<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX470100.6	117304	AAGCTTCCACAAACGGATGTCAGCACTGGCAGCGCAGACCCCATCAGCTG	117255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111039	AAGCTTCCACAAACGGATGTCAGCACTGGCAGCGCAGACCCCATCAGCTG	111088

C  BX470100.6	117254	TTCTTCATATCTTTACTGCCACAGTCTGTCGCTTCTGCTGCTATTTGATC	117205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111089	TTCTTCATATCTTTACTGCCACAGTCTGTCGCTTCTGCTGCTATTTGATC	111138

C  BX470100.6	117204	CGTTCAATGCAAACGCTTGTATAAGGAGCTTGTGTTTCGTAGGTGTCGCT	117155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111139	CGTTCAATGCAAACGCTTGTATAAGGAGCTTGTGTTTCGTAGGTGTCGCT	111188

C  BX470100.6	117154	CGCTTTTCATGTGATCGTATGGATTTTTCAGGAGGATTAAGTGATAAGCA	117105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111189	CGCTTTTCATGTGATCGTATGGATTTTTCAGGAGGATTAAGTGATAAGCA	111238

C  BX470100.6	117104	AACAAAGCAGGGATAATTATGGTAAACATTAGAAAGCGTATTAGAAGCAT	117055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111239	AACAAAGCAGGGATAATTATGGTAAACATTAGAAAGCGTATTAGAAGCAT	111288

C  BX470100.6	117054	ATACAGTACGTGCTAGCCATAGAAAAAAAAATTCTGAAACAGCCGTGGTA	117005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111289	ATACAGTACGTGCTAGCCATAGAAAAAAAAATTCTGAAACAGCCGTGGTA	111338

C  BX470100.6	117004	CAGTATGTTGCTTGTGTTGAACTAGACGTTTACAGCCTTATTAAAGTAGT	116955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111339	CAGTATGTTGCTTGTGTTGAACTAGACGTTTACAGCCTTATTAAAGTAGT	111388

C  BX470100.6	116954	AAACTGCAGTTTTATGCAGCTTAAGTGTGATTTTTTTTTTTGTGAGTCTG	116905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111389	AAACTGCAGTTTTATGCAGCTTAAGTGTGATTTTTTTTTTTGTGAGTCTG	111438

C  BX470100.6	116904	CACTATGTCTTATTAATGTCAACGTGAATTGCTGTTTGTGAAGTGTTTTG	116855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111439	CACTATGTCTTATTAATGTCAACGTGAATTGCTGTTTGTGAAGTGTTTTG	111488

C  BX470100.6	116854	TAATGTCACGTGCGAAAGTGGATTTTCAGAAAATGATAAAACTTTATTAT	116805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111489	TAATGTCACGTGCGAAAGTGGATTTTCAGAAAATGATAAAACTTTATTAT	111538

C  BX470100.6	116804	CGTTAATTAAGTGGATTGTGAACTGGTATTTCTTTTTACTTCAGTTTTAG	116755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111539	CGTTAATTAAGTGGATTGTGAACTGGTATTTCTTTTTACTTCAGTTTTAG	111588

C  BX470100.6	116754	GGGCTTTTATACAAGACATTTTTTAATAAAATATACAATGGTATTGCTTT	116705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111589	GGGCTTTTATACAAGACATTTTTTAATAAAATATACAATGGTATTGCTTT	111638

C  BX470100.6	116704	TTTGGCTTTTCAAGCAAACGTTTGAACACTTTCACAAGTTTTAAAAACAA	116655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111639	TTTGGCTTTTCAAGCAAACGTTTGAACACTTTCACAAGTTTTAAAAACAA	111688

C  BX470100.6	116654	TAAAGTTATCAACGTTTTGCAAACTACACAACTATTCTTTTTATGTACAG	116605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111689	TAAAGTTATCAACGTTTTGCAAACTACACAACTATTCTTTTTATGTACAG	111738

C  BX470100.6	116604	TTAAAGTCAGAATTATTATAACACTTCTGAATTATTAGCTTCCCTGAATA	116555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111739	TTAAAGTCAGAATTATTATAACACTTCTGAATTATTAGCTTCCCTGAATA	111788

C  BX470100.6	116554	TTTTTTTCTAATATATAATTATGGTTTGTTCTGTAGACAATCGAAACAAA	116505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111789	TTTTTTTCTAATATATAATTATGGTTTGTTCTGTAGACAATCGAAACAAA	111838

C  BX470100.6	116504	TATTGCTTAAGGACACTAATAATATTGACCTTAAAATGGTTTAAAGGCCA	116455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111839	TATTGCTTAAGGACACTAATAATATTGACCTTAAAATGGTTTAAAGGCCA	111888

C  BX470100.6	116454	TCTATGATGAAAATCAACTCTTGTAAGCTGTTTGGACAGAACTATATGTA	116405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111889	TCTATGATGAAAATCAACTCTTGTAAGCTGTTTGGACAGAACTATATGTA	111938

C  BX470100.6	116404	GGTATAGTGTGTCGACAGTCATAATGGGTAGATATAAAGACATTAAGTCT	116355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111939	GGTATAGTGTGTCGACAGTCATAATGGGTAGATATAAAGACATTAAGTCT	111988

C  BX470100.6	116354	CTTTTTTAAAATTTACTGATGTTAAAATAGGATCTAAATCACTACCATTT	116305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	111989	CTTTTTTAAAATTTACTGATGTTAAAATAGGATCTAAATCACTACCATTT	112038

C  BX470100.6	116304	TGACGCCCACCACAACGTGATGTAGGACTGCAGTTTCCCGCCCACTGAGT	116255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112039	TGACGCCCACCACAACGTGATGTAGGACTGCAGTTTCCCGCCCACTGAGT	112088

C  BX470100.6	116254	TGATTGACAGCCACGTTTTAACATGTTTAAATAGTAACGCGTTTAATCAT	116205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112089	TGATTGACAGCCACGTTTTAACATGTTTAAATAGTAACGCGTTTAATCAT	112138

C  BX470100.6	116204	ATCAACAAGACAGGACATGCTCAAAGCAACCAGGATTATAAGATCTGTTC	116155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112139	ATCAACAAGACAGGACATGCTCAAAGCAACCAGGATTATAAGATCTGTTC	112188

C  BX470100.6	116154	AGCTCTCTGTGATCATCAGTTATCATCAAATGTGATCAAGAGTGAGTTTT	116105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112189	AGCTCTCTGTGATCATCAGTTATCATCAAATGTGATCAAGAGTGAGTTTT	112238

C  BX470100.6	116104	ACAAGTTTAAAACGCTTTTAAAACAGTGCATGTTTGTAATGAATTACACT	116055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112239	ACAAGTTTAAAACGCTTTTAAAACAGTGCATGTTTGTAATGAATTACACT	112288

C  BX470100.6	116054	TCAGCTTTACTTCATCACCTCAGTTGAGTGTCAGTAAAATTATAAAAGAC	116005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112289	TCAGCTTTACTTCATCACCTCAGTTGAGTGTCAGTAAAATTATAAAAGAC	112338

C  BX470100.6	116004	GATGCTTCAGTCCCGGTTTGTGGACGTTAAATCAGGTTTATTTTGTACAT	115955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112339	GATGCTTCAGTCCCGGTTTGTGGACGTTAAATCAGGTTTATTTTGTACAT	112388

C  BX470100.6	115954	TAACGCAACGGATATCCATACAGCAGTGGATATTAACGTATATCCTGTCA	115905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112389	TAACGCAACGGATATCCATACAGCAGTGGATATTAACGTATATCCTGTCA	112438

C  BX470100.6	115904	TATTTTTGCGCATAAACAGTGCAAAGGTAAACGCATACGCTGTGTGTGTG	115855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112439	TATTTTTGCGCATAAACAGTGCAAAGGTAAACGCATACGCTGTGTGTGTG	112488

C  BX470100.6	115854	CGTGAACTTTGTTCTGACATTGTGTGTGACTCATTGCAGAAAGGCTTGAA	115805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112489	CGTGAACTTTGTTCTGACATTGTGTGTGACTCATTGCAGAAAGGCTTGAA	112538

C  BX470100.6	115804	TTAACTCCACAACAAATACATCAAATAATCATTGGAAAAGTTCTCACTGT	115755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112539	TTAACTCCACAACAAATACATCAAATAATCATTGGAAAAGTTCTCACTGT	112588

C  BX470100.6	115754	AATATTTCTTACAAACATTACGTGAGATCTGTTTCCTTCATGTCTGTCAC	115705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112589	AATATTTCTTACAAACATTACGTGAGATCTGTTTCCTTCATGTCTGTCAC	112638

C  BX470100.6	115704	TGTGATGTTTATTTGATAGACATGTGGGAATGGTGGGCAGGGAGAACCAG	115655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112639	TGTGATGTTTATTTGATAGACATGTGGGAATGGTGGGCAGGGAGAACCAG	112688

C  BX470100.6	115654	CATTAAAGGCACAGGCTACAAAAACAGCTACATTGTGTTCAGTGCTAAAC	115605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112689	CATTAAAGGCACAGGCTACAAAAACAGCTACATTGTGTTCAGTGCTAAAC	112738

C  BX470100.6	115604	ATTGTAAGGTTTCGGAAAAAACAGGTGCCCCTTAAAAAAAATGTAACTGC	115555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112739	ATTGTAAGGTTTCGGAAAAAACAGGTGCCCCTTAAAAAAAATGTAACTGC	112788

C  BX470100.6	115554	TTTTATTCTAGCCAAAATAAAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAA	115505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112789	TTTTATTCTAGCCAAAATAAAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAA	112838

C  BX470100.6	115504	AATATTATAAGAAATAAGGAGAAAAAAGTCTTGATCTTTTAAACATCATT	115455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112839	AATATTATAAGAAATAAGGAGAAAAAAGTCTTGATCTTTTAAACATCATT	112888

C  BX470100.6	115454	TGGCAAACATTTGAAAAAGACAAAAAAAAAAAAAGACACAGGAGCACAGG	115405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112889	TGGCAAACATTTGAAAAAGACAAAAAAAAAAAAAGACACAGGAGCACAGG	112938

C  BX470100.6	115404	AGGCTAATAATTTTGACTTCAACTGTATAATGCCGGTTAAATCCACCAAC	115355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112939	AGGCTAATAATTTTGACTTCAACTGTATAATGCCGGTTAAATCCACCAAC	112988

C  BX470100.6	115354	AACAGTCTAAAAGTAGAAAATCAAGGATCTGGCAACACTGACATCAACAC	115305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936328.7	112989	AACAGTCTAAAAGTAGAAAATCAAGGATCTGGCAACACTGACATCAACAC	113038

Overview

Query
BX470100.6 - 117304 bps
Hit
BX936328.7 - 113038 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019302000115305117304-11110391130381
280.07892719928899558-1293432141
386.24771416230962449-1779379301
486.36821764317843353115415155901
592.66771096550065608115686157941
681.761022836443164713118306186011
788.371031729554995720129210293811
888.551622954321743511146351466471
985.531102391205112289-146413466471
1081.641023224337643697155442557571
1183.231734886523965726-164443649311
1280.91465084319043697-164457649641
1379.8211246673987863-164474649341
1487.82645014318143681-167972684711
1582.071414551192712381168009684711
1686.98791712089021060168291684591
1789.73941463534935494-173623737681
1881.751494621182812289198280987341
1984.872165184321243729-198284987921
2084.282004936522065712-198316988051
2188.95982001651616715198606987951
2283.06107244215002174311101071103421
Short-link