<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX649333.9	273859	AAGCTTGTGACCTAAGGCCACCACCCAGACTAAAACCCAGATCAAAGTGA	273810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	73718	AAGCTTGTGACCTAAGGCCACCACCCAGACTAAAACCCAGATCAAAGTGA	73767

C  BX649333.9	273809	ACTCAGAACTAAAATTCAGGGAAACCCCAGAGGACTCCAGGGAGCAGGCT	273760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	73768	ACTCAGAACTAAAATTCAGGGAAACCCCAGAGGACTCCAGGGAGCAGGCT	73817

C  BX649333.9	273759	GGGACCCAGACAAAATGGGTTAACCGCACAGCACAGACATTCCCATCTCT	273710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	73818	GGGACCCAGACAAAATGGGTTAACCGCACAGCACAGACATTCCCATCTCT	73867

C  BX649333.9	273709	GATACCTTTCTTTCTTTTCCTTCAGGAGTCTAGTAAAAATTAGTGCACCT	273660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	73868	GATACCTTTCTTTCTTTTCCTTCAGGAGTCTAGTAAAAATTAGTGCACCT	73917

C  BX649333.9	273659	CAAAACAAGTAGTCAACACTACTAGCCCTTTTGCTGCTTCAAAACTCAAA	273610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	73918	CAAAACAAGTAGTCAACACTACTAGCCCTTTTGCTGCTTCAAAACTCAAA	73967

C  BX649333.9	273609	CGACCGATTCCACCCCACACCAAGCCTCAAGAGGATAAAGAACTGACGAC	273560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	73968	CGACCGATTCCACCCCACACCAAGCCTCAAGAGGATAAAGAACTGACGAC	74017

C  BX649333.9	273559	CAGCTAGCCACGTGTGCAACAGAAGGAGTTCTGCACATCACAAAAGGAAC	273510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74018	CAGCTAGCCACGTGTGCAACAGAAGGAGTTCTGCACATCACAAAAGGAAC	74067

C  BX649333.9	273509	TCAAGTAACACTTCCAGACTACTACTGAACTGGTGTAAATTAAATGTAAC	273460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74068	TCAAGTAACACTTCCAGACTACTACTGAACTGGTGTAAATTAAATGTAAC	74117

C  BX649333.9	273459	CCTAAAGAGACCATAAAAGGGTTAAATTGATTATTTTTGGTTTGCTTGGT	273410
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74118	CCTAAAGAGACCATAAAAGGGTTAAATTGATTATTTTTGGTTTGCTTGGT	74167

C  BX649333.9	273409	TTGGTCTTACAAAATCAGAGTTTTTTCATCATTATCTCAAACTCTTATTT	273360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74168	TTGGTCTTACAAAATCAGAGTTTTTTCATCATTATCTCAAACTCTTATTT	74217

C  BX649333.9	273359	TACTATCTTTACTCTTCTCTACACTTGTATGAATGTGTGTTTGTGTTAGG	273310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74218	TACTATCTTTACTCTTCTCTACACTTGTATGAATGTGTGTTTGTGTTAGG	74267

C  BX649333.9	273309	TGTTAGTTTCTGTTAGATTAGTCATTAAAGTTAAATTTTGTATAAAGAAA	273260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74268	TGTTAGTTTCTGTTAGATTAGTCATTAAAGTTAAATTTTGTATAAAGAAA	74317

C  BX649333.9	273259	AGTGCCTGTGCATGTTTATGAATCTAATGTCTTAAAATTCGATCCTGCTA	273210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74318	AGTGCCTGTGCATGTTTATGAATCTAATGTCTTAAAATTCGATCCTGCTA	74367

C  BX649333.9	273209	CCCTGCTGAAACATACAGTAACTTTTTTTTTATAGAAATAGCCATATTTA	273160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74368	CCCTGCTGAAACATACAGTAACTTTTTTTTTATAGAAATAGCCATATTTA	74417

C  BX649333.9	273159	AGTCAAATGTCCGTTTGAATGATCGCTAGACAATTGTTCGAATATGAAGA	273110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74418	AGTCAAATGTCCGTTTGAATGATCGCTAGACAATTGTTCGAATATGAAGA	74467

C  BX649333.9	273109	GTTTATTATTTTAAAGACCCCTTTAAATGAATCTTTAAAAGTCCCTTTAA	273060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74468	GTTTATTATTTTAAAGACCCCTTTAAATGAATCTTTAAAAGTCCCTTTAA	74517

C  BX649333.9	273059	ATGCATCATAATACATATTTTGAACACACAGAAAGCAGTCTCTACGTTAA	273010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74518	ATGCATCATAATACATATTTTGAACACACAGAAAGCAGTCTCTACGTTAA	74567

C  BX649333.9	273009	CTGCAAACTCTTTTTACAGGTGCAATAGCACTGTGGTCCATTGTTTGCTT	272960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74568	CTGCAAACTCTTTTTACAGGTGCAATAGCACTGTGGTCCATTGTTTGCTT	74617

C  BX649333.9	272959	CACAGTAACAACATTTTCACTCTGGTTTCTAGTTCAGGCAGCAGCAGACA	272910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74618	CACAGTAACAACATTTTCACTCTGGTTTCTAGTTCAGGCAGCAGCAGACA	74667

C  BX649333.9	272909	AGCAGTCAAGCAGCACCTTCACTCCTTAACAATGGCTGCCACTTTCACAC	272860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74668	AGCAGTCAAGCAGCACCTTCACTCCTTAACAATGGCTGCCACTTTCACAC	74717

C  BX649333.9	272859	ATACTGGAAGCTTTTTGTGCGGTCAAGCACGATGCTCACGTCACTGTTAC	272810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74718	ATACTGGAAGCTTTTTGTGCGGTCAAGCACGATGCTCACGTCACTGTTAC	74767

C  BX649333.9	272809	AGAAAGCACAACATTATGTAGGTAAAAGGTCACGTTTTTATTTGATGAAA	272760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74768	AGAAAGCACAACATTATGTAGGTAAAAGGTCACGTTTTTATTTGATGAAA	74817

C  BX649333.9	272759	ATGAAATTAAACATAGCAAAAAGGCTGTGCTTGTGTCATTTATCATTTCA	272710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74818	ATGAAATTAAACATAGCAAAAAGGCTGTGCTTGTGTCATTTATCATTTCA	74867

C  BX649333.9	272709	TTAGAGCATGACTAGCATGATGTTAAAGTTCGACATTAAATTGCACACAG	272660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74868	TTAGAGCATGACTAGCATGATGTTAAAGTTCGACATTAAATTGCACACAG	74917

C  BX649333.9	272659	TATATTTGTTTTTTTACTTATAGGCTATTACACTAATGCTGAATCATTGT	272610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74918	TATATTTGTTTTTTTACTTATAGGCTATTACACTAATGCTGAATCATTGT	74967

C  BX649333.9	272609	ATCAAATTCTAATTATTGACAAAACTAGAAAACCAGCACTCTGGTATGAG	272560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	74968	ATCAAATTCTAATTATTGACAAAACTAGAAAACCAGCACTCTGGTATGAG	75017

C  BX649333.9	272559	CTCAGTGAAATGTTCTTGTATCGTATGAAATTTGGTTAAGATATTGGGTT	272510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75018	CTCAGTGAAATGTTCTTGTATCGTATGAAATTTGGTTAAGATATTGGGTT	75067

C  BX649333.9	272509	AAAGCCAATGCGCCTGTGAAAGCTTCTTTTGGGTGAACAAGCACTGCTTG	272460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75068	AAAGCCAATGCGCCTGTGAAAGCTTCTTTTGGGTGAACAAGCACTGCTTG	75117

C  BX649333.9	272459	CACTCTGCCTTCCCAGTGGTGGAGTGATAGTGTCTGTGAATATTAAACAG	272410
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75118	CACTCTGCCTTCCCAGTGGTGGAGTGATAGTGTCTGTGAATATTAAACAG	75167

C  BX649333.9	272409	CAAAAAGACTAATTGTCAGTAACTTGCTTGCCCTACACAGTGACCTTATT	272360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75168	CAAAAAGACTAATTGTCAGTAACTTGCTTGCCCTACACAGTGACCTTATT	75217

C  BX649333.9	272359	TAAGTGGCCTTACCGTTTGATTTTTTTTGTTCTTTTTGTGATGCAAAGTA	272310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75218	TAAGTGGCCTTACCGTTTGATTTTTTTTGTTCTTTTTGTGATGCAAAGTA	75267

C  BX649333.9	272309	ATTCATAAATAGCAAAGTTTACTGTTTAACGTACTGCCAGACTCATTTTG	272260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75268	ATTCATAAATAGCAAAGTTTACTGTTTAACGTACTGCCAGACTCATTTTG	75317

C  BX649333.9	272259	AATACTGAAGTTTATTGGGTAACACTTTACTTGAAGGGGTGACCATAATT	272210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75318	AATACTGAAGTTTATTGGGTAACACTTTACTTGAAGGGGTGACCATAATT	75367

C  BX649333.9	272209	CTCTCATGACACCTTTAAACCCATGACATAACACATCATGATTATGAATG	272160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75368	CTCTCATGACACCTTTAAACCCATGACATAACACATCATGATTATGAATG	75417

C  BX649333.9	272159	AGATTTATACATGCTTATGACAACTATCCTTAGCTCAGTTGTCATTTTAA	272110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75418	AGATTTATACATGCTTATGACAACTATCCTTAGCTCAGTTGTCATTTTAA	75467

C  BX649333.9	272109	ACTCAAATATGACATTGTTCTTAACATTACCAAGAAAACACCACTTGTCA	272060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75468	ACTCAAATATGACATTGTTCTTAACATTACCAAGAAAACACCACTTGTCA	75517

C  BX649333.9	272059	TAAACATAATTACTATGCCATTATAACTGTCAAGTCATGACAATTTAATC	272010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75518	TAAACATAATTACTATGCCATTATAACTGTCAAGTCATGACAATTTAATC	75567

C  BX649333.9	272009	CATGAATATTTCCCAGATCACTTTTTAGTGGAACAAAATTAATTTGTCAT	271960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75568	CATGAATATTTCCCAGATCACTTTTTAGTGGAACAAAATTAATTTGTCAT	75617

C  BX649333.9	271959	TAATGTTTCCATTAAAAGTGTCAATAGTCAAATAATTCTATTACAGCGTC	271910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75618	TAATGTTTCCATTAAAAGTGTCAATAGTCAAATAATTCTATTACAGCGTC	75667

C  BX649333.9	271909	GCTAATATTTGACGGCGTTGCAATGACAAATTTAAGTTGTACCACTGTAG	271860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927355.6	75668	GCTAATATTTGACGGCGTTGCAATGACAAATTTAAGTTGTACCACTGTAG	75717

Overview

Query
BX649333.9 - 273859 bps
Hit
BX927355.6 - 75717 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019412000271860273859-173718757171
283.6677207109700109906111280114811
381.4476200141993142192113573137661
487.0990154170016170169119502196561
587.97841334386543997119517196491
684.84651304440244531-157610577411
780.3281237262148262384-157624578721
883.97631291801518143-157647577771
9100496762966362-157913579791
1098.15501087465974766158679587861
1199.08541093538535493158680587881
1299.1658119259761259879158680587981
1399.11551129444794558158705588161
1498.29581174514945265158710588261
1598.26531156132761441-158710588241
1696.52511156375063864-158712588261
1792.655268116411116478-161538616051
1885.7278187230566230752163625638271
1984.6596210231458231667163936641501
2083.865301203231665232867164692658931
2188.95244424225498225921167125675401
Short-link