<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

BX248096.10	1	AGAGTCATGTTTACAGTATCTAAAAGCAATGTTTAAAATGTATGTAGGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	22756	AGAGTCATGTTTACAGTATCTAAAAGCAATGTTTAAAATGTATGTAGGCC	22805

BX248096.10	51	TGGCACTGTGGCTTATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAAGCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	22806	TGGCACTGTGGCTTATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAAGCT	22855

BX248096.10	101	GATGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAAACCAGCTTGGCCAACATGACG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	22856	GATGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAAACCAGCTTGGCCAACATGACG	22905

BX248096.10	151	AAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATCGGCTGGGCGCGGTGGCTCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	22906	AAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATCGGCTGGGCGCGGTGGCTCA	22955

BX248096.10	201	TGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGCTCACCTGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	22956	TGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGCTCACCTGAA	23005

BX248096.10	251	GTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAACATCGTGAAACTCCGTCTCCAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23006	GTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAACATCGTGAAACTCCGTCTCCAC	23055

BX248096.10	301	TAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTACATGCCTGTAGTCCCAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23056	TAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTACATGCCTGTAGTCCCAG	23105

BX248096.10	351	CTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23106	CTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGG	23155

BX248096.10	401	TTGCAGTGAGCTGAGATTTCGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAAAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23156	TTGCAGTGAGCTGAGATTTCGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAAAG	23205

BX248096.10	451	TGAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTTCTGTCTCAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23206	TGAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTTCTGTCTCAAAA	23255

BX248096.10	501	AAAAAAAAAAACAAAAACCCTTCTGTCTCAAAAAAAATAAAATAAAACAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23256	AAAAAAAAAAACAAAAACCCTTCTGTCTCAAAAAAAATAAAATAAAACAA	23305

BX248096.10	551	AAATATAAAAATTTGGTGGGTGTGGTGGCACACACCTGTAGTCCCAGCTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23306	AAATATAAAAATTTGGTGGGTGTGGTGGCACACACCTGTAGTCCCAGCTA	23355

BX248096.10	601	CTCAGGAGACTGAGGCAGGAAGATCGCTTGAACCTGGGAGACAGAAGTTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23356	CTCAGGAGACTGAGGCAGGAAGATCGCTTGAACCTGGGAGACAGAAGTTG	23405

BX248096.10	651	CAGTGAGCCGAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23406	CAGTGAGCCGAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTAAG	23455

BX248096.10	701	ACTCTTATCTCAGAAAATAAGTAAATAGATAAATAAATAAAATGTATTTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23456	ACTCTTATCTCAGAAAATAAGTAAATAGATAAATAAATAAAATGTATTTA	23505

BX248096.10	751	AACTTTGTCACTTCACTCTTACTGTTTACTATTCTAAGTTCTTGAATTTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23506	AACTTTGTCACTTCACTCTTACTGTTTACTATTCTAAGTTCTTGAATTTA	23555

BX248096.10	801	TAGATATCAAAACACTGCACAGTTATTATTTCCAGATGAATAATAACACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23556	TAGATATCAAAACACTGCACAGTTATTATTTCCAGATGAATAATAACACA	23605

BX248096.10	851	ATAACAATAGAAACAAGGAAAAGCCAAACAAATATACTATTTATAAGTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23606	ATAACAATAGAAACAAGGAAAAGCCAAACAAATATACTATTTATAAGTTA	23655

BX248096.10	901	CAGCATGTGAGGATAACAATTAACTGATGATTTTCCTAAACCACAAAACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23656	CAGCATGTGAGGATAACAATTAACTGATGATTTTCCTAAACCACAAAACA	23705

BX248096.10	951	ATGAATGTACAATGGTGACATGGCTGAACCAGCCGGTGGTGCCATAAATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23706	ATGAATGTACAATGGTGACATGGCTGAACCAGCCGGTGGTGCCATAAATG	23755

BX248096.10	1001	ATTCTCAGATGCTGCAGTGCAGGAGACCCATCCATTGATGATCACTGTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23756	ATTCTCAGATGCTGCAGTGCAGGAGACCCATCCATTGATGATCACTGTGA	23805

BX248096.10	1051	TAGACTAAGACAAATAGTTAATTAGTTAATGAGATATTAGAATTTCTAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23806	TAGACTAAGACAAATAGTTAATTAGTTAATGAGATATTAGAATTTCTAGT	23855

BX248096.10	1101	ACTTATTAATTTTACCACCTATCACGATAACCATTCTATTTTCTGTAACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23856	ACTTATTAATTTTACCACCTATCACGATAACCATTCTATTTTCTGTAACA	23905

BX248096.10	1151	ATCAGTATTGGCTGTACTAGTGCACACTGGCTGGATGCCAGTGTGTAAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23906	ATCAGTATTGGCTGTACTAGTGCACACTGGCTGGATGCCAGTGTGTAAGA	23955

BX248096.10	1201	CAATGCCATAAAGGGCTATATGAGCATTAGCTACTATGCTATGACTTTTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	23956	CAATGCCATAAAGGGCTATATGAGCATTAGCTACTATGCTATGACTTTTA	24005

BX248096.10	1251	ACATTGAGTTGATTAGGTTCAAGGGTCAGGTGGGGCACTTTTAGAAATTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24006	ACATTGAGTTGATTAGGTTCAAGGGTCAGGTGGGGCACTTTTAGAAATTA	24055

BX248096.10	1301	CAGTAACAGAGGCCCTCAGGAGGTAGGATTCCCTTTTCTTTTTGGAGACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24056	CAGTAACAGAGGCCCTCAGGAGGTAGGATTCCCTTTTCTTTTTGGAGACA	24105

BX248096.10	1351	GAGTCTTACGCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGGGATATCGGCTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24106	GAGTCTTACGCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGGGATATCGGCTC	24155

BX248096.10	1401	ACTGCAACCTCCGCCTCCCAAGTTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24156	ACTGCAACCTCCGCCTCCCAAGTTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCT	24205

BX248096.10	1451	TGAGTAGCAGGGATTACAGGCATCTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24206	TGAGTAGCAGGGATTACAGGCATCTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGT	24255

BX248096.10	1501	ATTTTTATTTTTATTTTTGTTTTGAGATGGAGTTTCATTCTTGTTGCCCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24256	ATTTTTATTTTTATTTTTGTTTTGAGATGGAGTTTCATTCTTGTTGCCCA	24305

BX248096.10	1551	GGCTGGAGTGCAATAGCGCAATCTTGGTTCACCGCAACCTCCACCTCCGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24306	GGCTGGAGTGCAATAGCGCAATCTTGGTTCACCGCAACCTCCACCTCCGA	24355

BX248096.10	1601	GGTTCAAGCAATTCCTGCCTCAGCCTCCTAGGTAGCTGGGATTACAGGGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24356	GGTTCAAGCAATTCCTGCCTCAGCCTCCTAGGTAGCTGGGATTACAGGGA	24405

BX248096.10	1651	TGTGCCACCACACCTCGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGTTTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24406	TGTGCCACCACACCTCGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGTTTTC	24455

BX248096.10	1701	TTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTGGGATGGAGTCTGGCTCTGTCGCCCAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24456	TTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTGGGATGGAGTCTGGCTCTGTCGCCCAG	24505

BX248096.10	1751	GCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGTGAGGATGGCTCACTGCAAACTCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24506	GCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGTGAGGATGGCTCACTGCAAACTCCA	24555

BX248096.10	1801	TCACCCGGGTTCAAGGGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24556	TCACCCGGGTTCAAGGGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGA	24605

BX248096.10	1851	TTACAGGCGTCTGCCACTGTGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTGATAGAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24606	TTACAGGCGTCTGCCACTGTGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTGATAGAG	24655

BX248096.10	1901	ACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGG	1950
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
BX936369.5	24656	ACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACTTCAAG	24705

BX248096.10	1951	TGATCAGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGGGCTGGGATTACAGGCGTGAGCC	2000
			|||||  ||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24706	TGATCCACCCACTTTAGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCC	24755

Compact alignment

skip 1900 bps 100% identity alignment

BX248096.10	1901	ACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGG	1950
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
BX936369.5	24656	ACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACTTCAAG	24705

BX248096.10	1951	TGATCAGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGGGCTGGGATTACAGGCGTGAGCC	2000
			|||||  ||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||
BX936369.5	24706	TGATCCACCCACTTTAGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCC	24755

Overview

Query
BX248096.10 - 23481 bps
Hit
BX936369.5 - 24755 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link