<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR926887.9	1	TTATTATAGTGGAATCTGATCTTTACTTCTACCAACTAAATGTCCTGCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	153520	TTATTATAGTGGAATCTGATCTTTACTTCTACCAACTAAATGTCCTGCAG	153569

CR926887.9	51	TTTCAGAAAAAGCTTTTCAAATGAATCCCGAACTGTGTTTTGAACAAATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	153570	TTTCAGAAAAAGCTTTTCAAATGAATCCCGAACTGTGTTTTGAACAAATT	153619

CR926887.9	101	CACTGAACCAAATTGAGTGAATCTGATTAAATTAAACGAGTCAATAAGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	153620	CACTGAACCAAATTGAGTGAATCTGATTAAATTAAACGAGTCAATAAGCT	153669

CR926887.9	151	TCTGGCAGGCTGCTGCGGCTAAGAAAGGTCTAAGCTTGGCTCACTCGTCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	153670	TCTGGCAGGCTGCTGCGGCTAAGAAAGGTCTAAGCTTGGCTCACTCGTCT	153719

CR926887.9	201	TATTTTAATGTGGAATATTTTGTAATGTTTTGTATCGACCAGCACCTGCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	153720	TATTTTAATGTGGAATATTTTGTAATGTTTTGTATCGACCAGCACCTGCA	153769

CR926887.9	251	TGAGCTGCAGTGAAAGGAGGATGCTGGGATTCAGTGATAAAAGTTTAGGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	153770	TGAGCTGCAGTGAAAGGAGGATGCTGGGATTCAGTGATAAAAGTTTAGGT	153819

CR926887.9	301	CAATAAAGGAAGGTTGCCCCTTTCTCTGTTTGATGGAAAGCTCATTTTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	153820	CAATAAAGGAAGGTTGCCCCTTTCTCTGTTTGATGGAAAGCTCATTTTGT	153869

CR926887.9	351	TCAACACCGCTTGTATCCTTTTCCTGAATTGAAATGACTTCACCATCACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	153870	TCAACACCGCTTGTATCCTTTTCCTGAATTGAAATGACTTCACCATCACT	153919

CR926887.9	401	CCATTCTTGTTTTTGTGTGGACTTTCTTTTCCATCTTCCTGCAGTCTCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	153920	CCATTCTTGTTTTTGTGTGGACTTTCTTTTCCATCTTCCTGCAGTCTCTC	153969

CR926887.9	451	CTTCCTGTCCCTTCAGCTGTCAGCGAGTGTGTGGTGTCGCTTTCAGTGTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	153970	CTTCCTGTCCCTTCAGCTGTCAGCGAGTGTGTGGTGTCGCTTTCAGTGTT	154019

CR926887.9	501	TGGGAAGTGTCAGAGGACCGCAGGGTCATCGGTTCAAACCACACATTTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154020	TGGGAAGTGTCAGAGGACCGCAGGGTCATCGGTTCAAACCACACATTTTC	154069

CR926887.9	551	ACAAAGCGTTGAAGTCTTTCTGGCTCTCGATGCTATAACAGACTTTACAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154070	ACAAAGCGTTGAAGTCTTTCTGGCTCTCGATGCTATAACAGACTTTACAA	154119

CR926887.9	601	CAAATTTATTCAATGTTGTGAAATGACAAACATACAAGCTCAAACAAGTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154120	CAAATTTATTCAATGTTGTGAAATGACAAACATACAAGCTCAAACAAGTT	154169

CR926887.9	651	ATGAGAAGTACTCAAGAGAAGAAAAAAAAAACGTGACCAATTTCAGCAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154170	ATGAGAAGTACTCAAGAGAAGAAAAAAAAAACGTGACCAATTTCAGCAGT	154219

CR926887.9	701	CAATCACAAGCTCTTAAATGACTTTCTAAAGTGATTTTCAGGTAACATTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154220	CAATCACAAGCTCTTAAATGACTTTCTAAAGTGATTTTCAGGTAACATTG	154269

CR926887.9	751	AGGCTGTTCGTCTGTCATGAACACTTCAGGTGCTAATGTGTGCAGGTTTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154270	AGGCTGTTCGTCTGTCATGAACACTTCAGGTGCTAATGTGTGCAGGTTTG	154319

CR926887.9	801	ACTTGAATAATTTTTGTTGATATTGTTTGTGTGTCTGTCATGTCAGGGCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154320	ACTTGAATAATTTTTGTTGATATTGTTTGTGTGTCTGTCATGTCAGGGCA	154369

CR926887.9	851	CTCCAGTGTTTGTGCATGCAGGGCCTTTCGCTAACATCGCCCATGGGAAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154370	CTCCAGTGTTTGTGCATGCAGGGCCTTTCGCTAACATCGCCCATGGGAAC	154419

CR926887.9	901	TCCTCTGTCTTGGCAGATAAGCTGGCTCTTAAACTAGTTGGAGAAGAGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154420	TCCTCTGTCTTGGCAGATAAGCTGGCTCTTAAACTAGTTGGAGAAGAGGG	154469

CR926887.9	951	CTATGTTGGTAAGTACACACACACAAAGACACACTTGTACAGCTATCTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154470	CTATGTTGGTAAGTACACACACACAAAGACACACTTGTACAGCTATCTTT	154519

CR926887.9	1001	ATGGGGACTTTCCATAGACGTAATGATTTAACTGTATATTCTATCCCCCG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154520	ATGGGGACTTTCCATAGACGTAATGATTTAACTGTATATTCTATCCCCCG	154569

CR926887.9	1051	ACCTCAACCCAACCATCAGAAGAAACAATCTGCATTTTTACATTTTCAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154570	ACCTCAACCCAACCATCAGAAGAAACAATCTGCATTTTTACATTTTCAAA	154619

CR926887.9	1101	GTACTTTATTTTGAATGATTTGTGAGCCGTTTTACTCATATGGACCAAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154620	GTACTTTATTTTGAATGATTTGTGAGCCGTTTTACTCATATGGACCAAGA	154669

CR926887.9	1151	AAATGCCCCCACAAGTCAATTAACTGGTATTGCTATACTTATGGGGACAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154670	AAATGCCCCCACAAGTCAATTAACTGGTATTGCTATACTTATGGGGACAT	154719

CR926887.9	1201	TTGGTCACCTCAACATGAGGAATACAGGAAATACACACATTCAGTCACAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154720	TTGGTCACCTCAACATGAGGAATACAGGAAATACACACATTCAGTCACAC	154769

CR926887.9	1251	ACCGCTGCAACTGCTTTTTATAGTTTGACAAGAGACAAAGCCTATATTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154770	ACCGCTGCAACTGCTTTTTATAGTTTGACAAGAGACAAAGCCTATATTGT	154819

CR926887.9	1301	TGCAACTTAACCCTTGTATGCCTTTATGGACATTTTAGTTTTGCTCTATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154820	TGCAACTTAACCCTTGTATGCCTTTATGGACATTTTAGTTTTGCTCTATT	154869

CR926887.9	1351	CAGTGTAAATGTTCCTAAAATGTGTTGTTATTTATATTTTAAGGTTTCAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154870	CAGTGTAAATGTTCCTAAAATGTGTTGTTATTTATATTTTAAGGTTTCAC	154919

CR926887.9	1401	CTTTCCACACATTCACCACCACTTCACTCATGTCCATTTGTAAAAAACAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154920	CTTTCCACACATTCACCACCACTTCACTCATGTCCATTTGTAAAAAACAA	154969

CR926887.9	1451	AGTGTCCCCATGAAACCCATTGTACATTTTTGCCATTCATTTGTTGGCAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	154970	AGTGTCCCCATGAAACCCATTGTACATTTTTGCCATTCATTTGTTGGCAT	155019

CR926887.9	1501	AGCTTCAAATTGTCACTACTTTTGTTATATTTTGGCACTATTTCTTTCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	155020	AGCTTCAAATTGTCACTACTTTTGTTATATTTTGGCACTATTTCTTTCAG	155069

CR926887.9	1551	ATTTGACTGATGTACTATTTTCTTTCTTATTTTTGAGCACTTCAGTACAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	155070	ATTTGACTGATGTACTATTTTCTTTCTTATTTTTGAGCACTTCAGTACAG	155119

CR926887.9	1601	TCGAAAAAAAAATTATAAAACTGAAATGATTTGGGTGCATCAGTATGGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	155120	TCGAAAAAAAAATTATAAAACTGAAATGATTTGGGTGCATCAGTATGGAA	155169

CR926887.9	1651	AGTTTTTGTATGTATATTTAGAGAAATTTGGGGATGTCACTGTGGCGCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	155170	AGTTTTTGTATGTATATTTAGAGAAATTTGGGGATGTCACTGTGGCGCAT	155219

CR926887.9	1701	GATAGCCTTACAGCAAGAAGGTCGCTGATTCGACCCCTGCTGGGTCAGTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	155220	GATAGCCTTACAGCAAGAAGGTCGCTGATTCGACCCCTGCTGGGTCAGTT	155269

CR926887.9	1751	GGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGTGTCCGGGCGCCCCGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	155270	GGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGTGTCCGGGCGCCCCGG	155319

CR926887.9	1801	TTTTCCCCACAGTCCAAATACATGCGCTATAGGTGAATTAAATAAGCTAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	155320	TTTTCCCCACAGTCCAAATACATGCGCTATAGGTGAATTAAATAAGCTAA	155369

CR926887.9	1851	ATTGGCCGTAGTGCATGTGTGTGAAAGAGTGTGTATGGATGTTTCCCAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	155370	ATTGGCCGTAGTGCATGTGTGTGAAAGAGTGTGTATGGATGTTTCCCAAT	155419

CR926887.9	1901	GTTGGGTTGCAATTGAAAGGGCATCCACTGCGTAAAAAATATGCTGGATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	155420	GTTGGGTTGCAATTGAAAGGGCATCCACTGCGTAAAAAATATGCTGGATA	155469

CR926887.9	1951	AGTAGGCGGATCATTTTGCTAAGCCAAAAAGAAAATGAATGAATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927255.9	155470	AGTAGGCGGATCATTTTGCTAAGCCAAAAAGAAAATGAATGAATGAATTC	155519

Overview

Query
CR926887.9 - 184926 bps
Hit
BX927255.9 - 155519 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196420001200011535201555191
293.836581164895164975-114980150601
386.5777134110007110140-116274164071
495.315564173265173328117113171761
594.8346116131306131421123648237631
697.1547104131320131423-123659237631
792.96561409232392462123679238201
884.681052474742447670131675319221
987.6968131180368180498-134444345731
1090.8373109180104180212-134654347621
118054213156943157155-135408356321
129949100111002111101141246413451
1383.151393763205832433-150951513181
1488.8960909982699915-157032571211
1585.39169309109843110151-157035573421
1687.6713221691439358-157038572561
1787.9110193173242173434157177573661
1897.469773420434280158155582311
1994.891141363420234337176219763551
2088.755179118561118639-196304963831
Short-link