<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX908387.8	2000	AGCTGAACAGATGCACACTGTTAGTAATTAATCCTCAAATTAACTTATAG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1	AGCTGAACAGATGCACACTGTTAGTAATTAATCCTCAAATTAACTTATAG	50

C  BX908387.8	1950	CTAAACTTTTGTTCTTTCTGATGTTATTAGTAGTTATTCTACTTTTGTTC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	51	CTAAACTTTTGTTCTTTCTGATGTTATTAGTAGTTATTCTACTTTTGTTC	100

C  BX908387.8	1900	ACCAGTAGGCGCGATTGATCAAATAAAAAAAAAATGTAACAGTAAAGCCT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	101	ACCAGTAGGCGCGATTGATCAAATAAAAAAAAAATGTAACAGTAAAGCCT	150

C  BX908387.8	1850	AAACTTGACAGTATAGTAACCCAAAGGTTTTAAAGGTCACTGTCAACATG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	151	AAACTTGACAGTATAGTAACCCAAAGGTTTTAAAGGTCACTGTCAACATG	200

C  BX908387.8	1800	CTAAAAAGATGCAGTTCTCTGTTCTGCAAAAGCAAATTAGGGTCACACAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	201	CTAAAAAGATGCAGTTCTCTGTTCTGCAAAAGCAAATTAGGGTCACACAT	250

C  BX908387.8	1750	TTTATTTTGATGGTATGTTTGTTGAATTTAAGTTACATTGCATCCGTATG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	251	TTTATTTTGATGGTATGTTTGTTGAATTTAAGTTACATTGCATCCGTATG	300

C  BX908387.8	1700	CTCACTAATTCTCATTAGATTATAAGTAAACAGGTAGGTTGGGGTGAGGA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	301	CTCACTAATTCTCATTAGATTATAAGTAAACAGGTAGGTTGGGGTGAGGA	350

C  BX908387.8	1650	TTAGCGTAAATTGACATACACTAAGTTTTCTTTTAGTCTGTTCAATTTGT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	351	TTAGCGTAAATTGACATACACTAAGTTTTCTTTTAGTCTGTTCAATTTGT	400

C  BX908387.8	1600	TGAAGGAGCAGTATCAAAAGATATTAAGCAGACAGTCTACTAATATGGAC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	401	TGAAGGAGCAGTATCAAAAGATATTAAGCAGACAGTCTACTAATATGGAC	450

C  BX908387.8	1550	CATTAAAATAAAGTGTTACCCAAATTAGTTCGAAAGGAAAACTTAAATTG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	451	CATTAAAATAAAGTGTTACCCAAATTAGTTCGAAAGGAAAACTTAAATTG	500

C  BX908387.8	1500	ACTGCTGCATCTGCTACTGCTAATATGGCAAATCGACCAGGGTCCCCACG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	501	ACTGCTGCATCTGCTACTGCTAATATGGCAAATCGACCAGGGTCCCCACG	550

C  BX908387.8	1450	GCTATGATAACATTACAGTTAACTACAGTCAAGCATTGCTTTTTGTTGTT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	551	GCTATGATAACATTACAGTTAACTACAGTCAAGCATTGCTTTTTGTTGTT	600

C  BX908387.8	1400	GTTGGTTGCTGTTAAAATGTAAAATGTTTAGCTTAATTGTGAGTGAATAA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	601	GTTGGTTGCTGTTAAAATGTAAAATGTTTAGCTTAATTGTGAGTGAATAA	650

C  BX908387.8	1350	ACATTTGTTTGAATATGCTGTTGTTCTGGCATCTTTAATCTGGGTCAAGG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	651	ACATTTGTTTGAATATGCTGTTGTTCTGGCATCTTTAATCTGGGTCAAGG	700

C  BX908387.8	1300	GTATGTAATAGAGTAAACAATAGTGCATTCAGGCCTATTTCGTTAGCTGT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	701	GTATGTAATAGAGTAAACAATAGTGCATTCAGGCCTATTTCGTTAGCTGT	750

C  BX908387.8	1250	CTTGCTACTGGGAGATTAAAGGATTACATATCATGGGAAAATGCCAAATC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	751	CTTGCTACTGGGAGATTAAAGGATTACATATCATGGGAAAATGCCAAATC	800

C  BX908387.8	1200	GCTCATTCATGAGAACATGTATGCCTTCGTCACTGCCACAAATTGTGATC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	801	GCTCATTCATGAGAACATGTATGCCTTCGTCACTGCCACAAATTGTGATC	850

C  BX908387.8	1150	AGGGCAGATTTAACCAATAAGCAAGGTAAGCAGCTGCTTAGGGACACAGG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	851	AGGGCAGATTTAACCAATAAGCAAGGTAAGCAGCTGCTTAGGGACACAGG	900

C  BX908387.8	1100	AAATCCCCCCCCCCATTATTTAGAAGTATAAATTACAACTATAAACCATG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	901	AAATCCCCCCCCCCATTATTTAGAAGTATAAATTACAACTATAAACCATG	950

C  BX908387.8	1050	TATAACATCATTTTCTACCATATTTTGTATGATGAGAGTTAAACAAATAC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	951	TATAACATCATTTTCTACCATATTTTGTATGATGAGAGTTAAACAAATAC	1000

C  BX908387.8	1000	AATTTTAACGTAGTTAAATCTCATTTAGTATACAATCAAATACAATATTA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1001	AATTTTAACGTAGTTAAATCTCATTTAGTATACAATCAAATACAATATTA	1050

C  BX908387.8	950	TAATGTAATCTTATGTAATAATATTATTACAAAATAAAATATCCATCGTG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1051	TAATGTAATCTTATGTAATAATATTATTACAAAATAAAATATCCATCGTG	1100

C  BX908387.8	900	GAGCAGTCCAGCAGTCAAATTTATATATATATATATTTTTTTATTATTTT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1101	GAGCAGTCCAGCAGTCAAATTTATATATATATATATTTTTTTATTATTTT	1150

C  BX908387.8	850	CAGTTGTAAATTAATTTTACATAAAAAAATAATAATTTAAAATGTAAAAA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1151	CAGTTGTAAATTAATTTTACATAAAAAAATAATAATTTAAAATGTAAAAA	1200

C  BX908387.8	800	AAGAAAACTGAGTGATAAAACAAAAAAAAAAGGAATATAAATAAATATTA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1201	AAGAAAACTGAGTGATAAAACAAAAAAAAAAGGAATATAAATAAATATTA	1250

C  BX908387.8	750	AATAGAAAGCATGCATTTCAGGACTTGTGAGATTACAAACTTTAGGTTAT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1251	AATAGAAAGCATGCATTTCAGGACTTGTGAGATTACAAACTTTAGGTTAT	1300

C  BX908387.8	700	GAAGCGATTAAATACAATATTTTTTAATTTAGTATATGAATGAATGAATT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1301	GAAGCGATTAAATACAATATTTTTTAATTTAGTATATGAATGAATGAATT	1350

C  BX908387.8	650	CAAGTTATTTACTGTATACATTGCAAGTTAACAATAATTGTTTGCTAGTT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1351	CAAGTTATTTACTGTATACATTGCAAGTTAACAATAATTGTTTGCTAGTT	1400

C  BX908387.8	600	GCTGATTGAACACTACACATTTGTCACTGTTTATGTCTAAATGTGGTCAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1401	GCTGATTGAACACTACACATTTGTCACTGTTTATGTCTAAATGTGGTCAA	1450

C  BX908387.8	550	AAGTGAACAACCTCAAAACCTTGACCATTTTTACACCTGTATTTAGCATT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1451	AAGTGAACAACCTCAAAACCTTGACCATTTTTACACCTGTATTTAGCATT	1500

C  BX908387.8	500	GTCAATTCGTTATTTGATATGGATAAAATACCTGGTACTAAAAATCTTAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1501	GTCAATTCGTTATTTGATATGGATAAAATACCTGGTACTAAAAATCTTAA	1550

C  BX908387.8	450	TACTAGGTGTAAATTTGAGCAAAACATAATGAATATCATTTTCCACCACC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1551	TACTAGGTGTAAATTTGAGCAAAACATAATGAATATCATTTTCCACCACC	1600

C  BX908387.8	400	ACCATGATTTACAGAGGACACCCACTAAATGTTTATATACAAAAACTTCA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1601	ACCATGATTTACAGAGGACACCCACTAAATGTTTATATACAAAAACTTCA	1650

C  BX908387.8	350	GACATAACTACAAGAACCATTGTTGACATATTAAACACACAGAGATGATC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1651	GACATAACTACAAGAACCATTGTTGACATATTAAACACACAGAGATGATC	1700

C  BX908387.8	300	TTACTTTTATTAAAGTACATTATATTAAATATAAATATCATATTAAAGTG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1701	TTACTTTTATTAAAGTACATTATATTAAATATAAATATCATATTAAAGTG	1750

C  BX908387.8	250	TCAATTAGAAAAAAAGCCTAACATAAAAGCTAACGTAAATTTACCCAACA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1751	TCAATTAGAAAAAAAGCCTAACATAAAAGCTAACGTAAATTTACCCAACA	1800

C  BX908387.8	200	CCAAAATTGGAAACGAATTCCAGATTGTTCACAATGTTTACGATCCTCAG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1801	CCAAAATTGGAAACGAATTCCAGATTGTTCACAATGTTTACGATCCTCAG	1850

C  BX908387.8	150	TCAAAATTATTCTCATTTTTTTTACATGAAAGCGTCAAAACAAAAGAAGA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1851	TCAAAATTATTCTCATTTTTTTTACATGAAAGCGTCAAAACAAAAGAAGA	1900

C  BX908387.8	100	CTAAAAACAACTAAAATAATTAATAACAAAAGTCAATAAAAATATAGTTT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1901	CTAAAAACAACTAAAATAATTAATAACAAAAGTCAATAAAAATATAGTTT	1950

C  BX908387.8	50	TTTTTAGGTCAATCATGCAATTCATTTTACAAATAACCTATACAAAGCTT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936360.5	1951	TTTTTAGGTCAATCATGCAATTCATTTTACAAATAACCTATACAAAGCTT	2000

Overview

Query
BX908387.8 - 212624 bps
Hit
BX936360.5 - 70821 bps
Total alignments
18
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001872200012000-1120001
293.331061364433644471-1298731211
397.8429150313504031555356431
482.03159513170715171227110259107591
579.991084344721047643-110282107061
687.337639503395095115405154671
781.2211029879298226-120303205951
890.726597123780123876120304204001
993.4260767603276107129428295031
1079.65311154750547619-136212363241
1187.491733244715047473-136369366881
1297.0134679862198687-139749398151
1397.0639689861398680139752398191
1481.64161513170715171227-139846403571
1593.3334759861498688-140364404381
1610037589043990496-140374404311
1788.613822134993719141488417151
1888.2874122158374158495165023651501
Short-link