTGTTAATTTGATTAGTTTTTTCTTTTTTTTCCCCCCCACAA	26942

C  BX571883.3	251772	TACTACATTGAAAGATCAAATCTTAAGAGAAAGCCTGTACAGTACACCAA	251723
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26943	TACTACATTGAAAGATCAAATCTTAAGAGAAAGCCTGTACAGTACACCAA	26992

C  BX571883.3	251722	GGTCACAATACTGTACCTAGGGCTGTGCATTATATATAAAAAAATATTGT	251673
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	26993	GGTCACAATACTGTACCTAGGGCTGTGCATTATATATAAAAAAATATTGT	27042

C  BX571883.3	251672	TAGAGAATGGTACATGCAATACTCATTTCACAGAGAGGTACACTCAGAGG	251623
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	27043	TAGAGAATGGTACATGCAATACTCATTTCACAGAGAGGTACACTCAGAGG	27092

C  BX571883.3	251622	TACACCATTTAAGTAATCAATGTGCCTATAATTGTTTTATGCAAAATAAA	251573
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	27093	TACACCATTTAAGTAATCAATGTGCCTATAATTGTTTTATGCAAAATAAA	27142

C  BX571883.3	251572	AATAAAAACATCACATGTTTAAGAATGCTTTATTTACAGCAGATCAGAAA	251523
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	27143	AATAAAAACATCACATGTTTAAGAATGCTTTATTTACAGCAGATCAGAAA	27192

C  BX571883.3	251522	TATGAAGCAAATGACATTAAAACACAAAATGAGGAATGAAGAAAGACATC	251473
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	27193	TATGAAGCAAATGACATTAAAACACAAAATGAGGAATGAAGAAAGACATC	27242

C  BX571883.3	251472	TGGACTCCAATTTGTCACCAAACGGACAGGTGCAGGAGACACATAGACAG	251423
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	27243	TGGACTCCAATTTGTCACCAAACGGACAGGTGCAGGAGACACATAGACAG	27292

C  BX571883.3	251422	TCCAGGAAGAAGCCGGAGGGACCGGAGCAGTAGACACCTCAGTACAGCTG	251373
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	27293	TCCAGGAAGAAGCCGGAGGGACCGGAGCAGTAGACACCTCAGTACAGCTG	27342

C  BX571883.3	251372	TCCGGACTCAAACAGGCAGAAGTTGAGCCCTCTGTAATCCAGTCAGGCGC	251323
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	27343	TCCGGACTCAAACAGGCAGAAGTTGAGCCCTCTGTAATCCAGTCAGGCGC	27392

C  BX571883.3	251322	CAAACAGGCAGAATCAGGAAAGTCCTCAGTGCAGCAGTCGGGATTCAAAC	251273
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	27393	CAAACAGGCAGAATCAGGAAAGTCCTCAGTGCAGCAGTCGGGATTCAAAC	27442

C  BX571883.3	251272	TGGCAGCATCAGGAGAGTCCTCAGTGCAGCAGTTGGGACTCAAACTGGCA	251223
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	27443	TGGCAGCATCAGGAGAGTCCTCAGTGCAGCAGTTGGGACTCAAACTGGCA	27492

C  BX571883.3	251222	GCAGCAGGAGAGTCCTCCGTATAGCAGTCGAGACTCAAACTGGCAGAATC	251173
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936396.13	27493	GCAGCAGGAGAGTCCTCCGTATAGCAGTCGAGACTCAAACTGGCAGAATC	27542

Overview

Query
BX571883.3 - 253172 bps
Hit
BX936396.13 - 27542 bps
Total alignments
17
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019292000251173253172-125543275421
284.74179391235440235830-1126216541
384.571984733650436976-1126417491
486.472084171121151125311132117341
587.262134111754631758731136917841
688.462524662193022197671136918361
798.3938621812081812691177518361
8100305179078791281177818281
998.2531577800978065-1178018361
1098.25305778009780651178118371
1110046681010421011091178118481
1292.863270101020101089-1178118501
1398.313359181211181269-1178118391
1498.283158219708219765-1178118381
1593.55350452174648175099-127093275421
1693.73350448218493218940-127093275381
1790102150251128251277-127393275421
Short-link