<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR854950.9	1	GAGATATTATGCTGAAGCAGCTGATATTCATTTACAATGACGAAGGGCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	261616	GAGATATTATGCTGAAGCAGCTGATATTCATTTACAATGACGAAGGGCAA	261665

CR854950.9	51	AGGGTTGCTAAATAACTACTGAGAAATTTCAGCTGCTGTCTGGTCTTGTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	261666	AGGGTTGCTAAATAACTACTGAGAAATTTCAGCTGCTGTCTGGTCTTGTG	261715

CR854950.9	101	TTCAACATTTTTTCCCTGCATCATTTCATTTTATTACACGACTTGATTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	261716	TTCAACATTTTTTCCCTGCATCATTTCATTTTATTACACGACTTGATTTG	261765

CR854950.9	151	TAAACAAATTAGTTTTGTTTTCTTTGCATATTTGGATTTCTTTGGTTGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	261766	TAAACAAATTAGTTTTGTTTTCTTTGCATATTTGGATTTCTTTGGTTGTT	261815

CR854950.9	201	ACCAACATCTGGTGAAAATTTCAAGTTAACGGCACCTTTAGAAAGATGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	261816	ACCAACATCTGGTGAAAATTTCAAGTTAACGGCACCTTTAGAAAGATGTT	261865

CR854950.9	251	TTCTGACATCAATGGTAACATTTTTAATACTTATTTTTCCTGCTGTATAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	261866	TTCTGACATCAATGGTAACATTTTTAATACTTATTTTTCCTGCTGTATAC	261915

CR854950.9	301	AGCTTTGTCTTTGTAACTTTTAACCACAGTGACGGTGACTTAAACATTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	261916	AGCTTTGTCTTTGTAACTTTTAACCACAGTGACGGTGACTTAAACATTAA	261965

CR854950.9	351	ATTAAAGTAAATATTAAAGATGACAATGTCTTATTACATTTAACTCAACG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	261966	ATTAAAGTAAATATTAAAGATGACAATGTCTTATTACATTTAACTCAACG	262015

CR854950.9	401	TAAGTACAACTGACAACCAATTTCATCTATTGAATACAGGCTTATTTGAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262016	TAAGTACAACTGACAACCAATTTCATCTATTGAATACAGGCTTATTTGAT	262065

CR854950.9	451	TCATATCTGCATCTCTGTAGGTTCTTGAAATCACAGAGCTCTGGTTGTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262066	TCATATCTGCATCTCTGTAGGTTCTTGAAATCACAGAGCTCTGGTTGTAT	262115

CR854950.9	501	GTCCTAAAAATATGTATTATCCTCAACATGTGAACATGTTTGCTATTACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262116	GTCCTAAAAATATGTATTATCCTCAACATGTGAACATGTTTGCTATTACT	262165

CR854950.9	551	GTGATTTCACATGAATAGGACAAGATATATTGATAAATCATTTATAATGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262166	GTGATTTCACATGAATAGGACAAGATATATTGATAAATCATTTATAATGA	262215

CR854950.9	601	AAACCTCAACTTTTTGTAAAAGAAAAATAAGAATGTTCAGTTTTGATTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262216	AAACCTCAACTTTTTGTAAAAGAAAAATAAGAATGTTCAGTTTTGATTTC	262265

CR854950.9	651	ATGCAGACTTAAAATGAATGTTCACACTTGGGTATTGCCTTACATAAGAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262266	ATGCAGACTTAAAATGAATGTTCACACTTGGGTATTGCCTTACATAAGAT	262315

CR854950.9	701	CTGTATATAAACCATATACCATGCCATGAATCTTTAATGGTCTAGCAAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262316	CTGTATATAAACCATATACCATGCCATGAATCTTTAATGGTCTAGCAAGG	262365

CR854950.9	751	TGGATTCCCCTGTCAAGTTTCAATTGTAAATAATGTAAAGCTGCATCCGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262366	TGGATTCCCCTGTCAAGTTTCAATTGTAAATAATGTAAAGCTGCATCCGT	262415

CR854950.9	801	CTAGGTCATTCAAAGTCCTTGACTTGATCTATTCTCAAGTGTTTTCTCCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262416	CTAGGTCATTCAAAGTCCTTGACTTGATCTATTCTCAAGTGTTTTCTCCG	262465

CR854950.9	851	TATAGATTGCGCAATGAAAATCCCATTTTGTGTTAACAGGCTTTCAGACG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262466	TATAGATTGCGCAATGAAAATCCCATTTTGTGTTAACAGGCTTTCAGACG	262515

CR854950.9	901	GTTTGCAGAAACTTAAATGGTTATTCAGATGTGTGTCAAAAGTCATCTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262516	GTTTGCAGAAACTTAAATGGTTATTCAGATGTGTGTCAAAAGTCATCTTT	262565

CR854950.9	951	AATAGCTTAGCTGTTTAATATATAGTTGGAAAGTTTCATTTTAACAGTGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262566	AATAGCTTAGCTGTTTAATATATAGTTGGAAAGTTTCATTTTAACAGTGA	262615

CR854950.9	1001	ATCCATGGTTTGCCGCAATAAAACTTTAACTTTCAGATTTGACTTTTATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262616	ATCCATGGTTTGCCGCAATAAAACTTTAACTTTCAGATTTGACTTTTATA	262665

CR854950.9	1051	TTATTGATTAGGTAATAGTTGCTGCCTTGCAACAACAACAAAAAAAGTAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262666	TTATTGATTAGGTAATAGTTGCTGCCTTGCAACAACAACAAAAAAAGTAC	262715

CR854950.9	1101	TGAACTATATTTATAGGATGTTTTAACAATTACCAAGGCAAATTTCTATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262716	TGAACTATATTTATAGGATGTTTTAACAATTACCAAGGCAAATTTCTATT	262765

CR854950.9	1151	ATTAGGAATTATAGGACATTGTGCCCATTTTTCACAATGTTGCCCTAAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262766	ATTAGGAATTATAGGACATTGTGCCCATTTTTCACAATGTTGCCCTAAAA	262815

CR854950.9	1201	TAAAAAATGGTTTACCAGCAGTTCAAAGGCCAAAGCAATCTGATTTGACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262816	TAAAAAATGGTTTACCAGCAGTTCAAAGGCCAAAGCAATCTGATTTGACA	262865

CR854950.9	1251	ATTTTTATGAAATCAAAGCACACAGACTCTCATATTTAGCACTAAATCGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262866	ATTTTTATGAAATCAAAGCACACAGACTCTCATATTTAGCACTAAATCGT	262915

CR854950.9	1301	CTCTTTTCCCTCAGTGTTTTACAATACATTGCATATAGTGCTCGGATATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262916	CTCTTTTCCCTCAGTGTTTTACAATACATTGCATATAGTGCTCGGATATT	262965

CR854950.9	1351	TCAGATATATTGCTGTAAATCAGACTGGTCACATGAAACTTATGAAGTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	262966	TCAGATATATTGCTGTAAATCAGACTGGTCACATGAAACTTATGAAGTAA	263015

CR854950.9	1401	TTTGTATTATAAATGTCCTTCAGTATTAGTTTTATTGCCCTGCCATGCAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263016	TTTGTATTATAAATGTCCTTCAGTATTAGTTTTATTGCCCTGCCATGCAG	263065

CR854950.9	1451	CTAAAGGGCTGGAGACTTGTTTTGTAGTGGGCTACAATTTACTAAGAGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263066	CTAAAGGGCTGGAGACTTGTTTTGTAGTGGGCTACAATTTACTAAGAGCT	263115

CR854950.9	1501	AATCATGCTATTCATGTCCACACATATTTGTATTTATTATGTGAATAGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263116	AATCATGCTATTCATGTCCACACATATTTGTATTTATTATGTGAATAGCC	263165

CR854950.9	1551	ATAAAATTAACCCTGCATCAAGGTTGCCATATACAGTACTGCATAGGTCG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263166	ATAAAATTAACCCTGCATCAAGGTTGCCATATACAGTACTGCATAGGTCG	263215

CR854950.9	1601	ATAATATCTGGCTTAAGGACATATTTCCTTCATTTAACCAACATCCAGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263216	ATAATATCTGGCTTAAGGACATATTTCCTTCATTTAACCAACATCCAGTT	263265

CR854950.9	1651	TTGAAAGGTGTGCCATTTACACAATCACCCTTTCAAATAGTCATGCTTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263266	TTGAAAGGTGTGCCATTTACACAATCACCCTTTCAAATAGTCATGCTTAT	263315

CR854950.9	1701	CAGTTTTAAATGTTTATCATTGCTTCCTTTGATCATCCTAGAGCAAAGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263316	CAGTTTTAAATGTTTATCATTGCTTCCTTTGATCATCCTAGAGCAAAGCA	263365

CR854950.9	1751	TTCTGCTGATTAGATTTTGTACCGTCCCTGCTATGAACGTGTTCAATAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263366	TTCTGCTGATTAGATTTTGTACCGTCCCTGCTATGAACGTGTTCAATAAC	263415

CR854950.9	1801	ATAATTGCTTTTTTTTTCTGCCATTGTTCAAATTGTATGCCAATGCCAAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263416	ATAATTGCTTTTTTTTTCTGCCATTGTTCAAATTGTATGCCAATGCCAAG	263465

CR854950.9	1851	TGGTCACCAAAAGAGCTTCGATTATTTTGTAGCCTACTTCAGAGAACAGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263466	TGGTCACCAAAAGAGCTTCGATTATTTTGTAGCCTACTTCAGAGAACAGC	263515

CR854950.9	1901	GTCACAGATTTCTATGAAAAATAAAAATATGTTCTGTCTCTTTCCTGGTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263516	GTCACAGATTTCTATGAAAAATAAAAATATGTTCTGTCTCTTTCCTGGTA	263565

CR854950.9	1951	AATAGCATTAAAAAATAGTATGACTCACTGGCATGTATAATATGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927240.11	263566	AATAGCATTAAAAAATAGTATGACTCACTGGCATGTATAATATGAAGCTT	263615

Overview

Query
CR854950.9 - 36209 bps
Hit
BX927240.11 - 263615 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190920001200012616162636151
282.4311132840274354124473248021
380.071092953203132325-124902251821
491.74801093417434282-129461295691
510036753498435058-164631647051
610036753498335057164631647051
780.0811947639564431-187751882371
898.4837663500735072-11428841429491
91003061349843504411428891429491
1010031633498435046-11508271508891
1198.533868350053507211508271508941
1287.57190344341733451611761571764941
131004185349833506711941281942121
1410041853498335067-11941291942131
1586.171933491049810846-12059222062751
1698.613272349833505412200802201511
1710034693500135069-12200832201511
1887.38175294105031079612239462242381
1983.8217034584338777-12239632243021
2079.77196662341923485312361072367981
2182.52551514685483512385862387281
2281.8588245266012684512598822601291
Short-link