<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR847570.9	1	AGATTCTGTCCAAAGACACAATGAGAAACAAGAACAGACTTGGGGCAAGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	161807	AGATTCTGTCCAAAGACACAATGAGAAACAAGAACAGACTTGGGGCAAGG	161856

CR847570.9	51	AAGGGGCATGGGTTAGTGTCGCTAAATCTACAAAGAATACGCTTGCTAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	161857	AAGGGGCATGGGTTAGTGTCGCTAAATCTACAAAGAATACGCTTGCTAAA	161906

CR847570.9	101	AAACAAAAAACATTTTAATTACAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	161907	AAACAAAAAACATTTTAATTACAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGA	161956

CR847570.9	151	AACACTCAAGTCAAACAGCACCACCTATTGGTGGAGCTCAGCTTTGGTCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	161957	AACACTCAAGTCAAACAGCACCACCTATTGGTGGAGCTCAGCTTTGGTCA	162006

CR847570.9	201	TTAAACAGGGGCGGAAGTGAGCAGGACATAAACAGACAAACATTTGGGGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162007	TTAAACAGGGGCGGAAGTGAGCAGGACATAAACAGACAAACATTTGGGGC	162056

CR847570.9	251	TCCAGAGCAAACATCTGAATCCCAGCACTGAAGATCAGCTAACCTACAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162057	TCCAGAGCAAACATCTGAATCCCAGCACTGAAGATCAGCTAACCTACAGG	162106

CR847570.9	301	TCCTGCTGCATTTATTAAATGATCTGATGGCAGTTTAGAAAGGCATTTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162107	TCCTGCTGCATTTATTAAATGATCTGATGGCAGTTTAGAAAGGCATTTAA	162156

CR847570.9	351	AACTAGGGTTTAAAACTATCACTGAAAAGAACCCCATTGACAGTATTGCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162157	AACTAGGGTTTAAAACTATCACTGAAAAGAACCCCATTGACAGTATTGCT	162206

CR847570.9	401	TCCAAAAGTTCATAGATCCATTCCAGAGGTGGAAAAAAAAATAATAATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162207	TCCAAAAGTTCATAGATCCATTCCAGAGGTGGAAAAAAAAATAATAATAA	162256

CR847570.9	451	TAATAATAAGAGCGAGCAAGGAAGGAAAACCGGGACGGGCTTTGTGTCAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162257	TAATAATAAGAGCGAGCAAGGAAGGAAAACCGGGACGGGCTTTGTGTCAT	162306

CR847570.9	501	CTAAAGATTCTTTAGGAATATTGTACACTTGAATGCACATTAGTATAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162307	CTAAAGATTCTTTAGGAATATTGTACACTTGAATGCACATTAGTATAAAT	162356

CR847570.9	551	GGACTCGTCCCATTACTGTAAGAAAAATCAAGCTGGCCTCGTTATAAATG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162357	GGACTCGTCCCATTACTGTAAGAAAAATCAAGCTGGCCTCGTTATAAATG	162406

CR847570.9	601	TGTGTGTGTGTGTGTGGATGTGTGGGGTGCAGGGCATATACCAGTCTCTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162407	TGTGTGTGTGTGTGTGGATGTGTGGGGTGCAGGGCATATACCAGTCTCTT	162456

CR847570.9	651	CCTCCAGTCTGAGCTGCTGCACTTCGGTCCTTCTCACAGATAATACAGCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162457	CCTCCAGTCTGAGCTGCTGCACTTCGGTCCTTCTCACAGATAATACAGCC	162506

CR847570.9	701	TTATATTGAATCCCTCTGGCTCACTCGATGCGGGGCGCCTTTAGTCCCCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162507	TTATATTGAATCCCTCTGGCTCACTCGATGCGGGGCGCCTTTAGTCCCCT	162556

CR847570.9	751	TCCATCCGAGAATGAGAAATAAAAGAAATAAAAACCTTCCAGATGCCTGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162557	TCCATCCGAGAATGAGAAATAAAAGAAATAAAAACCTTCCAGATGCCTGG	162606

CR847570.9	801	GAGAGGAAGAAGGGTGGAGGGGGATGCGTCTTATCTCCATCCCTCTCTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162607	GAGAGGAAGAAGGGTGGAGGGGGATGCGTCTTATCTCCATCCCTCTCTTA	162656

CR847570.9	851	CCCAGTTCCTCCTGCTCCCTCAGTTGGCAGGTAAGGGGTTCGACCCCCTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162657	CCCAGTTCCTCCTGCTCCCTCAGTTGGCAGGTAAGGGGTTCGACCCCCTT	162706

CR847570.9	901	CCGATGCACTGCAGAGAGGGGTGGGGCAAAACACCTCACGCGCTCTGCTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162707	CCGATGCACTGCAGAGAGGGGTGGGGCAAAACACCTCACGCGCTCTGCTC	162756

CR847570.9	951	CAATCAGAACAAGCAAGGATGGGCGGGGCTCTCAGTTTGAGGCGCTGCTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162757	CAATCAGAACAAGCAAGGATGGGCGGGGCTCTCAGTTTGAGGCGCTGCTG	162806

CR847570.9	1001	TTGGAGGAGTTGGAGGTGGAGGCCACGGCCATGCTGGAGTTACCCGTGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162807	TTGGAGGAGTTGGAGGTGGAGGCCACGGCCATGCTGGAGTTACCCGTGGC	162856

CR847570.9	1051	CGCCACGGACTTGCGTATGTGCGGGAGGAGGTAGGGGTCACTGGCCAGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162857	CGCCACGGACTTGCGTATGTGCGGGAGGAGGTAGGGGTCACTGGCCAGCT	162906

CR847570.9	1101	GGTGAACATCAATACGGTCCTCCTTACGGTACACCAGACATCTGCGGATG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162907	GGTGAACATCAATACGGTCCTCCTTACGGTACACCAGACATCTGCGGATG	162956

CR847570.9	1151	AAGGCCTGAGGTGGACACAGAAGAAGGTGTTCATTTATTATGGCATCTGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	162957	AAGGCCTGAGGTGGACACAGAAGAAGGTGTTCATTTATTATGGCATCTGA	163006

CR847570.9	1201	TTTATGAAAGTAGCTCAGGTTGAATGAGGTTTTAAACATGTTATGTTTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163007	TTTATGAAAGTAGCTCAGGTTGAATGAGGTTTTAAACATGTTATGTTTTT	163056

CR847570.9	1251	TAAATCGTTAAATCGTTTAAATTTGGGTTGCACAATACATAATTTGAAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163057	TAAATCGTTAAATCGTTTAAATTTGGGTTGCACAATACATAATTTGAAAA	163106

CR847570.9	1301	CATAAGCAAAGTTCAACAATAATAATGTGAAGGCATTTTTGATGAAGGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163107	CATAAGCAAAGTTCAACAATAATAATGTGAAGGCATTTTTGATGAAGGTG	163156

CR847570.9	1351	TGACTACAAAATTAAGCATAATTGGGCACAAGAACTGATCAAATTTGTAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163157	TGACTACAAAATTAAGCATAATTGGGCACAAGAACTGATCAAATTTGTAG	163206

CR847570.9	1401	CTTTAACAAAGGACTAATTGTATTTATTTCTACAATTAATCATTTTTACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163207	CTTTAACAAAGGACTAATTGTATTTATTTCTACAATTAATCATTTTTACA	163256

CR847570.9	1451	TGTGATTACATTGATACCATTAACATTTTACCTCAATGGGCCCCTTTCAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163257	TGTGATTACATTGATACCATTAACATTTTACCTCAATGGGCCCCTTTCAC	163306

CR847570.9	1501	AAGATGGTGATGATGCAATTAAGTGATTAGCATCTAAATTGCTTGAAAGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163307	AAGATGGTGATGATGCAATTAAGTGATTAGCATCTAAATTGCTTGAAAGT	163356

CR847570.9	1551	TTTCCATATCTTGATTCAAAAACATGTACATTAATAAAGCTATATTTAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163357	TTTCCATATCTTGATTCAAAAACATGTACATTAATAAAGCTATATTTAGT	163406

CR847570.9	1601	ATTAAATCATCTTTGCATGTAATTACGAAAAATGAATGAACACTTAATTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163407	ATTAAATCATCTTTGCATGTAATTACGAAAAATGAATGAACACTTAATTT	163456

CR847570.9	1651	TCTCTTCTTTCTACCATTACCACTCTGATACAACTTTTTTTACCGCCTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163457	TCTCTTCTTTCTACCATTACCACTCTGATACAACTTTTTTTACCGCCTTA	163506

CR847570.9	1701	TTTTGAAAGTCACAAAAAAAGTTACAAAAAAAAACAATCACTGAGTTTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163507	TTTTGAAAGTCACAAAAAAAGTTACAAAAAAAAACAATCACTGAGTTTTT	163556

CR847570.9	1751	CCTTTTATTATTTGAGCAAATAGAAATACAAGCTGTATTTGTGGTTTTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163557	CCTTTTATTATTTGAGCAAATAGAAATACAAGCTGTATTTGTGGTTTTCT	163606

CR847570.9	1801	CCCATTAACTGCATTTTAGGTTTACCCAACTATGACAACGTCAGGATCCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163607	CCCATTAACTGCATTTTAGGTTTACCCAACTATGACAACGTCAGGATCCA	163656

CR847570.9	1851	TACTGTTAGAATCTCCAGAAAATCATAAGGCACTGTTATTTAATTTGTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163657	TACTGTTAGAATCTCCAGAAAATCATAAGGCACTGTTATTTAATTTGTGT	163706

CR847570.9	1901	ATTTGTTCTATTGTATTATTTTATGCTTGTAATTTGTTTATTATATTTTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163707	ATTTGTTCTATTGTATTATTTTATGCTTGTAATTTGTTTATTATATTTTA	163756

CR847570.9	1951	AGCAAACCCACTCCCAAGAAAATCACAATCGAATGTAAAATGATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936331.6	163757	AGCAAACCCACTCCCAAGAAAATCACAATCGAATGTAAAATGATGAATTC	163806

Overview

Query
CR847570.9 - 124104 bps
Hit
BX936331.6 - 163806 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196420001200011618071638061
287.51602819528795567110355106261
394.21254311112801113111110355106651
490.91112164121710121873110359105231
595.451651989895099147135719359161
688.241662819528795567158828590991
795.04304363112801113163158828591901
892.99116156121710121865158832589881
983.51333109679097099171725720331
1094.05284356112808113163-181177815291
1187.41542739529595567-181267815281
1281.281183756226962643-191745921021
1384.2916332848295156-11014051017351
1482.45154361112800113160-11014101017681
1593.07257331112793113123-11163061166371
1692.81117153123787123939-11163061164581
1786.441502819528795567-11163571166291
1885.71118247742177446311244921247361
1982.2711427311280911308111385181387821
2084.5233070310815810886011533131540291
2190.79216302103724104025-11537721540751
2294.1610713410886310899611543061544421
Short-link