<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX088714.18	165149	AAGCCACAAAAATTAGTGGGTCCATTAAATAGCATAGCTTATTTTCGGTG	165198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1	AAGCCACAAAAATTAGTGGGTCCATTAAATAGCATAGCTTATTTTCGGTG	50

BX088714.18	165199	GCGTCTATCTCTAATATCAACATTTACATGCTCATTGTTTCACATTCCTG	165248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	51	GCGTCTATCTCTAATATCAACATTTACATGCTCATTGTTTCACATTCCTG	100

BX088714.18	165249	CTTTGTGATTGGCTCTTTGATTTATATACAGTAGAGTAAAAAAGTTCAGA	165298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	101	CTTTGTGATTGGCTCTTTGATTTATATACAGTAGAGTAAAAAAGTTCAGA	150

BX088714.18	165299	GCTTATAATTGGTGTTGACGTAAATTTTATCGCGATTCAATATAATATCG	165348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	151	GCTTATAATTGGTGTTGACGTAAATTTTATCGCGATTCAATATAATATCG	200

BX088714.18	165349	TTAATCAGCGCAGCCCTAGATGGAGTGTATATTAAAGTTATCTAGTAACA	165398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	201	TTAATCAGCGCAGCCCTAGATGGAGTGTATATTAAAGTTATCTAGTAACA	250

BX088714.18	165399	GCAAGTTGTTGCTCTGAGAAGTTTACATGGCATGGACATCAACCCTCCCT	165448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	251	GCAAGTTGTTGCTCTGAGAAGTTTACATGGCATGGACATCAACCCTCCCT	300

BX088714.18	165449	CTCCACATGCTTTTACAGTATTAAAGACTCCTGGAATGCTAAGCTGGTTT	165498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	301	CTCCACATGCTTTTACAGTATTAAAGACTCCTGGAATGCTAAGCTGGTTT	350

BX088714.18	165499	GATTCTTTATTAGTTCCATAAGGCGAGATTTTTGTAGAATTCCTTTGGAA	165548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	351	GATTCTTTATTAGTTCCATAAGGCGAGATTTTTGTAGAATTCCTTTGGAA	400

BX088714.18	165549	AACAGCCCATTGTGACAAAAGCAAGCACACACACACACACACACATACAC	165598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	401	AACAGCCCATTGTGACAAAAGCAAGCACACACACACACACACACATACAC	450

BX088714.18	165599	ACACAGACACAAGGTTGAAAACAATAAAAACTAGCCCAACGGAGCTTCAT	165648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	451	ACACAGACACAAGGTTGAAAACAATAAAAACTAGCCCAACGGAGCTTCAT	500

BX088714.18	165649	TTCGGCCTGGCTGAGAGGCTTCTGAAATGATCAATCAAAGAGGTGAAGGC	165698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	501	TTCGGCCTGGCTGAGAGGCTTCTGAAATGATCAATCAAAGAGGTGAAGGC	550

BX088714.18	165699	AGATGATGCGACAAAACAAAATCCGCAAGCACATGTTTGCTCGTGTGTGT	165748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	551	AGATGATGCGACAAAACAAAATCCGCAAGCACATGTTTGCTCGTGTGTGT	600

BX088714.18	165749	GTGTGTGTTTAAGTGTGTGTTTAAGTGTGTGTAAGGTGAACGGGTCCACA	165798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	601	GTGTGTGTTTAAGTGTGTGTTTAAGTGTGTGTAAGGTGAACGGGTCCACA	650

BX088714.18	165799	TCTCAGAGTCTCCGCAAATTAAAACTTGCTCAAGCAAGAGGGGTCTGCTT	165848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	651	TCTCAGAGTCTCCGCAAATTAAAACTTGCTCAAGCAAGAGGGGTCTGCTT	700

BX088714.18	165849	GGCTTGACGTGGCTTGGCTTGGCTAGTCTGACCCCCCACCTTAAAACACA	165898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	701	GGCTTGACGTGGCTTGGCTTGGCTAGTCTGACCCCCCACCTTAAAACACA	750

BX088714.18	165899	CCCACTCTTCTTCTGCATTTATGCCTCCATCCAACTGTGAGTAGAGGGTG	165948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	751	CCCACTCTTCTTCTGCATTTATGCCTCCATCCAACTGTGAGTAGAGGGTG	800

BX088714.18	165949	GGGCGAAAAAGAGGGACATGCACGTGTGCCCTACAAAGGGGGCATGTGTT	165998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	801	GGGCGAAAAAGAGGGACATGCACGTGTGCCCTACAAAGGGGGCATGTGTT	850

BX088714.18	165999	TAGGGCCAGGGCTCCACTTAAGATGGCCACAACAAAAAGAACAGCTACGC	166048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	851	TAGGGCCAGGGCTCCACTTAAGATGGCCACAACAAAAAGAACAGCTACGC	900

BX088714.18	166049	TTTGCCCCCTGCACAGCACCACCCTGTGCCAGCGCTCGGTTTCGTTTATG	166098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	901	TTTGCCCCCTGCACAGCACCACCCTGTGCCAGCGCTCGGTTTCGTTTATG	950

BX088714.18	166099	TGGTCTGCGAAAATACACATTATTATAGTCAAATGAGAGACTCTTTTTTT	166148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	951	TGGTCTGCGAAAATACACATTATTATAGTCAAATGAGAGACTCTTTTTTT	1000

BX088714.18	166149	TAGCTGCATGTTTAGCCAGAAAAAAAGGAGCTTTAATCAACAAACATGAC	166198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1001	TAGCTGCATGTTTAGCCAGAAAAAAAGGAGCTTTAATCAACAAACATGAC	1050

BX088714.18	166199	CAAACGTTATGCTCATACTCATCCATCACCATCTTCGTCTAATCCAAGCT	166248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1051	CAAACGTTATGCTCATACTCATCCATCACCATCTTCGTCTAATCCAAGCT	1100

BX088714.18	166249	CTTTTGAGGCAGTTCTTTTAAAGTCGTTGGACATAATTGTTCGTTTGGCT	166298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1101	CTTTTGAGGCAGTTCTTTTAAAGTCGTTGGACATAATTGTTCGTTTGGCT	1150

BX088714.18	166299	GTCAGAAAGCGAAGGAATGCTGGAAGGACGTGAGTGTGGTGTAGGGGCGA	166348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1151	GTCAGAAAGCGAAGGAATGCTGGAAGGACGTGAGTGTGGTGTAGGGGCGA	1200

BX088714.18	166349	CACTGGCCCAGCGTGAGGGAGGAGCTGAGAGAGTTAGTTTGATTATGGCA	166398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1201	CACTGGCCCAGCGTGAGGGAGGAGCTGAGAGAGTTAGTTTGATTATGGCA	1250

BX088714.18	166399	GTCACTCTATTTATACTCGCTCCTCCCTCATACGTCCAAACAGCATCTAT	166448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1251	GTCACTCTATTTATACTCGCTCCTCCCTCATACGTCCAAACAGCATCTAT	1300

BX088714.18	166449	TGAATCCAGATGTGAGAGGGCCGACAGAATGAGGGCTGCTGTTGCCCTTC	166498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1301	TGAATCCAGATGTGAGAGGGCCGACAGAATGAGGGCTGCTGTTGCCCTTC	1350

BX088714.18	166499	AGACTCGTACGCTGGAGTTCGCTTTCGCACGTGGGAACGTGCACACAGGC	166548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1351	AGACTCGTACGCTGGAGTTCGCTTTCGCACGTGGGAACGTGCACACAGGC	1400

BX088714.18	166549	CAGATGTGTTGCCCTGTTTGCTCTGAATAAACACATCATGTGTCTGTAAT	166598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1401	CAGATGTGTTGCCCTGTTTGCTCTGAATAAACACATCATGTGTCTGTAAT	1450

BX088714.18	166599	TATGCAATTAAAACAAAAATAAACAATTGTTAAAAAAACATATCTTTGTG	166648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1451	TATGCAATTAAAACAAAAATAAACAATTGTTAAAAAAACATATCTTTGTG	1500

BX088714.18	166649	TTTGTGTGTGTGTCTTCATGCACACTATGTTCAAAAGTGGCGACAGTACT	166698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1501	TTTGTGTGTGTGTCTTCATGCACACTATGTTCAAAAGTGGCGACAGTACT	1550

BX088714.18	166699	GGAAACACTGAAAAAGCAAATACATGTTTCTTTGAGCTCTAGATCAGCAC	166748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1551	GGAAACACTGAAAAAGCAAATACATGTTTCTTTGAGCTCTAGATCAGCAC	1600

BX088714.18	166749	ATTAGAAAAACTACTGAAGAACCATCTGACAAGTTTTAATGCTGGAGGAA	166798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1601	ATTAGAAAAACTACTGAAGAACCATCTGACAAGTTTTAATGCTGGAGGAA	1650

BX088714.18	166799	AAACGAAAATAGAATATACATACATATTTAGGGCTGGGTGATTTGGCCTA	166848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1651	AAACGAAAATAGAATATACATACATATTTAGGGCTGGGTGATTTGGCCTA	1700

BX088714.18	166849	AAATCTAAATCTCAATTAATTGAACATTTTACCATGATTATGATTATTGA	166898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1701	AAATCTAAATCTCAATTAATTGAACATTTTACCATGATTATGATTATTGA	1750

BX088714.18	166899	CTGATTATTTAATTTAATTTTATTTATTTTTTTGCCCTCAAAGTTCACTA	166948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1751	CTGATTATTTAATTTAATTTTATTTATTTTTTTGCCCTCAAAGTTCACTA	1800

BX088714.18	166949	ACAGGTTTTGTAAAAAAGTGAGAGATTTTGGAAAGAAGGAATTTAAAACT	166998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1801	ACAGGTTTTGTAAAAAAGTGAGAGATTTTGGAAAGAAGGAATTTAAAACT	1850

BX088714.18	166999	AATTGAAGGGAAAACACACTAGCTATTATCTATAGTTATTTATTGAACAT	167048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1851	AATTGAAGGGAAAACACACTAGCTATTATCTATAGTTATTTATTGAACAT	1900

BX088714.18	167049	CAATGCCAAACAACTGAAATTAAAACACACATTGCCAAAAATGGGCTCCC	167098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1901	CAATGCCAAACAACTGAAATTAAAACACACATTGCCAAAAATGGGCTCCC	1950

BX088714.18	167099	CGCACCACCCACACTCATCACCACTACCTAACTGACCAATCCCAAAGCTT	167148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927295.6	1951	CGCACCACCCACACTCATCACCACTACCTAACTGACCAATCCCAAAGCTT	2000

Overview

Query
BX088714.18 - 167148 bps
Hit
BX927295.6 - 71075 bps
Total alignments
15
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197520001651491671481120001
210030501144471144961288229311
31003266117613117678-1288529501
410036671176231176891288529511
510030541296461296991289829511
686.891562673204832314140889411551
784.471232698598186249158245585081
81003777117612117688160993610691
91003777117612117688-160998610741
1084.91473207429874617-163393637101
1194.4441547423374286-166817668701
1297.7840916251462604-166872669611
131003777117612117688-166881669571
141004178117612117689166882669591
151003054129646129699166906669591
Short-link