<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX571982.6	1	GAATTCTCTCGCACAGCATCATGGGATAGTGTAGCATCCATTGGATGCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	131767	GAATTCTCTCGCACAGCATCATGGGATAGTGTAGCATCCATTGGATGCAC	131816

BX571982.6	51	AGTTCAGAATCTCGCTGGTAGTAGTAGGCCATCCAGTTACTTGTTTTATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	131817	AGTTCAGAATCTCGCTGGTAGTAGTAGGCCATCCAGTTACTTGTTTTATA	131866

BX571982.6	101	TGTAGCATTTTTTCTAAATAACTACTTTTATGTTTAGAAGAAAGAATCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	131867	TGTAGCATTTTTTCTAAATAACTACTTTTATGTTTAGAAGAAAGAATCTC	131916

BX571982.6	151	AAATAAATTTGGATTAAAGTGAAGGATGAGTAAATGATGAAAGAGTTTTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	131917	AAATAAATTTGGATTAAAGTGAAGGATGAGTAAATGATGAAAGAGTTTTC	131966

BX571982.6	201	ATTTCTGGGTGAACTATCCCTTTAACAACGAACACTACAGTAGTCTATTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	131967	ATTTCTGGGTGAACTATCCCTTTAACAACGAACACTACAGTAGTCTATTC	132016

BX571982.6	251	ATAAATGAAAGAATATGACATGCTACAAACAGTTTTTTCACGTGTTGAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132017	ATAAATGAAAGAATATGACATGCTACAAACAGTTTTTTCACGTGTTGAGG	132066

BX571982.6	301	TTTATAAGTAACCTGTTTTGTTATCAAATTTTGCATCTTAATCAAAACTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132067	TTTATAAGTAACCTGTTTTGTTATCAAATTTTGCATCTTAATCAAAACTT	132116

BX571982.6	351	ACTTTGCAAGTACACAGTCGGAAGTACATCCAGCCAAACAGTTTCCAAAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132117	ACTTTGCAAGTACACAGTCGGAAGTACATCCAGCCAAACAGTTTCCAAAC	132166

BX571982.6	401	AATTTTATGCTTTGATTAAAGCTGGTCAGTTCCTGTTTACAGGTTGCATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132167	AATTTTATGCTTTGATTAAAGCTGGTCAGTTCCTGTTTACAGGTTGCATT	132216

BX571982.6	451	TGAGCCTAAGCGTTTCTAGTATTTTGGGTTAAGTTCCCAAAACTCAGTCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132217	TGAGCCTAAGCGTTTCTAGTATTTTGGGTTAAGTTCCCAAAACTCAGTCT	132266

BX571982.6	501	AGACTGTTTCTGCAACAATGATGATTATTCTGACAATTAAAACAACAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132267	AGACTGTTTCTGCAACAATGATGATTATTCTGACAATTAAAACAACAAAA	132316

BX571982.6	551	ACAAACTGAATGCACCAACAGTTGTGCATTTACAATGGCAGTCAATCTGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132317	ACAAACTGAATGCACCAACAGTTGTGCATTTACAATGGCAGTCAATCTGG	132366

BX571982.6	601	CATAAAGTTTGCCAATAACTTCCTTTGTTAGTACTTCGCATGCTTTCTAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132367	CATAAAGTTTGCCAATAACTTCCTTTGTTAGTACTTCGCATGCTTTCTAT	132416

BX571982.6	651	AAAACAAGTTTTTTTTTCCATTGATAATCAATATTATATCCTACTCCTGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132417	AAAACAAGTTTTTTTTTCCATTGATAATCAATATTATATCCTACTCCTGC	132466

BX571982.6	701	TCAATTCCATGTACATTTCTAGTGCTATAAATGCTATTAAATATGATTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132467	TCAATTCCATGTACATTTCTAGTGCTATAAATGCTATTAAATATGATTCT	132516

BX571982.6	751	GATTATAAAATGTGCATCTGAACAAGAATGCAGAAACGCATTATAATATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132517	GATTATAAAATGTGCATCTGAACAAGAATGCAGAAACGCATTATAATATT	132566

BX571982.6	801	GTCACTAAAGATGAGCCCAATTATGACATCAGGCTAACCCGCATGCCCGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132567	GTCACTAAAGATGAGCCCAATTATGACATCAGGCTAACCCGCATGCCCGT	132616

BX571982.6	851	TTGAGGCAATTATCAAACAAGAATGACACGGCACCATTGAGAGCATGAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132617	TTGAGGCAATTATCAAACAAGAATGACACGGCACCATTGAGAGCATGAAT	132666

BX571982.6	901	GCTTGCTTTTCAGTCTAGAAGAATAAAACAGCACACCGTACACAAAGAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132667	GCTTGCTTTTCAGTCTAGAAGAATAAAACAGCACACCGTACACAAAGAAT	132716

BX571982.6	951	CGAAGGATTATCATCCATTTGGTGCCTGATGCACTCTGTAAAAAAACAGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132717	CGAAGGATTATCATCCATTTGGTGCCTGATGCACTCTGTAAAAAAACAGC	132766

BX571982.6	1001	ATTGACGGTAGAATATATAATGCTGCAGATGTGATGTACATAAAGCCCTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132767	ATTGACGGTAGAATATATAATGCTGCAGATGTGATGTACATAAAGCCCTT	132816

BX571982.6	1051	GGCTAAATCGCTAATACTAAAACGGCCATTACAGGTTTTCAATGTTAAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132817	GGCTAAATCGCTAATACTAAAACGGCCATTACAGGTTTTCAATGTTAAAT	132866

BX571982.6	1101	CATATGAAGCTGTGCCAGACTGGCAGCTGGGTGTATCTTACTTATTCCTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132867	CATATGAAGCTGTGCCAGACTGGCAGCTGGGTGTATCTTACTTATTCCTC	132916

BX571982.6	1151	TGTCTTCGTGGCTGTCTTCATCTCTGTCATCTCGCTCGTTGTCCAGGTTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132917	TGTCTTCGTGGCTGTCTTCATCTCTGTCATCTCGCTCGTTGTCCAGGTTG	132966

BX571982.6	1201	GACATCCGCACAGACATTTCTGATAAAAGAAAGAGAGAAAGACAGACAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	132967	GACATCCGCACAGACATTTCTGATAAAAGAAAGAGAGAAAGACAGACAGG	133016

BX571982.6	1251	CAGAAGACAAGATTAGAAAGACAGAGCAATCCTCAACACATTTGATGTAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133017	CAGAAGACAAGATTAGAAAGACAGAGCAATCCTCAACACATTTGATGTAA	133066

BX571982.6	1301	TATACCTTTGTCTTCTCTTTTGGTTCGCAGCCATAAAATAAAAGACGAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133067	TATACCTTTGTCTTCTCTTTTGGTTCGCAGCCATAAAATAAAAGACGAAC	133116

BX571982.6	1351	AGGCGTCAAATCTAAATTGATGAACTTCATTTTTGCCCACGAATGCCCAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133117	AGGCGTCAAATCTAAATTGATGAACTTCATTTTTGCCCACGAATGCCCAT	133166

BX571982.6	1401	CAGACATTGCAAAACTACAAAGAGCCGATTCAAGGGAATATAAGACATTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133167	CAGACATTGCAAAACTACAAAGAGCCGATTCAAGGGAATATAAGACATTC	133216

BX571982.6	1451	CAGTCCATTCGATCTAAAATGGAGATTGAAACCAAGGCAGACCCTCTCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133217	CAGTCCATTCGATCTAAAATGGAGATTGAAACCAAGGCAGACCCTCTCAG	133266

BX571982.6	1501	ACAGTTTATGTAACTGCAAAACAGACTGAATCAAGCAGATTTATATTGCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133267	ACAGTTTATGTAACTGCAAAACAGACTGAATCAAGCAGATTTATATTGCA	133316

BX571982.6	1551	TCATATCAAGTAAAAGTTCTTGCACATACTGAAGCGGAGTTTGCAAGAGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133317	TCATATCAAGTAAAAGTTCTTGCACATACTGAAGCGGAGTTTGCAAGAGG	133366

BX571982.6	1601	GAGCGACAGCGAGGTAAGTGGGAATTCAGCTCTATAAATTACTTTTATAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133367	GAGCGACAGCGAGGTAAGTGGGAATTCAGCTCTATAAATTACTTTTATAT	133416

BX571982.6	1651	CCGTCTGAGGTCCTTTCAGCGGTCAGAGGTGTTTTAGTATCTCATTAGCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133417	CCGTCTGAGGTCCTTTCAGCGGTCAGAGGTGTTTTAGTATCTCATTAGCA	133466

BX571982.6	1701	CAGAGAGCAGTGCACTTTAAAAGTGCACTCAATAATTTTTCCCTCATTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133467	CAGAGAGCAGTGCACTTTAAAAGTGCACTCAATAATTTTTCCCTCATTAA	133516

BX571982.6	1751	AGGGAGTTTCACTTGCTCTGTCTCCAAAACGACTTTTCATGCTGACTTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133517	AGGGAGTTTCACTTGCTCTGTCTCCAAAACGACTTTTCATGCTGACTTTA	133566

BX571982.6	1801	CCCTTCTCTTTATCAGTTTGCACCTTGTATCAAAATTTGTGTTCTGAAGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133567	CCCTTCTCTTTATCAGTTTGCACCTTGTATCAAAATTTGTGTTCTGAAGC	133616

BX571982.6	1851	AATATATACAAAGCAGTTCACATCATGCAAGCAAAACACACATTTGAATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133617	AATATATACAAAGCAGTTCACATCATGCAAGCAAAACACACATTTGAATT	133666

BX571982.6	1901	GATATCGAGTATCGTATCGCATATTTTATTTATTGCTATGTCAGCTTCTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133667	GATATCGAGTATCGTATCGCATATTTTATTTATTGCTATGTCAGCTTCTT	133716

BX571982.6	1951	GGTCAAGACCATTTAGAATAATATAAATATAATAAATACATAAATATATA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936395.9	133717	GGTCAAGACCATTTAGAATAATATAAATATAATAAATACATAAATATATA	133766

Overview

Query
BX571982.6 - 162020 bps
Hit
BX936395.9 - 133766 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194520001200011317671337661
286.21135285132488132772114317146061
387.541582889712697413114318146061
488.31773169717497489-133363336781
590.84165260132539132798-133413336741
686.84152318132482132799137769380871
788.38179324132482132805142481428071
886.141954005316253561142484428871
986.331883669712697491142488428531
1086.381893669712297487193297936631
1188.273015475316453710193299938521
1288.61179312132487132798193299936141
1386.67144281144009144289-193505937891
1485.8714827215471815498911010091012771
1579.061384732092256411010781015401
1687.45162269591575942511014901017521
1786.84334581109151149511112111117951
1887.91171273154718154990-11114231116951
1986.23129237798128004811115771118231
2085.9115829113601013630011133711136541
2185.42130248591485939511134231136621
2282.41895515316253712-11160921166481
2384.71139324132477132800-11163291166551
Short-link