<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009552.2	1	CTCTCTCCTCCATATTAGCAACATCCTCATGCTTTTAAAAGCCCCACTAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	110628	CTCTCTCCTCCATATTAGCAACATCCTCATGCTTTTAAAAGCCCCACTAG	110677

CT009552.2	51	TCTTTAGAAGCTTTCCAGAGGGAGAGATAAGTATGATAGAGGAGTTTGGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	110678	TCTTTAGAAGCTTTCCAGAGGGAGAGATAAGTATGATAGAGGAGTTTGGG	110727

CT009552.2	101	AGACTGATCACAGGACAGTCATGGTCCCTGCCCTTAGGAAGTGTGATAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	110728	AGACTGATCACAGGACAGTCATGGTCCCTGCCCTTAGGAAGTGTGATAAG	110777

CT009552.2	151	GCAGGTAAAGTGTATCCATCATCAACAAAATTTAGCATTACTGAATTAGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	110778	GCAGGTAAAGTGTATCCATCATCAACAAAATTTAGCATTACTGAATTAGG	110827

CT009552.2	201	GTGTGTAAGAAGGCAGATAAAGTGTATCCATCATCAACCTAAATCTGTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	110828	GTGTGTAAGAAGGCAGATAAAGTGTATCCATCATCAACCTAAATCTGTCA	110877

CT009552.2	251	TTACCAAATTTTAAAGGTGCAGTGACGGGGGAAGAGTGAGGGAGGATTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	110878	TTACCAAATTTTAAAGGTGCAGTGACGGGGGAAGAGTGAGGGAGGATTCT	110927

CT009552.2	301	GTTGACAGATTGAAGGACAAGTGGGAATCATTTCAGGAAGTCTTCCAGGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	110928	GTTGACAGATTGAAGGACAAGTGGGAATCATTTCAGGAAGTCTTCCAGGA	110977

CT009552.2	351	GGAGGTGACCTGTAAAAGAAGTGAAGGTTGTGTTGACTGGAAGAGAAGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	110978	GGAGGTGACCTGTAAAAGAAGTGAAGGTTGTGTTGACTGGAAGAGAAGTG	111027

CT009552.2	401	AAAAGGCCTGAACAAAGAATGTGAAGCATCTCTGGGGAGAAAACTGGATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111028	AAAAGGCCTGAACAAAGAATGTGAAGCATCTCTGGGGAGAAAACTGGATT	111077

CT009552.2	451	GGGAAAAGAAGGGCTAGGAGGTAAGAAATCAAAATGAAGGAGACCATAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111078	GGGAAAAGAAGGGCTAGGAGGTAAGAAATCAAAATGAAGGAGACCATAAT	111127

CT009552.2	501	TCTTTCTCAATTCCCACTCACTATGCCCTTCCCAAAGATTTTCTTCAATC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111128	TCTTTCTCAATTCCCACTCACTATGCCCTTCCCAAAGATTTTCTTCAATC	111177

CT009552.2	551	TTGATTGTTTCTATAATGACTCATTTTTTTAAGGACTTGGATGTTTACAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111178	TTGATTGTTTCTATAATGACTCATTTTTTTAAGGACTTGGATGTTTACAC	111227

CT009552.2	601	TGTGCTTTAACATAGCTGGAAATTCTATTAGACCAGAGCAGTTTTCCTAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111228	TGTGCTTTAACATAGCTGGAAATTCTATTAGACCAGAGCAGTTTTCCTAT	111277

CT009552.2	651	GCAACTACTCCAAGGACTCTGAGTAAAACTTGCCCTGATGGGGGAGGCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111278	GCAACTACTCCAAGGACTCTGAGTAAAACTTGCCCTGATGGGGGAGGCAG	111327

CT009552.2	701	TTTTAGGAGGGGTGGCTTGAGGCAGGGATAGAGGAAGAATATCCAGCCAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111328	TTTTAGGAGGGGTGGCTTGAGGCAGGGATAGAGGAAGAATATCCAGCCAG	111377

CT009552.2	751	ATTAATCCAATCAATCTTGATACTCAAATACATGACTATGTTATAGAAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111378	ATTAATCCAATCAATCTTGATACTCAAATACATGACTATGTTATAGAAAT	111427

CT009552.2	801	GTCACCTTCATAGTCCATTCTCTCATTTAACCCTATAACAGCCGTGAGGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111428	GTCACCTTCATAGTCCATTCTCTCATTTAACCCTATAACAGCCGTGAGGC	111477

CT009552.2	851	CAAGTCCAGCCATGTTACACTGAGGCCCCTGGGATTCTGGCATGGTAAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111478	CAAGTCCAGCCATGTTACACTGAGGCCCCTGGGATTCTGGCATGGTAAGG	111527

CT009552.2	901	GATTTGACTAGGCTCAAACAGCCGGCAGGAGGCAGAGCCAGGACTGAAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111528	GATTTGACTAGGCTCAAACAGCCGGCAGGAGGCAGAGCCAGGACTGAAAT	111577

CT009552.2	951	TCAAACCTGCTGGCTCCAAAGTCTATATTCTTTTCCTTAAATATTAATTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111578	TCAAACCTGCTGGCTCCAAAGTCTATATTCTTTTCCTTAAATATTAATTT	111627

CT009552.2	1001	CTTTCTTTTGAGACTTTACTTTCTCTTTTCTGTCCCTCCTGGAAGGCTCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111628	CTTTCTTTTGAGACTTTACTTTCTCTTTTCTGTCCCTCCTGGAAGGCTCC	111677

CT009552.2	1051	TTCCTTTCTCTCCCTTTAAATCCCTGCTTAGGGCTAACAGTTTCTCTGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111678	TTCCTTTCTCTCCCTTTAAATCCCTGCTTAGGGCTAACAGTTTCTCTGAA	111727

CT009552.2	1101	ATGTTGCCCATCCTTCAAGTTCATGTAGGTGCTCACTTATTCTCTTTCCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111728	ATGTTGCCCATCCTTCAAGTTCATGTAGGTGCTCACTTATTCTCTTTCCT	111777

CT009552.2	1151	TCCAACAACCCACCTATCAATGTCACTAATATTTCTATCCATCATTTAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111778	TCCAACAACCCACCTATCAATGTCACTAATATTTCTATCCATCATTTAAA	111827

CT009552.2	1201	TTCTCCCCTAAATGTTCACTATTTGTCTTCTCAGTTTTCTTATTTATTTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111828	TTCTCCCCTAAATGTTCACTATTTGTCTTCTCAGTTTTCTTATTTATTTA	111877

CT009552.2	1251	TTTATTTATTATTATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111878	TTTATTTATTATTATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGT	111927

CT009552.2	1301	GCAGGTTAGTTACATATGTATACACGTGCCATGCTGGTGCGCTGCACCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111928	GCAGGTTAGTTACATATGTATACACGTGCCATGCTGGTGCGCTGCACCCA	111977

CT009552.2	1351	CCAACTCGTCATCTAGCATTAGGTATACCTCCCAATGCTATCCCTCCCCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	111978	CCAACTCGTCATCTAGCATTAGGTATACCTCCCAATGCTATCCCTCCCCC	112027

CT009552.2	1401	CTGCCCTCACCCCACAACAGTCCCCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112028	CTGCCCTCACCCCACAACAGTCCCCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTG	112077

CT009552.2	1451	TCCACGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAATATGCGGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112078	TCCACGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAATATGCGGT	112127

CT009552.2	1501	GTTTGGTTTTTTGTTCTTGCGATAGTTTACTGAGAATGATGATTTCCAAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112128	GTTTGGTTTTTTGTTCTTGCGATAGTTTACTGAGAATGATGATTTCCAAT	112177

CT009552.2	1551	TTCATTCATGTCCCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGACTGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112178	TTCATTCATGTCCCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGACTGC	112227

CT009552.2	1601	ATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112228	ATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCA	112277

CT009552.2	1651	TTGTTGGACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAATGCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112278	TTGTTGGACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAATGCC	112327

CT009552.2	1701	ACAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAGTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112328	ACAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAGTC	112377

CT009552.2	1751	CTCTGGGTATATAACCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112378	CTCTGGGTATATAACCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTA	112427

CT009552.2	1801	GTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112428	GTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACT	112477

CT009552.2	1851	AGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112478	AGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCC	112527

CT009552.2	1901	TCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112528	TCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTG	112577

CT009552.2	1951	GTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927229.6	112578	GTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCC	112627

Overview

Query
CT009552.2 - 43093 bps
Hit
BX927229.6 - 112627 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link