<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR792442.8	1	GGACCAAGCCGAAGGCAAATGAATGAATGAATGAATGAATATTTGGTTTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	163675	GGACCAAGCCGAAGGCAAATGAATGAATGAATGAATGAATATTTGGTTTC	163724

CR792442.8	51	CTTTTTACCATGTCCTTCTTAGGTTGTAACTTTACATTTAAGTCAGAGTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	163725	CTTTTTACCATGTCCTTCTTAGGTTGTAACTTTACATTTAAGTCAGAGTA	163774

CR792442.8	101	ATATTATTTAACTAACCACGTATAATTATGCATAATATATTAGTATTAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	163775	ATATTATTTAACTAACCACGTATAATTATGCATAATATATTAGTATTAAT	163824

CR792442.8	151	AAACTATGTACAATACAATATATGTGCGTGTGTTACAATGTGTGTACAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	163825	AAACTATGTACAATACAATATATGTGCGTGTGTTACAATGTGTGTACAGA	163874

CR792442.8	201	ATGTTTCACTTGCTCACACATTGCTATTCAAAAGTTTAATGTTGTGAATA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	163875	ATGTTTCACTTGCTCACACATTGCTATTCAAAAGTTTAATGTTGTGAATA	163924

CR792442.8	251	CATTTCTAAGTCTACCTCTATTTTTGTTCCAAGGCTGTATTTATTCGATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	163925	CATTTCTAAGTCTACCTCTATTTTTGTTCCAAGGCTGTATTTATTCGATC	163974

CR792442.8	301	AAAGATCTAAAATAGTAAAAATTTGAAATATTAATAAATCTCATTACAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	163975	AAAGATCTAAAATAGTAAAAATTTGAAATATTAATAAATCTCATTACAAA	164024

CR792442.8	351	AAAAGTAACGCTTTTAAATGAAAACGCTTTAATAATAAAACATTTAATAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164025	AAAAGTAACGCTTTTAAATGAAAACGCTTTAATAATAAAACATTTAATAA	164074

CR792442.8	401	ATATATTATGTCTAAAAATCATGTTTTTATGCGTATTAAGCACTCTCCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164075	ATATATTATGTCTAAAAATCATGTTTTTATGCGTATTAAGCACTCTCCAA	164124

CR792442.8	451	TTAAAATTATTTTTAAACCGTGTCCAGACATTTTATCCTACCTATCAGAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164125	TTAAAATTATTTTTAAACCGTGTCCAGACATTTTATCCTACCTATCAGAT	164174

CR792442.8	501	TATGCTACCAACACTGTATTTGATTGGTTCTGAGGTTGGGGTTAGGGCGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164175	TATGCTACCAACACTGTATTTGATTGGTTCTGAGGTTGGGGTTAGGGCGA	164224

CR792442.8	551	TATTACAGCTTCATATCTCACTACCCCACATTCAAATTTACACTGGTAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164225	TATTACAGCTTCATATCTCACTACCCCACATTCAAATTTACACTGGTAGA	164274

CR792442.8	601	AAAATCTGATGGGTAGCATATTGCGTCATTAAAATGTGCTACCTACTTCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164275	AAAATCTGATGGGTAGCATATTGCGTCATTAAAATGTGCTACCTACTTCA	164324

CR792442.8	651	TACCCATAGCCAGGGGGGGTTCGGAGTGGTTCGAACGAACCACCCCCCCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164325	TACCCATAGCCAGGGGGGGTTCGGAGTGGTTCGAACGAACCACCCCCCCA	164374

CR792442.8	701	TTGCCAAAAGGTCCAGAATTTGTCCATTTAATTATTTTATGTAATTTAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164375	TTGCCAAAAGGTCCAGAATTTGTCCATTTAATTATTTTATGTAATTTAAT	164424

CR792442.8	751	ATTATATGATATATTTATTATATAATTAATATAATATATTTATATTCAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164425	ATTATATGATATATTTATTATATAATTAATATAATATATTTATATTCAAT	164474

CR792442.8	801	ATATATTGTAATAAAGTGTAATTTTAAATATGTATGTCCAGTAATTCAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164475	ATATATTGTAATAAAGTGTAATTTTAAATATGTATGTCCAGTAATTCAAA	164524

CR792442.8	851	TCCCATAAAGCCACAATAATGTGACGCGAGTCACGTGACAAAACTCACTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164525	TCCCATAAAGCCACAATAATGTGACGCGAGTCACGTGACAAAACTCACTG	164574

CR792442.8	901	AGTGGTAACATTTGAATCTTTGATGGCGCAACAACCATACTGAGTAACGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164575	AGTGGTAACATTTGAATCTTTGATGGCGCAACAACCATACTGAGTAACGC	164624

CR792442.8	951	CATACTTTGGGTCGAAAAGAGCAAGAGAGGCAGAAAAGGCAGGCAGCGGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164625	CATACTTTGGGTCGAAAAGAGCAAGAGAGGCAGAAAAGGCAGGCAGCGGT	164674

CR792442.8	1001	GTCATTATCACAAAGTATTGAACAAATGTTCAAAACGACTGCCAAACAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164675	GTCATTATCACAAAGTATTGAACAAATGTTCAAAACGACTGCCAAACAGG	164724

CR792442.8	1051	GTAAGGCTAAAGTTACTTACTTTTTACCAGATGAAAATATGTCCCTGTTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164725	GTAAGGCTAAAGTTACTTACTTTTTACCAGATGAAAATATGTCCCTGTTC	164774

CR792442.8	1101	ATGAGGTTCTAGGCTAACTGTGTGCATTAGCCAGGATGTCCTGTATATTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164775	ATGAGGTTCTAGGCTAACTGTGTGCATTAGCCAGGATGTCCTGTATATTT	164824

CR792442.8	1151	AGTGACTTGTCCAGTACATGACCTCCTATTCCCTATTTTTGCCATTATTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164825	AGTGACTTGTCCAGTACATGACCTCCTATTCCCTATTTTTGCCATTATTA	164874

CR792442.8	1201	TTTTCAAATAACTGTCTGACGAAGGTTTTAATGGCAAGCGGAGTCACTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164875	TTTTCAAATAACTGTCTGACGAAGGTTTTAATGGCAAGCGGAGTCACTTC	164924

CR792442.8	1251	ACAGCAAAAGGCGCTAATCCCGTCATGTCTGTGTTTTTGAGGCTGTTTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164925	ACAGCAAAAGGCGCTAATCCCGTCATGTCTGTGTTTTTGAGGCTGTTTGG	164974

CR792442.8	1301	TCACTTCATTTGTTTTATTCCTATCGGGTATAAATCCGATCCCTCAAACC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	164975	TCACTTCATTTGTTTTATTCCTATCGGGTATAAATCCGATCCCTCAAACC	165024

CR792442.8	1351	ACTTCAGAAGGTGATCTGGGATGCATTCCAGATGAAACTGGACAGGTTTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165025	ACTTCAGAAGGTGATCTGGGATGCATTCCAGATGAAACTGGACAGGTTTA	165074

CR792442.8	1401	ATCTTTTTTTAGACAAAATTAATATAAATAAAATAAATTATGACCTGGAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165075	ATCTTTTTTTAGACAAAATTAATATAAATAAAATAAATTATGACCTGGAG	165124

CR792442.8	1451	AAAACCTGACCTGCACCTGAAACACCTGTAGGTGCGCTTTTACAGACAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165125	AAAACCTGACCTGCACCTGAAACACCTGTAGGTGCGCTTTTACAGACAAA	165174

CR792442.8	1501	ATTCTAAAAAAAAAACATGTTTACTACTATAAGCATGAAACATGTGTTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165175	ATTCTAAAAAAAAAACATGTTTACTACTATAAGCATGAAACATGTGTTCT	165224

CR792442.8	1551	AACTTTTCAGGCCTGTAGTCGGGGGATTCGGAAGACACACCCCTCACTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165225	AACTTTTCAGGCCTGTAGTCGGGGGATTCGGAAGACACACCCCTCACTGA	165274

CR792442.8	1601	CAAAGGTCCAGAATTTGTCCCATATATGAGCTCATTTGTCCTATTTGACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165275	CAAAGGTCCAGAATTTGTCCCATATATGAGCTCATTTGTCCTATTTGACT	165324

CR792442.8	1651	GCTACGCCATCATAAATAATGAAAATAAACCATCATAAAAGGCTTTAGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165325	GCTACGCCATCATAAATAATGAAAATAAACCATCATAAAAGGCTTTAGGA	165374

CR792442.8	1701	CCAAACAGAATCCTCTGCCAGCTGTTGCTTCGGTGGGACTATAATCTGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165375	CCAAACAGAATCCTCTGCCAGCTGTTGCTTCGGTGGGACTATAATCTGAT	165424

CR792442.8	1751	GTAAGAGAAGTCTTCTTTCAATACTGTATTGCTCTTAAACAGAGAAAACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165425	GTAAGAGAAGTCTTCTTTCAATACTGTATTGCTCTTAAACAGAGAAAACA	165474

CR792442.8	1801	TTTCACAAGTAACTTTTATTCTAAATCTTGGACCTTATTCCTGAAATAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165475	TTTCACAAGTAACTTTTATTCTAAATCTTGGACCTTATTCCTGAAATAAA	165524

CR792442.8	1851	AATGAGCAATAAAAAGGTGTGAAACACCAGAAGCAGACAACATTATATTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165525	AATGAGCAATAAAAAGGTGTGAAACACCAGAAGCAGACAACATTATATTA	165574

CR792442.8	1901	ATTTGAATATATTTTGGCTATTGTTGATATCCAGGAATTTTCAAATGTAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165575	ATTTGAATATATTTTGGCTATTGTTGATATCCAGGAATTTTCAAATGTAC	165624

CR792442.8	1951	TTTTTTTTTTTTTTTTTTACCAAAGAGGCTAGAAAAATTCTGAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936358.10	165625	TTTTTTTTTTTTTTTTTTACCAAAGAGGCTAGAAAAATTCTGAAGAATTC	165674

Overview

Query
CR792442.8 - 86295 bps
Hit
BX936358.10 - 165674 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192120001200011636751656741
285.06931757271272886-111850120231
385.97951727746077631-128743289131
489.31231876100861194-136518367041
580.56551437768677828-141999421421
685.5711322075220883-143039431691
787.472494138407484486-144589450031
882.992024918356384053-145600460751
990.1179512364195543190-153379545801
1090.32711232383523957-158208583311
1185.843806866203362718-161754624451
1288.410018540204204173715738951
1391.281421974540845604180094802881
1481.9982307265772886-183542837621
1598.6368735016650238-188145882171
1693.251942514985350103-188220884711
1787.54387348356584298199245999881
1884.159519771237319-11068901070911
1987.265910168056905-11073021074031
2082.53159423188811930311453261457371
2187.04455773620366280811546801554511
2280.54111303774667776811633681636651
Short-link