<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX321879.14	1	GAATTCATTATAAAATTCTACACAAAATATACTCGGCCAGTGCGTTTACC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79374	GAATTCATTATAAAATTCTACACAAAATATACTCGGCCAGTGCGTTTACC	79423

BX321879.14	51	TCAAAATTTACTGATGTTGCAGATACTTGTTCTTTCTGTCAGGAAAGTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79424	TCAAAATTTACTGATGTTGCAGATACTTGTTCTTTCTGTCAGGAAAGTGA	79473

BX321879.14	101	AAAAACTTTGACTCGCATGTTTTTGTACAAGTAAAATCTCACAAAATTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79474	AAAAACTTTGACTCGCATGTTTTTGTACAAGTAAAATCTCACAAAATTTT	79523

BX321879.14	151	TGGTCGAATTTACACAATAATTTGAATAAATCACAATCCAAACTAAACTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79524	TGGTCGAATTTACACAATAATTTGAATAAATCACAATCCAAACTAAACTT	79573

BX321879.14	201	TTGCACTTTTAGGTGAGTTAGGATTATCAAATTTGTTTCTGTTATGCTTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79574	TTGCACTTTTAGGTGAGTTAGGATTATCAAATTTGTTTCTGTTATGCTTA	79623

BX321879.14	251	ATAGCAGAATAATGAGAGAGATTTTTTTTGAGAAATTGTTATAACTTTTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79624	ATAGCAGAATAATGAGAGAGATTTTTTTTGAGAAATTGTTATAACTTTTC	79673

BX321879.14	301	TTGAAAGTTGTTTGCAAAGTGCAGATGGTCTGTGCAGGCAGTGAAAGTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79674	TTGAAAGTTGTTTGCAAAGTGCAGATGGTCTGTGCAGGCAGTGAAAGTGT	79723

BX321879.14	351	CATGTCATAGTAAAGCAGACAGTCCAGACAGACCTGCACTGTATCACTGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79724	CATGTCATAGTAAAGCAGACAGTCCAGACAGACCTGCACTGTATCACTGC	79773

BX321879.14	401	AACACTCAGTGCAGGCCTTACAAGTGGGGCCCTGTGGCCTAATTCACAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79774	AACACTCAGTGCAGGCCTTACAAGTGGGGCCCTGTGGCCTAATTCACAGA	79823

BX321879.14	451	AGAACTGCACTTTTTCTTTCTTGCTGTATTTCTGTGTGTCTTTCTCATCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79824	AGAACTGCACTTTTTCTTTCTTGCTGTATTTCTGTGTGTCTTTCTCATCT	79873

BX321879.14	501	ACTGTCTTTCTTCCCTAGAAGGATGTGGCTGCGGTGAACGCGGAGAGTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79874	ACTGTCTTTCTTCCCTAGAAGGATGTGGCTGCGGTGAACGCGGAGAGTTT	79923

BX321879.14	551	GAGCACTAATGATGTTTTATGGTGTCCGATTCCCTTTTTCTGGTGAGTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79924	GAGCACTAATGATGTTTTATGGTGTCCGATTCCCTTTTTCTGGTGAGTTC	79973

BX321879.14	601	CTGTTTACACTCTCACAGCTGGATAATGTCCAGGCACACTTGTGTGTATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	79974	CTGTTTACACTCTCACAGCTGGATAATGTCCAGGCACACTTGTGTGTATG	80023

BX321879.14	651	TGTGACTATGAGCTCATTTGTTGTTCTCTTAAGGCCAATAAGGCAGATTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80024	TGTGACTATGAGCTCATTTGTTGTTCTCTTAAGGCCAATAAGGCAGATTA	80073

BX321879.14	701	TGTAAGATATTTAACCCTGTTCCCCTGAGAAGACAGAGGTGTTGAGATAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80074	TGTAAGATATTTAACCCTGTTCCCCTGAGAAGACAGAGGTGTTGAGATAA	80123

BX321879.14	751	GTAATAACACTCAGAGTTATATAGTCAGACAGTGATATGTAGTCACAGTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80124	GTAATAACACTCAGAGTTATATAGTCAGACAGTGATATGTAGTCACAGTG	80173

BX321879.14	801	CAAATACACACATAAATACACATACACAGAATATTTATCAAGCATATACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80174	CAAATACACACATAAATACACATACACAGAATATTTATCAAGCATATACT	80223

BX321879.14	851	TTGCTAACTTGTTTTTATTTATTTTTTGCATTTACTTATTGTATACAAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80224	TTGCTAACTTGTTTTTATTTATTTTTTGCATTTACTTATTGTATACAAAT	80273

BX321879.14	901	GTGTTAGACTTTTCTTAAGGAATTTTATTCCAAGTATCTGTAATTCAGCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80274	GTGTTAGACTTTTCTTAAGGAATTTTATTCCAAGTATCTGTAATTCAGCT	80323

BX321879.14	951	ACGTTTTATATATGAAGAGCTCAGATGCAAATCTCTAAGTGCCATATAGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80324	ACGTTTTATATATGAAGAGCTCAGATGCAAATCTCTAAGTGCCATATAGA	80373

BX321879.14	1001	CTTTTCCTCTACAATGAGCATTTTTCTCTGCCTCTTGTTTTTGTTCAGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80374	CTTTTCCTCTACAATGAGCATTTTTCTCTGCCTCTTGTTTTTGTTCAGTT	80423

BX321879.14	1051	ATTTCATGTTGAAATCGCTGAAAATAACCTATTCTTTGCTATAAAAGTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80424	ATTTCATGTTGAAATCGCTGAAAATAACCTATTCTTTGCTATAAAAGTGA	80473

BX321879.14	1101	AATTACTAAACCAAGACAAATAGGAGCCTGAGAAAAACGCCAATTTTAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80474	AATTACTAAACCAAGACAAATAGGAGCCTGAGAAAAACGCCAATTTTAGA	80523

BX321879.14	1151	AGAAAATTTTAGATGGCACTTAGAGTTTTTGCATCTGAACTCTTCATATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80524	AGAAAATTTTAGATGGCACTTAGAGTTTTTGCATCTGAACTCTTCATATT	80573

BX321879.14	1201	TATATCCAAACGTAAGGATTCAAACATAATGAATCCAAACATGAATATCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80574	TATATCCAAACGTAAGGATTCAAACATAATGAATCCAAACATGAATATCA	80623

BX321879.14	1251	AATTTGCATATGATTTAAATGTTTGATTTGCATACATTGTCAATTATAAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80624	AATTTGCATATGATTTAAATGTTTGATTTGCATACATTGTCAATTATAAG	80673

BX321879.14	1301	TTTTTTTAGATGGGTAAAAAAAGATAAAGATATTTAGTGACACATTAAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80674	TTTTTTTAGATGGGTAAAAAAAGATAAAGATATTTAGTGACACATTAAAC	80723

BX321879.14	1351	ACGATCAATGCATTGAGTGACATATGATTATGGCATACAAAAGTGTGTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80724	ACGATCAATGCATTGAGTGACATATGATTATGGCATACAAAAGTGTGTAA	80773

BX321879.14	1401	ATGATAGAATATATTTGATGTGAGTTATTAACTTTTGTCAGCTGTTTTAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80774	ATGATAGAATATATTTGATGTGAGTTATTAACTTTTGTCAGCTGTTTTAC	80823

BX321879.14	1451	TGATTCATGCTGATTTGATTAGCTACAGCGACCTCTAGTGGTGAAATATC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80824	TGATTCATGCTGATTTGATTAGCTACAGCGACCTCTAGTGGTGAAATATC	80873

BX321879.14	1501	GCTAATTTTCTCTCTATAGCATGTCTCAATGTCAGTTTGAAGATAACTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80874	GCTAATTTTCTCTCTATAGCATGTCTCAATGTCAGTTTGAAGATAACTTC	80923

BX321879.14	1551	TTGCCATGTTTTGTGCTTTTGGCAGTGCAACCGCTAGTCTGTTAAGAGAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80924	TTGCCATGTTTTGTGCTTTTGGCAGTGCAACCGCTAGTCTGTTAAGAGAG	80973

BX321879.14	1601	AGTAAAAGCCTTAGAGAGGGAGTGTTTATCATGCCAGAGTCTGCATTCCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	80974	AGTAAAAGCCTTAGAGAGGGAGTGTTTATCATGCCAGAGTCTGCATTCCT	81023

BX321879.14	1651	GTCGTTTGCCGTATGGTCTCTGAATATGTGCAGATTTGCAGCTGGTTGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	81024	GTCGTTTGCCGTATGGTCTCTGAATATGTGCAGATTTGCAGCTGGTTGTA	81073

BX321879.14	1701	CAGGATGTTGCTTGGCTGGATGCTATGGTTTATGATGCCAATGGAAGGAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	81074	CAGGATGTTGCTTGGCTGGATGCTATGGTTTATGATGCCAATGGAAGGAG	81123

BX321879.14	1751	ACAGGGGGCGAACTACTGAAACATAATCTGTCATTCTTTTGCACAATGAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	81124	ACAGGGGGCGAACTACTGAAACATAATCTGTCATTCTTTTGCACAATGAG	81173

BX321879.14	1801	ACAACCTCTTAAGAATCTGTGTAGGCTTTGTGTGTATCAAGAAGCATATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	81174	ACAACCTCTTAAGAATCTGTGTAGGCTTTGTGTGTATCAAGAAGCATATA	81223

BX321879.14	1851	AAAATATGCATTTTTCACTTGTGAGTTTTCATTTATCATGATCTACAAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	81224	AAAATATGCATTTTTCACTTGTGAGTTTTCATTTATCATGATCTACAAAC	81273

BX321879.14	1901	CTTGTTGAAGTTGTTTGCAGCTTTACATTTGAGATGTAACTGTCTTTAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	81274	CTTGTTGAAGTTGTTTGCAGCTTTACATTTGAGATGTAACTGTCTTTAAT	81323

BX321879.14	1951	GAGAAAGGTGGACATAAATGCTGAGCTGTGAAAATCTTCGCTCTCTAATA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927248.6	81324	GAGAAAGGTGGACATAAATGCTGAGCTGTGAAAATCTTCGCTCTCTAATA	81373

Overview

Query
BX321879.14 - 162923 bps
Hit
BX927248.6 - 81373 bps
Total alignments
39
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001930200012000179374813731
281.2141141149505149645-114400145481
310039824186241943-118939190201
410038804207242151-118942190211
596.8843968788587980121212213071
696.4332849759997682-121219213021
7100357297349805121219212901
810033678031780383121219212851
91004389159267159355121219213071
101004388159276159363-121220213071
1110033686305463121121220212871
1298.7235789759897675121220212971
1398.8538888789287979-121221213071
141004388154420154507-121221213081
151004388154434154521121221213081
1610037779910199177121222212981
171003265148097148161121222212861
1810037779910199177-121231213071
19100347097369805-121237213061
2010033676305563121-121240213061
2110032658031980383-121242213061
2210032669866698731-121242213071
2310033689866698733121242213091
2485.17122261140401140661127637278991
2596.14197231119243119473132480327121
2682.4601398742887566-132869330101
2786.9801474195342099-136828369721
2890.3250911535915449157896579881
2989.6547862542625511157896579821
3086.447135149130149264157905580511
3195.71337097379806-166008660771
3294.5934748791387986-166008660811
3395.7133709760097669-166008660771
3496.833263148100148162-166008660701
3598.313159101348101406166009660671
3683.5758153149033149185166341664861
3788.371122182506025277-171291715051
3885.16922099477194979-171298715061
3987.23112230121783122012-171308715341
Short-link